洪武二十五年（1392年）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝。九月，朱元璋立朱允炆为皇太孙。洪武三十一年（1398年），开国皇帝朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允炆继位，为建文帝。建文帝在位仅4年，以后，被他的叔叔朱棣夺去了皇位。但人们认为，朱允炆虽丢失了皇位，但并未失去民心，这是什么原因呢？
洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，经济得到了恢复和发展。然而由于朱元璋生性多疑好杀，屡兴大狱，动辄杀戮，政治气氛非常紧张，文武大臣人人自危。
建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，史称“建文新政”。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为“建文”，与乃祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
明太祖朱元璋以严刑峻法驾驭臣下，这在历史上是出了名的。建文帝早已意识到太祖用刑过猛，登基后力图改变这种情况，力求宽刑省狱。朱元璋当时乱用重典，屡兴大狱，杀的人很多；还使用了许多恐怖的刑罚，如抽筋、剥皮、阉剖、凌迟等。建文帝一改明太祖的严酷，崇尚礼教，认为“齐民以刑不若以礼”，用刑尽量宽大。
建文帝即位仅一个多月，下诏全国行宽政、平反冤狱。洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。据记载，建文朝监狱里的罪犯比洪武朝减少了三分之二。
建文元年（1399年）正月，建文帝令减轻江浙地区的田赋，力求减轻赋税。明初以来，江浙地区的田赋明显重于其他地方，这是因为朱元璋憎恨江浙地区的缙绅当年依附张士诚而采取的惩治措施。
由于建文帝大力改革，改变了太祖一些弊政，推行“建文新政”。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位。建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（1384年）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（1385年）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。
建文帝儒雅好文，“日与方孝孺辈论周官法度”，想恢复二帝三王之治。臣下有什么想法，都可以大胆向他提出来，用不着像洪武时那样战战兢兢。这使得士大夫们觉得遇上了开明的好皇帝。再加上中国封建社会的正统观念，觉得建文帝是明太祖的合法继承人，自己要忠于建文帝。直到明成祖夺得帝位，许多建文旧臣仍抗节不屈，就像方孝孺那样视死如归，其主要原因就在于此。
正因为如此，后来，建文帝失去了皇位，但没有失去民心。这不仅在方孝孺、铁铉等人身上得到了体现，其他的一些人，甚至一些普通士卒都认为，明成祖夺位属于“篡逆”。
明成祖即位时。刘基的次子刘璨在家为民。召他进京，他称疾不去。后来他被强行召到京师，见了明成祖不是称陛下，而是仍称殿下。尤其令明成祖恼火的是，刘琮居然当廷说：“殿下百世后，逃不得一‘篡’字。”明成祖大怒，将他下到狱中，后他于狱中自杀。
刘琮的话代表了相当一批人的态度，他们对建文帝抱着一片忠心。斥明成祖为“篡”，这是他最忌讳的。
曾风韶在建文时任监察御史，明成祖即位后，召他仍任原官，他拒不赴任。成祖又召他任侍郎，他知道不可免，遂自杀。他用血写在衣襟上的绝命词是：“予生庐陵忠节之邦，素负刚梗之肠。读书登进士第，仕宦至绣衣郎。慨一死之得宜，可以含笑于地下，而不愧吾文天祥。”
有些人死得颇具神话色彩，例如建文时的礼部右侍郎黄观，被列为文职奸臣第六，后于罗刹矶投河死。其妻翁氏亦投水死，死前呕血石上，成小影，一到阴雨天气就可以看到，人称“翁夫人血影石”。影呈人形，有愁惨状，后被僧人移入寺中，直至清前期此石尚在。
一些普通士卒也对建文帝忠心耿耿。无锡人储福原是燕山卫士卒，因不愿为明成祖效劳，在靖难之役结束前就逃跑了。明成祖即位后，下诏命逃卒入伍，储福被调往云南。储福“仰天哭曰：‘吾虽一介贱卒，亦不为叛逆之臣。’在舟中，日夜泣不止，竟不食而死”。
昆山人龚翊从18岁起就当金川门守卒。燕军由金川门进入南京，他放声大哭，遂外逃隐居。宣德年间，著名的清官周忱两次推荐他为学官，他推辞不就，说道：“龚）翊仕无害于义，恐负往日城门一恸耳。”竟隐居终身，人们私谥他为安节先生。
这两个普通土卒大概都没有读过书。他们对建文帝居然也那么忠心，表现得那么大义凛然，足可看出建文帝并没有失去民心。
那么，让人如此忠心的建文帝，为什么会失败呢？失败的原因是什么呢？
建文元年七月，燕王朱棣拉开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。靖难一，就是削平祸乱的意思。建文帝原本以为自己已经准备好了天罗地网，擒拿朱棣只是早晚的事，但他明显低估了燕王的能力。战争开始之前，建文帝以防边为名，调走了燕王的护卫士兵，宋忠统兵3万驻军开平，另在山海关、临清皆有军队协防，将燕王紧紧包围起来。只是建文帝没有想到，朱棣有统兵作战的经验，临危不乱，先后荡平了周围的军队。
建文三年十二月，燕王朱棣反守为攻，率军直趋南京。六月十三日，李景隆和谷王打开金川门出降，朱棣取得了“靖难之役”的最终胜利。
应该说，建文帝在位的4年，所积极推行的政策基本上是正确的，那又为何以失败而告终呢？从建文帝方面来看，他的失败主要有以下三方面的原因：
第一，建文帝策略连连失误。
这与他削藩策略失误有直接关系。他一直视燕王朱棣为最大的威胁，然而他并没有果断地直指燕王而是先削了其他五藩，给了朱棣充分的准备时间。
在削藩问题上，朝臣本来有着不同的意见。以齐泰、黄子澄为首的大臣坚决主张削藩，但在具体削藩策略上有所不同。黄子澄认为燕王实力强大，应该先削弱小的周、齐、代诸王，去燕王的羽翼，待时机成熟再削燕王。齐泰则主张擒贼先擒王，只要先铲除燕王，其他诸王自然无力反抗了。可惜的是，建文帝听取了书生黄子澄的意见。建文帝并未意识到他的行动实际上已经打草惊蛇，使燕王早早地作了准备。有的大臣看出了问题的症结所在，建议把燕王徙封到南方，调虎离山，不算削除他的王号，又可以削弱他的势力，不使为害，应说是个良策，但建文帝却迟疑不决，未能实行，结果是养虎贻患，坏了大事。
燕王起兵后，建文帝用耿炳文北伐，这个决定还是很对的。论资望，论打仗经验，耿炳文都是个合适的人选。在真定之战中，燕兵突然发动袭击，耿炳文只是受了点小挫，真定并没有失守。燕王也不敢恋战，很快就撤回北平。但建文帝却临阵换将，让李景隆这个公子哥儿取代了耿炳文，从而铸成了不可挽回的大错。
当燕军长驱南下时，南军连连失败，建文帝命徐辉祖率军往援，结果旗开得胜，大败燕军于齐眉山。燕军将领纷纷要求退往北平，只有朱能等少数几个人坚持继续南下。这对双方来说都是重要的十字路口，一步走错就可能全盘皆输。但建文帝这一步又走错了，刚打了个大胜仗，燕军还并没有北撤，他却先把徐辉祖撤了回去，而不是乘胜追击。燕军很快便打到南京城下。
建文帝的连连失误，注定了他失败的命运。
第二，建文帝过于仁柔，贻误事机。
建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的两个主要原因。作为一个统治者，是封建时代的一个帝王，过于仁柔也可以坏大事。例如李景隆，率领50万大军北伐，加上别处汇合的军队，共有60万之众，结果全军覆没。如果换个刚毅点的君主，早就杀掉他了。但建文帝不仅不忍心杀他，还让他继续在朝中用事。坏事如李景隆者尚不受惩治，那还能惩治谁呢？执法不严，则部下懈于用事，难收成功之效。
第三，建文帝用人不当，而且多疑。
建文帝用李景隆北伐，就是一个用人不当的典型。除此之外，这类用人不当的事还有很多。建文帝把削藩大事交给齐泰、黄子澄，这两人都不足担此大任。要削藩，又不敢先动燕王，只是对燕王采取了一些预防措施。方孝孺无疑是建文帝的左膀右臂之一，但他重气节不重才智。作为治国重臣，气节固然重要，但才智也很重要。方孝孺气节感人，但治国安邦的才智未免显得不足。这一点最突出地表现在他的所谓“改制”上。那边燕兵已起，全国兵马倥偬，而他却和建文帝在那里津津乐道于“周官法度”，按方孝孺的建议，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼＞中的官名，依古制改革某些官职。中国的知识分子有着强烈的崇古情结，言必称三代，似乎那时的制度是完美的，认为那时的社会是理想的。不可否认，这也是治国才能不足的表现。在明代，连赞美他的人也认为他实在过于迂腐了！
建文帝还有用人多疑的弱点。例如，吴高和杨文驻守山海关，对北平是个很大的威胁。杨文勇而无谋，吴高较有谋略。明成祖略施小计，给他两人各致一封信，盛赞吴高而贬低杨文。建文帝闻讯后，怀疑吴高有二心，遂对其解职，谪徙广西。这一来，独留杨文守关，辽东兵就一直显得没什么作为了。
建文帝是那样仁柔，遇上的明成祖却是那么有雄才大略。明成祖由弱到强，由小到大，由一隅而终于统治全国，取建文帝而代之。这与明成祖的作风和策略的正确运用是密切相关的。
明成祖的部下除少部分嫡系外，大部分是南军的降兵降将。对投降者一律不咎既往，推诚任用，所以看不到有反戈的现象。打起仗来，明成祖总是身先士卒，这种大无畏的气概自然激励了部下，故燕军将士打起仗来往往能以少胜多。
从策略的运用上看，明成祖非常高明。例如，在对付李景隆时，明成祖在内线打防御战，固守北平坚城，拖垮敌人。在外线打运动战，壮大自己，由弱变强，最后内外夹击，转危为安，使南军的北伐又遭失败。当他得知南京空虚时，则毅然改变战略，不再与南军进行一城一地的争夺，而是长驱南下，直取金陵。以京师号令全国，各地传檄而定，取得了最后的胜利。显然，明成祖的胜利决不是偶然的。
靖难之役之后，建文帝到底去了哪里？
当燕王朱棣攻下南京后，建文帝的下落成为人们关注的焦点。燕王是以“清君侧”为名起兵的，谁都看得出他是要夺江山的。当李景隆和谷王打开金川门，朱棣却发现找不到建文帝的影子。建文帝的下落也成为争论不休的一大历史疑案。
建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。
近人孟森等学者持建文帝自焚说。《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：“我何面目相见耶！”于是与皇后一起闭宫自焚。朱棣看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。从灰烬中找到建文帝烧焦的尸体，燕王朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，你又何必自寻死路呢？事后，朱棣备礼以葬建文帝，遣官致祭，辍朝三日。以翰林侍讲王景建议，葬以王礼。各省募兵闻惠帝已死，各自解散。皇帝的第二个儿子朱文圭当时只有两岁，他和皇帝家中幸存人员一起被生擒，虽幸免于死，但和家人一起被长期监禁，直到1457年，他56岁时才重获自由。
