三月辛卯（初二日），建威将军吴丹奏：『二月十六日大兵至重庆，伪文武官出城迎降；于是达州、东乡、太平、新宁、南江、安岳等州县悉定，伪将军杨来嘉、彭时亨、伪总兵江有仓等亦各遣人诣军门缴印归诚』。得旨嘉奖，下部议叙。
乙未（初六日），平南王尚之信下护卫张永祥、张士选赴京首告尚之信谋叛事；上命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等以巡视海疆，赴广东察其状。谕之曰：『尔等携带张永祥、张士选以往，密询都统王国栋、副都统尚之璋；若事有实迹，王国栋等自任能执尚之信，即一面奏闻、一面赴潮州。顷尚之信具奏，自请撤还省会；尔等抵广东日，详察情形，如应撤还，即具疏言省会不可无尚之信，彼时当独调之还。尔等临时之时，无多株连。倘有意外，听酌便行事』。是日，宜昌阿等启行。
癸卯（十四日），福建水师提督万正色奏：『我师既攻复海坛，逆贼朱天贵遁据南日、湄州等岙。臣咨会抚臣吴兴祚陆路声援，臣亲率水师于二月十四日自海坛进剿。逆贼南遁，我师尾至平海岙，与抚臣会师。朱天贵复合伪将军林升驾〈舟宗〉三百余只踞崇武岙，臣于二十日乘风自平海南下，贼率〈舟宗〉迎战；臣挥兵掩击，大败贼众，沈贼〈舟宗〉二十余只，阵斩伪总兵吴丙、伪副将林勋等，擒杀甚众，克复湄州、南日、平海、崇武诸岙』。得旨嘉奖，下部议叙。
奉命大将军康亲王杰书奏：『海中大定、小定地方疆近厦门、金门，系我师必由之道。逆贼郑锦遣伪将军张志屯粮聚众，欲踞此地以与我师抗拒。臣遣驻防杭州副都统吴申巴图鲁率满洲绿旗官兵齐进大定地方，奋勇剿杀；贼不能支，皆逃往小定。我兵尾追，贼众不得船者淹入海中；焚毁贼巢，迁回百姓，大定、小定悉行恢复』。得旨嘉奖，下部议叙。寻又奏：『二月二十三日，大兵水陆分进，规取玉洲；贼首刘国轩向石马、海澄奔窜，我兵追剿甚急，刘国轩复走厦门。伪总兵苏堪等守海澄，随遣官谕以投诚，苏堪即开西门迎接官兵入城；玉洲、石马、海澄等地方悉行恢复』。得旨嘉奖，下部议叙。
福建总督姚启圣奏：『臣等见水师提臣万正色孤军独下，于二月二十三日同总兵赵得寿、黄大来、平南将赖塔分统水陆官兵七路进剿，将弁俱各奋勇，攻破陈州、马州、湾腰山、观音山、展旗等寨一十九处，杀贼甚众』。下部议叙。
乙巳（十六日），福建巡抚吴兴祚奏：『二月二十六日，臣同宁海将军喇哈达、总兵王英等由同安进剿逆贼，至〈氵丙〉州、浔尾等地方，宣谕伪将献城投降；随分三路径渡厦门，逆贼溃败。二十八日，进厦门城，安抚人民，即遣官兵进取金门』。得旨嘉奖，下部议叙。
甲寅（二十五日），浙江总督李之芳奏：『海逆连〈舟宗〉飘突，臣密饬定海舟师操练精熟，遇警即行剿灭。二月十八日，游击卫圣畴等于孝顺洋瞭有贼船，率领官兵血战，沈贼船十四只，烧毁五只；阵斩伪参将童耀等一十九员，擒获伪官兵一百余名』。下部议叙。
夏四月戊寅（十九日），靖南王耿精忠奏请陛见；得旨：『耿精忠着来京』。
戊子（二十九日），福建水师提督万正色奏：『闽省之患，海甚于山；防守之宜，水重于陆。海澄、厦门、浯屿、金门、围头、海坛、平海、定海、烽火门、日湖、獭窟、永宁、铜山、南澳等十四处，或孤悬海上、或滨海要冲；若以兵三万人设镇分防、不时巡缉，则贼不能肆犯，我兵得以乘机灭寇矣』。上谕：『海防设兵，所关最要。令兵部侍郎温代前往，会同尚书介山、侍郎吴努春及总督、巡抚、提督亲诣诸处详阅定议』。
五月甲辰（十六日），平南将军都统赖塔奏：『四月二十一日，臣会同提督侯袭爵大败海寇于潮州府大濠堡、磊石等处』。下部议叙。
丙午（十八日），奉命大将军康亲王杰书奏：『平南将军赖塔等遣发官兵追剿海贼刘国轩，于三月十二日克取铜山，焚毁贼巢』。得旨嘉奖，下部议叙。
丁未（十九日），奉命大将军康亲王杰书奏：『宁海将军喇哈达等陆续招抚伪总兵杨禄、张辉等大小伪官兵二千五百余员，兵丁二万五千九百余名』。下部议叙。
丁巳（二十九日），恤赠福建殉难总兵吴万福、知府王之仪、同知俞三畏、知县刘嘉猷、李埙等官爵谥荫。
六月甲戌（十七日），奉命大将军康亲王杰书奏：『伪将军江机等聚众恃险、通连海寇，为福建、江西、浙江三省之害已久。今福建巡抚吴兴祚等宣示招抚，江机等率领伪官一千一百三十八员、兵丁四万三千六百二十九名投诚，各分别归农补伍』。下部议叙。
丁丑（二十日），安亲王岳乐奏：『故平南王尚可喜妻舒氏、胡氏首告孽子尚之信罪逆当诛，乞转谕官吏密图擒拏，请旨正法』。得旨：『尚之信并原告干证，着侍郎宜昌阿等押解来京质审』。
庚辰（二十三日），广东巡抚金俊奏：『委署虎门副将张瑜进剿逆贼谢昌等，五月十二日于大澳海面分兵三路与贼船三百余接战，我兵奋勇冲击，贼败走；乘夜穷追。十三日早至凤头港，又有贼船百；我兵复击败之，生擒伪将军洪元懿，毁贼船二百余，斩贼二千余级，溺死者万余人。谢昌等由外洋远遁』，下部议叙。
福建总督姚启圣奏：『臣前任藩司时，亲抵澳东招抚征逆将军刘进忠等；独有伪总兵马兴龙从中梗阻，臣多方劝谕，方肯从众就抚。讵意受抚后，密挈眷口复叛入海。臣侦马兴龙逆〈舟宗〉往来铜山、南澳等处，臣密遣总兵官朱光祖招抚伪将军朱天贵等，谕以如遇马兴龙，用心靡絷；今朱天贵已暗拘马兴龙父子及弟五人沈死海中，各伪镇始随朱天贵投诚。朱天贵于未经投诚之先，能诛已抚叛贼，实心报国，功不可泯』。下部议叙。
秋七月戊戌（十一日），赠福建殉难浙闽总督范承谟太子少保、兵部尚书，予祭葬，加祭一次，谥「忠贞」，荫一子入监读书；巡海道陈启泰通政使司通政使，并妻刘氏予祭葬，荫一子入监读书。
八月丁巳朔，叙招抚逆贼功，加福建总督姚启圣兵部尚书衔。
辛酉（初五日），谕兵部：『台湾、澎湖暂停进兵，令总督、巡抚等招抚贼寇；如有进取机宜，仍令明晰具奏』。
甲子（初八日），先是，令大将军贝子章泰等由沅州取贵州，大将军简亲王喇布等由广西取云南，将军吴丹、赵良栋会兵取遵义后亦进贵州。至是，章泰奏：贵州地方褊小，难以得粮。上谕：『吴丹等得遵义后，毋经贵州，即进取云南。大兵进剿之期定议奏闻后，即檄湖广、广西大将军、将军等如期会举』。
戊辰（十二日），福建总督姚启圣奏：伪将军杨彪－－即杨一豹率领伪官兵三万一千余名投诚。下部议叙。
癸酉（十七日），以李光地为内阁学士（由翰林院侍读学士迁）。
甲申（二十八日），先是，吴三桂反，尚之信欲其父尚可喜从贼，迫之不已；尚可喜愤死，尚之信遂降吴逆。及其归正，仍怀两端。上数命进兵潮州、湖南，尚之信不行；永兴危急，亦坐视不救。后虽出师，辄自引退。总兵官时应运、水师游击张瑜出剿贼，尚之信俱密止之，令顿兵不进。及尚之信协剿广西，复与尚之璋等谋，令以计调还广州；冒兵饷，擅杀无罪人。甚至为希邀异数，毁讪乘舆。于是藩下人张允祥、张士选来京告其诸不法事，尚之信母舒氏、胡氏、都统王国栋、广东广西总督金光祖、广东巡抚金俊亦相继奏列其罪；上遣刑部侍郎宜昌阿与王国栋等谋，密檄总督金光祖、提督哲尔肯、总兵官班际盛、副都统金榜道等执之于武宣。尚之信具奏抗辨，上不忍遽置于法，命至京对簿。尚之信谋益急，令其弟尚之节等阴纠党与，诱杀王国栋，欲为乱；将军赖塔急率兵围之，尚之节就擒。赖塔等讯鞫，悉得其状；而舒氏、胡氏复饰言尚之信无谋叛迹，前告变奏，皆王国栋伪为也。事闻，下议政王大臣等集议。于是议政王大臣等议覆：『尚之信当依谋反律，母、母弟凡同谋者俱弃市，家产籍没。其诸弟尚之孝、尚之璋、倘之隆等虽不同谋，法应革职枷责』。得旨：『平南王尚可喜航海归诚，效力行间；镇守粤东，着有劳绩。及吴逆叛，坚守臣节、不肯从逆，为逆子尚之信所迫，愤恨殒命；朕每念及，深为悯恻！其妻舒氏、胡氏，从宽免死，并免籍没。尚之孝、尚之璋、尚之隆等俱从宽，免革职枷责。尚之信不忠不孝，罪大恶极，法应立斩；姑念曾授亲王，从宽赐死。其余逆党尚之节、李天桢等，悉按律正法』。
九月乙丑（初十日），谕议政王大臣等：『顷因逆贼侵逼四川，满、汉大兵已诸路进剿，大将军贝子章泰等、将军总督蔡毓荣等于是月十二日以次进定贵州。今广西一路亟宜速入以定云南，将军赖塔在福建、广东劳绩素着，可授为大将军，赴广西调遣广西满、汉大兵由南宁直进，速定云南。赖塔行日，选广州大兵内精锐有马者或五百人、或千人，亲率之赴南宁；广西所有一应大兵，俱听简择率往。副都统博济统余兵暂守广东。赖塔敕印，可速送往。其原任平南藩下官兵，如何带往，听赖塔酌量，率之前行』。
康熙二十年辛酉（一六八一）春二月庚寅（初六日），兵部题：『恢复海坛及厦门、金门地方，系提督万正色密遣人至伪总督朱天贵处豫定投诚，然后率兵进取，以致各岛败遁，恢复空地，并无杀贼攻克之处。应俟提督万正色、巡抚吴兴祚明白回奏之日，再议』。得旨：『进剿海贼一案，原系吴兴祚、万正色会同定议，不俟荷兰国船只，即奋勇前往，志靖海氛。万正色领水师先行出洋，吴兴祚率陆兵互为声援；驱除海逆，克奏肤功。尔部乃称万正色与朱天贵密约投诚，任意妄奏以为滥冒军功，殊属不合！着遵前旨即行议叙』。
辛卯（初七日），福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚奏：『请开边界，俾沿海人民复业』。得旨：『厦门、金门诸处，已设官兵防守。应如所题，照旧展界。如有奸民借此通贼者，仍令严行察缉』。
丁未（二十三日），叙克海坛、厦门、金门功，给福建巡抚吴兴祚拜他喇布勒哈番又一拖沙喇哈番，水师提督太子少保左都督万正色拜他喇布勒哈番；余升叙有差。
三月己巳（十六日），定远平寇大将军贝子章泰、征南大将军都统赖塔、绥远将军湖广总督蔡毓荣等奏：『臣等统兵先后至云南省城，营于归化寺。二月二十一日，贼吴世璠遣伪将军胡国柄等率马步兵万余人出城，列象阵拒战；臣等率满、汉兵分队进击，自卯至酉，大败贼众。追至城门，阵斩伪将军胡国柄、刘起凤及伪总兵九员，生擒百余人』。得旨嘉奖，下部议叙。
夏五月丙寅（十四日），广东巡抚金俊奏：『海贼杨二等犯琼州，据海口所城，又陷澄迈、定安二县。总兵官蔡璋等于三月十五日督舟师渡琼，贼分兵迎敌；我兵奋勇夹击，于十六日克复县所三成，杨二等势穷逃窜，擒斩伪总督周胜、伪总兵陈曾等，焚毁贼船一百余只，见获三十余只』。得旨嘉奖，下部议叙。
六月戊子（初七日），福建总督姚启圣奏：『逆贼郑锦已于正月二十七日死，其长子为众所杀，伪待卫冯锡范立郑锦次子克塽，－－克塽，即冯锡范婿也』。得旨：『郑锦既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机』！
秋七月己卯（二十八日），谕议政王大臣等：『今诸路逆贼俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形；可仍以右都督充福建水师提督总兵官加太子太保，前往福建。到日，即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆起提督，诺迈还京候补』。
八月戊子（初八日），福建总督姚启圣奏：『臣军前所辖舟师，乃平阳总兵官朱天贵旧部。若令他人统辖，恐一时未能驯习。且朱天贵声名素为海寇所惮，来归之时已与贼相攻成仇；今若令将原军，必能竭力图报。请敕下浙江总督速发朱天贵并原带部下精兵三百人至福建，同臣等协力进剿』。从之。
戊申（二十八日），以原任福建巡海道陈启泰全家殉难，其子陈汝器赴漳扶榇被劫下海，幽囚两载，冒险逃归；父子忠义，优赠陈启泰工部右侍郎、旌其妻刘氏－－各予祭葬如例，陈汝器以通政使司左右通政大理寺少卿用。
冬十月丙午（二十七日），福建水师提督施琅奏：『督、抚均有封疆重寄，今姚启圣、吴兴祚俱决意进兵。臣职领水师，征剿事宜理当独任；但二臣词意恳切，非臣所能禁止。且未奉有「督、抚同进」之旨，相应奏闻』。得旨：『总督姚启圣统辖福建全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾。巡抚吴兴祚有刑名、钱粮诸务，不必进剿』。
