十七日（辛亥），谕〔军机大臣等〕：『台湾剿捕贼匪尚未能克期竣事，此辈狡狯性成，断不肯束手待毙，或思由海道抢船避窜。笨港、盐水港、鹿仔草一带俱曾被贼匪焚抢，此等处所均系通海口岸，将来贼匪避窜时，其大里杙巢穴留存家属甚多，自必思抢船只，同载逃逸。福康安等务须豫行留心，如沿海口岸一经将贼杀散，即拣派水陆弁兵严行看守，并留一、二大员往来稽查，勿被贼人抢占；若有商贩船只，亦当全行调开，勿令近岸。其运载军需、兵米等项船只，于到后即令原船仍回内地，使贼人无船可夺，绝其逃窜入海之路，方为妥善』。
十九日（癸丑），谕军机大臣等：『台湾地方奸民纠众械斗，皆由该处多系漳、泉二郡及广东民人在彼居住，里居田土互相错处，往往纷争构衅，地方官并不实力查办，将就完案，以致奸民无所儆畏。此次林爽文等倡乱不法、劫县戕官，亦即因纠众倡会而起；今福康安统领大兵鼓勇进剿，自可克期蒇事。因思广东、漳、泉三处民人互相构衅，若能令其彼此分处，各不相涉，自属甚善。但伊等居处多年、各有田产，安土重迁，一时概令离析，势有所难；将来贼匪荡平后，福康安应酌量情形，设法妥办。如实在随同官兵打仗杀贼者，既经奋勇出力，岂可转令迁徙，失其世业；若贼匪庄业例应入官，当召募别处良善之民居处。至各近处村庄民人虽无从逆实迹，而与贼匪同住一庄、心持两端者究不可信，或趁此兵威，将该处村庄民人酌为迁徙；其籍贯分隶广东、漳、泉者令其各为一庄，俾相离较远，以杜争端。至台湾南北各处村庄多被贼焚毁，民人俱遭戕害，并贼人头目及被贼胁从之众所遗田土房产，既未便仍拨给漳、泉之民，令其徒享利益，且恐游手无籍之徒从而聚处又致滋事；自应将其田产查明入官，另行分拨。因念该处熟番向化日久，此次逆匪滋事，熟番并无从贼者，且淡水等处现在招集乡勇甚多；莫若将此项入官田产，如四川屯练之例，即给与熟番耕种，按则升科，令其安居管业，自为守护；既可以示绥戢、又可招抚生番，岂不一举两得。再，诸罗、彰化等处地方辽阔，亦须酌量添设兵丁，以资防御。该处止设知县一员，恐职分较小，不能弹压；或应酌添丞倅、将弁在该处驻札，更为有益。着福康安等归入善后事宜酌办，不必过于拘泥。将来应行筹办之事甚多，若令李侍尧渡洋前往办理，恐内地乏人；而常青于此等要务未经谙练，恐亦不能筹办裕如。福康安既远涉重洋，于该处整顿地方、戢暴安良一切善后之事，正应乘此大兵得胜之后，妥为区画，不必急于回京。至海兰察及巴图鲁侍卫章京等，事竣后，自应令其先回；不妨酌留数人以资臂指。其闽、浙驻防满兵，亦应令其各回本处；惟屯练、黔兵既经远调到彼，将来办理善后事宜或有应须兵力镇抚之处，亦不妨暂留该处，于诸事办完后应撤回时再行撤回也』。
二十一日（乙卯），谕军机大臣曰：『孙永清等奏称：「据左江道汤雄业等查获革弁郭崇德、李洪魁二人俱情愿赴台湾效力；讯据供词闪烁，皆非安分守法之徒，且正当军行络绎之际，未便任其潜随混杂，致生事端。现将该弁等委员押回贵州原籍」等语。台湾现在大兵云集，带兵将领甚多，岂需此一、二革弁到彼效力！况郭崇德业经两次参革，其平日不能约束行伍已可概见；李洪魁所称病休得赏，亦不足信。该弁等即使欲赴军营效力，亦应在本省具呈；乃竟暗随官兵行走，自系欲藉此冒混邀功、希图复用，情弊显然。着传谕李庆棻于该弁等解回原籍后，严行讯究。如果有别项影射滋事情弊，即当据实参奏；若讯无别项情节，即将该弁等交地方官严加管束，毋令再行出外滋事。将此并谕孙永清知之』。
又谕：『现在川、黔、广西等省兵丁，即日陆续前抵鹿仔港。伊等远涉数省，行走奋勉安静，自应酌加奖赏，以示鼓励。至新旧派调各兵，有打仗出力者、亦有怯懦不前者；福康安于进剿时，应将各该省中奋勇骁健之兵，临时酌加赏赉，庶出力者倍加感奋而怯懦者亦知所激励，争先效用，于剿捕机宜方收指臂之效』。
二十三日（丁巳），谕：『据李侍尧奏：「接同知吴元琪禀称：九月初一日，柴大纪有信至府城，称蔡攀龙等援兵惟蔡攀龙、孙全谋带兵七、八百名及运送粮饷之义民三千名到诸罗，其贵林、杨起麟、杭富俱在正音庄阵亡」等语。贵林等前经常青派赴诸罗援应，奋勇打仗，甚为出力；以是降旨将贵林补授总兵、杨起麟补授参将，并俱赏戴花翎。今贵林、杨起麟同都司杭富因剿捕贼匪，临阵捐躯，殊属可悯！贵林着照总兵例议恤；杨起麟前在盐水港一带堵御防守，尤为出力，着加一等照副将之例议恤；其都司杭富，亦着照例议恤，以示悯恤』。
又谕曰：『普吉保奏：「九月初六日，带领官兵由大突溪前往笨港援应诸罗。十三日，行抵麦仔寮，有贼数千苛派良民银米，不能应付，贼匪欲焚毁村庄；百姓正惊惶无措，适官兵踵至，贼众奔逸，百姓欢声动地，随密探贼匪均集笨港。是夜贼匪暗放火号，并闻诸罗炮声彻夜不绝；当饬将弁分作三队直前冲杀，贼众蜂拥迎拒，普吉保督率官兵奋勇攻杀，鎗炮并施，打死贼匪数百人，生擒贼伙杨意、苏妈、张固三犯，夺获器械三十余件、鞭炮二门、耳记十八个、米榖薯干百余石，并焚烧坂头厝等贼庄七处。是日，又有贼匪数百人攻犯大营，官兵奋力堵御，杀贼十余人，烧毁贼庄；贼众退散。现在与恒瑞、柴大纪订期三路会合，并力夹攻；贼匪可克期殄灭」等语。台湾逆匪林爽文等纠众不法，肆行滋扰、抢占村庄，实为罪大恶极；今普吉保督率将弁兵丁由大突溪一路侦探贼踪，奋勇剿杀，焚毁贼寮、生擒贼伙，夺获器械、银米甚多，收复笨港，实为出力可嘉。普吉保着交部议叙；出力员弁着福康安查明咨部一体议赏，并赏给普吉保玉搬指、大小荷包，以示奖励。数旬以来，因海洋风色不顺，台湾府城及诸罗、盐水港三处俱被贼扰，文报不能常通，朕心正深廑注。今普吉保已将笨港收复、杀散贼匪，该处距诸罗止二十里、距盐水港止三十里，声息密迩；普吉保乘胜直前，诸罗、盐水港两路形势联络，恒瑞、柴大纪自可接应会合。而常青处前此曾有被贼滋扰之信；今据李侍尧奏：「据台湾地方官禀报：常青因恒瑞在盐水港被贼拦阻，未能前进，即派委总兵梁朝桂、副将谢廷选带兵一千前往策应」。恒瑞处原有兵三千，今复得此一千兵接济，自更可统领剿贼。而常青处既能分兵援应恒瑞，则府城兵力充足，自守有余；可知无虞贼扰。是诸罗、盐水港及台湾郡城三路均可自为保护，乘机攻剿。且贼匪在麦仔寮苛派良民银米，焚毁村庄，可见贼众粮食将次就尽，已有溃散之势；而百姓一见官兵踵至，欢声动地，更可见民心效顺，不肯从贼。即日福康安、海兰察等统领大兵分路进剿，谅此么草寇无难一鼓成擒。福康安现据李侍尧奏，尚在大担门候风渡洋；而新调广西兵三千已抵厦门，四川屯练早入闽境、不日可到，而贵州、湖南兵亦接踵而至，福康安正可带领劲兵扬帆同渡，径抵鹿仔港督率进剿。且台湾府城及诸罗、盐水港三处，于福康安未到之前，俱各保守无虞；今福康安又带领锐勇新兵并总兵郑国卿所带之闽省兵丁共计生力官兵又有万余，且有海兰察及巴图鲁侍卫章京等分队统领，军威振作、士气百倍，即日与常青、恒瑞、柴大纪、普吉保等南北会合直捣贼巢，似可扫穴擒渠，肤功迅奏，伫待捷音之至。将此通谕知之』。
谕军机大臣等：『贼匪经过地方，其附近民人本非甘心从贼，特因贼匪逼迫，无奈听从。即如麦仔寮地方，幸官兵前往，该处民人得所倚仗；否则，必致被贼胁从。是前此业经从****人，其中为贼所迫、勉强附从者，自复不少。福康安此时尤应将安分良民，妥为抚慰安戢；即已经从贼者，亦应设法招徕分别办理。不可因已经从贼概予歼除，转致阻其自新之路、坚其助逆之心；此为最要。再，朕恭阅雍正年间「实录」，旧例：闽、粤民人往台湾耕种者，所有妻眷一概不许携带。经高其倬疏请将在台湾垦田耕种及有房屋民人准其搬眷居住，经九卿议驳；自因台湾系海洋重地，是以不令内地民人挈眷前往。今台湾民人俱有家属，与前定之例不符；其准令携带眷属起自何时？着福康安、李侍尧查明具奏。将来事定后，应如何趁此兵威，酌定章程妥协办理？抑或从来已久、有所不能之处，并着李侍尧归入善后事宜一并妥议』。
二十六日（庚申），谕曰：『普吉保奏：「九月二十二、二十四等日逆首林爽文率领伙党在元长庄一带蜂拥前来，随亲督官兵奋力杀退；贼众仍屯踞附近村庄，侦探得实，即分派官兵、乡勇豫为埋伏。二十五日，贼众由溪墘厝到云厝、土库、东庄等处前来逼近营盘，普吉保亲率官兵奋勇截杀，鎗炮并施，打死贼匪甚多。游击海亮、都司马元勋从白沙墩横冲贼队，用连环鎗炮打死贼匪一百余人。署副将琢灵阿、参将张朝龙、游击夏承熙从无底潭环攻其背，署同知黄嘉训鼓励乡勇从水磨庄堵御截杀。自卯至未，贼众大溃；共约计鎗炮轰毙贼匪数百名，割获首级七十一颗、耳记一百三十四个，夺获器械、贼旗多件」等语。普吉保由鹿仔港进攻，督率弁官奋勇杀贼；既已攻复笨港，今复能侦探贼踪、豫为埋伏，令将弁等从旁冲截贼匪、从后环攻贼背，前后杀死贼匪数百余人，夺获器械等件甚多，实为奋勇可嘉。普吉保已经交部议叙；着再赏给蟒袍一件，以示奖励。同日又据李化龙奏：「自镇臣普吉保带领官兵起程进剿后，即亲往各营盘察看地方，谆谕将备及义民等协力堵御。因现在贼匪注意诸罗，正可乘机进击，以分贼势。随于九月十八日，密令游击穆腾额带领官兵，由番仔沟进至大突溪一带以作疑兵，亲率游击裴起鳌、署游击陈士份、守备徐大鹏带领弁兵，义民首许伯达等引导，由八卦山直抵柴坑仔；贼匪蚁聚抗拒，即令官兵施放鎗炮，贼人败退，焚毁贼寮二十余间。贼人恃众复行拥至，李化龙率领官兵向前截杀，鎗炮打死贼匪百余名，割取耳记十三个、首级二颗，生擒贼匪何华、欧倚二名，夺获鸟鎗二杆、器械十九件、贼旗一杆。二十日，在中寮地方鎗炮打死贼匪十余人。二十二日，大突溪贼匪出扰庄民；复前往堵杀，施放鎗炮，打死贼匪约二百余名，割取耳记二十七个、首级一颗，夺获贼旗一杆、皮牌三面，长鎗、竹囗〈金串〉、挑刀共三十五件」等语。李化龙因普吉保带兵进攻，留驻鹿仔港防守；竟能探察贼情，乘虚进击，奋勇攻剿，杀贼多人，夺获器械，贼匪望风奔溃。李化龙亦属奋勇可嘉，着交部议叙。所有此次普吉保、李化龙派出随同打仗杀贼之文武员弁等均为出力，并着查明呈报将军咨部议叙，以示嘉奖』。
谕军机大臣等：『此时福康安自早得有顺风，扬帆径渡，前抵鹿仔港；正值贼人屡经败溃之后，福康安惟当乘此好机会，督率将弁会合各路鼓勇直前，于初次打仗时即将贼匪痛加剿戮，俾贼人闻风丧胆，无难一举扫擒。至普吉保在笨港一带虽屡败贼众，但据奏贼匪仍在附近村庄啸聚；该镇带兵前进，其粮饷运道后路最关紧要，仍应加意防范。又李化龙于柴坑仔、中寮等处乘机进击以分贼势，固属奋勇；但鹿仔港系沿海重地、逼近贼巢，李化龙尤须随处留心、实力防守，不可但知锐意直前，转致附近贼匪潜出后路滋扰，此为最要。阵亡千总杨国宝、把总曾超群、外委沈扬芳及兵丁三十二名，俱着咨部优恤』。
二十七日（辛酉），谕曰：『李侍尧奏：「于泉州等处挑取新旧兵三千名，派员带赴盐水港。有陆路提标兵五百名，于八月十九日由同安县之浔尾过渡，其先到开船者，均已抵岸。有后到之兵丁汪国清等一船，驶至海囗〈氵义〉中央风力过猛，该兵丁等见前队均已过渡，急于前进，促令扬帆打戗，以致篷倒船覆，淹毙兵丁汪国清等十九名；请照阵亡例减半之半，给予恤赏」等语。该兵丁等奉派前赴台湾剿捕逆匪，海中猝遇暴风，因急欲前进，以致船覆溺毙，情殊可悯！着加恩即照阵亡例议恤，毋庸减半，以示轸恤』。
谕军机大臣曰：『李侍尧奏「现在拏获盗案数起」一折，内称「前两次奏报拏获盗犯十四案共盗犯一百二十七名之后，迄今又获盗十余起共盗犯一百二十五名。并有巡检章大镛出洋接护米船，被盗船打伤兵役之吴通等一案，已经查获究明。其余各起，现饬严审」。又据片称：「守备沈德清等押运军装，在铜山营被盗船抢劫，军装、衣鞋均有抢失，兵弁亦有受伤；现获谢蛟等八名究审」等语。此等海洋盗犯纠约多人肆行劫掠，甚至抢劫兵米军装、打伤兵役，安知非林爽文党内潜出洋面，滋生事端。且前次拏获盗犯十四案后、旋又获盗十余起，共有二百五、六十名之多，若照寻常盗案候部议覆，人犯较众，既虑稽察难周，或竟有劫狱抢犯情事，转为未妥。着李侍尧将现获各犯速行审办，于究讯明确，一面奏闻、一面即行按律正法，俾洋面肃清，官民船只往来不致被扰，方为妥协。将此传谕知之』。
