自戊戌变法以来，慈禧和守旧派只是一直不痛不痒地关注着维新派的举动，直到李鸿章和敬信的总署大臣之职被免去，礼部六位官员的职位也被免，这让内务府的诸位大臣们慌张不已，他们立即赴颐和园面见慈禧，纷纷跪在慈禧面前，细数光绪的重重罪状，说祖宗之法将变，请求太后立即训政，然而这还不足以激怒了不容侵犯的慈禧太后，还有几件事让慈禧终于忍无可忍，一场政变一触即发。
内务府大臣立山在颐和园跪请慈禧训政，慈禧并没有立即答应，立山则捏造了皇上争取外国人的支持、胁迫慈禧下台的事实，慈禧最怕的就是这一点，这成为她发动政变的直接诱因。
而光绪召见伊藤博文也是慈禧难以接受的，伊藤博文是日本重臣，曾四任日本首相，三任枢密院院长，他几乎可以称作是日本的权力象征。
1898年9月，也就是光绪二十四年，伊藤博文来到中国，谒见了荣禄。10月初，伊藤博文到达北京，康有为和他见了面，还就戊戌变法的情况做了简单的介绍，康有为说出了中国变法的阻力，即慈禧的不支持、皇帝的无权和守旧派大臣的重重阻挠，康提请伊藤出面游说慈禧，伊藤当即答应“谨当竭尽忠言”，然而荣禄却以“盖将借此发难，以惑太后听耳”拒绝安排。光绪帝则要求召见伊藤，这让慈禧的心提到了嗓子眼，监视更加紧密了。而实际上，光绪和伊藤并没有深入交流什么实质性的问题，只是礼数上的寒暄而已。但在慈禧这里，却再也不敢放松对光绪的警惕了。
请慈禧去天津阅兵，最初只是荣禄为了迎合慈禧太后喜欢游玩的心理，当时京津铁路刚刚建成通车，慈禧喜欢体验这种新鲜玩意儿，荣禄便适时地拍了这个马屁，慈禧果然高兴不已：“谓己从未坐过火车，今初次乘坐，视为有趣之事。”但是光绪皇帝则觉得不妥，想要阻止，这引起了慈禧的极大反感，她的行动什么时候受过限制？至此光绪和慈禧之间的矛盾明显激化。这时宫里不断有风言风语传出，说慈禧太后此去天津，就是为了废帝，光绪帝位不保了之类的话。这引起了维新派的高度紧张，他们立刻行动起来，希望抢占先机，首先夺权。
康有为也连上奏折提出四条建议以巩固变法现有的成果，掌握军权和国家的控制权。建议的内容是这样的：第一条是设参谋部。仿效日本设立最高军事领导机关参谋本部，由皇帝亲自掌握。这样一来，一旦军权掌握在皇上手中，则解除了后顾之忧，变法也可以不受任何人的限制与威胁了。第二条是改变年号，康有为建议将光绪二十四年改为维新元年，“以新天下耳目”。第三条是变更服制。这也算是改头换面的一种征兆。第四条是迁都上海。康有为认为北京“暮气”太重。
对于康有为的这四条建议，光绪全都表示赞同，但是很显然，这仅仅是维新派海市蜃楼一般的构想，根本无法实行。不仅如此，顽固派在慈禧的安排之下，对变法之人的监控愈加严密，连光绪皇帝也和维新派一样，都犹如笼中之雀，插翅难飞了。这时他们想到了一个可以掌握兵权的人，这个人文武兼备，又了解国际时局和西方的情形，为人圆滑聪辩，或许可以为之一用，这个人就是袁世凯。维新派担心袁世凯和荣禄关系太过密切，不肯为帝党服务，于是派人前去试探，得回来的反馈不禁让维新派一阵狂喜，袁世凯给康有为的评价是有“悲天悯人之心，经天纬地之才”，他还说曾经荣禄阻止增兵于他，二人的关系并非十分亲密。袁世凯的回答恰到好处，全无偏颇之处，这让书生气十足又不谙世事的维新派对老奸巨猾的袁世凯产生了极大的好感和信任。很快光绪帝便发出上谕，传袁世凯进京。这时袁世凯正在天津东南七十里处的小站练兵。上谕又是由荣禄传达的，这怎能不引起慈禧的紧张？到了这个时候，慈禧的心里有了数。
慈禧回京以后，光绪帝忐忑地赴颐和园请安，并趁机向慈禧请示开懋勤殿的事。这一次，慈禧的态度与往日有很大不同，她一言不发，神色异常。光绪帝被慈禧的神情吓得不敢再多言，随即回宫了。这时，他“自知有变”，维新变法正面临着一场巨大的危机，他当日就召见杨锐，发下密旨：
“朕惟时局艰难，非变法不能救中国。非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法，而皇太后不以为然。朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救。朕十分焦灼，不胜企望之至。特谕。”
杨锐接到密诏，立刻乱了阵脚，维新派顿时慌作一团。而慈禧的人却十分清醒，有条不紊地准备着即将到来的政变，他们将聂士成派去驻守天津，这样就断了袁世凯人京的路，又宣董福成人京，以备不测。
9月16日、17日，光绪帝连续两次召见袁世凯，将他破格提拔为候补侍郎，又下令他不必受荣禄的差遣和限制，意思就是让袁世凯只听光绪一人指挥。光绪让杨锐传得密旨一直毫无回应，十分着急，原来慌张之中的杨锐将密旨压了下去，并没有及时传出去。
此刻光绪格外担心康有为的安危，无奈之下，只能明发上谕，“令其督办官报局”、“着康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。”又发来密旨，要求康有为“迅速出外，不可延迟……其爱惜身体，擅自调摄，将未更效驰驱，共建大业……”这实际上是让康有为火速离京，前往上海躲避灾祸。这封谕旨已发，朝廷内外都明白了，变法凶多吉少了。
康有为得到密旨之后立即同谭嗣同、梁启超、康广仁等商议对策，他们想到了袁世凯，于是谭嗣同连夜去见袁世凯。经过一夜长谈，袁世凯的回应让谭嗣同觉得他忠心为国，做事谨慎，并一心为皇上和国家政局为重，可做救星。他奋力游说袁世凯举兵包围颐和园，将慈禧除掉，袁世凯最后的回答是“吾三世受国恩深重，断不致丧心病狂，贻误大事，但能有益于君国，必当死生以之”。谭嗣同放心地离开了。
然而袁世凯却陷入了沉思，究竟导向哪一边，光绪还是慈禧，这直接决定了他今后的仕途乃至人生，在这危急关头，他意识到优势一方在慈禧，于是背弃了与谭嗣同的约定，决定投靠慈禧。
9月20日，袁世凯受过光绪的第三次召见之后，立刻返回天津去见荣禄，将受召见的情况立即告诉荣禄，就是如何包围颐和园的方案，荣禄又马不停蹄地告知慈禧。
慈禧得知之后愤怒不已，连夜赶回宫中，召见光绪帝，怒斥道：“我抚养你二十多年，你竟然偏听小人之言加害于我！今天我不在了，你也别打算活到明天！”
天亮以后，慈禧在便殿召见光绪和一些朝廷重臣。光绪皇帝跪在左边，王公大臣跪在右边，座前还放着竹杖。
慈禧怒骂光绪：“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄为！诸臣者，皆我多年历选，留以辅汝，汝何敢任意不用！乃竞敢听信叛逆蛊惑，变乱典型。何物康有为，能胜于我选用之人？康有为之法，能胜于祖宗所立之法？汝何昏愦，不肖乃尔！”
又转向奕劻等朝廷重臣，“皇帝无知，汝等何不力谏！……”一通发泄之后，慈禧又把矛头对向光绪，称他变乱祖法，一味听从康有为妖言惑众，实在昏聩不堪！
光绪心中不平，但慑于慈禧之威，只是怯怯地申辩道：“康有为并无私心，想要实现自强，非通西法不可。”
这句话更让慈禧怒不可遏，小子竟敢用西法以易祖宗之法！一阵怒骂之后，慈禧逼迫光绪下令捉拿康有为。当天，光绪发布谕旨，昭示天下，慈禧实行“训政”，随即下令捉拿康有为和康广仁，慈禧开始大力追捕维新派人士。她单独召见光绪帝，命他将变法以来所有与变法有关的奏章、信电等全部交出，一一审问。无奈之中，光绪将责任推到了康有为、杨锐、谭嗣同等人身上，以求自保。慈禧立即下令捉拿维新党人，而光绪帝也被囚禁于瀛台，开始了他长达十年的囚徒生活。
中南海的瀛台，与水云榭岛、琼华岛分处北海、中海、南海三海之中，象征东海的三座仙岛——蓬莱、瀛洲、方丈。这里风景秀丽，水榭楼台，美不胜收，原本是皇家避暑悠闲的地方，慈禧太后也常常在这三海之中游赏玩乐。现如今，这里竟成了光绪的囚禁台。
瀛台四面环水，只在北面架了一座板桥通到岸上。为防备光绪帝逃出瀛台岛，慈禧太后命人把桥板撤掉了，光绪虽有帝王之名，却再无帝王之实，困在瀛台之中，形如囚徒。
从此以后，光绪在朝堂上就像一只提线木偶，行动尚要受到限制，言语更是不得随意说出。朝堂之下，瀛台岛就是他全部的生活空间，即便是自己心爱的女人也不得靠近，每天只有慈禧的心腹太监轮番看守。
身陷牢笼的光绪写下了“欲飞无羽翼，欲渡无舟楫”等诗句，他为自己的变法行为付出了巨大的代价。中国历代被囚的君主，都是因为国破家亡而沦为阶下囚的，只有光绪帝一人是为自己的国家谋求自强而被囚。戊戌变法轰轰烈烈，但持续百日便惨淡落幕，中国的掌控权又回到了慈禧手中。
