当李秀成提兵进攻杭州时，清政府就急令曾国藩缓攻安徽，东下救常州、苏州。由于李秀成进兵迅速，曾国藩未及东援，太平军已攻破江南大营，又连克常州和苏州等地。在清政府看来，常、苏等处的丢失，远比攻占安庆重要，故而强令曾国藩东进。而曾国藩咬住安庆不动摇，清政府见曾国藩不应命，只得于五月间授他以兵部尚书、署两江总督之职。清政府以为给了他封疆大权，他就一定会率兵东进了。结果，曾氏仍未应命，在上奏咸丰的拜折中，仍强调攻占安庆的重要性，认为平定江南，必先“踞上游之势，建瓴而下，乃能成功”。他说，向荣、和春等人之所以失败，非败自军，而败在势。他们原想自下就近围攻天京，结果战守错乱，屡进屡挫，既攻不下天京，又反丢了常、苏之地。
曾国藩重申以前的军事方略，坚持自上而下，先外而内，稳扎稳打，步步进逼，最终可以攻克天京，歼灭太平军。若弃安徽东进，必重蹈向荣、和春之覆辙。
但为了略尽臣子和两江总督之责，曾国藩答应派出部分兵力东下，但战略重心仍放在安徽。清政府批准了他的战略计划，两个月后就实授他两江总督、钦差大臣之职。
据史书记载，曾国藩被任命为两江总督，是清廷内部斗争的结果。太平天国兴起后，清政府的统治风雨飘摇，八旗、绿营皆腐朽不能用，旗人对大规模的起义早已失却了应付的力量。以肃顺为首的满员对此尤为清楚，当时他任军机大臣、协办大学士、户部尚书，深得咸丰信任。他极力反对当朝沿袭过去不信任汉官的习俗，认为要拯救大清王朝，不用汉员已不可救药，乃向咸丰极力推荐曾国藩、胡林翼、左宗棠等人，依靠他们镇压起义。
据说，当江南大营被攻破后，两江总督何桂清临敌逃走，咸丰急得寝食俱废，与肃顺商量选人取代何桂清做两江总督。肃顺先提出选用汉员充任，咸丰提出让胡林翼担任，肃顺进言：“胡林翼在湖北措注尽善，未可挪动。”咸丰说，可让曾国藩任湖北巡抚，顶替胡林翼，将胡林翼调去两江。肃顺说：“6年前曾经让曾国藩做湖北巡抚，几天后又撤销了任命；如今再次任命，显得皇上恩德不重，不如直接以曾国藩为江督，曾、胡二人感情甚洽，二人合作，东南的事一定可以做好。”咸丰帝采纳了这个建议，曾国藩遂得到了他盼望多年的封疆之职。
肃顺的建议不仅见诸史书、笔记，据传，肃顺还曾写信给胡林翼，做胡的工作，让他不要为未做两江总督而介意，要与曾国藩团结合作，共图大业。胡林翼又将此信转给曾国藩看，曾氏自然对肃顺非常感激。但曾认为肃顺不该在上谕未达时给胡林翼写信，这不仅违反朝廷定制，泄露了皇朝的绝密之事，也是肃顺在拉山头。本来汉人做地方大员就犯清朝之忌，皇族中一定会有不少权臣反对，而肃顺敢于任用汉人自是明智之举，却拉拢汉官做依附，这实在非国家之福。所以，他明知肃顺在暗送秋波，但假装不见而未与他有私下的往来。
令曾国藩心里更加怨愤的是：6年前皇帝就曾令他署湖北巡抚，以后这个职务换了几任，最终给了他的朋友，实则做过他部下的胡林翼。他率领湘军又冲杀了6年，成了东南的中流砥柱，在四顾无人之时，皇帝仍不愿放权给他，宁愿把两江总督授给胡林翼。皇帝太不信任、太不放心他曾国藩了！对他未免过于寡恩了！然而，两江总督，这个地方大员中地位显著的职位毕竟授给他了，这意味着他今后要担当起镇压太平军的全部职责，是长江两岸、东南数省军队的最高统帅。
二、皇帝的命令，也有不遵从的办法
皇帝和掌握实权的大臣之间的博弈，也不总是皇帝占据主导地位的。别以为皇帝的话，臣子就一定要听，当皇帝的命令对自己很不利，同时又有拒绝的方法时，皇帝的话也不用去听。要不然，怎么会有名言“将在外，君命有所不受”呢？
皇帝一直都对曾国藩不是很信任，最后好不容易才给了曾国藩实职和军权，虽然曾国藩一直都忠心耿耿，像一条狗一样听皇帝和朝廷的话，但是，曾国藩也不止一次地拒绝过皇帝和朝廷的旨意。下面的这一次，曾国藩就拒绝得很巧妙。
话说在湘军和太平军之间的战争正进行得如火如荼时，在一次战役中，湘军大将李元度丢失了徽州城，令曾国藩的祁门大营将陷入太平军的兵锋之下。正当曾国藩陷入危机之时，忽然又接到皇帝的谕令，说英、法联军进逼北京，严饬曾国藩派兵驰援京畿。这对曾国藩来说，简直是雪上加霜！
1.皇帝要曾国藩的救命之军进京勤王
自咸丰六年（1856年）九月英法联军进攻广州，发动了第二次鸦片战争，以后时战时停，先后延续了4年。咸丰十年（1860年）六月扩大战争，将战火燃至京、津。八月，接连打败僧格林沁和胜保的军队，逼至北京城下。咸丰帝惊慌失措，留下恭亲王奕在京应付局面，自己则率带嫔妃宫监和亲信大臣仓皇逃往热河。同时接受了胜保的建议，在逃跑途中发布谕令，让各地督抚派兵“勤王”。
第一道谕令就是发给曾国藩的，点名要湘军骁将鲍超率军入京，由胜保指挥。这个命令于八月二十六日送到曾国藩手中，正是徽州被太平军攻克的第二天。宁国、徽州接连被太平军攻陷，强敌步步进逼祁门大营。祁门虽名之曰“大营”，实际上却异常空虚，大部队都派出去守卫各要镇了，身边只有朱品隆的3000军队。徽州落入敌手，这3000军队如惊弓之鸟，若敌军来犯，恐怕连一时一刻都抵挡不住。
在这自身难保的时刻，皇帝又下严令要自己发兵“勤王”，曾国藩既无兵可发，也无发兵增援北京的心思：自己的处境怕比皇帝和京城危险10倍！但是，这毕竟是圣旨呀，他有胆量抗旨吗？
曾国藩又想，这胜保也太损了，湘军的大将不少，为什么就单单向皇帝推荐鲍超呢？而且事也凑巧，自太湖之战鲍超立了功，皇帝升了他的官，成了一省的最高武官提督，又放了他的假，直至八月二十二日，即徽州被攻陷的前3天才从四川老家回至祁门。曾国藩看到在这危急时刻，鲍超探亲不归，心里十分气恼，但鲍超毕竟又回到了自己身边，使自己多少又有了依靠，可鲍超到祁门才4天，皇帝就点名要他去北京“勤王”。
此时此地，曾国藩尤其不愿放鲍超和他的5000“霆军”去北京，“霆军”是他的救命之军。自三河大捷后，湘军将领没有几个敢与陈玉成硬碰，而打败过陈玉成的只有鲍超和多隆阿。多隆阿设营挂车河，远在桐城与安庆之间，为的是阻击陈玉成自桐城援安庆。多军再也不能调动，况且多隆阿也不听曾国藩的调遣，这是一支不把湘军放在眼里的“皇家军队”。所以，眼下能守祁门大营的只有鲍超一军了。
曾国藩觉得谕旨点名要鲍超，要“霆军”归胜保指挥，是胜保借天子之名，包藏险恶的阴谋。曾了解胜保其人，胜是一个野心勃勃、心怀叵测的家伙。胜保在直隶侥幸打败了太平军北伐军林凤祥的残军，竟得到了钦差大臣的头衔；后来又围李开芳于高唐，数月不克，遂惹怒了皇帝，削了他的职，发遣新疆。咸丰六年（1856年）召还，发往安徽军营。胜保虽有野心，但手中却无军队。所以，他到处抓军队，甚至不惜招降纳叛，收买皖北捻军叛徒李昭寿，结纳安徽团练首领苗沛霖，企图把他们的军队占为己有。曾国藩一到安徽便看穿了胜保的阴谋。如今，胜保又借皇帝的威力，想统带鲍超的5000“霆军”，这是把他的野心使到湘军上面来了！
2.李鸿章给出了一个两全其美的好主意
曾国藩心想：我绝对不能让胜保的野心得逞。然而，怎样才能拒绝“勤王”呢？当此非常变故之际，皇上蒙难之秋，湘军出师为的是保土保皇上，现在皇上蒙难，湘军不“勤王”，还要湘军何用？曾国藩左右为难。他向胡林翼、左宗棠讨主意，胡、左的回答也和他一样，江南的形势危急，正赖湘军做中流砥柱，不可派兵北援；但若拒派勤王之师，如何能逃脱抗旨之罪，又如何能免于社会舆论的抨击？胡林翼的回信提醒曾国藩：“疆吏争援，廷臣羽檄，均可不校，士女怨望，发为歌谣，稗史游谈，诬为方册，吾为此惧。”曾国藩在左、胡之处讨不来好主意，几日坐立不安，辗转不宁，甚至于“泣涕彷徨，不知所以为计”。
曾国藩实在无计可施，决定广泛征求幕僚的意见，就应不应当派兵北援，让幕僚们每人写一个条陈。曾国藩看完了一大堆条陈后，心里更加失望，众人的那么多条陈，谁也拿不出两全其美的办法来。
正在左右为难之时，李鸿章推门进来，给曾国藩出了一个两全其美的好主意。他的意思是：进京“勤王”一事本是空话，对皇帝没有一点好处。现在外国人已经打到了京城，如果他们要捉拿或加害皇帝，就一定会追到热河，几天之内便可到达。现在上谕发到数千里之外的安徽，怕是等不到湘军出发去“勤王”，事情就早已见分晓了。曾国藩听到李鸿章的一席话，感到新鲜、入门，这是僚属们从未言及的，于是让他继续说下去。
李鸿章接着说，洋人进攻京师，决没有占据京城和加害皇帝的意思，他们不过是借战争给皇帝施加压力，多占一些中国的便宜罢了。
李鸿章的分析，让曾国藩的心里立时变得透亮了。“但是，皇帝下旨要湘军北援，我们总不能不理吧？”曾国藩向李鸿章讨问处置之法。李鸿章说：皇帝留恭亲王在京与洋人讲和，恭亲王的办事能力极强，应付外人绰绰有余，不会出大乱子的。所以，只能“按兵请旨，且勿稍动”。李鸿章的意思是，立即给皇帝回奏，说“勤王”事关重大，一个鲍超还不足以应命，是否在曾国藩和胡林翼二人之中选一个出来，带兵入京。这自然是表面应付皇帝的托词，等到奏折再送到北京，结果早就见出分晓了，也就不会再让湘军去“勤王”了。
曾国藩在与胡林翼协商之后，就按李鸿章的主意于九月五日向皇帝送出奏折。当然，他也没有绝对的把握能确保皇帝会不让他再行北援，于是在等待回复期间，他也做了一番北援的准备。他准备好一旦非要北援，就亲自率兵1万前往，饷项由胡林翼负责供给。如果皇帝下令让胡林翼带兵北援，自己的大军就退回湖北，暂不进攻安徽。但是，无论是谁前往，安庆之围都不能撤。等了差不多一个月，直到九月二十四日忽然接到清廷寄来的信，说和议已成，毋庸北援。
曾国藩接到这份廷寄，压在他心头上的石头总算减轻了一些。现在开始，他又可以专心致志全力以赴地对付太平军了。
三、“有实无名”的“东南之主”
尽管清廷满洲贵族和咸丰皇帝一伙对曾国藩左防右防，这一边是对他的不信任，那一边却又要靠他来对抗太平天国，搞得曾国藩好不烦恼，但是，曾国藩还是在历史的进程中，形成了“有实无名”的“东南之主”的地位。
1.咸丰归天，左、胡试探曾国藩之志
话说安庆被攻陷的第七天，曾国藩便由东流前往安庆。又过数日，设公馆于陈玉成原来的英王府内，直到同治三年（1864年）九月初，他都一直驻扎在安庆。在3年多的时间里，他都在这里指挥湘军转战江浙等地，直至天京被攻陷为止。
曾国藩刚刚驻进英王府，就接到了北京送来的紧急公文。公文上报告说，咸丰帝已于七月十七日在热河行宫驾崩，6岁的皇子载淳即位，以载垣、端华、肃顺等8人为“赞襄政务王大臣”，执掌朝政，并定于明年改元祺祥。
这一消息震动了曾国藩和湘军的上层人物。曾国藩对皇帝英年病死，国家朝政变故进行了深入的思考。已故的年轻的大行皇帝自登基以来，十一个春秋没过过一天安静的日子。而自己创办湘军，转战各省八九年，保的就是这位命运乖蹇的皇帝。军兴以来，皇帝对自己猜忌甚重，但是自去年以来，他授自己为两江总督后，三江两湖的各路人马差不多都听任自己指挥了。然而，正当自己指挥湘军大展宏图之时，这个皇帝居然逝去。在这军事重要之时，发生了这么大的事情，以后将会如何，自己又该如何处置，曾国藩的内心刚开始是十分茫然的。
同时，曾国藩又分析了顾命大臣的分量与前景。他看到8位大臣中，真正有实力的仍然是肃顺。肃顺的掌权表面上看对汉官有利，并且自己被授为两江总督亦实赖于肃顺的举荐。但是，曾国藩认为凡是皇帝幼龄，总要设顾命大臣；等到皇帝成年之后，又会认为顾命大臣是自己亲政的绳索，皇帝要冲破束缚，就必然会发生争斗，因为顾命大臣无不自恃功高而揽权。像肃顺这个人，刚愎自用，锋芒毕露，下场一定不会太好。想到这一点，他更加心乱如麻。
由于安庆被攻克，曾国藩驻进英王府，皇帝又死去，湘军大将以及与湘军有关系的政客、官僚不断地往来安庆，密切地议论着激变的形势。
首先来到安庆的是胡林翼。胡是曾国藩的知心好友，因此他们谈起话来就推心置腹，毫无顾忌。胡林翼对形势的认识、对8位顾命大臣以及肃顺的认识，跟曾国藩基本一致。但胡林翼兼任地方官的时间比曾国藩长，湖北省城的官文知道宫中秘密，与他同城的胡林翼自然也就知道得多一些。
胡林翼告诉曾国藩的宫中秘密是慈禧太后与八大臣的尖锐矛盾、恭亲王与大行皇帝咸丰的尖锐矛盾。胡林翼说，咸丰一死，京城很可能会发生太后联合恭亲王推翻顾命大臣的宫廷政变。如果宫里闹起来，鹿死谁手难以预料。曾国藩听得心惊肉跳，瞪着三角眼，不知所措。
