1791年，这已经是莫扎特生活中的第三十五个年头了，在这一年，他的创作能力又奇迹般地得到了恢复。
一天，莫扎特偶然遇到了一个叫席卡奈德尔的人。此人是10年前在萨尔茨堡相识的，他当时是一个巡游剧团的经理人，正在维也纳城边经营一家私人剧院。
席卡奈德尔提出要莫扎特与他合作一部新歌剧，否则他的维登剧院就要关门了。莫扎特则考虑到席卡奈德尔是共济会的会员，是自己的兄弟，兄弟有难，理当相助，于是两人一拍即合。
这部歌剧的脚本由席卡奈德尔来写，他打算写一部神话歌剧，后来命名为《魔笛》。这部歌剧主要讲述一位埃及王子被巨蛇追赶，逃到了一个叫“夜后”的国度。他在夜后嫔妃送给他的魔笛的帮助下，历尽艰险，找到了夜后的公主，他们相爱了。经过各种考验后，这对情人携手走进了大司祭的庙宇，光明战胜了黑暗。
席卡奈德尔的这个剧本对当时的莫扎特来说有着不可抗拒的诱惑力，因为它带来了实现他在音乐上最心爱的愿望的机会，即创作一部真正的德国歌剧。
由于席卡奈德尔已经到了破产的边缘，他连预付款都拿不出来，于是莫扎特和他商定，他支付总谱原稿的报酬再少也没关系，条件是全部总谱抄本都归莫扎特所有。如果歌剧获得成功，他就把这些抄本卖给任何一家前来索取剧本的剧院，以此来补偿欠款。
结果似乎是不言自明的：席卡奈德尔最后只付给莫扎特100个金币，却把总谱和所有抄本都扣下了。他靠着《魔笛》的成功连续好几年大赚其钱，而莫扎特一家却一直在和债主们打交道。
为了保证莫扎特尽快地创作完歌剧总谱，席卡奈德尔让莫扎特住到离剧院不远的一座小凉亭里去工作。听起来这是关心莫扎特，实际上是席卡奈德尔控制莫扎特的一种手段。不过，当这部歌剧出名时，这个凉亭也成了人们流连忘返的“魔笛凉亭”。
在这期间，莫扎特的妻子康施坦莎因为生病又到巴登疗养去了，她把儿子卡尔也带走了，莫扎特便可以专心在小凉亭里创作。
由于席卡奈德尔老追着莫扎特要歌剧，他没有时间到巴登为康施坦莎办一些小事。她又要生了，莫扎特感到很焦急。幸亏在这年年初时，他收了一个名叫弗兰茨·克萨韦尔·居斯迈尔的年轻人跟他学作曲，这位年轻人可以利用业余时间来为他跑跑腿。
后来，这个青年人成了莫扎特的真传弟子。7月26日，莫扎特在他的小儿子降生之前及时赶到了巴登。这孩子取名弗兰茨·克萨韦尔·沃尔夫冈。莫扎特夫妇共生了6个孩子，只活下来这个儿子和卡尔。
1791年9月30日，《魔笛》在维登剧院首次公演。
在公演前，剧院经理已把海报贴到剧院门前最醒目的地方。席卡奈德尔在海报中有意突出了莫扎特宫廷作曲家的身份，借此来抬高一下自己。
剧院经理的广告，对于招徕观众，收效甚大。《魔笛》首演的那天，维也纳人或乘车或步行，络绎不绝地涌向位于郊区的维登剧院，一些达官贵人也不惜屈尊来到这里。
剧院大厅里熙熙攘攘，有穿着华贵的贵族显宦，有衣冠楚楚的文人雅士，也有浑身珠光宝气的贵妇名媛，但更多的是粗衣布衫的普通市民。人们对这位年轻作曲家的这部独具风格的新作，怀着极大的兴趣，焦急地等待着歌剧的开演。
帷幕拉开，观众为莫扎特抱病前来，亲临现场指挥演出而热情欢呼，掌声经久不息。
剧情随着乐曲而展开。优美的、扣人心弦的、精彩无比的旋律，连同那奇异的、扑朔迷离、梦幻般的剧情，把人们带入一个绚丽多彩的音乐世界，给人以莫大的美的享受，并激起人们无限美妙的遐想。《魔笛》演出的布景、道具也华丽别致，使观众大饱眼福。
终场，台上的布景显现出星光闪烁的夜空。突然，电闪雷鸣，震得夜女王浑身颤抖，这个要与萨拉斯托罗和全人类为敌的黑暗势力的代表，终于在雷鸣声中跌入黑暗的深渊。
雨过天晴，一轮红日冉冉升起，象征光明的萨拉斯托罗周身祥光万道，在埃及祭师们的簇拥下走上舞台，他以洪亮的、铿锵有力的声音唱道：“阳光驱散了黑暗，消灭了鬼王的魔力。”
接着是众祭师合唱：“光荣属于你们，伟大的神圣！你们驱除了黑暗，你们威力无比，美和光明永存！”
这些富有煽动性的声音，几乎成了舞台上的又一次“暴动”。全剧演出产生了极为强烈的戏剧效果。
此时，全场起立，掌声雷动，观众情绪异常亢奋高声呼喊：“大师万岁！”“莫扎特万岁！”欢呼声响彻大厅。
《魔笛》轰动了全维也纳，每天晚上，维登剧院前人来人往，摩肩接踵，车水马龙，热闹非常。场场演出都赢得观众长时间的掌声和欢呼声。人们谈论的中心话题是《魔笛》，嘴里哼的是《魔笛》中的乐曲。就这样，到第二年11月3日演满了100场。
《魔笛》是莫扎特歌剧创作中的重要代表作，也是奥地利民族歌剧发展的重要里程碑。《魔笛》的成功使席卡奈德尔干瘪的衣袋又鼓得装不下了，席卡奈德尔咧着嘴笑，而脸色苍白的莫扎特却病倒了。人们绝对不会想到，《魔笛》竟是莫扎特去世前上演的最后一部大型歌剧。
