众所周知，朱元璋为了巩固一姓之天下，为了永保江山万代，兴起了两次大规模的政治屠杀，也就是著名的胡蓝党狱，经过这两次集中杀戮之后，活跃在14世纪中国政坛长达30年的淮西政治集团土崩瓦解，不复存在。然而，这两次屠杀也只不过是朱元璋杀戮功臣庞大计划中的一个重要章节，并非全部。其实，如果细细读来，朱元璋早在洪武七年就开始有计划地清洗功臣了，只是因为那时候数量较少、手段比较隐蔽、方法比较柔和，所以，并不引人瞩目。
洪武十年之前，朱元璋前后一共杀害了两名功臣，如果把死因不明的刘伯温算上，则有三个。他们是淮安侯华云龙、德庆侯廖永忠，他们两个人的罪名都是违制。华云龙是因为“据元相脱脱第宅，僭用故元宫中物”得罪，《明史》上没有说明华云龙的死因，只是含糊地说他“未至京，道卒”，但是，也语焉不详地道出了一点细节——“召（华云龙）还，命何文辉往代”。何文辉是何许人也？只要看一下他在《明史》的本传就知道了，这是一个和李文忠等人齐名的军事特务，是朱元璋的义子，长年负责代替朱元璋监管统军诸将的类似于后来的锦衣卫头子似的人物，以他这样的身份被派到北平显然是特别具有深意的。据考证，华云龙是被赐死的，死得也还算是体面，因为随后朱元璋让他的儿子华中接替了侯爵，功臣没有除爵，应该是洪武朝的“善终”。
德庆侯廖永忠是兄弟共同辅佐朱元璋，特别值得一提的是，廖永忠为朱元璋办了一件大事，那就是奉命凿沉小明王韩林儿的坐船，给朱元璋解除了后顾之忧。然而，朱元璋为了掩盖自己的真实意图，居然没有封给廖永忠上赏，当然，理由还是老一套，就是亲近儒生、窥测朕意等。当初鄱阳湖之战，廖永忠几乎杀身于鄱阳湖，朱元璋手书“功超群将，智迈雄师”赐给廖永忠，而后平蜀，以永忠军功最高，呼之为“傅一廖二”（意为傅友德第一、廖永忠第二）。洪武八年，廖永忠因“僭用龙凤诸不法事，赐死”。五年之后，儿子廖权才被允许袭爵，而廖永忠的孙子廖镛兄弟是方孝孺的弟子，后来奉命劝降方孝孺，不果被杀（理由居然是给方孝孺收尸）。
朱元璋本人出身寒微，深知民间疾苦，所以，比较痛恨官吏违法的事情。他执政期间处分贪污、挪用、空印、盗饷等罪行最重，不惜以骇人听闻的“剥皮实草”置之。因而，即使功臣如傅友德、周德兴等人以功乱法也是朱元璋不能容忍的。朱元璋自己的驸马因为乱法而被处死，因此，其他人更加不在话下。可是，唯独像所谓的僭越龙凤这一类的事情最为模糊，类似于莫须有，比如后来明成祖嫉恨耿炳文，就指使陈瑛以这样的罪名揭发耿炳文，以致耿炳文自杀，可见，这种罪名其实完全可以说是欲加之罪，和朱亮祖等人的罪过有本质的区别。不过，联系到华云龙赐死，当年朱元璋颁发的《资世通训》中警告臣僚“勿欺、勿蔽”的话语时，也就不难理解廖永忠和华云龙的取死之道了。
刘伯温的死是比较离奇的，刘伯温和杨宪都是淮西集团的眼中钉，所以，刘伯温虽以大功，只封伯爵，而且，在洪武初年就辞仕还乡了。按照朱元璋和刘伯温的次子刘璟的对话，刘伯温是死在胡惟庸的手中。但是，洪武八年刘伯温死的时候，胡惟庸正是宠信正隆、如日中天，刘伯温入京的原因按照《明史》的说法是胡惟庸离间朱元璋造成的，《明史》作者同时比较晦涩地指出：“帝虽不罪基（刘伯温），然颇为所动，遂夺基禄。基惧入谢，乃留京，不敢归。”刘伯温活着的时候就被夺取爵位，处分显然相当严重。刘伯温辅佐朱元璋，屡出奇谋，朱元璋当然不能不考虑他的存在的合理性和非合理性的比例。而刘伯温能够接胡惟庸推荐的医生之药而不疑，自然是医生来得有背景。这点，刘伯温自己有过预见：“我欲为遗表，惟庸在，无益也。惟庸败后，上必思我，有所问，以是密奏之。”所以，刘伯温的后人见到朱元璋从来只提胡惟庸的毛病，一语不及朱元璋，联系到后来的徐达、李文忠的死因之蹊跷，得证刘伯温之死也应该不是胡惟庸这一层面的人物能够下手解决得了的。
朱元璋建立明朝之后，一直以元朝的弊政作为提醒自己的名言，他多次表态说：“元之大弊：人君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。”（《明太祖实录》卷五九）从朱元璋称吴王时期，李善长、徐达就是中书省的右左丞相，但是，到了开国后的洪武四年，朱元璋让李善长致仕。徐达虽然还一直兼任着中书省的丞相，但是，他长年领兵在外，并不参与朝政。这时，朱元璋的亲信是汪广洋、杨宪这几个人，随后，杨宪被淮西集团构陷遭杀头，汪广洋成为朱元璋的实际办事的丞相，朱元璋把他比作张良一流的人物。此时，胡惟庸进入了宰执的行列。
胡惟庸是在朱元璋起兵后的第三年投靠朱元璋的，他是安徽定远人，是淮西集团核心的籍贯，李善长也是定远人。沐英也是定远人，当时有人写诗比喻淮西集团是：“马上短衣多楚客，城中高髻半淮人。”胡惟庸在朱元璋手下混了12年也才做到县主簿，但是，后来由于李善长的援引，很快被提拔到了中书省参知政事，而后又代替汪广洋出任中书省左丞。杨宪死后，胡惟庸逐步得宠，朱元璋问策于刘伯温关于宰相的人选时已经把胡惟庸列在其中，这还是洪武三年之前的事情，可见，胡惟庸当时在朱元璋眼中的地位了。
但是，包括胡惟庸、李善长在内都不明白朱元璋的本意。朱元璋其实早就不想设置宰相了，他之所以让李善长罢相，贬逐汪广洋，并不是为了给胡惟庸腾出空间，而是给自己兼任宰相制造口实。这点只有聪明的汪广洋读懂了，所以，朱元璋让他回来做右丞相以钳制胡惟庸的时候，汪广洋只是喝酒，不问政务。联系到汪广洋之前的“屡献忠谋”，几乎很难令人理解，而实际上，汪广洋看透了朱元璋的本意，也正为此，朱元璋后来才下决心整死汪广洋。
胡惟庸之所以被提拔重用，并不完全是李善长的功劳。朱元璋在用人行政上从来都是不肯假手于人的，何况像宰相这样重要的位置。朱元璋虽然依靠淮西集团起家，但是，一旦大功告成，这个羽翼丰满的政治军事集团就成为朱元璋在背的芒刺，必欲除之而后快。李善长是淮西集团的文臣的头子，经年经营地盘，已经形成了独特的政治势力，所以，朱元璋虽然口头上说善长“功甚大，宜进封大国”，而暗中则指使汪广洋、陈宁弹劾李善长，败坏李善长的政治声誉。胡惟庸不过是朱元璋原来帐下的一个文书，朱元璋正是看中了胡惟庸并无党羽而且又是李善长阵营的力量，才决定把胡惟庸抬起来以制约李善长的。然而，他没有想到胡惟庸居然不能体会皇帝的本意不过是想把宰相变成高级秘书、帮办的宏伟战略意图，反而加紧和李善长搞好个人关系，这让朱元璋不能不紧张，不能不恼火，不能不重视了。史称胡惟庸“尝以曲谨当上意，宠遇日盛，独相数岁，生杀黜陟，或不奏径行。内外诸司上封事，必先取阅，害己者，辄匿不以闻。四方躁进之徒及功臣武夫失职者，争走其门，馈遗金帛、名马、玩好，不可胜数”。胡惟庸的所作所为和朱元璋骨子里的指导思想“至尊之位，操可致之权，赏罚予夺，得以自专”已经完全南辕北辙了，皇帝不杀他已经不行了，有点儿时不我待的感觉。
朱元璋的步骤很紧凑，先是杀了他一直觉得不对劲的汪广洋，然后让涂节上表告变，说是胡惟庸联络陈宁等人准备造反，就此杀掉了一大批功臣宿旧，包括依附胡惟庸的官员和六部官属。大小官员被处死者多至一万五千余人，而后在洪武十九年究治胡党，竟然编造出了胡惟庸通倭的证据，就此又杀了唐胜宗、陆仲亨、费聚、赵庸，最后连李善长也成了胡党最后的党徒。其中，吉安侯陆仲亨17岁开始追随朱元璋起义，朱元璋说他是“此我初起时腹心股肱也”，而后在所谓的谋反审讯过程中，朱元璋明明知道陆仲亨并不是什么真正意义上的大逆不道，仍然编造了一个借口说：“朕每怪其居贵位有忧色。”这简直就是莫须有的罪名了。平凉侯费聚连儿子费超的命都给朱元璋赔进去了，反过头来还要被朱元璋说是胡党，朱元璋说：“聚曩使姑苏不称旨，朕尝詈责，遂欲反耶！”陈年的老账都翻了出来，可见，费聚不死都不行。这点就是《明史》的作者都看不过眼去。
在胡惟庸死后，朱元璋毅然废除了丞相制度，暴露出他蓄谋已久的真实想法。
李善长的弟弟李存义虽然和胡惟庸有姻亲的关系，但是，并没有把李善长牵连进来，只是贬斥了李存义而已。但是，李善长不知是什么缘故居然没有谢恩，这让朱元璋老大地不快活，联系到洪武初年李善长的种种骄横的做法，朱元璋准备对李善长动手了。
对付李善长这样的功臣，自然不能像对付胡惟庸那样简单。偏偏李善长因为建造府邸的缘故向汤和借了三百人使用，让汤和给告发了，善长又给丁斌求情。这让朱元璋抓住了把柄，用严酷的刑讯逼供丁斌，得出了李存义奉了胡惟庸的口信请李善长加入谋反同盟的所谓证据，还有李善长不举报胡惟庸交通倭寇的旁证，总之，一个家奴居然把主人在密室内说的话都举报到了御前。
朱元璋这才从容地下命令说：“善长元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望，心怀两端，大逆不道。”然而，还是不杀善长，直到有司说星变，需要杀大臣消灾，于是，李善长为了朱元璋做了最后一次贡献，全家70多口人同时被杀。李善长时年已经是77岁的人了，赐死给予全尸，算是朱元璋对这位开国辅运推诚守正文臣、特进光禄大夫、左柱国、太师、中书左丞相，封韩国公，岁禄四千石，子孙世袭，予铁券，免二死，子免一死的多次称之为“赛萧何”的最大功臣的酬劳。
李善长冤死之后，郎中王国用上表抗言，以朱元璋的暴烈的性格竟然也理屈词穷，无言以对。
胡惟庸一案标志着淮西集团文官势力的基本铲除殆尽。下面的目标就是武将势力了。
明初武将的首领是徐达、常遇春，洪武三年之后，将领经常统兵在外，剿灭北元势力的也就是徐达、李文忠、邓愈、汤和、冯胜等人。洪武十八年，徐达、李文忠死后，克靖沙场的基本就是冯胜、傅友德、蓝玉三人了。其中，蓝玉成为明太祖朱元璋晚年军事上的主要助手，朱元璋把他比作卫青，可见信任之专，宠遇之隆。然而，也就是因为这个开平王常遇春的内弟、淮西集团军事首领，在朱元璋临死前的几年中，竟然掀起了一起比之胡惟庸一案更大的政治谋杀案。
蓝玉本人，史称：“饶勇略，有大将才。中山、开平既没，数总大军，多立功。”特别是在洪武二十一年，蓝玉大败元军于捕鱼儿海，“杀太尉蛮子等，降其众。元主与太子天保奴数十骑遁去。玉以精骑追之，不及。获其次子地保奴、妃、公主以下百余人。又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人，男女七万七千余人，并宝玺、符敕金牌、金银印诸物，马驼牛羊十五万余。焚其甲仗蓄积无算”。这是明朝建国之后对北元取得具有决定意义的关键一战，至此，北元一蹶不振，不敢再与明朝正面相较于北方。洪武二十四年（公元1391年），元降将月鲁帖木儿在建昌起兵反。蓝玉领兵平乱，擒月鲁帖木儿父子，送京师处斩，进封太子太傅。蓝玉早年追随沐英、傅友德、冯胜等人或定云南，或平蜀中，或征沙漠，军功显赫无比，朱元璋以大将军冯胜获罪在军中任蓝玉为大将军，恩比徐达、常遇春。但是，蓝玉本人是一个赳赳武夫，对待朱元璋的宠信显然估计不足，以为可以就此子孙万代了，所以，经常暴露出功臣素有的骄纵来，“黜陟将校，进止自专”，平北归来，就有人告发蓝玉逼奸元妃，又闯喜峰口，蓝玉以军功最大，封为太傅，本人居然说：难道我不配做太师吗？蓝玉的干儿子实在太多，这和元末起义军的传统有关，朱元璋的干儿子据说就有数十人之多，关键是蓝玉的这些义子平素狗仗人势，四处惹是生非，御史告发他们，蓝玉一怒之下把御史给赶跑了。朱元璋曾经在颁发给蓝玉的铁券中写进了蓝玉的不法之事，在于警告蓝玉安守人臣之分，但是，蓝玉并没有引起重视。洪武二十五年，太子朱标死，皇长孙朱允炆孱弱，朱元璋开始对功臣的存在倍感不爽起来，而这时候，一贯干犯法度的蓝玉成为首当其冲的靶子。
早在洪武十三年胡惟庸一案初起时，朱元璋就开始有计划地诛杀武将了，只是还没有大规模地铺开而已。洪武二十三年先后杀了陆仲亨、费聚等人之后，朱元璋的态度已经相当明显，特别是洪武二十五年八月，借故儿子不法杀害老朋友江夏侯周德兴一事在功臣中引起很大的波澜。在朱元璋的老乡和朋友中，幼年和朱元璋关系最好的就是周德兴和汤和，周德兴年长，朱元璋呼之为兄，洪武十四年五溪蛮乱，朱元璋不顾周德兴年高，仍然请周德兴出面，还给周德兴戴了一顶高帽子，说德兴是马援和赵充国。后来，福建有事，朱元璋又找到周德兴，说得更加恳切，“福建功未竟，卿虽老，尚勉为朕行”，结果，周德兴仍然不免被赐死的下场。即使是这样，蓝玉也没有感觉到朱元璋的屠刀正在逼近自己。当然，朱元璋并不会因为蓝玉的浑然不觉而放弃屠杀。相反，则加快了屠杀的步伐。
洪武二十六年，锦衣卫指挥使蒋瓛受命告发蓝玉在私第蓄养家奴披甲，将有变。又拘审元将纳哈出之子察罕，追讯蒙古降将与蓝玉来往事。朱元璋以谋反罪将蓝玉处以磔刑，牵连到十三侯、二伯，前后诛杀二万余人，军中为之一空。和胡惟庸一案同样编造了里通外寇的所谓证据，而编造的手法比之胡惟庸一案更差。在明末清初谷应泰所著的《明史纪事本末》中就公开怀疑蓝玉谋反的真实性，谷应泰指出蓝玉之死是由于朱元璋“遂疑尾大之图”属于“傅会难明之事”，最为朱元璋隐讳的《明史》作者也不相信蓝玉的谋反，仍把蓝玉归入本传系列，而没有像胡惟庸那样列入奸臣传中。
蓝玉死后不久，定远侯王弼就对傅友德说：“帝晚岁峻诛杀，我辈几无噍类矣。”结果，谈话被朱元璋侦知，王弼被赐死。王弼人称“双刀王”，骁勇善战、万夫莫当，连常遇春都对他礼敬有加，女儿嫁给朱元璋的儿子楚王，以亲家的身份犹不能免于一死。王弼死后，朱元璋索性一不做二不休，把最后的两员功勋赫赫的名将冯胜和傅友德也给杀了。傅友德其人能征惯战，为诸将之冠，曾经三易其主（刘福通、明玉珍、陈友谅），最后选择跟定朱元璋，史称傅友德“喑哑跳荡，身冒百死。自偏裨至大将，每战必先士卒。虽被创，战益力”，先后随从徐达、冯胜等人平定云南、四川，功勋卓著。儿子尚公主，女儿做了皇帝的孙子媳妇，阖门贵重，然而，傅友德做梦也没有想到蓝玉死后不久，他就被架到了肉案之上，成为朱元璋杀戮的对象。傅友德之死在明朝内部也被视作是冤假错案，后来，在明孝宗的时候，身为亲王的晋王亲自给皇帝上书要求给傅友德平反，但是，没有获准，直到南明弘光时才给予平反，而这时明朝已经接近灭亡了。
冯胜和他的兄长冯国用一起跟随朱元璋起兵，是有名的宿将，“诏列勋臣望重者八人，胜居第三”，仅次于徐达、常遇春，后来因为在征讨北元的过程中获罪归第。朱元璋大杀功臣时，冯胜不自安，来南京见朱元璋，朱元璋安慰他，哪知道，转过头来竟然也将其赐死。明初开国六位公爵，徐达、常遇春（实际是他儿子常茂）、邓愈、冯胜、李文忠、李善长，如果徐达坐实被暗杀的话，那么，这六个人除了邓愈早死之外，可以说无一善终。而冯胜之死最为蹊跷，连《明史》那样维护朱元璋的都不得不说“太祖春秋高，多猜忌。胜功最多，数以细故失帝意”。这样看来，冯胜既不是陷于胡蓝党狱，也不是其他的骄横不法，实在是朱元璋找茬杀人罢了。所以，谈迁在谈及冯胜之死时不无惋惜地说：“去傅友德之死才两月，开边之猛将尽矣。”冯胜和傅友德一样直到南明时期才给予昭雪，其时已经几百年过去了。
此外，我们再来看看号称是“受命而出，成功而旋，不矜不伐，妇女无所爱，财宝无所取，中正无疵，昭明乎日月，大将军一人而已”的中山王徐达的下场。徐达是被朱元璋难得在称帝之后仍然呼之为兄的功臣。徐达本人一直非常谨慎，胡惟庸想和他攀附，徐达都避之唯恐不及，所以，朱元璋对他赏赐最厚，徐达有三个女儿，长女为朱棣的皇后，次代王妃，次安王妃。长子辉祖封魏国公、袭爵，幼子增寿因为给朱棣通风报信死于建文帝之手被追封定国公，一门二公，有明一代也就徐达一家。徐达死于洪武十八年，有一种一直以来流行的说法是徐达患病不能吃蒸物，朱元璋知道以后故意赐给徐达蒸鹅，结果，疽发身死。虽然这个说法不见之于正史，但是，历来的明史专家对此都不敢轻易否定。
李文忠是朱元璋顶顶亲信的人了，不仅是外甥还是义子，数总兵权、多领征伐，国初封为曹国公，死后追封郡王、配享太庙。李文忠其人“恂恂若儒者”，亲近读书人，曾经多次劝阻朱元璋“少诛戮，又谏帝征日本，及言宦者过盛，非天子不近刑人之义”，惹得朱元璋不高兴。洪武十六年，李文忠患病，朱元璋让淮安侯华中护理医药（华云龙的儿子），结果，才几个月的工夫李文忠就病死了。朱元璋大怒，“诸医并妻子皆斩”，淮安侯华中也被责罚，继而杀掉。历史学家就指出朱元璋之杀华中是杀人灭口，《明史·李文忠传》中说“帝疑中毒之，贬中爵，放其家属于建昌卫”。试想一下，华中位在李文忠之下，年辈也在李文忠之下，从来没有恩怨纠缠，何以要毒死李文忠呢？这里面至少披露出一点，就是李文忠不是正常死亡，只不过没有交代杀害李文忠的凶手是华中还是朱元璋。但是，明眼人一看便知，所以，吴晗在著作中称李文忠死于朱元璋之手，并非虚妄。而侄子朱文正，《明史》没有明言他的死因，但是，从记载来看也非善终，所以，史家一般都取文正死于鞭刑，类同朱亮祖。
功臣中唯一得以保全首领的就是汤和，汤和为人直爽，但是并不愚笨。他自认功劳远在邓愈之上，但是酬庸却在邓愈之下，所以借着喝酒的时候，向朱元璋发牢骚，自谓“左顾则左，右顾则右”。后来发觉朱元璋不愿同功臣始终，所以，立刻敛容谢罪，态度一直非常恭顺。特别是徐达、李文忠死后，汤和自解兵权，再加上揭发李善长立功，所以，死后封为郡王，享受李文忠一样的待遇。不过，以汤和的谨守，如果不是在洪武二十八年这个关键的年份上死掉，恐怕也不见得一定能死于枕上。这点从汤和的后裔自汤和死后居然四十年不得袭爵的结果就能看出来了。汤和的爵位直到孝宗时才录以世袭指挥使，嘉靖十一年也才奉还侯爵。武将中还有一人也是比较幸运的，那就是沐英，不过，那是因为西南军务紧要，离不开亲信，所以，朱元璋才放手让沐英世领云南，为明朝之屏藩。
再有，《明史》中记载宋濂的死因是病故，因为得力于马皇后的担保，而谈迁在《国榷》中则记为其自杀（《国榷》卷七）。清代学者赵翼说朱元璋“借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有”，可谓定评。司马温公在《资治通鉴》中关于杨坚的评论基本取自《隋书》，因为他看不惯杨坚对待功臣的做法，假如温公活到明代之后再来修史，岂不是要给朱元璋的所作所为气死了。
