镇南关大捷使清军在中法战争中转败为胜，此时在越南的法军再也无力进攻清军，反而在越法军要受到清军的严重危胁。就在冯子材等准备大举进击越南时，李鸿章电令冯子材就地守御，无朝庭旨意不可再战。此令一出在越南的清军将士捶足顿胸，大骂李鸿章误国。刘飞扬早已心知肚明多言无益只是偷偷告诉刘洪恩收拾行装准备返闽。
仅过四日，1885年4月4日，大清海关总税务司英国人赫德在清政府同意下，派其僚属英籍中国海关驻伦敦办事处税务司金登干赴巴黎促进中法和议，金登干马上和法国外交部政务司司长毕乐在巴黎匆促签订停战协定。之后，清庭下令北越驻军分期撤退回国；法国亦解除对台湾和北海的封锁。中法战争至此停止，慈禧太后颁发了停战诏令。
战争结束了，刘飞扬向冯子材等告辞，诸将也知战打完了他是要走的，虽然所处时日不多但对刘飞扬却是敬重异常。此次镇南关大捷如果没有他的屡屡建议，没有他的数挽危局，真不知他们是否能大胜。刘飞扬对冯子材等众将也是佩服，虽然他们有种种不足但那悍不畏战、誓死杀敌的精神亦是可佩。在镇南关内，刘飞扬依依惜别诸人，跨上俊马和刘洪恩等数人先行离去。
烈马振蹄，尘土飞扬，数人挥鞭向东方驰去。才行了数里就看见前方有数人横在路中，刘飞扬驰近一看却是刘永福等几位黑旗军将领。拉住缰绳，停下跨下战马，刘飞扬一抱拳道：“刘将军怎么在此地，在镇南关时我还念叨着怎么不见将军呢。”
刘永福走近刘飞扬，牵住马缰道：“刘大人，未在镇南关践行还望勿怪，不知能否借一步说话。”
刘飞扬奇怪刘永福有何需与自己私语，他点点头下马让刘洪恩等先休息一下，自己和刘永福走进道旁林中。
突然刘永福向刘飞扬跪下，刘飞扬吓了一跳忙要扶起他。刘永福却是不动，对刘飞扬道：“刘大人，还望念黑旗军与大人生死一场，救我黑旗军一条生路。”
刘飞扬不明所以问道：“此次中法大战，黑旗军出力不少何来生死之忧？”他拉起刘永福。
刘永福缓缓立起身说：“刘大人不知，我黑旗军原是太平军一部，天国败后我军逃到越南。幸得越南王收留，朝庭也需我等对付法人所以暂抚了我黑旗军。如今法人虽败但恐越南还是不保，越南如为法人占据我黑旗军还如何在越南立身，所以在此等候大人，求大人给我指一条明路。”
刘飞扬一听明白了，刘永福是怕朝庭鸟尽弓藏，不过朝庭如何再让太平军余孽存世，朝庭如是遣散黑旗军就是对它最大的恩惠了。心中一念，忽然想起刘永福最后好像到了台湾，或许这就是黑旗军的出路。黑旗军留在何地朝庭都难放心，把此孤悬一隅或是可行。
刘永福见刘飞扬不语，就道：“此事确实难办，让刘大人为难了，缓了大人的行程多有得罪，就此拜别，祝大人一路顺风。”
刘飞扬叹了一口气说：“刘将军勿怪，这大清天下确实难容黑旗军不过唯有一地或可收留只是此地太僻恐将军不乐意。”
刘永福一听大喜，只要能有地方收留哪还能挑三捡四，忙问到：“能有一地可留就好，不知是何处？”
“台湾。”
他没想到也是和法军大战之处，虽然台湾是一岛屿，孤悬海外但并不贫苦与越南比起来不知好了多少倍。他诺诺道：“台湾可收留我黑旗军？”
刘飞扬说：“刘将军可依此功向朝庭奏请愿意助守台湾，台湾海外之地朝庭或能应允。我也会休书一封让台湾的铭帅多加帮忙但事能不能成可就不得而知了。”
刘永福拜谢，如此或能保其黑旗军。
辞别了刘永福，刘飞扬奔马快走，昼行夜伏赶往福州。五月初，刘飞扬返回福州，此时他暂无事情就在左宗棠身边协助福州船政局的重建杂事。不久就传来朝庭任命李鸿章为谈判代表，与法国政府代表、驻华公使巴德诺在天津开始谈判中法正式条约。左宗棠一听又是李鸿章叹了句：“安南之胜恐又无果，李鸿章将误国已。”说完连连咳不已。刘飞扬轻拍后背，左宗棠用手巾擦示嘴角，赫然鲜血粘在手巾上，刘飞扬大惊不已。
6月9日，李鸿章和巴德诺在天津签订《中****订越南条约》，即《越南条款》或《中法新约》，又称《李巴条约》，共十款，主要内容是：清政府承认法国对越南的保护权，承认法国与越南订立的条约；中越陆路交界开放贸易，中国边界内开辟两个通商口岸，“所运货物，进出云南、广西边界应纳各税，照现在通商税则较减”；日后中国修筑铁路，“应向法国业者之人商办”；此约签字后六个月内，中法两国派员到中越边界“会同勘定界限”；法军退出台湾、澎湖。
至此中法战争，大清胜而不胜，法国败而不败，前方将士用命，后边朝臣卖国。
一日，左宗棠突召刘飞扬至书房，对他说到：“飞扬，有一事和你商议，你考虑考虑。”
刘飞扬恭敬道：“老师，有何事吩咐就是，学生定尽力而为。”
左宗棠摇摇手说：“不，这事关系你的前途还需你自己决定。为师病入膏肓，恐将不久，趁我还活着已也该为你打算打算了。我决定向朝庭举荐你为上海县令，只是你已是五品让你去当七品县令不知你意下如何？”
刘飞扬一愣，让自己去上海。上海虽是一县但此时它已是东方大都会，从开放为通商开岸以来日新月异，近五十年的发展使它成为中国最现代的城市。同时，各方势力也在此汇聚，华洋混杂，情况很复杂，自己年纪轻轻能震的住各方吗？
但又一想，如果真能控住上海那自己将实力大增，李鸿章不就是从上海发迹的吗。
左宗棠见他不语，就道：“怎么不愿去？”
刘飞扬道：“不，不是。只是老师身体如此，我岂忍心远行。”
左宗棠宽心一笑，放心说到：“你该去闯闯天下，我这个孤老头不用你陪。”
刘飞扬心有遗虑道：“上海为李鸿章老巢，他岂能让出，此事恐怕不易。”
左宗棠说：“此事你不用担心，两江总督曾国荃与我同是湘军旧部，我会请他帮忙。同时我会写信让刘铭传和冯子材等也出出力，有这些刚立了功的人举荐又能有加几分胜算。而且李鸿章现在控了北洋，他再占着南洋重镇上海与理不合，何况朝庭能安心李鸿章势力不断扩大。你放心这事我去办，你准备准备此事不出数日就当有结果。”
刘飞扬拜谢左宗棠，心中窃喜。
