（万历四十年三月辛丑），右给事中彭惟成疏陈时政言：『……倭夷犯顺，侵我属国，抗我王师，剽我海泊。臣闻彼得我福船价千金、乌船数百金、「批点通鉴节略」四十金、「舆记」二十金，焰硝、金铁皆二十倍于土价，而他锦绮、器物不过数倍。此其诱我邪民、构我利器、习我舟楫、侦我虚实，勾诱呼应；而我可无衣袽之戒乎』？因言「沈有容在闽，能越海数日歼倭众于东番，东番自是敛戢，倭亦戒不敢掠至闽且十年，皆有容之力也」。
（六月戊辰），以防海功，赏浙江巡抚高举银、币，升俸一级，总兵官杨崇业、副使宁瑞鲤等有差；仍增通倭海禁六条。
抚臣以盘获通倭船犯并擒海洋剧盗奏言：『防海，以禁通倭为先。而闽、浙实利倭人重贿，遂至绳绳往来为倭输款；嘉靖间王直等勾倭之余烈，可镜也。臣檄行文武官密为缉访，亡何金齿山、定海、短沽、普陀等处屡以擒获报至。杭之惯贩日本渠魁如赵子明辈，亦并捕而置之理；累累多人，赃真证的。但往者通番律轻，人多易犯；乞敕法司将前项走倭者、出本者、造舟与操舟者、窝买装运与假冒旗引者以及邻里不举、牙埠不首、关津港口不盘诘而纵放者并馈献倭王人等以礼物者——他如沙埕之船当换，普陀之香当禁、船当稽，闽船之入浙者当惩，酌分首、从，辟、遣、徒、杖；着为例』。部覆「如议」以请，上是之；
并谕：『新定条例与旧例并行，永为遵守；仍着抚、按官刊榜晓谕。有违犯的，依例重处，不得纵容』。
（庚午），浙江总兵官杨崇业奏「侦报倭情」言：『探得日本以三千人入琉球，执中山王，迁其宗器。三十七、八两年，迭遣贡使，实怀窥窃。近又用取对马之故智以愚朝鲜，而全、罗、庆、尚四道半杂倭奴矣。嘉靖之季海禁大弛，遂有宋素卿、徐海曾一本、王直之徒为之祸始；今又十倍往时。宜敕海上严加训练，着实举行。至于稽查海外夷使，责在抚、道；并移咨朝鲜国王严禁倭奴之入全、罗、庆、尚者，一如中国之禁』。从之。
（七月己亥），福建巡抚丁继嗣奏：『琉球国夷使柏寿、陈华等执本国咨文，言王已归国，特遣修贡。臣等窃见琉球列在藩属固已有年，但迩来奄奄不振，被系日本；即令纵归，其不足为国，明矣。况在人股掌之上，宁保无阴阳其间！且今来船只方抵海坛，突然登陆；又闻已入泉境，忽尔扬帆出海：去来倏忽，迹大可疑。今又非入贡年分，据云以「归国」报闻；海外辽绝，归与不归，谁则知之！使此情果真，而贡之入境有常体，何以不服盘验、不先报知而突入会城？贡之尚方有常物，何以突增日本等物于硫磺、马、布之外？贡之赍进有常额，何以人伴多至百有余名？此其情态，已非平日恭顺之意；况又有倭夷为之驱哉！但彼所执有词，不应骤阻以启疑贰之心。宜除留正使及夷伴数名，候题请处分；余众量给廪饩，遣还本国。非常贡物，一并给付带回：始足以壮天朝之体』。因言「闽中奸民视倭为金穴，走死地如骛；绝兴贩以杜乱萌，又今日所宜急图」。章下礼部，覆如抚臣言。
（八月丁卯），兵部言：『倭自釜山遁去，十余年来海波不沸；然其心，未尝一日忘中国也。三十七年三月，倭入琉球，虏其中山王以归；四月，入我宁区牛栏，再入温州麦园头；五月，入对马岛，倭酋云苏等来致其国王源秀忠之命，欲借朝鲜之道通贡中国。三十八年闰三月，薄我宁区坛头，又两遣伪使觇我虚实。今四十年，琉球入贡者夹杂倭奴，不服盘验——见于福建所报；平义智称其国王家康，欲遣近臣入朝鲜——见于辽东所报。封豕长蛇，其衅已见。数十年来倭所垂涎者，贡耳。故既收琉球，复纵中山王归国以为通贡之路；彼意我必不入倭之贡，而必不逆琉球之贡，或仍如三十八年纳毛凤仪、蔡坚之事。总之，倭不可不备；备非徒设，在务得其情以制御之。盖洪武中廖永忠曰：「倭夷窜伏海岛，来如奔狼、去若惊鸟，欲请添造橹船，沿海巡徼；倭来，则大船薄之、快船逐之」。今战船非不具也，比闻倭奴之船更大于中国。彼时止以彼中倭船入寇，故我得以长技制倭于海洋；今反用大船薄我、快船逐我，岂非即我之奸民所以市倭者耶？将领非不具也，白马岛之役，我众贼寡，未闻有出而戮贼者；麦园头之败，我将方被酒卧帐中，诸军亦离次失伍去其汛地，贼遂薄我：杀掠之惨，即罪一、二将镇，何救于事！所在沿海抚、道、镇将湔此宿弊，查虚冒、习水战、严军律；而又委任得人，移驻海上，躬自简阅而劝惩行焉：庶其少有济乎！倭之桀骜似虏，而狡诈过之；闽中贡夷，必有倭之枭雄渠魁潜匿其间者。因形知情、因情知事，不测之缄固已在此，勿问异日矣。福建军门应遣熟知夷情者入海诇探中山归国否；如中山王仍有其国，则二百年之封贡，犹知戴我。如制其国中者倭也，则闽乃与浙东宁区、定海、舟山、昌国等耳；我之备倭，当又有处矣。若平义智之书，其情似不尽具于书；然固朝鲜之一大利害也。窃意倭使来，必以其众至朝鲜；边臣必不能止其众于外而独以一、二使者入，入则朝鲜之祸可立至矣。若复据事凌逼——有如咨中所言，即朝鲜之衅以乱朝鲜，因以胁其君臣而震以必从之势，且以朝鲜离携于我，可一折而入于倭，倭又岂必在舟楫之间角干戈之胜哉；则固东事之隐忧也。今应明谕朝鲜君臣控守南鄙，一以自强为主；即有倭使，第令边臣严兵待于境上，勿延入境。仍听辽镇抚臣选差晓机宜者往彼国密探情形，果否已在王京？果否人事修举？所据事凌逼何状？故曰「务得其情以制御之」也。今通倭之民所以屡禁而不可止，何也？盖禁通倭，必渔者、贾者及市籴者一切禁绝而后可；然民之生命在斯，其势不能禁绝，则通倭之船已出矣。虽然，使抚、道有司精力办此，不难也。盖通倭之船可以欺公府，不可以欺乡曲；设私造之禁、行连坐之法，则固已禁矣。然海上奸民飘大洋而出者不止一处，莫便于越。至以通番为固然，习者不怪、禁者无所施，尤莫甚于闽；不惟通倭，兼通吕宋诸国。独吕宋人狡不如倭，故犹无大患耳。不然，令生于内地者不能守其故土，已触禁而不返者既坚其戴倭之心、未触禁而思逸者又不能止其入倭之势，必有不可收拾者』。俱依拟行，仍命地方官用心料理，不得怠玩；并行与朝鲜一体备御。大约倭奴之袭朝鲜、琉球者，乃关白时事；而寻常入宁区牛栏、温（州）麦园头等处皆中国之奸民购倭中之亡赖者剽掠海澨，未尝禀仰其国王而敢狡焉大举也。通贡之说，有之；乃税使未撤时，闽人实诱之欲交通税使于闽开市；自撤后，其谋已寝矣。所称海上倭船与我国唬船等，视大东船小甚；然亦无巡船也。自以裁减取名，尽失前人规制；
而兵与船皆虚弱败坏，无济缓急：宁待将帅玩愒、士卒离次而后可忧耶！至通倭，则南直隶由太仓等处以货相贸易，取道浙路 而去；而通倭之人，皆闽人也。合福、兴、泉、漳共数万计，无论不能禁——法能禁之，则数万人皆倭，而祸立中于闽。此其故，难言之矣。若吕宋诸国，即成祖时三宝下西洋处也；倭在东，绝不相蒙。其岛眇小，无逆形；闽岁给文往者船凡四十艘，输军饷四万两，而地方收其利：不必与倭并论也。
（九月戊戌），兵部覆两广总督张鸣冈条防海五议：『一、虎头倭寇出没居水陆冲，钦把不足捍御，致有先年倭犯；应移总兵扎镇。一、澳夷狡猾叵测，宜将虎头钦总改扎鹰儿浦；仍于塘基湾等处垒石为关，守以甲士四百人，余兵棋布缉援。一、旧营、雍陌、香山、濠镜间各五十里，议掣都司、海道兵足以四百，选将肄武、更班守汛，与钦总所辖各兵营用以戍。一、严防住牧内地佛、良诸夷，仍申市禁；否则，绝之。一、添广州东、西、中三总哨，里海把总俾有统属责成，而任以谋勇武科』。俱依议行。
（十一月壬寅，大学士叶）向高（又）言：『蒙发拟福建巡抚丁继嗣一本「为琉球封贡事」，此本已经部覆，催请未发。
臣闻琉球已为倭并，其来贡者半系倭人，所贡盔甲等亦系倭物；盖欲假此窥伺中国，心甚叵测。巡抚疏中言倭将明檄琉球，挟其代请互市。又闽、浙亡命郭安国亦寄书其家，语多狂悖；不敢上闻，而抄以寄臣。东南之事，甚为可忧！乃夷使又未奉旨发遣，羁留日久；非但窥见内地之虚实，且将谓朝廷百事迟延、奏请不报，益长其骄傲之心、速其猖狂之举。今北虏未宁、四川又在告急，加以东南再有倭警，转饷、募兵将大骚动；在在空虚，何以应之！伏望圣明即赐批发』。
（乙巳），礼部覆福建巡抚丁继嗣奏，谓『琉球情形叵测，宜绝之便。但彼名为进贡，而我遽阻回，则彼得为辞，恐非柔远之体。请谕彼国新经残破，当厚自缮聚；候十年之后物力稍充，然后复修贡职未晚。见今贡物，着巡抚衙门查系倭产者，悉携归国；系出若国者，姑准收解。其来贡国人，照旧给赏，即便回国；不必入朝，以省跋涉劳苦』。得旨：『这琉球入贡事情，准照部议行。其一应海防事宜，俱着地方官悉心料理，毋致疏虞』！
（闰十一月甲戌），兵部题：『朝鲜奏解王秀等八十一人，供系自浙而闽贩货遭风；然王秀等六十三名何以复畏罪逃脱！
请将见在褚国臣等十八名解浙江巡抚衙门严鞫发落；其沈文私记日本程途、倭将名色，一并问拟具奏。在逃人犯，通行内外衙门严缉正法』。从之。
（十二月庚寅朔），兵部题：『贩海之禁，屡经申饬；不意犹有如李文美等公行无忌！迹其盘验，虽非通倭之货；但脱逃可疑，应行原籍衙门拘审。仍通行所属沿海军卫有司禁戢军兵，不许私出大洋兴贩通倭，致启衅端』。从之。
乙巳，兵部题覆福建巡抚丁继嗣、巡按陆梦祖奏：『擒获通倭蔡钦、陈思兰等，乞宸断处治，亟正重典以彰国法』。并申严海禁：「一、责成澳甲；二、责成县官；三、责成官兵；四、责成各道」。上是之，仍命依议着实行；有违玩的，查参重治 。
（壬子），兵部（又）题：『春汛可虞，海防宜急。请敕南直、浙江、福建巡抚衙门，遇春防，移驻海上；将各分信地兵将、火器、战舰、器械及堵御、策应、哨探方略逐一开报，限三月内到部。防汛毕，查核功罪具奏，覆请定夺』。……是之。
（万历四十一年二月丁未），巡抚福建右佥都御史丁继嗣疏陈防海七事：『一、择用水将。副、参、游击等官员缺，必查其曾历海上或长海滨，方与填补。有人地相宜者，不妨就近迁转，久任责成。一、督造战舰。冬汛毕日，各预先团造，以备春汛之用；春汛后，均再修造，以备轮流兑换之用。道臣不时至厂，一一验视；果系坚固，委官即与荐举纪录，以酬其劳。一、调守要区。松山系自浙入福之门户，防御尤宜加严。嘉、隆间，倭奴入犯，曾拨船兵一哨于山；久而舟师罕至，虑有海寇乘间而起。宜挑选精兵汛守此山，贼不能飞渡。一、移防险塞。三江口系闽中要地，而刘澳去三江不远；一厄此澳，则三江之捍卫益严、兴化之门庭益固。一、改设客兵。海澄界在漳、泉往来通番之地，往往有岛夷巨寇窃发于此。旧设团练机兵皆系土著，而豪右因有挂名糜饷者。宜改土易浙——而浙饷故厚，宜以浙之饷例给之，宁减勿增饷；分水陆三哨，水又分为四舟，募惯海者充之：饷不议加而兵有实用。一、团造药器。器械与火药虽岁岁造作，然器械多以白铁抵铜、火药多以沙土搭入；临时取用，百不当一。宜专委都司一员日坐局中，逐项简察，道、府官仍不时亲诣勘验；必求精致，以图实用。一、建复土堡。泉州安溪等处居民，自筑土堡营垒坚固；无事可以储蓄，有警可以藏避。宜檄行各县晓谕军民，多置土堡。倘有外侮，彼此相援：真闽海久长之计也』。下部——议可，悉允行之。
（六月庚戌），总督两广兵部左侍郎张鸣冈言：『粤与闽、浙同一防倭也，而浙未尝与夷市、闽市有往无来，彼瞭海上双凫乱飞，皆湾弧向之，无敢闯入；乃粤则与诸夷互市，而「谢绝」之难。市则夹带，倭、夷杂处；而「辨别」之难。澳夷盘据内地，近且匿养倭奴以为牙爪；则「驱逐」之难。闽、广奸人窜入澳中，搬唆教诱；则「堤防」之难。至近日白艚盛行：在闽者以贩米为名，拒之则病邻，而不拒则交通百出；在粤者以贸易为名，禁之则阻绝生理，而不禁则通澳、通倭——弊不胜究、法不胜设。然为地方弭隐忧，则必严禁曲防，毋姑息养乱之为得也』。章下所司——复议，从之。
（十月乙酉朔），浙江嘉兴县民陈仰川、杭州萧府、杨志学等百余人潜通日本贸易财利，为刘河总练杨国江所获；巡按直隶御史薛贞核状以闻，因请申饬越贩之禁：『一、巨海风浪，惟双桅沙船可恃无恐。自嘉靖年被倭后，严禁寸板不许下海；后因盐课失额，稍容滨灶小船樵捕补课。今直隶、浙江势豪之家私造双桅沙船伺风越贩，宜尽数查出，不许违禁出海；则通倭无具，私贩者无所施其计矣。一、江南与浙之定海、楚门、石塘、石浦、马墓等处、江北之通州、如皋、泰州、海门等处互相往来，是在一体禁戢，使浙江之船不得越定海而抵直隶、江北之船不得越江北而走浙江，则通倭无路而邻国不至为壑矣』。下部议可，从之。
