应该说，清廷当时的效率还是很高的。就在宣布预备立宪的第二天，慈禧太后便宣布改革官制，并任命奕劻、孙家鼐和瞿鸿禨为总司核定大臣，而参加廷臣会议的荣庆、铁良、袁世凯及地方大员如张之洞、岑春煊等人，还有出洋考察五大臣也被命随同参议。在管制改革中，争议最大的是端方和戴鸿慈关于撤销军机处、设立责任内阁的主张。军机处在清朝政治中非同小可，因为军机处是皇帝亲管的，端方和戴鸿慈的主张实际上是要在制度上限制皇权。另外，和责任内阁制紧密联系的是朝廷改设九部，即内务部、财政部、外务部、军部、法部、学务部、商部、交通部和殖务部，并在九部之外设立若干独立的机构如会计检察院、行政裁判院、翰林院等，由此需要在原来机构的基础上加以裁撤归并，并且改变原先满汉两个尚书侍郎的职位安排。实行责任内阁制牵涉到各方政治势力的切身利益，等于是一次权力的再分配。一般来说，权力的分配终归是有利于规制的制定者，因此不能不遭到那些潜在利益受到侵害的政治力量的反对。
改革中出现阻力，从来都是这个原因，而不是其他冠冕堂皇的理由。这个变动大了，不知道多少原首长会因此而寝食难安，要知道，很多人的职位可是花钱买的，你一纸方案，就要撬掉人家的饭碗？官制编纂会议在朗润园举行，同样由醇亲王载沣和庆亲王奕劻主持。在这次会议上，袁世凯显得异常活跃，他坚持以责任内阁取代军机处，设立总理，使”君主端拱于上，不劳而治“。袁世凯的意见遭到铁良等人的坚决反对甚至谩骂，远没有上一次廷臣会议上的风度了。毕竟，上一次还只是宏观方面的讨论，而这一次的方案则实实在在地触及了一些人的切身利益了，他们当然不会作任何退让。更重要的是，这次载沣明确地站在了铁良等人的一边，这让他们觉得很有底气。据说载沣在会议上也被袁世凯的提议所激怒，平时不太吭声的他甚至当着大臣们的面，有失体面地怒斥袁世凯：”你的意思是让军机大臣卷铺盖回家喽？你还不如直接说让皇上靠边站呢！这种无君无祖的话，也只有你袁世凯才能说得出来！“而袁世凯在情急之下，竟然也公然顶撞说：”这是世界上所有立宪国制度的通例，非本人之意。
“更夸张的是，据传当时载沣一怒之下竟然掏出手枪要击毙袁世凯云云。在铁良等亲贵的眼中，奕劻和袁世凯搞什么预备立宪和责任内阁，不过是想获取内阁总理的重要职位，并借立宪来为自己挽回点贿名远扬的官场名誉；而袁世凯主张责任内阁更是抱有私心，因为在责任内阁制度下，皇权要受制于内阁，万一慈禧太后去世而光绪有了出头之日，届时也不能把出卖皇帝和维新派的袁世凯怎么样，实际上是为自己留有后路。而在瞿鸿禨等军机大臣的眼中，奕劻和袁世凯等人废除军机处的目的不过是以此来排斥异己的卑鄙之举。朗润园会议结束后，反对派立刻指使御史们行动起来，他们交章弹劾奕劻、袁世凯等人心怀不轨，如胡思敬就骂立宪是”窃外国之皮毛，惑乱天下人心“，而赵炳麟则更是提醒慈禧太后说：”我皇太后、皇上仁孝为怀，不忍以圣祖高宗经营完善之天下，一旦乱于十数乳臭小儿之手。“呈请慈禧太后否定责任内阁制的提议。尽管如此，奕劻等人还是坚持了初步方案，只作了一些无关紧要的修改。
具体方案是：实行责任内阁制，设立内阁总理大臣一人，左右副大臣二人，以各部长官为内阁政务大臣；中央设十一部，即外务部、吏部、民政部、度支部、礼部、学部、法部、农工商部、邮传部、陆军部和理藩部，外加五院一府，即集贤院、资政院、大理院、审计院、行政裁判院和军咨府。上奏的当天，袁世凯还兴冲冲地跑去请训，”以备召询“，但他等了半天，上边也没有任何反应，只得怏怏地离开北京，回到天津督署。与袁世凯的消极等待不同的是，反对派的行动更为积极，也更为隐秘。御史赵炳麟开始就怀疑袁世凯的动机是为了给自己的性命之虞预留余地，而方案确定上报后，他立刻指责奕劻等人的方案是将君主大权转移到内阁，其结果是”大臣专制“取代”君主专制“。而军机大臣瞿鸿禨则更为狡诡，他在讨论时不动声色，却暗中去见慈禧太后并趁机放了一把野火，说”根据这个官制，老佛爷从此就不必为军国大事而过度操心了“。他见慈禧太后不太明白，便解释说，内阁制与军机处的性质不同，军机处所讨论的问题，事前必须请旨定夺，内阁则由会议决定后上奏。
在赵炳麟和瞿鸿禨的怂恿下，慈禧听后若有所悟，这大概就是袁世凯当天去请训而未被理睬的原因了。经过深思熟虑后，慈禧太后否决了奕劻等人的采用责任内阁制方案，而是继续保留了旧的内阁和军机处，各部院的设置则基本采用了奕劻提出的方案。
各部院设置和长官如下：外务部，总理大臣为奕劻，会办大臣那桐，瞿鸿禨为会办大臣兼尚书；吏部，尚书鹿传麟；民政部，尚书徐世昌；度支部，尚书溥颋；礼部，尚书溥良；学部，尚书荣庆；陆军部，尚书铁良；法部，尚书戴鸿慈；农工商部，尚书戴振；邮传部，尚书张百熙；理藩部，尚书寿耆；都察院，督御史陆宝忠；大理院，正卿沈家本。这一次，慈禧再一次支持了守旧派，奕劻和袁世凯的如意算盘都落空了，特别是袁世凯，他最希望的陆军部居然落到了对手的囊中，心里别提多难受了。从各部长官的人选上来看，虽然清廷标榜不分满汉，在13个部院的长官中，满人7名，汉人7名，蒙古族1名， 在人数上看似平分秋色，但仔细看的话就会发现，满人占据的大都是要害部门。由此也可以看出，满族亲贵专制化的趋向不但没有扭转，反有愈演愈烈之势，这开了一个极为恶劣的先例。慈禧太后死后，摄政王载沣后来组织的”皇族内阁“更是把这种情况推到极致，这是后话。
