褐腐病菌主要为害苹果、梨、桃、杏、李及樱桃等果树的果实。苹果和梨的果实在近成熟期开始发病，而在桃、李、杏等核果类果树的果实从幼果期至成熟期均可发病，但以近成熟期受害严重。发病初期，果面上产生褐色圆形水渍状小斑，以后病斑迅速扩大，从病斑中央长出灰白色至灰褐色绒球状霉丛，常呈同心轮纹排列，这是褐腐病的典型识别特征。病果的果肉松软，呈海绵状略有弹性。病斑扩展很快，8～10天可使全果腐烂，大多数病果早期脱落，也有少数病果残留树上，失水干缩成为黑色僵果，挂在树上经久不落。
褐腐病菌主要以菌丝在病果（僵果）上越冬，第二年形成分生孢子，可以经皮孔侵入果实，但主要通过各种伤口侵入。
防治苹果、梨褐腐病于8～9月喷50％甲基托布津可湿性粉剂800倍液，或50％苯来特可湿性粉剂1000倍液保护果实即可。在桃、李、杏等果园，发病重时，于早春萌芽前喷一次波美5度石硫合剂，或1∶2∶120倍波尔多液。落花后10天左右（发病初期）至采收前1个月，每隔半月左右喷1次50％多菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，或65％代森锌可湿性粉剂500倍液，或70％甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液，要尽量避免使用单一药剂。
