此外，许崇清很不主张把因材施教列入教育方针中去，认为个性形成是环境与教育的影响过程。
关于教育制度的改革
许崇清认为教育不能脱离政治与经济，主张革命的教育必须去与教育的革命相结合，这是他后来提出的“人类的教育是依人类的社会实践及其生产力与生产关系的发展而发展”的教育观点的早期的表现。这是他关于改革教育制度的一个指导思想。
许崇清在1917年写的《国民教育析义》中，认为国民教育的意义，从制度上是指义务教育和与之有密切关系的补习教育，师范教育而言；在内容上则指谋求政治上、经济上、教化上的国民的统一而对一般国民实施的养护、教授、训练而言。他特别介绍普鲁士国民学校各科教学内容与方法。在第一次世界大战前，德国的小学教育，称著于世，许崇清于早期对我国介绍德国国民教育情况，实富有希望普及国民教育以富强祖国的爱国主义思想。
许崇清在1920年写的《欧美大学之今昔与中国大学之将来》中，详论了英、法、德、美、日诸国的学院与大学发展的沿革，以及学位制的比较，并就欧、美的大学的异同和综合大学与独立学院职能的区别进行了分析，最后，就我国大学的建设与中等教育的配合提出了建议。他对高等教育发展的趋势具有深刻的理解，他主张大学要有教学与研究的双重任务，综合大学与独立学院办理上应有区别，理科与工、农、医等科应有密切联系。
他在1920年写的《论第五届教育联合会改革师范教育诸案》中，介绍了德、美、英、法的中等师范教育制度，并就师范大学方面介绍了师范教育宗旨的变更，即一边培养本科科学研究的实力，一边努力于教育活动的研究。最后，他提出我国中师、高师改革的建议，主张高师四年制，三年专授学术研究工作，一年则授以职业训练，中师则不主张分甲、乙两级师范学校。
他在1925年向当时的国民政府提出的《教育方针草案》中，主张教育政策要与孙中山所定下的节制资本、平均地权以及发展实业计划的政治路线相一致，教育的发达才能预期，他提出以下十四点纲领，要求加以贯彻：
1.教育行政组织的改良及统一；
2.义务教育的励行及其教育费的国库补助；
3.中等学校的扩张及其设备、教学训练的改善；
4.产业教育组织的建设；
5.乡村教育的改造；
6.民众教育事业的扩张；
7.贫困儿童就学的补助；
8.优良教师的养成；
9.大学教育内容的充实；
10.军事训练的实施；
11.宗教与教育的分离；
12.外国人经营学校的取缔；
13.革除偏重书本的陋习，励行学校的社会化；
14.打破学科课程的一元主义。
教育的内容与方法
许崇清在1926年提出的《教育方针草案》中，认为有机体与环境是相互作用的。而人更是能制驭环境及利用环境的，这种能动的适应作用，即成为一个生活的历程，也是一个教育的历程。他认为立据此来制定教育的原理，主张学校教育应当与社会生活的活动相结合，教材内容要与社会环境相联络，教育方法亦须与社会生活相一致。
许崇清积极提倡教育产业，认为革命的实际政策和新经济秩序的诸要素，要求学校教育与之相互协调，然后才能成功。主张学校内设置类似工厂和农场的境遇，使学生在日常学校生活内，取得充分实际活动的机会。他主张学校的社会化，对小学和中学加以适当的改造。在小学六年间，采用类似实际活动的设备和方法，以教授日常生活所必需的普通学科。在中学则从第一年起，六年间依产业教育的要求，逐步分化其课程，课程分化的程度，视地方生产事业而定，更由援用类似实际活动的设备和方法，渐进地与地方实际事业相联络，半工半读，毕业后，人人都成为一个具有实用常识，而且兼备科学知识的生产者。有人疑惑说：“这是偏重生产业而忽略了道德文化”。他认为对这些人现在只说一句话：道德文化都是建立在经济的基础上面的，我们所以注重生产业，并非忽略了道德文化，正是要建筑道德文化的基础。
许崇清提倡科学知识与科学技术的教育，认为这是教育的特征，同时，积极提倡科学思想的教育。他在1920年写的《今后思想家当取的针路》中，提出要学习现代科学精神，指出我国的旧学是臆测、传说或常识性，无科学的确实性，并指出今后思想家要注意科学的方法与体系，培养科学的精神。
他在1917年与蔡元培辩论时写的文章中，便最早地对我国介绍了爱恩斯坦于1905年发表的“相对性原理”的学术观点。并指出以相对性与光速度不变的假定为前提，使牛顿力学所假说的绝对空间与绝对时嗣几至不能成立，以资说明自然科学已深入发展，科学教育的内容亦应革新。
他在1934年与姜琦关于教育哲学的论战中，提出自己对唯物辩证法发展史的认识：从培根到洛克到18世纪法国唯物论者，后来费尔巴哈从黑格尔出发又背叛了黑格尔，马克思、思格斯从黑格尔哲学分离出来的时候，受过费尔巴哈的影响不少，马克思揭露了人与环境的辩证关系，是弥补了从来的唯物论的缺陷，马克思的科学认识论与方法论是统一的。他在1941年写的《不懂得唯物辩证法就真的无法开展科学运动么？》一文中，把科学发展过程与唯物辩证法的发展过程统一起来，批判了辩证法先行于科学的不正确的观点，认为把唯物辩证法和先行的科学发展阶段截然隔断，就会把从来的科学成果抹杀，把唯物辩证法的辩证历程也一扫而光。辩证法的要求，不外从全面观察对象，在现实的关系上，从各方面各种联系和媒介去认识对象，才可能获得事物真实性的全面。
在德育方面，他在1920年写的《学校之社会化与社会之道德化》中认为有机体与环境是相互作用的，要求学校要社会化，同时，社会环境也要道德化，才能实现教育的道德目的。在1949年写的《科学与道德在教育上的纠葛》中，他认为科学与道德间在本质上不是背驰的。人文主义已开始采用启蒙运动的姿态，到了18世纪，实科教育渐被重视，有新人文主义的兴起，如斐斯泰洛齐不但不排斥科学教育，而且反封建地提倡对个性的尊重，解放与陶冶。到了19世纪，科学教育更受重视，并在学校中开设科学史，有人认为这是个人修养与科学技术相结合的最好的方法。他指出，这都不能解决两者的罅隙。
他认为道德的本质在于它的社会性、历史性，道德的自然性是它的社会性的表现形式。道德是一定现实的社会规范，也是阶级的规范，未来阶级消灭，到了大同社会，科学成为道德的动力，科学与道德才能真正的实现其结合。他在20世纪30年代曾坚决地反对过广东军阀陈济棠鼓吹封建道德、强令中学生读经的反动措施。
许崇清还提倡美育和体育，他在1920年写的《美之普遍性与静观性》中，不同意蔡元培的以美育代宗教说，认为这是将美的意识与宗教和道德意识的混淆。他在20世纪20年代中叶，负责广州市教育局长期间，创办了广州市美术学校，并亲自兼任校长，培养了一大批美术人才。他也十分重视体育，主张人的全面发展的教育，应包括体育的任务。
他对年轻一代的学习态度与方法也非常关心，他在1942年写的《学园新辟告年青朋友们》中教导青年，学习不要好高骛远，对经验的科学还未摸着头绪，就高谈其哲理。批评有些人轻视我国历史文化遗产，甚至连本国语文也不肯下功夫，别字连篇，却自命巨子，武断乡曲，这副厚面皮令人难看。他鼓励青年要站在时代的前头，以坚定和强干的实践去创造我国文化的新阶段。
教师与教育
许崇清在1921年写的《教师与社会》一文中，认为想求社会进步，必定要兼施教育。教师必须有高远的见识，明白自己所做的事对于全体社会的意义。教师要研究心理学、社会学、教育学、教育史。教师还要参加各种社会事业的运动。要求把教育理论与实际联合起来，学校与社会联合起来。
他在教育的研究方法方面，认为教育理论家要注重实际，要以事实作研究的基础，以观察、实验和统计作研究的方法。
他十分重视教育哲学的研究，他在1930年写的《教育哲学是什么？》一文中，认为哲学可以说是教育的一般原理，教育可以说是哲学的具体的实行，所谓教育学，不外是一个具体的哲学，就叫它做教育的哲学或哲学的教育学也未尝不可。教育哲学就是要求解决社会实际困难的一种思想倾向。
