1934年历史转人第二次革命战争时期，国民党反动派对中国共产党领导的人民革命力量，不仅进行军事“围剿”，而且进行文化“围剿”。当时以马列主义为指导的革命思想和文化教育在与反动派的激烈斗争中蓬勃发展，对广大青年的影响日益扩大。国民党反动派“黔驴技穷”，不能不走袁世凯的老路，乞灵于尊孔读经。反动派的头面人物陈立夫、张群、何键等都竭力主张青年“读经“，才能纠正“思想”，挽救国运。当时，广东的最高统治者陈济棠计划在大、中、小学推行读经，向学生灌输封建思想。《孝经新沽》教本经西南政务委员会决定出版并交广东政府办理，许崇清受命审查及拟具推行办法。许崇清在最后写成的《孝经新法教本审查意见书》，明确提出反对读经。他起草这份意见书时，考虑此事关系教育前途，在当时环境下又不便单刀直人反对复古读经，于是用文言文来写，使意思较为含蓄。这份意见书由广东省政府转报西南政务委员会审核，使陈济棠极为难堪。1934年7月15日，意见书由香港《三民主义月刊》第四卷第一期全文公开发表。当刊物传到广州时，文化教育界人士争相阅读，奔走相告，许多学生也议论纷纷，表示不愿再上孝经课。陈济棠闻讯大怒，立即免去许崇清的省政府委员职务，许便离开广东到浙江去了。
这期间，许崇清在杭州闲居，继续从事学术研究。1936年，许崇清回广东任教育厅长。在任期间，他除整顿全省中小学校之外，大力开展农村教育。省教育厅规定，各中小学校要进行农村社会教育，对农民介绍科学知识，提高群众文化水平。教育厅与中山大学、江苏教育学院联合开办“花县乡村教育服务实验区”，并先后开办南海平洲、大沥等社会教育实验区。这种做法当时在全国也是少有的。
1937年抗日战争爆发，1938年10月广州沦陷，许崇清撤退到粤北。1939年，中山大学迁到云南澄江。1940年4月，许崇清被任命为中山大学代理校长。是年7月，在许崇清主持下，将中大迁回广东北部的乐昌坪石镇。这时，该校经两度长途搬迁，损失严重，物资缺乏，生活艰苦，但学术思想却很活跃。许崇清还聘请了洪深、李达、王亚南等一批进步学者到校任教，他本人亲自在研究院讲授辩证唯物论与历史唯物论。他们宣传抗日，抨击时弊，呼吁民主，深得广大师生拥护，却引来了当时国民党中央执行委员朱家骅及其一派的不满。他们向国民党中央执委、考试院院长戴季陶密告许崇清“引用异党，危害中大”。教育部长陈立夫便于1941年7月免去许代校长职务。同时任命张云接替校长职务，消息传来，全校震动。中大师生曾展开了“拥邹挽许拒张”运动。（“邹”，指当时在重庆养病的邹鲁校长，许崇清是代校长，“拥邹挽许”的实质是“挽许”）
许崇清离开中山大学后，出任广东省政府委员兼第七战区编纂委员会主任委员。他利用这个合法地位，掩护并依靠该机构中的大批中共地下党员和进步人士，出版《新建设》、《教育新时代》等杂志，宣传抗日、民主、进步思想，介绍马列主义，被进步人士称为“浓黑中几盏灯火”。
在学术思想上，这一时期许崇清发表的文章较多，概括起来可分为两方面的内容：第一，关于文化与科学的建设方向；第二，批判主义教育哲学。例如《“学术中国化”与唯物辩证法》、《民族自由与文化建设》、《中国当前的科学思想》、《杜威社会改造思想批判》。
1942年，正值抗日战争中期，也是蒋介石掀起第二次反共高潮的时期。许崇清鼓励青年站在时代的前头，以坚定和强于去实践去创造我国文化的新阶段。
他教育青年，学习不要好高骛远，不要对经验的科学还未摸着头绪，就高谈其哲理。批评有些人轻视我国历史文化遗产，甚至连中国语文也不肯下功夫。写文章，错别字连篇，却自命“巨子”，武断乡曲，这副脸皮令人难看。
1944年底，日本侵略军进攻韶关一带。许崇清携带家属撤退到连县三江镇。稍后，中山大学一部分师生亦由坪石突围到这里，设立了中大连县分教处。于是，在抗日战争最困难而又最临近胜利的时刻，他又和中山大学联系在一起了。许崇清在他的临时住所里，以床板为书桌，为逃难到来的学生授课。当时连县已成为日军四面包围的孤岛，随时都有沦陷的危险，但他终于在这里迎来了抗战胜利。
1945年10月初，许崇清和他的家人回到了久别的故乡——广州。1946年，中国革命进入了解放战争时期，争取政治自由与文化自由成为国民党统治区人民的呼声。1946年，他当时在广州复刊的《新建设》杂志上发表了《自由底涵义与文化底自由》一文，论述了政治民主与文化自由的关系，认为真正的彻底的民主社会，才能保证文化的自由，批评了当时中国的专制统治。这个刊物仍是以他的名义主编的，登载了许多进步学者的文章。在这一年，《新建设》被迫停刊。
1946年至1948年期间，许崇清虽仍挂有空头职衔，但实际上是做教学和研究工作。他接受中山大学和江苏社会教育学院的聘请，讲授教育哲学和哲学概论，经常来往于广州、上海、苏州、南京之间，并支持学生的“反内战”运动。
1948年，许崇清在中山大学教育研究所出版的《教育研究》上，发表了《人类底实践与教育底由来》，这篇论文是他长期以来对教育的本质进行深人研究的成果。学者认为，他的论述“发展了马克思主义教育哲学”。
1949年初，许崇清离开广州到香港。他在香港《文汇报》发表了《教育的过去与将来》等文章。中华人民共和国成立时，他参加了港九教育工作者的庆祝大会，并呼吁华南教育工作者“坚决和人民结合在一起，为建设统一、独立、繁荣、民主的新中国而斗争”。还发表了《迎接新中国教育工作者底新方向》的文章。
是年11月，许崇清回到解放后的广州，任广州市人民政府委员，并接受了广东省军事管制委员会的指派，接管私立广州大学，并担任了该校校长。
1950年6月，许崇清赴北京出席了第一次全国高等教育会议。
此后，许崇清历任全国人大代表、全国政协委员、广东省副省长，担任中山大学校长直至逝世。
中山大学的校庆原为11月11日，这是该校建立时误认为这一天是孙中山生辰所致。许崇清上任后建议将中大校庆日改为11月12日真正的孙中山诞辰这一天，经宋庆龄同意而实行。
1952年10月高等院校进行院系调整。中山大学调整成为一所以文、理科为主的大学，由广州市东郊石牌迁到南郊康乐，许崇清继续任校长。
此后，在繁忙的行政工作和政治活动中，他还坚持学术研究。1956年，在中山大学第三次科学讨论会上，许崇清作了《人的全面发展的教育任务》的研究报告。这篇报告以辩证唯物论观点深刻地阐明了“人的全面发展”的含义，分析批判了国内外有关这个问题的各种错误解释。这篇报告引起我国教育界的重视，当时学术界有人认为，这是新中国建立以来最有战斗性和科学性的教育论著。也有人认为，这是许崇清晚年的一篇最成熟的重要论著。
1958年对于当时开展的“教育革命”运动，他从哲学的角度提出了自己的见解，认为这是解决人民教育发展过程中内部矛盾的问题，应采取“渐进”形式进行，不赞成那时的政治活动方式。
许崇清具有坚持不懈的学习精神，活到老，学到老，即使到了晚年，仍坚持阅读各种学术著作。他常从马克思、恩格斯的德文原著中，找出一些句子，指出我国当时有些译本里的翻译错误以至由此而造成的理解错误。
他对国内外大事一直密切注视，曾发表支持美国黑人反对种族歧视的声明。他在60年代初期的时事学习笔记中，就曾对苏联未来十年面临的问题，提出了自己的看法，指出：如果不采取“断然行动来改进全国的农业，调整缓慢的工业增长以及促进消费品的生产”，而坚持走“偏重军事和基础工业，加强它在征服宇宙空间方面的建立威信的计划”，则会产生严重的后果。
他酷爱艺术和体育，直到晚年还经常到剧院欣赏各种演出。1964年76岁的许崇清曾参加广州市群众攀登白云山的活动。他有一手好书法，字迹清秀有力，是华南有名的书法家之一。
许崇清于1952年8月15日加人中国民主促进会。他是民进广州市委的第一任领导人。他对会务工作极端认真负责，为民进广州市委会的建设，为党的统一战线，作出了贡献。他十分怀念在台湾的教育界老朋友和中山大学校友，曾多次向台湾教育界人士发表谈话，盼望能与他们一道为发展中华民族的文化教育事业贡献力量。
1969年3月14日，许崇清病逝于广州，终年82岁。
1988年1月，广东教育界和学术界举行纪念许崇清诞辰一百周年大会，与会者将他誉为“新教育学和新中国高等教育的奠基人之一”。
