菜园新石器文化遗址，位于宁夏回族自治区南部偏西的海原县境内，地处我国第二阶梯上的黄土高原西部南华山北麓，海拔1800米，东距海原县城15公里。村前有数眼泉水（暗河）涌出，汇成“菜园河”，沿村西蜿蜒北流。多处新石器时代晚期的原始文化遗址，就分布在现代自然村周围的山、峁、梁、塬上。
当人类从森林狩猎走向陆地农耕，还过着衣不遮体的生活时，居住在海原的原始社会人类已开始了居住环境的建设与改善、衣服的缝制以及生活工具的制造。中国国家博物馆考古部与宁夏考古所在发掘海原菜园新石器遗址时发现，居住在这里的原始部落人在新石器时期就开始在地下挖洞穴居住，并且已经采用火炕取暖。他们居住的洞穴，以“窑洞之祖”名震国内外考古界。与此同时，他们还发明了用灶煮食食物和“馕炕”烧烤面食以及在黑暗中使用松明照明，还采用了先进的生产工具。他们还有着自己的图腾与神灵的崇拜，创造了光辉灿烂的新石器的原始文明——菜园文化。
考古学资料显示，菜园文化，其年代在距今5030年～3980年前后，具有自身特征，是一种典型的母系游牧民族文化。
属菜园遗存的文化在地理分布范围上大致集中在宁夏南部的海原地区，并逐渐向四周辐射到甘肃东部的庆阳地区以及清水河、葫芦河、泾河、渭河流域。西面波及甘肃兰州附近，向东北延至宁夏的平罗、内蒙古的中南部等地。在西南地区四川省绵阳市边堆山新石器时代遗址的石磨棒以及夹砂罐，乃至战国时期的遗存中仍可见菜园文化影响的影子。
菜园文化的发现为研究西北地区文化的渊源、发展和互相交流，开辟了新途径。正如考古专家张忠培先生所言：“宁夏南部，在西阴文化之后，成为西阴文化分化出的诸文化交流、碰撞和争夺的枢纽地带。这地区先是马家窑文化和半坡四期文化居民争夺之地，马家窑文化居民似乎占了优势，继而为菜园文化居民占据，从而迫使马家窑文化后裔，即半山文化居民往西发展，到了龙山时代，这里终于成了客省庄文化的分布区。客省庄文化进驻，逼使齐家文化谱系居民西迁。或许如甘肃天水市西山坪那样，客省庄文化的居民在这一地区繁衍生息，延续到了夏代，既而转化为新的考古学文化。菜园遗址与墓地的发掘，不仅纠正了以往将和它同类遗存归为半山文化甚或齐家文化的错误，为结束对这一地区考古学文化属性的混沌局面迈出了第一步，同时，更重要的是为对这一枢纽地带颇为复杂的文化变迁的认识，树立了一个可靠的科学基点。我们虽不能站在这一基点上看明白这枢纽地带诸文化交流、碰撞和争夺的全景，但它却为我们窥视这全景提供了一个重要的出发点。”
目前，菜园文化遗址已被国务院列为国家文化遗址保护单位。
