经过正常发酵产气后的沼肥，其碳氮比、腐熟度都适合农业用肥。沼气发酵氮素损失率低主要是因为：（1）沼气发酵过程中大量有机酸和二氧化碳的产生，可以与蛋白质降解矿化成氨态氮结合。
（2）沼气发酵有大量水分和酸，使氨态氮等矿化养分呈离子状态，而堆肥中的氨态氮呈分子状态，比较容易逸失。
（3）农村沼气发酵温度较低、较恒定，基本在30℃以下，而堆肥温度高达70℃，在较高温度下氨态氮难以保留。
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