第三，建设拆迁补偿和安置。城市轨道交通是线性工程，在建设过程中会遇到征地、拆迁、管线改引等情况，涉及多个部门的合作与协调。这种城市资源的协调，包括轨道交通相关周边环境的协调，只能由政府去做。
第四，文物保护。保护和利用好文物，对于继承和发扬民族优秀文化传统，增进民族团结和维护国家统一，增强民族自信心和凝聚力，促进社会主义精神文明建设，都具有重要而深远的意义。城市轨道交通建设，可能会与古建筑保护相冲突，北京市政府采取明挖改为暗挖、绕道、改变站点等各种措施，最大限度地保护古建筑免受不利影响。
三、政府投资来扶持，机制创新来筹资
（一）政府投资来扶持
北京城市轨道交通正在朝着网络化方向发展，在建设初期投资需求量大，资金回收期长，建设风险高，需要政府投入来扶持城市轨道交通发展。政府是北京城市轨道交通项目主要的投融资主体。
第一，城市轨道交通项目建设资金的筹措方案由政府确定，项目资本金由政府承担。按照国家审批城市轨道交通项目的要求，项目建设资金必须由地方政府落实，筹资方案、出资部门及金融单位对所承担资金的承诺意见应作为项目可行性研究报告报批的附件。按照建设项目业主负责制和项目资本金制的规定，地方政府自筹的项目资本金不得低于总投资的30%。落实项目资本金是项目贷款和审批的重要前提。目前，按北京市发展改革委批准的城市轨道交通投资政策，投资总额的40%由市、区两级政府按8∶2比例承担，资本金以外的60%通过银行贷款解决。例如，北京在建轨道交通项目6号线的工程总投资约314亿元，资金来源结构为：占总投资40%的资本金125.6亿元由市、区两级政府按8∶2比例承担，市政府承担100.5亿元，区政府承担25.1亿元，资本金以外的60%即188.4亿元通过银行贷款解决，市财力负责偿还。
第二，城市轨道交通项目利用国内银行贷款需要政府或其投融资平台担保。在政府财力有限的情况下，银行贷款是轨道交通项目建设资金的重要来源。根据国内银行贷款评审的要求，对于以政府为投资主体的社会公益性项目，除提供政府自筹资金落实情况的有关材料外，还要考察财政承受能力和还贷可行性，必须进行财政担保和质押担保（如收费权质押、土地出让金质押或土地质押等）。
第三，项目利用外资需要政府统借统还。由于城市轨道交通系统运营不会产生外汇收益，对于城市轨道交通项目的外汇贷款，需要政府帮助解决还本付息问题。
第四，项目招商引资需要政府提供政策支持。城市轨道交通项目的直接经济效益不明显，社会投资者不可能仅依靠运营收益收回投资及获得投资收益，往往希望地方政府用土地、税收、物业或其他权益以保障投资回报。为此，北京市发展改革委制定了相应的招商引资优惠政策和补偿政策。
北京市城市基础设施招商引资优惠政策——城市轨道交通项目
1.免交：耕地占用税、新菜田开发基金、劳保统筹基金、土地出让金、城市基础设施“四源”建设费、市政公用设施建设费、防洪费、临时供电贴费、渣土消纳费及清洁费、城市建设工程许可证执照费、合同预算审查费、招投标管理费、绿化苗木损失费、掘路及管线改移费、征地拆迁管理费、质量监督费、建设工程竣工档案保证金及占地费。
2.拆迁安置用房免交：土地出让金、城市基础设施“四源”建设费、市政公用设施建设费、防洪费，并享受城市铁路的其他优惠政策。
3.拆迁安置用房需经市计委确认后方可购买，并按先交后返的方式享受优惠政策；划拨土地建设拆迁安置用房以市计委立项批复为准；有关税费减免由各主管部门核定后执行。
4.政府制定的票价低于政府核定的运营成本，政府将予以补偿。
（二）机制创新来筹资
城市轨道交通是典型的公益性与企业性并存的行业。从公益性来看，城市轨道交通是密切关系民众出行的生活便利设施，其经营状况、服务质量及价格水平直接影响城市居民的福利水平。政府必须加大对城市轨道交通建设经营的补贴力度，从土地、财政、税收、票制票价等方面对城市轨道交通进行严格监管。从企业性来看，只要政府制度安排得当，城市轨道交通便会具备按照市场经济规律来进行投资、建设和经营管理的条件与可能性，政府可采用市场机制来实现城市轨道交通的市场化运作。
2003年以前，北京城市轨道交通的投融资、建设与运营主要采用“一体化”模式，即政府凭借自身的财政支出及政府信用获得的贷款进行项目投融资，集融资、建设、运营管理及决策权于一身。该模式导致政府财政负担过重，越来越不能满足日益发展的社会经济的需要。2003年以后，北京城市轨道交通的投融资体制、建设与运营模式发生了较大变化。北京在“政府主导、市区共建、多元化运作、多渠道筹资”思路指导下，开始尝试引入市场机制，典型案例是北京地铁4号线（PPP模式）、奥运支线（BT模式）采用的“投融资、建设、运营”模式，即“三分开”模式郝成，李静.北京、香港、纽约城市轨道交通投融资模式对比分析［J］.城市轨道交通研究，2009（1）：15-20.。“三分开”模式的实质是按照社会主义市场经济的要求，建立一种轨道交通项目的市场化运作机制。在“三分开”模式中，政府主要职责转变为进行政府引导和监督管理，让投资者在一定期限内有所回报，创造一个公开、公平、公正的市场竞争环境，使建设、运营不断适应市场化要求。投资者则通过与建设者、运营者建立起真正的商业合作关系来实现自己的投资目标，体现自己的投资理念张波，孙章.城市轨道交通的经济属性与管理体制创新［J］.城市轨道交通研究，2002（2）：6-12.。
在政府主导下，北京城市轨道交通投融资体制正在向市场化方向转变，政府部门从原来集轨道交通项目的监管者、经营者双重角色于一身的状态中解脱出来，转向更为集中的合作、监督和管理的角色。
四、加大运营价格补贴，实现可持续经营
北京城市轨道交通的建设会促进其上下游产业的发展，城市轨道交通建设在较长一段时期内将会带动其他相关产业的发展，刺激内需并拉动城市经济增长。城市轨道交通建设投资对城市GDP的直接贡献率为2.63倍，即城市轨道交通每投资1亿元，可新增2.63亿元GDP，另外还可提供8466个就业岗位，城市轨道交通项目还能带动上下游产业链和沿线配套金融、商贸、服务业的发展，土建工程、设备、各类广告业、绿化、建材等各行各业都将会从中获得大量商机。但是商机能否变为现实，很大程度上取决于城市轨道交通能否吸引大量客流。因而，城市轨道交通票价水平不能完全市场化运作，必须统筹考虑经济社会发展、居民收入水平等因素，以确保轨道交通的吸引力，使潜在的商机变为现实。
城市轨道交通票价定价的基本原则是坚持公益性定位和公交优先理念，体现政府价格手段的宏观调控作用，有效引导人口在空间上合理流动，实现人口分布的均衡化，更好地缓解城市中心区人口压力。通过低票价刺激人们选择城市轨道交通出行方式，有力缓解地面交通压力。
北京是全国最早运营地铁的城市，地铁开通至今已有40多年历史。北京城市轨道交通总共经历过7次票价调整，经历了从低到高再到降价的过程。2007年10月开始，北京地铁全网票价下调为2元后，在客流猛增的同时，地铁运营公司运营成本也随之加大，亏损部分完全由北京市财政买单。
价格补贴是指国家或社会集团向某种商品的生产经营者或消费者无偿支付补贴金，以维持一定价格水平的措施，其实质是对这些生产经营者或消费者的经济利益损失所作的补偿。由于北京轨道交通初期投资大，回报周期长，仅凭票价难以弥补其投资成本及运营成本，有必要对轨道交通企业给予运营票价补贴。基于北京市财力的不断增长，北京市发展改革委给予城市轨道交通的价格补贴逐年增长，保障了城市轨道交通的可持续经营。
