12月26日早晨，北风飕飕，天寒地冻。中等身材，面目清秀，气宇轩昂，戴着眼镜的蔡元培，踏着晨雪，来到西河沿中西旅馆拜访陈独秀。陈独秀由于前一天晚上看戏，还在熟睡着。茶房要叫醒陈独秀，蔡元培连忙摆手招呼道：“不要叫，让他睡吧，拿个凳子给我就行了。”
“好的。”茶房边答，边拿给蔡元培一张方凳。
蔡元培接过茶房的凳子便坐在房门口，边翻阅《新青年》，边静静地等候。可见，蔡校长礼贤下士，求才之心切。约过个把小时，当陈独秀起来开门，见比自己年长12岁且德高望重的蔡元培坐在门口时，觉得很不好意思，连连弯腰致歉，忙请蔡元培进房来，招呼茶房沏茶。相互寒暄了一阵之后，蔡元培十分恳切地说：“我在法国，接教育部电，令某回国，任北大校长。鄙人求才若渴，文科学长正好缺人，特意来聘请仲甫先生荣任此职，月薪300元，你意如何？”
陈独秀听了，既感动，又有些为难地说：“感谢蔡校长登门聘请的诚意，鄙人要回上海办《新青年》杂志，我看此职可聘在美国留学的胡适先生担任为好。鄙人只在芜湖公学、安徽师范高等学校、杭州陆军小学任过教，但从来没有在大学教过书，又没有什么学位头衔，怕难以胜任。”
蔡元培笑了笑说：“那没关系，把杂志带到学校里办好了，同时希望胡适先生早日回国到北大任教，若不当学长，文学教授、哲学教授、英语教授，任他选。”
“那好。我回沪稍稍整理即来京，并写信给胡适先生。”陈独秀慨然应允。
“仲甫，你回沪事办妥后，尽快回北京。北京这头你放心，我即向教育部呈文，相信会很快批准的。你来京住的地方我也会给你安排的，夫人如一同来那就更欢迎。”蔡元培关照地说。
“元培，我能否胜任，不得而知。我试干三个月，如能胜任继续干下去，如不能胜任即回沪。你看如何？”陈独秀襟怀坦白地说。
“好！就这样吧。”蔡元培望了望陈独秀，依着他说。
陈独秀回到上海后，妻子高君曼听说丈夫应聘北大文科学长时，喜上眉梢，心里乐滋滋的，她想当教授夫人多年的梦，现在终于成真的了。“夫贵妻荣”，当她再回到北京故地时，她可以以教授夫人的身份，出现在同学的面前了。
高君曼喜笑颜开地对丈夫陈独秀说：“仲甫，蔡校长真有眼力，一下就相中了你这位学长。”
陈独秀听了妻子的话，不以为然地说：“这是蔡校长的抬举，我不知能不能胜任，不要高兴得太早。”
妻子高君曼轻轻地推了推丈夫说：“这是你故弄玄虚。凭你办《新青年》的水平和能力，一定能胜任。日后家里的事不用你操心，你集中精力当好文科学长，这是多少人想当而当不到的啊！”
陈独秀接着妻子的话，也有几分高兴地说：“我这个人历来义无反顾，要么不答应，答应了的事，就要尽力去办，去办好。有了你这位贤内助，当好文科学长更有信心了！”
1917年元月，陈独秀孑身一人先行离沪赴京任北大文科学长，岳湘如设宴为他饯行时，陈独秀还再次表示：“能否胜任，不得而知。我试干三个月，如不胜任即回沪。”
岳湘如说道：“仲甫，北大任职定能胜任，不希望你三个月后回沪。”
陈独秀赴任北京后，居住在蔡元培为他安排的东池子箭杆胡同9号。这是一座普通的小四合院。陈独秀自居了三间北房，中间用雕花木隔扇分开，两边作卧室，中间会客，幽静安逸。《新青年》杂志也迁到这里，编辑室即住宅。不久吸收钱玄同、刘半农、沈尹默等人参加《新青年》编辑工作。三个月后，妻子高君曼及女儿子美，儿子鹤年也来到了北京，陈延年、陈乔年仍寄住在上海亚东图书馆，陈独秀关照汪孟邹，每月从《新青年》发行费中拿出十几元补贴他们兄弟俩勤工俭学。
陈独秀出任北大文科学长的消息传出后，震动了北大校园，一时间，赞同与贬斥之声四起，沸沸扬扬，成了人们议论的热门话题。思想激进的教师和青年学生无不欢欣鼓舞，热烈欢迎，奔走相告，赞之为北大文科的新曙光。教师中那些遗老遗少顽固派们，本来就对陈独秀在《新青年》上提出打倒孔家店，提倡白话文，鼓吹科学与民主的运动，就十分反感，存有芥蒂，现在他又任北大文科学长，他将把北大引向何处？又怎能与这位激进分子共事呢？于是，别有用心的人攻击陈独秀说：“陈先生只会写几篇策论试的时文，并无真才实学，到北大任教尚嫌不够，更不要说出任文科学长了。”
蔡元培对这些攻击态度鲜明，给予了有力的驳斥。他说：“陈仲甫先生精通训古韵学，学有专长，过去连太炎先生也把他视为畏友。”
安徽籍的教授和熟悉陈独秀的人，则热情支持陈独秀出任北大文科学长，于是也纷纷出来讲话：“陈仲甫先生在文学考据方面造诣很高，有研究著作《字义类例》一类书。”
高一涵甚至说：“仲甫先生讲文学，不在太炎先生之下”。
这样，众口一辞，才慢慢堵住了攻击者的嘴，使陈独秀站住了脚跟，有了用武之地。然而，攻击并没有停止，只有暂时的退却；而在这退却的背后，却笼罩着阴影……
北京大学校园内，有一座引人注目而庄重肃穆的红楼。文科学长陈独秀的办公室就设在里面，内有一张宽大的红漆书桌，摆有几张樱红色的木沙发，靠墙摆有列满书籍的书架，安逸幽静。陈独秀坐在一张太师椅上，不停地抽着烟卷，手执毫笔，皱着眉头，根据蔡校长，“循思想自由原则，取兼容并包主义……无论各种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”的办学方针，正在考虑和制订北大文科的改革实施方案。他决心施展自己的才干，干出一番事业来，支持蔡校长改革北京大学，以改革的成果来回击那些攻击他的守旧顽固派们……
陈独秀是蔡元培萃集的各路人才之中的佼佼者，是一员闯将，是影响最大、也是最能打开局面的人。所以，蔡元培对他十分器重和信任，对有关文科的人事、行政，一切由陈独秀先生主持作主，不稍加干涉。这样，陈独秀到北大上任后，有职有权，他不开课，专心致力于北大文科的改革，他做的第一件事，就是为文科延聘名教授，安定人心，同时写信给胡适，劝他早日回国，来北大任教。于是，一时提倡文化运动的知名人士、学者，大多荟萃于北大文科，并得到蔡元培的赞赏。
陈独秀在《新青年》上曾撰文论述教育方针，指出中国教育的弊端，主张教育应是启动的、启发的、实用的、全身的，而不是他动的、灌输的、虚文的、单独的脑部教育。为此，他对北大文科进行了大刀阔斧而卓有成效的改革，扩大文科，增设新系；允许学生自由选修各课，废除一切课程全部必修的规定；整顿课堂纪律，制定考试制度；采购图书，广设阅览室，为学生提供学习条件。
陈独秀性格豪放，私生活比较放荡，有时也涉足于花柳场中。因此，他在改革北大文科时，也注意到自身改造的必要，为约束自己，参加了蔡元培为增进个人道德修养，改变腐败不堪的校风，而于1918年1月19日发起组织的进德会，作“不嫖不赌，不娶妾”的甲等会员，并被选为进德会评议员，票数仅次于蔡元培。
蔡元培、陈独秀等对北大改革势如破竹，一下冲破了封建顽固派所设置的种种思想文化的禁区，洗刷了死气沉沉、腐朽不堪的北大校风，一个新鲜活泼、民主自由的新天地出现北大校园内，科学与民主思潮激荡着青年知识分子的心扉，园丁辛勤耕耘，幼苗茁壮成长，北大呈现一片新的气象。
树欲静而风不止，北大的红楼，看似庄严肃穆、平静。然而，红楼内却蕴藏着各种矛盾和杀机，新旧思想的斗争一刻也没有停止过，甚至即将“刀光血影”炽烈化……
为创办比《新青年》更迅速、刊期更短、与现实联系更直接的刊物，陈独秀与李大钊等又于1918年11月27日，在文科学长会议室创办了《每周评论》与《新青年》相互配合，相互补充，协同作战，大力开展新文化运动，奋战顽固派。1919年1月15日，陈独秀在《新青年》上发表《本志罪案之答辩书》，大义凛然，从根本上反击顽固派的进攻。他大声疾呼道：
“西洋人因为拥护德、赛两先生，闹了多少事，流了多少血，德、赛两先生才渐渐从黑暗中把他们救出，引到光明世界。我们现在认定只有这两位先生，可以救治中国政治上道德上学术上思想上一切的黑暗。若因为拥护这两位先生，一切政府的压迫，社会的攻击笑骂，就是断头流血，都不推辞。”
这样，《每周评论》的创刊和《本志罪案之答辩书》的发表，如同投下重磅炸弹，震动了整个思想界，引起了封建主义卫道士者极大的恐慌和极端的仇视。古文字学家林纾终于按捺不住，跳了出来，进行反扑。于是，攻击北大文科改革者陈独秀等的风波，从红楼里猛烈地刮了起来……
1919年2月17日，在上海《申报》发表一篇题为《荆生》的小说，对陈独秀、钱玄同、胡适等新派人物进行攻击。这是红楼刮起风波的源头。风波一经刮起，大有不可收拾之势。与此同时，北大学生兼《神州日报》的记者张厚载，无中生有地在《神州日报》上发表《半谷通讯》，造谣说陈独秀、胡适等人，以思想激进，受到政府干涉，并谓陈独秀有辞职之说，并已去天津，态度消极等，给北大和陈独秀造成很大压力。3月起，张厚载又发表通信说：
“北京大学文科学长近有辞职之说，记者采访蔡校长，询问此事，蔡校长对于陈学长辞职一说，并无否认之表示……则记者前函报告信而有证矣。”
北大新旧派之间的斗争，极其复杂而且日趋白热化。那些顽固派对陈独秀早已切齿痛恨，早就想把陈独秀驱逐出北大，加之，这时广泛流传陈独秀逛八大胡同嫖妓女之流言，犹如火上加油。这样，驱陈已形成不可逆转之势。《新青年》编辑部同人这种勇于责任自负的精神，岂能减轻北大及蔡校长所受到的压力？又何能减轻北大教职员的忧虑？那些顽固派岂能因《新青年》编辑部的声明，而停止他们的进攻呢……
北京的3月，寒气依在，早春之际，气候变幻无穷，令人莫测。蔡元培在校长室里，坐立不安，一会儿踱步，一会儿伫立窗前，凝视着那座红楼，思潮翻滚。他任北大校长，立志于改革，启用陈独秀等一批有真才实学而且热心的名流学者，同心治校，刚刚有个良好的开端，却遭到守旧派如此的强烈反对和攻击，甚至还受到北洋政府的威胁。凭心而论，陈独秀、胡适等的确是北大难得的改革者，是北大的未来的希望，他岂能轻易地驱陈独秀出北大？“文理合并并不设学长”，那教务长由谁来任？陈独秀显然难任，那又怎么安排？这场风波又怎样迅速平息……想到此，他愁眉不展，心中一时失去了主张，而事情又迫在眉睫，刻不容缓。解铃仍需系铃人，此时，他又想起了当初热情推荐陈独秀当文学长的沈尹默、汤尔和，何不去找他们商量商量，或许他们有良策。
3月26日夜，是个混沌之夜，是决定陈独秀去留之夜。这天夜里，焦急不安的蔡元培邀集同乡沈尹默等到北京医专汤尔和处商讨校事改革，一开始商谈，气氛就十分紧张，大家都异口同声：“北大风波，非撤除陈独秀学长之职，限制胡适，否则难以平息。”
蔡元培听了，心头一怔，停了好一会，他才摇了摇头，表示不愿意，并声称：“北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”
“听说陈独秀有逛窑子嫖妓之事，而且流传甚广，影响极坏。北大为全国师表，陈君之丑闻，太有辱于北大门风，不可小看，蔡校长应慎重处理此事。”汤尔和一改当初推荐陈独秀之面孔，猛攻陈独秀。
“尔和，你以为陈君确有此事，非撤不可了？”蔡元培犹豫而问。
“孑民，非撤不可。当初你聘任他，称他品学兼优，堪胜文科学长之任。现在看来，事实也证明，陈独秀私德太坏，不堪斯任也。孑民，不可手软。”汤尔和再次毫不含糊地攻击陈独秀。
坐在一旁的沈尹默，瞪着双眼，侧耳听着蔡、汤的商谈，想插话，但没找到机会。蔡见汤对陈的传闻坚信不移，而且主张非撤陈的学长之职不可，心中还没底，于是问沈尹默：
“尹默，你对陈仲甫私事传说，看法如何？”
“流言确实不少，对北大和蔡校长不太光彩。”沈尹默也一反当初热情推荐陈任学长之态说。
“尔和主张撤仲甫的职，你对此有何看法？”蔡元培把目光又射向沈尹默，带着试探的口气说。
沈尹默沉默了好一会，才点点头，赞同汤尔和的主张。
蔡元培是“进德会”的倡导者，陈独秀为不嫖不赌、不纳妾的甲等会员。现在听了汤、沈两君所言，尽管在选陈君为评议员时，所得票数仅次于他，陈君如再任文科学长，一不好向北大师生员工交待，二不好向社会舆论交待，三也不好向教育部交待。蔡元培沉思良久，才下定决心说：“那就依汤、沈二君的主张办了。”
这天晚上，陈独秀像往常一样，还伏在案头做他的文章，他哪知此时此刻，蔡校长在封建势力强大压力之下，已作出把他文科学长之职革除的决定。
3月26日之夜的决定，很快传到社会上，许多报纸当作特大新闻竞相刊登：
北京大学文科学长陈独秀已辞职。
蔡元培迫不及待地于4月8日，召集文理科教授会议，决定提前实行文理教务处组织法，推举马寅初任教务长。为封建势力所痛恨的文科学长陈独秀就这样下台了。蔡校长为给他一些体面，解释说：“陈独秀先生虽不当文科学长，但还是北大的人员，这是属于北大内部机构的变动。”
坐在校长会议室一旁的陈独秀，听了蔡校长的决定，虽然不出意料，表面上若无其事，但心里总觉不好受，面子难看。于是，他暗自道：“这是孑民变着法子，给了我一个体面的下台。”
风波迅速波及到陈独秀寓所箭杆胡同，又引起后院起火。妻子高君曼自上海随丈夫迁来北京，确实高兴了一番，也过了一段引以自豪而安逸的教授夫人生活。可是，好景不长，又传来丈夫陈独秀常逛八大胡同妓院，拈花惹草，气得她伤心落泪，怒火中烧，和陈独秀吵闹不休，痛骂陈独秀“无耻之徒”。
陈独秀已饱受了来自保守顽固派的各种谩骂、攻击，没想到回到家中，妻子不仅不能理解他、支持他，反而听信谣言，与他吵骂不停，本已受了一肚子冤气无处发，于是，怒不可遏地讥讽妻子高君曼：“故作清高，资本主义情调！”
面对内外夹攻，陈独秀千万般苦衷难言，然而又无可奈何。
