为使菌种在较长时问的保藏之后仍能保持着原有的生命力，优良生产性能，形态特征，以及不污染杂菌、死亡、退化，常采取使菌种处于低温、干燥和缺氧环境等办法，以暂时停止其繁殖，降低新陈代谢强度，使之处于休眠假死状态，确保菌种的纯度和延长有效使用期。银耳菌种（母种）保藏方法有以下几种。
（1）低温传代保藏，挑选培养健壮的银耳纯白菌丝或香灰菌丝的PDA斜面培养基，将棉塞齐管剪平，再用石蜡封口，以减少培养基失水，然后直接置于冰箱中4～6℃的温度下保藏。此法保藏期较短，香灰菌丝每隔3～4个月转管一次，而银耳纯白菌丝在5个月之内应使用完毕。
低温斜面保藏时一般用营养丰富的天然培养基。最好在培养成分上加入少许0.2％的磷酸二氢钾、磷酸氢钾或CaCO3做缓冲剂，以中和菌种在保藏过程中产生积累的有机酸。
（2）液体石蜡保藏，适用于香灰菌丝的保藏，保藏期2～4年。其方法较为简便，只在斜面菌种的试管内注入经灭菌的石蜡油，注入量以高于斜面1厘米为宜，使菌丝体与空气隔绝，降低其新陈代谢，用无菌的橡皮塞塞好，石蜡封口，直立存放干燥处或冰箱中保藏。最好1年移植1次。
使用时不必倒去石蜡，只要用接种铲从斜面上铲取一小块菌丝即可，其余继续保藏。由于挑出移接的菌丝块沾有石蜡油，故生长微弱，必须再转接一次才能恢复正常。
（3）滤纸保藏此法适合银耳芽孢的保藏，保藏期4年以上。其方法是：经孢子弹射提纯的芽饱预先培养在PDA培养基上，菌龄不超过1个月。将滤纸剪成40毫米×40毫米的方块，中央用红色铅笔做好记号，卷成小筒，装入试管，棉塞封口，经高压灭菌后，置于40~C烘箱中烘干。在无菌室内用接种环挑取一环芽孢，涂在滤纸记号处，放回试管内，于硅胶干燥器内吸潮7～10天，再放入装有5～10克硅胶的大试管中，用无菌橡皮塞塞好，用蜡封口置低温下保臧。
使用时，在无菌条件下取出滤纸，用接种环沾上无菌水，在滤纸有标记处刮取银耳芽孢移人新制的无菌斜面培养基上，在适温下培养，芽孢开始芽殖形成酵母状菌落，经镜检无杂菌即可用于生产。
（4）真空冷冻干燥此法是采用真空、干燥和低温3种手段来保藏菌种，此菌保藏10年之久，仍不降其原有性状。
真空冷冻干燥保藏的基本方法是将保藏的银耳芽孢悬液，装在特别的安瓿管内，然后聚然冰冻，并立即抽成真空，使培养物以固体形态升华脱水，形成完全干燥的固体菌块，在真空条件下，熔封后在低温或室温下保藏。此法不适合银耳菌丝体和香灰菌丝体的保藏。
为保持银耳菌种优良性状，在生产中，最好把经常使用的斜面低温传代冰箱保藏法与真空冷冻干燥保藏法、液体石蜡保藏法等方法结合使用，以减少传代次数。原则是，原始菌种第一次传代时，可以多传一些斜面，部分用于第一次生产母种，部分留作第二次、第三次等生产母种，部分用液体石蜡法或真空冷冻干燥法保藏。这样能使每批生产用的菌种都能保持或接近原始菌种的优良性状。
