农民军没有起义之前，忧国忧民的翰林学士刘允章谨冒死上谏皇帝:臣闻太直者必孤，太清者必死。昔晁错劝削诸侯之地，以蒙不幸之诛。商鞅除不轨之臣，而受无辜之戮。今并臣三人矣。伏一无伏字守忠怀信，口不宣心。则刎颈刳肠，向阙庭而死者，并臣是也。救国策从千里而来，欲以肝脑，上污天庭;欲以死尸，下救黎庶。臣死之后，不见圣代清平，故留贱臣以谏明主。今短书一封不入，长策伏蒙不收，所以仰天搥胸，放声大哭。杀身则易，谏主则难。以易死之臣，劝难谏之主。伏见陛下初登九五，颁下诸州:开直谏门，言者无罪。四方雷震，百里奔驰，至阙庭者，愿陛下置升平之业矣。陛下既不用其策，不舍其过。或鞭挞市朝，囚禁园苑，深埋沟壑者，不知其数;乞食道途者，不记其名。夫输忠献策之臣，匍匐阙庭者，岂敢欺陛下乎?大臣爱位而不敢言，小臣畏死而不敢谏。忘生请死之罪，往往冒死天庭者，知陛下觉悟也。伏闻枢密之事，要在歼人。以宰臣为度外之官，以御史为不速之任。冤者不得伸。君子所以深藏，小人所以谋乱。自古帝王以御史为耳目，以宰相为股肱。股肱废则不能用，耳目蔽则不能视。
今陛下废股肱，蔽耳目，塞谏诤，罪忠良。欲令四海不言，万方钳口，可不谓也。臣恐千秋万岁，说陛下不圣，笑陛下不明。臣所以急也。当今天下求进之臣，智者不肯自言不肖，愚者不肯自言不贤。故使贤愚混杂，善恶同群。真智真愚，何所分别?取之则善恶进，舍之则贤愚退。何不使至愚在野，至贤入仕?使疑天下食禄之家，凡有八入。臣请为陛下数之:节度使奏改，一入也。用钱买官，二入也。诸色功优，三入也。从武入文，四入也。虚衔入仕，五入也。改伪为真，六入也。媚道求进，七入也。无功授赏，八入也。
国有九破，陛下知之乎?终年聚兵，一破也。蛮夷炽兴，二破也。权豪奢僭，三破也。大将不朝，四破也。广造佛寺，五破也。贿赂公行，六破也。长吏残暴，七破也。赋役不等，八破也。食禄人多，输税人少，九破也。臣闻自古帝王，终日劝农，犹恐其饥;终日劝桑，犹恐其寒。此辈不农不桑，坐食天下。欲使天下之人尽为衣冠矣，天下之人尽为将士矣，举国之人尽为僧尼矣，举国之人尽为劫贼矣。欲使谁人蚕桑乎?
今天下苍生，凡有八苦。陛下知之乎?官吏苛刻，一苦也。私债征夺，二苦也。赋税繁多，三苦也。所由乞敛，四苦也。替逃人差科，五苦也。冤不得理，屈不得伸，六苦也。冻无衣，饥无食，七苦也。病不得医，死不得葬，八苦也。
仍有五去。势力侵夺，一去也。奸吏隐欺，二去也。破丁作兵，三去也。降之为客，四去也。避役出家，五去也。人有五去而无一归，人有八苦而无一乐，国有九破而无一成，官有八入而无一成。凡有三十余条。上古已来，未之有也。天下百姓，哀号于道路，逃窜于山源;夫妻不相活，父子不相救。百姓有冤，诉于州县，州县不理;诉于宰相，宰相不理;诉于陛下，陛下不理。何以归哉!伏见蛮寇欺侵，神道逛我国家。作亡命之魁渠，为逋逃之窟穴。征兵五年，今日诛之，何见之晚也!臣闻却似未终销兵于当时，本无而养兵，日为一作与乱臣张本也。今不除其乱本，而除其乱苗。士卒荡尽于中原，玉帛多亡于道路。岭外仍令节度四面讨除。
苍生嗷嗷，何负陛下?今行此讨罚，以为上策。臣恐今年除一承嗣，明年又生一承嗣。天下征战，未有了期，则祸难起于腹心，蜂虿生于手足。陛下左右，无人敢言，但知润色美词，悦情畅志而己。岂知千里零落，万里凋残者哉?今国家狼戾一作狈如此，天下知之，陛下独不知之。天下不敢言，臣独言之。万死一生。臣死一介之命，救万人之命。臣今虽死，犹胜于生。臣献策千条，未蒙一问。羁孤贫病，流落风尘。眷恋朝廷，而不能去。倘陛下览臣愚见，知臣愚忠，则理乱斯须，存亡瞬息。太平之日，昭然目前，必也。陛下不以万国为心，不以百姓为本。臣当幸归沧海，葬江鱼之腹，不忍见国难危。臣之愿毕矣。臣恳擗不胜痛切感惧之至。
唐僖宗看到这样的奏章，哈哈大笑说：“天下太平，人民安居乐业，无趣的大臣怎么上这样悲观的奏章！”立即把奏章扔到一边去，等到中原农民军四起，唐僖宗才知道事情的严重性，再把刘允章的奏章看了一遍，感动得差点流泪，心想：“大唐王朝还有这样的忠臣，真是难得，立即任命刘允章为东都留守。
黄巢率领几十万大军围攻东都洛阳，留守刘允章一筹莫展，不断仰天长叹说：“早听老臣的话，天下也不会败坏到如此地步！”众将不断安慰，刘允章站在城楼上，看到下面全部是密密麻麻的农民军，黄巢率军在城下喊话说：“打开城门投降不杀，否则城破之日，片甲不留。”刘允章心慌，差点晕到，立即下令打开城门，以百官迎入，黄巢劳问不已，下令：“禁止掠夺，违令者斩。”长安里闾晏然，人民安居乐业，又有很多贫苦大众加入农民军。刘允章坐废于家，几天后以疾卒。
僖宗听闻洛阳已破，急忙令郑畋出任凤翔陇右节度使，饯令田令孜章信门，慰问厚赏神策军，准备令神策军出征。神策军士皆是长安豪富家子弟，只是为了厚得供给和赏赐才贿赂宦官挂名军籍的，平日高车大马，悠然自得，未尝经历战阵。一旦听说出征，吓得父子抱头相哭，为了逃避战事，多以金帛雇商贩、贫民与无赖代行。张承范下令列军，商贩、贫民和无赖根本就不像个勇猛的兵士，观者寒毛以栗。僖宗令承范以强弩三千，带领神策军防关，承范辞说：“安禄山率兵五万陷东都，今贼众六十万，过禄山远甚，恐不足守。”僖宗不许。张承范硬着头皮带领士兵赶赴潼关，黄巢进取陕、虢，檄关戍说：“吾道淮南，逐高骈如鼠走穴，尔无拒我！”张承范只令士兵带了三天粮食，兵过华阴，神策兵所带的粮食已吃完，地方官也缺粮，神策兵不能够吃饱，有些无赖开始起哄说：“饭都吃不饱，还打什么仗！”神策兵听到这些声音，豪无斗志。
拿下洛阳后，黄巢令尚让、盖洪和费全古率军十万进逼潼关。十二月，农民军先锋尚让率领盖洪、费全古等大将攻关，潼关守将兖海节度使李克让以其军战关外，尚让少却。李克让扎营在关外，俄而黄巢率军三十万至，师大呼，川谷皆震，时官军士兵饥甚，潜烧克让营，克让走入关，和张承范坚守，张承范出金谕军中说：“诸君勉报国，救且至。”士感泣，拒战。黄巢见官军师不继，急攻关，官军矢尽，飞石以射，巢驱士兵填内堑，火烧关楼皆尽。始，关左有大谷，禁行人，号“禁谷”，谷可入潼关。尚让引众趋谷，张承范惶遽，使王师会以劲弩八百邀之，比至，而尚让已入。明日，农民军夹攻潼关，守军溃。王师会欲自杀，张承范阻止说：“吾二人死，谁向皇上伸冤？不如见天子以实闻，死未晚。”两人乃羸服逃。李克让与部奖纪纲何相温、安文宽、石的历十余骑弯弧跃马，突围而出。巢军数千人追之，比至南山，死者数百，巢军不敢追。李克让部下只剩下六七骑，经过一番恶战，李克让等已疲惫不堪，伏于南山佛寺门前睡着，南山寺的山僧以为是乱兵前来抢劫，大家拿起武器和火把，偷偷的打开寺门，一刀一个，李克让跃起为山僧所害。纪纲浑进通冒刃获免，归于黄巢。
博野、凤翔军从前线溃散奔归，到过渭桥，见新募士兵军服鲜燠，怒说：“我等在前线杀敌，他们有何等功，遽然至是！”于是大掠，更为农民军乡导，焚西市。僖宗到长安郊哀诉祈祷上天，请上天保佑官军获胜。会张承范至，哭败于地说：“军中缺粮，至使潼关不保。”唐僖宗大怒，罢黜宰相卢携，令立即下令召集百官。刚要开朝，而传言贼至，百官奔，僖宗惊慌失措，田令孜以神策兵五百奉僖宗趋咸阳，惟福、穆、潭、寿四王与妃御一二从，田令孜令中人西门匡范统右军以殿后。
卢携被罢免相位后，精神恍惚，于是开始发风，当晚服毒自尽。黄巢以尚让为平唐大将军，盖洪、费全古副之。农民军众皆被发锦衣，大抵辎重自东都抵京师，千里相属。金吾大将军张直方与群臣迎黄巢灞上。黄巢乘黄金舆，卫者皆绣袍、华帻，其党乘铜舆以从，骑士凡数十万先后之。进京师，入自春明门，升太极殿，宫女数千迎拜，称黄王。黄巢喜说：“殆天意欤！”黄巢到田令孜第，准备收斩田令孜，没想到田令孜早已经逃走。农民军见穷民，抵金帛与之。尚让出榜安民说：“黄王非如唐家不惜尔辈，各安毋恐。”甫数日，大掠京城大官贵人家，缚棰达官富人索财，号“淘物”。富家皆跣而驱，农民军的首领阅甲第以处，捕得官吏悉斩之，留在长安的宗室侯王全部被屠杀。
广明元年（880年）十二月十二日，黄巢斋太清宫，明日舍含元殿，即位，号大齐。求衮冕不得，绘弋绨为之；无金石乐，击大鼓数百，列长剑大刀为卫。大赦，建元为金统。王官三品以上停，四品以下还之。因自陈符命，取“广明”字，判其文曰：“唐去丑口而著黄，明黄当代唐；又黄为土，金所生，盖天启”。其徒上黄巢号承天应运启圣睿文宣武皇帝，以妻曹氏为皇后，以尚让、赵璋、崔璆、杨希古为宰相，郑汉璋御史中丞，李俦、黄谔、尚儒为尚书，方特谏议大夫，皮日休、沈云翔、裴渥翰林学士，孟楷、盖洪为尚书左右仆射兼军容使，费传古为枢密使，张直方为检校左仆射，马祥右为散骑常侍，王璠为京兆尹，许建、米实、刘瑭、朱温、张全、彭攒、李逵等为诸将军为游弈使，其馀以次封拜。取趫伟五百人号“功臣”，以林言为禁军统领，比控鹤府。下令军中禁妄杀人，悉输兵于官，实现了自己‘冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲的诺言’。
皮日休见黄巢登基为帝，心想：“当初黄巢起兵说‘是为民请命’，后又说是‘清君侧’，没想到确是自己想做皇帝！”于是心寒不已，立即请辞翰林学士的职位，黄巢极力挽留，皮日休去意坚决，黄巢也不好强人所难，立即批准。从此皮日休过着与世无争的生活，后隐居鹿门山，号‘醉吟先生‘。其最著名的一首诗是《汴河怀古》：“尽道隋亡为此河，至今千里赖通波。若无水殿龙舟事，共禹论功不较多?”。
