在会上，于右任当选为中央执行委员，担任执行部的工人农民部长。毛泽东当选为候补中央执行委员，担任国民党中央宣传部代理部长，主编《政治周报》，主办第六届农民运动讲习所。在1926年召开的国民党第二次全国代表大会上，毛泽东再次当选为候补中央执行委员，自然少不了与国民党重臣于右任共事。
毛泽东在第一次国共合作期间，曾任国民党中央宣传部代部长，所以和许多国民党元老级的要人们都认识。但他最敬重的是大才子于右任先生。毛泽东不仅在青年时代受其影响，并与之有过谈诗论词等多次交往，而且晚年时还向秘书田家英索要保存下来的于右任的草书。
于右任后来到了台湾，但毛泽东对他的书法仍旧极感兴趣。1958年10月16日，他在给田家英的一封信中说：“田家英同志，请将已存各种草书字帖清出给我，包括若干拓本（王羲之等），于右任《千字文》及《草诀歌》……”
于右任早年曾主编过思想激进的《民立报》，毛泽东在学生时代喜欢阅读此报，当时就知道了于右任的大名，对其很仰慕。
在长沙，我第一次看到报纸——《民立报》，那是一份民族革命的报纸，刊载着一个名叫黄兴的湖南人领导的广州反清起义和七十二烈士殉难的消息。我深受这篇报导的感动，发现《民立报》充满了激动人心的材料。这份报纸是于右任主编的，他后来成为国民党的一个有名的领导人。这个时候，我也听说了孙中山这个人和同盟会的纲领。当时全国处于第一次革命的前夜。我激动之下写了一篇文章贴在学堂的墙上。这是我第一次发表政见，思想还有些胡涂。我还没有放弃我对康有为、梁启超的钦佩。我并不清楚他们之间的差别。所以我在文章里提出，把孙中山从日本请回来当新政府的总统，康有为当国务总理，梁启超当外交部长！
这是1936年美国记者埃德加·斯诺在延安采访毛泽东时，毛泽东和他如此谈论《民立报》及其主编于右任。
毛泽东写的那篇文章就是《打倒清王朝》。这篇文章的发表，在学校引起很大的轰动。这也是毛泽东第一次公开发表政见！从此，毛泽东把知识的触角从文化领域转入政治领域，思想发生了重大转折，开始了其思想家和革命家的人生！这与于右任主编的《民立报》有着不小的关系。
第二次国共合作期间，于右任与中国共产党保持着良好的关系。1938年1月，中国共产党领导的《新华日报》在武汉创刊，于右任应邀为该报题写报头；到重庆后，于右任仍通过屈武与中共保持联系。
从现存史料看，在20世纪20年代中期有一段时间，于右任在上海工作时，也曾与毛泽东有过不少的接触。重庆谈判期间，毛泽东与于右任曾在一起畅谈诗词。1945年8月28日，毛泽东到重庆谈判。8月30日，毛泽东即与周恩来由山洞林园赴城内拜访于右任。不巧的是，于右任因公外出，未能见面。当天晚上，张治中在桂园为毛泽东举行宴会，并邀请了于右任、孙科、邹鲁等人前来参加。时隔多年以后，毛泽东终于与于右任又见面了。
9月6日中午，于右任设午宴招待毛泽东、周恩来和王若飞，并邀请张治中、张群、邵力子、丁维汾、叶楚伧等人出席作陪。由于毛泽东和于右任两人志趣相投，都喜欢诗文，在宴席上，两人就聊起诗文来了。在谈话中，于右任对毛泽东的《沁园春·雪》极力称赞，对该词的结句“数风流人物，还看今朝”尤为赞赏，认为是激励后进之佳句。毛泽东却道：“怎抵得上先生‘大王问我，几时收复山河’之神来之笔。”
原来，于右任参观成吉思汗陵墓时曾赋《越调·天净沙》：“兴隆山上高歌，曾瞻无敌金戈，遗诏焚香读过，大王问我，几时收复山河。”说罢，于右任与毛泽东皆拊掌大笑，举座皆欢。毛泽东与于右任都熟谙诗词，都对古人的名作即兴拈来则不足为怪，可他们都能背诵对方的诗词，两人的学问之博、互敬之情，真令人不得不叹服。
4担任“御史”，大力惩贪
于右任刚正不阿、嫉恶如仇。抗战前夕，蒋介石置国内抗日舆论于不顾，以“危害民国”为名，在上海逮捕了全国各界救国联合会领袖沈钧儒、章乃器、邹韬奋、李公朴、沙千里、王造时、史良，造成震惊中外的“七君子事件”。针对蒋介石的倒行逆施，于右任、宋庆龄、何香凝、胡愈之等联合发起了名震中外的“救国入狱”运动。于右任、冯玉祥也在南京发起征集10万人签名营救“七君子”的运动。国际上的名流学者，如时任美国普林斯顿大学教授、世界著名科学家爱因斯坦，以及美国著名哲学家杜威等，都致电南京国民政府要求释放“七君子”。蒋介石迫于国内外的舆论，不得不将“七君子”释放。
众所周知，于先生是国民党元老，是一个真诚的爱国者。他出身贫苦，早年追随孙中山先生，投身于推翻清廷的辛亥革命，其后又参加了反袁和护法诸役。在1924年至1927年大革命时期，他拥护中山先生改组国民党的主张和“联俄、联共、扶助农工”的三大政策。大革命失败后，又与何香凝、经颐渊、陈树人诸先生发起组织“寒之友”社，结下了深厚的友谊。
在“四一二”反革命政变后的腥风血雨中，他还是有所不为，有不少值得称道的地方。所以，在抗日战争时期，他赞同团结抗日，实现第二次国共合作；抗战胜利之后，他反对内战，赞成和平；一直到全国解放前夕，他希望能留在祖国大陆，都不是偶然的……
至于对国民党的顽劣与贪腐分子，于右任会毫不迟疑地给予严厉的制裁。
抗战期间，国民党大员贪污腐化最有名的要算是孔祥熙与孙科了。一笔天文数字的国家巨款巧妙地成为国库局少数人的囊中财富，对于这样一个损公肥私的签呈，身为中央银行总裁的孔祥熙居然批了一个“可”字，引发社会“反孔”情绪日趋强烈，蒋介石不得不考虑“换马”。但孔是蒋的姻亲，有宋霭龄、宋美龄“护孔”，“换马”谈何容易。政学系不仅向蒋介石告状，还利用《大公报》等报揭发和抨击，并要监察院派员调查。此事未了，“半甘半晋”、人称“卫大法师”的卫聚贤拜访监察院院长于右任。卫聚贤是清华大学毕业的历史学家，作为“山西人才”被“收容”于孔家“人才库”，以高薪放在中央银行研究室。卫聚贤借此良机长期研究历史，颇多建树。卫聚贤找到于院长说：“去年中行结算，不多不少结余一元法币，岂非怪事？”中央银行乃国库，当年经费已被“皇亲国戚”鲸吞。经手人员有所不平，因分赃不均而互相攻讦。卫聚贤虽是吃孔家饭的人，但他毕竟还有几分文人正气，听说中行之丑事不平则鸣。他不敢公开抨击孔祥熙，故把有关情况向监察院院长于右任透露。
此次卫聚贤据实揭发、检举，监察院不能不管。经监察会会议研究，卫聚贤的检举材料来自中央银行内部，有根有据，决定由鄂籍监委刘禺生执笔写就《弹劾中央银行总裁孔祥熙贪污渎职、祸国殃民一案》。
监察院秘书长程沧波，在监察院是一个承上启下的非常关键的人物，原是CC系重要骨干，曾担任过中央日报社社长。他认为可以“舆论先行”，于是由程签署后新闻稿被送往中央社。
殊不知蒋介石侍从室第一处主任陈布雷打电话说，蒋介石命令撤回新闻稿。次日仅有一家《益世报》刊出，原因是参加监察会的委员范争波是该报主笔，他返报社以本报讯发出此稿。范本身又属中统，从他的立场，不仅要刊出，还要放在显著地位。结果《益世报》被勒令当天报纸全部收回，且罚停刊一月。这种惩罚算是很轻，虽说是中宣部下的命令，但实际上是陈布雷所为。程沧波也被停职，隔了一段时间，才被派到中宣部当副部长。
于右任身为国民党元老，素来就看不起蒋介石“不学无术”，声称不干了，打算离开重庆。这个消息立即为蒋介石所知，深感去除了胸中的块垒，火速指示行政院送来汽油三桶，以作于院长远行之用。于右任准备前往成都而不再返回，并正式提出辞呈。蒋介石假意慰留，又派四川省主席张群前去劝留。据闻于右任后来返重庆后怪事频频发生，坐汽车，途中车轮飞脱；坐飞机，空中漏油。于右任几经死里逃生，有惊无险。
另一大案乃弹劾孙科案。1949年3月9日香港《华商报》报道：孙科一当上行政院长，就立刻下令俞鸿钧由中信局发还蓝妮的敌产染料，价值数十万美元。俞鸿钧时任财政部长，因拒付而被撤职。
3月15日《华商报》继续报道：“监察院14日决定弹劾孙科和他的女友蓝妮。孙科任行政院院长时曾命令敌产管理委员会发回蓝妮在抗战将结束时拥有的8吨日本染料。监察委员金越光出示孙科一封信的照片——信中孙科说染料是属于他的家眷的，请调查没收后的情形并迅速发还该批货物，信尾曰‘不胜感激之至’。于右任的好友兼同事、监委金越光对于右任院长说：‘孙科此举是愚蠢和违法的，如果我们不严厉制裁他，怎能平公愤而提高我们军队的士气？’于院长乃慨然同意调查，结果监察院遂以8票对7票通过弹劾孙科和蓝妮。”其中多出的一票，是于右任投的，这有违主席中立的规定，但是为了通过弹劾案，他也顾不得主席之尊而毅然投出赞成票。
该报介绍这条新闻的背景资料时说，政府曾把蓝妮的84桶染料当作敌产拍卖，因为蓝妮抗战时和大汉奸陈公博有关系。孙科因此事曾写信给三任行政院院长（宋子文、张群、翁文灏），请求将该染料发还蓝妮，但是都遭到拒绝。到孙科自己当行政院长时，亲自下令发还，但该批染料早已拍卖，因此孙科下令中央信托局照当时市价以美元赔偿。
此事竟使得蒋介石在日记中写道：“苦痛极矣。”1945年年末，国民党元老张继偕夫人到昆明举办书法展览。他告诉陈赓雅说：“监察院院长于右任对此案也有弹劾，而且主导投票。”显示出于老对蒋、陈、孔、宋家族的不满由来已久。
5竞选副总统失利
1948年，于右任参加副总统竞选。其他候选人又是包饭店请吃喝，又是招待看电影送礼品。只有于右任招待活动最少，请了一两次客，便支持不住了。于右任没有办法，只得在国民大会堂前摆上一张八仙桌子，有人开玩笑说：“于大胡子，人家几十桌、上百桌地开席，你这一张桌子打算请几个人？”于右任微笑着铺纸研墨说：“谁投我一票，我给谁写上一副对联！”
于右任精书法，早在20世纪20年代便有“北于南郑”之称。“南郑”指郑孝胥。于右任在八仙桌前，只要有人来求字，就挥毫写上一幅，一天下来，居然也有不少支持者排队求字，把他累得头晕眼花。
现在看来，于老的墨宝价值是远高于其他三人的招待，但在当时却不然，选举结果可想而知，于右任和两位党外人士第一轮就被淘汰出局。他的一位同乡代表说得十分中肯、有趣：“纸弹是敌不过银弹的。”于右任落选后，继续担任“只拍苍蝇，不打老虎”的监察院院长。
6为张学良求情
然而于右任一生无时无刻不在找蒋介石的“麻烦”，让蒋介石既爱又怕。蒋介石下野后，准备动身离京前，李宗仁亲眼见到这样一幕，后来写在他的回忆录上：“这时于右任忽然老态龙钟地追上去，口里喊着：‘总统！总统！’蒋先生稍停问何事。于右任说：‘为和谈方便起见，可否请总统在离京之前，下个手令把张学良、杨虎城放出来？’”
这位老同盟会员、年已古稀的监察院长、美髯公于右任很少在公开场合高声叫喊蒋介石，何况趋步向前以低姿态敦请蒋介石下令释放张学良、杨虎城。蒋介石似乎并不买账，只把手向后一摆说：“你找德邻办去！”说毕，便加快脚步走了。拖着一大把胡须的七十老人于右任，在众人注视之下，颜面扫地、尴尬不已，只有慢慢地走回，大家这才黯然地离开会场。
提到张、杨两人，蒋介石的心情已经不佳，不知趣的于大胡子却哪壶不开提哪壶，难怪他刚开口就触痛了蒋最不愿提起的不愉快的往事，恼怒之情溢于言表，“找德邻办去”是最好的推托，人在他的特务手中，德邻办得了吗？可怜于老碰了一鼻子灰。
7被迫离开祖国大陆
1948年春，于右任出席在南京召开的第一届伪“行宪国民大会”，与孙科、李宗仁、程潜、莫德惠、徐傅霖六人竞选，于右任选“副总统”落选后仍任监察院院长。这时，他极力希望通过和谈解决中国问题。1949年2月15日，由颜惠庆、章士钊、江庸、邵力子组成的“上海人民和平代表团”到北平、石家庄等地，与毛泽东、叶剑英等中共领导人协商和谈事宜。2月27日，颜惠庆、章士钊等人返回南京时，于右任亲往机场迎接。同年4月，国共和谈在北平正式举行。李宗仁原拟派于右任作为特使去北平，他亦欣然受命，并做好了动身的准备。但正在北平参加和谈的国民党首席代表张治中认为，于右任暂不离开南京可以促使南京政府批准和谈协议，待南京政府批准和谈协议后，由于右任到北平主持签字。李宗仁接受了张治中等的建议，于右任遂未能成行。
