位于马尼拉的圣托玛斯大学是菲律宾在被西班牙统治时期（1611年），由多米尼克修道会建立的第一所学校。20世纪前半个世纪菲律宾是由美国统治的，但圣托玛斯大学比美国最古老的哈佛大学成立（1636年）都早。在1619年，从罗马教皇处得到十年期限的学位授予权，经三次更新之后，于1645年作为大学被罗马教皇认可。1785年被西班牙国王认可为王立大学，但不由国库拨款兴办，而是由多米尼克修道会运营管理。菲律宾革命（1898—1899年）及二战时期（1942—1945年）虽然停办，但独立之后一直兴办到了今天，因此为东方最古老的大学。
因托玛斯·阿奎纳斯而得名的圣托玛斯大学，设立之初，主要是作为培养神职学员的机构，只接受住在菲律宾的西班牙神职人员。后来逐渐也接受菲律宾的贵族子弟，还有国民英雄赫塞·利萨尔等学生。而像今天这样，向所有菲律宾人敞开大门，则是西班牙统治结束后的事情。在创校之后的316年里，圣托玛斯大学曾坐落于马尼拉湾的城墙城市中，但于1927年迁校至内陆的圣巴洛克地区，之后，圣托玛斯大学周围有很多大学相继成立，该大学一直坐落于这个大学城中。
文书档案馆在圣托玛斯大学还位于城墙城市的时候就有了，其馆内所藏的文件资料于1933年转移至圣巴洛克地区。那些文件资料最初放在被称为“神父之家”的同时包括多米尼克修道会，教区神学校和主教堂的建筑物的第一层中，因所收藏资料的数量的增加，在1966年，文书档案馆的资料全部转移至防火并配有空调设备的一座四层建筑物的很大的房间中，同时书架也由木质变为铁质，这种状况一直持续到了今天。
