没过多久，米开朗琪罗逃出了佛罗伦萨城。在逃亡途中，沿途城市中的王公权贵们听说他到来了，竞相邀请他住下。可是，这种邀请让米开朗琪罗更加地感到自己的怯懦、更加地羞愧，而且，他还是感到不够安全。他想一直逃到法国去。他有一位朋友在意大利替法国国王置办艺术品，于是，他就写信给这位朋友。但是，法国驻当地的大使知道了这件事情，便写信给法国国王和元帅，请求他们把米开朗琪罗邀请到法国去，并设法把他留在那里。法国国王立即写信给米开朗琪罗，答应给他高薪和房子。但是，当这封信到达米开朗琪罗逃难的地方时，他已经回到了佛罗伦萨。
此时的佛罗伦萨已经归于平静了。9月30日，佛罗伦萨的执政长官下令在革命期间一切逃亡的人如果不在10月7日之前回来的话，都将以叛逃罪论处。在那一天，那些逃亡者都被宣布成了叛逆者，他们的财产也都被没收了。米开朗琪罗出逃的事也被当地的人们议论着，但是，有人为米开朗琪罗向行政长官求情，所以，行政长官放宽了米开朗琪罗回来的期限，还派人把一张居留许可证和朋友写给他的信带给了米开朗琪罗。他被他的朋友们说动了，他相信佛罗伦萨重新又回到了黄金时代。
同年11月20日，米开朗琪罗又回到了佛罗伦萨。执政长官只是象征性地处分了他一下，他又官复原职了。但是，光荣并没有持续多久，灾祸就降临了。1530年8月2日，佛罗伦萨的驻军统领投降了。12日，整个佛罗伦萨都投降了。紧接着，杀戮开始了，米开朗琪罗的朋友们也没有幸免于难。米开朗琪罗因畏惧躲藏到钟楼上去了。
教皇虽然知道他参加革命的事情，但是最终还是宽恕了他，并且还说如果他还愿意继续建造梅蒂希斯家族的神庙的话，教皇不但会既往不咎，而且还像以前那样对待他，给他工资，还有他所珍视的令世人羡慕的名望。
胆怯的米开朗琪罗从躲藏的钟楼里重新走了出来，他又重新为那些他曾经反对过的人工作了。不仅如此，他还为杀害他朋友的凶手雕塑；否认那些被放逐的人曾经是他的朋友；他被迫说谎，向他曾经的敌人们献媚。为了保全自身，为了完成自己的艺术幻想，天才的米开朗基罗向世俗的权贵们俯首称臣了。因为自己的胆怯，米开朗琪罗感到羞愧，并且日益地感到痛苦。为了摆脱这烦恼的缠绕，米开朗琪罗让自己全身心地投入到工作中去，他疯狂地工作着，发泄着自己心中的苦闷。1530年至1531年期间，米开朗琪罗创作了《日》《夜》《晨》《暮》等作品。在这些作品中，米开朗琪罗用他的艺术诉说着他的苦恼，这苦恼源自社会的世俗，源自自己的艺术梦想与现实之间的割裂，也源自自己胆怯的性格。可惜的是米开朗琪罗的苦恼并不为任何人所理解，这一点更加重了米开朗琪罗的痛苦。
米开朗琪罗称自己为“一个满怀着信仰而过着奴隶般生活的人”，他想到了自杀，他的精神简直要崩溃了。1531年6月，米开朗琪罗终于不堪精神上的重负而病倒了。但是，他还是没日没夜地工作，每天只吃一点食物，严重缺乏睡眠。他的身体状况让他的朋友们感到担心。教皇科赖芒七世也劝慰他不要过度劳累，要注意休息。可是，米开朗琪罗仍然是固执的，他不听从任何人的建议，即使是教皇。最后，教皇不得不采取强硬的措施让他停止工作。1531年11月，教皇下令禁止米开朗琪罗再做除了于勒二世的陵墓和梅蒂希斯家族神庙之外的任何工作。除此之外，教皇似乎已找不到任何可以挽救米开朗琪罗瘦弱身躯的办法了。
教皇之所以这样做，是因为当时的一些有钱人竞相向米开朗琪罗索要作品。最后，教皇甚至开玩笑似的对米开朗琪罗说：“如果他们再向你索要作品，你应该在脚上绑上一支笔，他们要的时候，你就随便在地上画几下，然后任由他们拿去就是了。”除此之外，于勒二世的继承人还在不停地纠缠和威吓着米开朗琪罗，因为，他没有完成以前签订的合约。1532年，米开朗琪罗又和他们签署了一份合约，答应在三年之内为于勒二世建造一个小的陵墓，不仅如此，全部的费用要他自己承担，米开朗琪罗还要支付2000金币给他们，以偿还以前从于勒二世那里收受的钱财。可是，为于勒二世建造陵墓的计划失败了，不久之后，为梅蒂希斯家族建造神庙的计划也破产了。
灾难在瘦弱的米开朗琪罗面前不但没有退去，反而步步紧逼。
1534年9月25日，教皇科赖芒七世逝世了。米开朗琪罗的保护伞没有了。在这之前，佛罗伦萨的梅蒂希斯大公曾要求米开朗琪罗建造一座要塞，但是被米开朗琪罗拒绝了。为此，梅蒂希斯大公痛恨他。从那以后，米开朗琪罗已经作好了心理准备，接受梅蒂希斯大公的任何处置。但是，梅蒂希斯大公并不敢杀害他，因为米开朗琪罗受着教皇的恩宠。现在，教皇已经驾崩了，没有人可以保护他了。幸运的是，当教皇死的时候，米开朗琪罗恰好不在佛罗伦萨城中，也就逃过了一劫。但是，无论如何，米开朗琪罗已经不能再回佛罗伦萨了。因此，梅蒂希斯家族的神庙也就永远不能完成了。
1534年9月，米开朗琪罗重新回到了罗马。他已经有21年没有回罗马了，在这期间，他创作了于勒二世陵墓上的三座雕像、梅蒂希斯家族神庙中的七座雕像、圣罗朗察教堂的穿堂、密拿佛寺庙中的《基督像》，还有一件《阿波罗像》。但是，所有这些作品，米开朗琪罗都没有完成，它们都是残缺的。米开朗琪罗有着英雄般的天才，可是，他竟然一事无成。他的不停歇的工作损耗着他的艺术生命，耗尽了他所有的精力和信心；不仅如此，他还失去他的父亲和一个兄弟，悲痛和绝望已经完全笼罩了米开朗琪罗。
他甚至开始憧憬死亡了。米开朗琪罗的活力随着他的梦想的不断破灭而日渐地衰微了，他不再相信他那永远不能实现的艺术幻想了：逝去的光阴欺骗了我，我已经等待了太久、太久。没有一件事情能够和失去时间相比的了。当我回想起往日时，我发现没有一天是属于我的。我整日地陷入各种妄想之中，正是这种妄想蚕食着我的生命，羁绊着我前进的步伐。
友谊或者爱情
所有的希望都破灭了，但是，另一种生命却开始了，爱情的花朵已经盛开。米开朗琪罗开始爱上一个名叫嘉法利叶的生于罗马的中产者，他年轻而英俊。世人对他们之间的爱情大为不解，甚至还有人讽刺和挖苦米开朗琪罗。但是，无论如何，我们不能否认米开朗琪罗的灵魂是纯洁的，他对于爱情始终抱着一种圣洁和虔诚的信仰。
米开朗琪罗在和朋友谈起爱情的时候，他总是用最恭敬、最美丽的语言，在他的话语中，人们丝毫找不到年轻人对于爱情所拥有的私念和欲望。米开朗琪罗的爱情是一种柏拉图式的爱情，圣洁得只有在生活的彼岸才能找到。要知道，米开朗琪罗是一位天才的雕塑家，塑造美的形体就是他终生的事业。所以，对于美的形体，他永远保持着憧憬；不仅如此，天才的艺术家对于任何美的事物总是有着一种狂热，无论是思想、语言、自然界和人，只要是美的，米开朗琪罗都深深地沉溺于其中。他曾经在信中这样写道：当我遇到一个有着非凡才能和思想的人的时候，或者是一个做他人做不到的事、言他人之不言的人的时候，我就不禁要热恋他。
他最初的憧憬是在1522年，他深爱上了蒂贝丽尼。1533年，他又爱上了一个名叫卜吉欧的人。1544年，又热恋着卜拉斯。所以，他对于嘉法利叶的感情不是唯一的，但是有一点毋庸置疑，那就是：像以前一样，他对于嘉法利叶的感情确实是十分狂热的。嘉法利叶不仅具有超凡脱俗的面容，而且举止、谈吐温文尔雅，思想出众，品德高尚。
米开朗琪罗是于1532年秋天在罗马遇到嘉法利叶的。他写信给嘉法利叶，热情的称赞他。嘉法利叶也回信给他，但是，语气显得极为谨慎和尊重：尊敬的米开朗琪罗，收到您的来信，我非常高兴，也感到很意外。高兴的是能得到你这样一位旷世奇才的称赞；意外的是我本不应该得到您这么高的称赞。但是，我又知道像您这样一位道德高尚的人是不会向我说谎的。因为您是艺术的化身，您深爱着一切献身于艺术的人。而我正是这些人其中的一位。我企盼着与您结下永久的友谊！
米开朗琪罗对他的这种矜持愈发地喜欢了，他简直把嘉法利叶看成了自己的偶像，他极力地赞美着他的偶像。米开朗琪罗把最完美的礼物送给嘉法利叶，还为他写最美的诗句。嘉法利叶已经成了米开朗琪罗所有的欢乐所在。但是，嘉法利叶对此却报以冷静的态度。米开朗基罗对他的夸张的友谊让他感到难堪。嘉法利叶对米开朗琪罗永远保持着一种谨慎，他用他的冷静和谨慎呵护着他与米开朗琪罗之间的友谊，直到米开朗琪罗临终。米开朗琪罗永远信任着他，人们也认为嘉法利叶是唯一能够影响固执的米开朗琪罗的人。嘉法利叶也恰如其分地运用着这种信任和影响力。正是他促使米开朗琪罗完成了圣彼埃尔大教堂穹隆的木雕模型，并保留了米开朗琪罗为穹隆所制作的图样。而且，在米开朗琪罗去世之后，嘉法利叶按照米开朗琪罗的思想继续督导工程的进行。
1535年，米开朗琪罗还认识了一个名叫维多利亚·高隆纳的女子。维多利亚出生于1492年，她的父亲是当地的诸侯，她的母亲——阿颜思，出生于名门贵族，是一个亲王的女儿。她长得并不美丽，额角高高的，鼻子长且直，下嘴唇比上嘴唇向前微突。她没有娇艳的容貌，却有着杰出的思想和极佳的文字功底。她向往着崇高和圣洁，她说：“粗俗的感官决不会产生高贵的心灵和纯洁的爱情，只有崇高的思想才会让人感到快乐。”十七岁时，她嫁给了一位侯爵。她爱她的丈夫，但是，她的丈夫却并不爱她。她在家中受着丈夫的蒙骗，可是，当她的丈夫真的去世的时候，她又痛苦不堪。她开始皈依宗教，并且作诗聊以自遣。她和意大利的一些大作家都有来往，她的杰出才华也为这些作家们所钦佩。到了1530年的时候，她的十四行诗已经流传于整个意大利了，在当时，身为一位女性，能取得这样的成绩是非常的了不起了。
自1534年开始，她完全陷入有关宗教的改革运动中，她和一些著名的宗教改革家们交往甚密。而这些宗教改革家们只坚定地信仰基督，他们认为基督就是出于博爱而给人们自由和理智，所有的一切行为都应该是以让人们得到更多的幸福为目的；而无论是政府还是所谓的主教们，包括教皇的权威都应该是一种理智的代言人，他们不应该任意地命令、禁止、豁免或者杀害任何人，否则，他们就是对理智的亵渎，就是对上帝的亵渎。
维多利亚的优秀品格使她成为这些怀抱着美好社会理想的人们中的一员。可是，维多利亚的性格中缺少了坚毅。她和米开朗琪罗一样，对于美的事物总是那么狂热，但是，这颗狂热的心又是那么的脆弱和怯懦。当反对宗教改革的运动开始的时候，她又首先成了一个宗教改革的怀疑者，在她心灵的深处，仍然相信教会拥有着至高无上的权威，她开始怀疑宗教改革能不能进行下去，开始猜想着宗教改革悲惨的结局。她变得无所适从，这个时候是人最需要信仰的时候，而当现实的斗争让她感到迷惘时，维多利亚走向了信仰的极端——神秘主义。她开始过着类似于禁欲主义的清教徒的生活：吃斋、诵经、不停地修行。但是，无论怎样，神秘主义的宗教并不能把她完全从残酷的现实之中拯救出来，在教会拥有的强大的威权和残酷的暴力面前，她恐惧着，像米开朗琪罗一样低下了她那高贵的头颅；她甚至把她的朋友抨击教会的文字送到了罗马的宗教裁判所。为了自己的行为，她深深地责备着良心，可是与此同时，她又无法从恐惧中摆脱出来。
维多利亚的内心一片混沌，她苦闷地找寻着心灵的归宿。
她认识米开朗琪罗的时候，正是她深受神秘主义思想影响的时候。她显得那样的脆弱，她需要一个人作心灵的依靠，同时她也需要一个比她更弱的人，这样她就可以展示她身上所拥有的母爱。而米开朗琪罗正是这样一个人。
在米开朗琪罗面前，维多利亚总要掩饰住自己内心的慌乱、迷惘和混沌，她显得那样平静、祥和，就像一位母亲一样。他们相识是在1535年，到了1538年的时候，他们的关系已经非常的亲密了。当时，维多利亚四十六岁，而米开朗琪罗六十三岁。他们住得很近。维多利亚住在一所修道院中，他们经常在圣希凡思得洛教堂中聚会。
据一位当时曾经和他们讨论过问题的西班牙画家弗朗希斯回忆，当他第一次到圣希凡思得洛教堂的时候，他只看到侯爵夫人（维多利亚）和几个朋友在聆听着圣经，而米开朗琪罗不在。后来，在他和侯爵夫人等人谈话的过程中，侯爵夫人提议把米开朗琪罗请过来，于是，她就派她的仆人去。此时，米开朗琪罗恰巧正在前往圣希凡思得洛教堂的路上，仆人将他领来了。
