也许是在雨天着了凉，也许是心思过于沉重，开普勒的健康状况越来越糟，他一直发低烧，咳嗽不止，难以承受马车的颠簸。
当他们走到林茨小城时，他命令车夫停止前进，他太需要有一个安定的环境休养一下了。当时，他被怀疑得了肺病，这种病和现在的癌症一样，几乎宣判了人的死刑。
开普勒不敢在林茨过多地耽误时间，因为他的口袋里已经没有几个钱了。一路上的吃住费用都不知如何支出，哪儿还有看病的钱呢。于是，开普勒强忍着身体的病痛，再度启程。
10月间，当开普勒拖着虚弱的身体携妻带女到达布拉格时，已身无分文。第谷听说这一消息后，马上派人把他们全家接到观测台。
两位老朋友再度相逢，他们都显得非常激动，虽然分开只有几个月的时间，却恍若隔世，第谷看到开普勒并不魁梧的身躯又瘦了一圈，就完全能够想象出他这几个月是怎样熬过来的，他决定再也不让这位才子从身边溜走了。
开普勒也不无调侃地说：“我得了这么重的病都没有死，就是因为有你在前边召唤着我呀，这回你想赶我走我都不走了。只要我们二人齐心合力地工作，就不怕搞不出成绩来。”
话音刚落，开普勒又是一阵剧烈地咳嗽，第谷深切地感受到了这个年轻人的雄心壮志，即使在病魔缠身的时候，他首先想到的不是自己，而是他所从事的天文学事业。
第谷非常理解开普勒急于从事工作的心情，但是，为了他的健康，第谷还是让他暂时疗养一段时间。开普勒并没有真正疗养，他一边吃药一边工作，急切地盼望着和第谷的合作正式开始。
第谷见开普勒的健康逐渐恢复了，就把开普勒叫到自己的工作间，详细地谈了他们合作的第一个庞大计划——编纂一份星表。这份星表后来被命名为《鲁道夫星表》。
开普勒听了这个计划，高兴极了。编写星表，需要大量的计算工作，这是开普勒最能发挥其特长的领域，他的才华终于找到了用武之地。他兴奋地握着第谷的手说：
“我早就等着这一天的到来了。”
第谷赶紧补充道：
“我有个要求你必须得答应，那就是注意身体，不能过于疲劳，否则，会影响工作进展。”
开普勒微笑着点点头。
1601年10月，第谷忽然感到身体不适，一向健康自信的他并没有在意这点小恙，他仍然和往常一样，准时到达工作间，做编写星表的准备工作。
可是，病情像野火一样很快蔓延到第谷的全身，持续高烧、咯血，任何药物都无济于事，病痛使他必须躺倒在病床上。
第谷从未得过这么严重的病，他猛然意识到，也许自己再也没有机会起来了。开普勒来看望他的病情时，他用尽全身的力气，拉住开普勒的手，断断续续地作了临终嘱托：
“我把毕生精力都投入到了观察星辰方面，为的是要得到一种准确度极高的星表……我现在把底稿交给你，希望你能继续我的工作。如果这份星表能够出版，就命名为《鲁道夫星表》，我们至少要用这一点报答鲁道夫国王……”
开普勒哽咽着说：
“放心吧，老师，今后不管遇到多大困难，我都会按着您的话去做，《鲁道夫星表》一定会公之于世的。”
听到这里，第谷的脸上露出了满意的笑容，然后便永远地合上了眼睛。年仅55岁的第谷，把科学的接力棒传给开普勒后，带着美好的希望离开了人间。
从第谷染病到溘然长逝，只有11天的时间。这11天开普勒简直像在做梦一样，他真是不敢相信眼前的一切，这个事实对于他来说，来得太突然，又太残酷。
追悼会上，他站在第谷的遗像前，声泪俱下：
“上帝通过一种不可改变的命运把我同您联在一起，所以我们的相遇是命里注定的，即使我们发生了严重的争执也不许我们分手，可是，当我们真的再也不想分开的时候，上帝却改变了主意，硬是把您从我的身边拉走了……”
开普勒再也说不下去了，他不知道自己怎样离开了会场，怎样到了家。当他睁开眼睛的时候，女儿告诉他，他已经昏睡了两天两夜。
第谷的去世对开普勒的打击比宗教围攻还要严重。但是，他一想到第谷的临终嘱托，想到他未竟的事业，一种神圣的使命感压倒了心中所有的悲伤，鼓舞着他继续奋斗。
10月末，开普勒接到了奥地利皇帝任命书，他被任命为皇家数学家，接替第谷的工作。皇帝同意给他的年薪为500居尔盾，还不足第谷的一半。谁知第一次薪水就足足拖延了5个月，而且这种拖延后来成了家常便饭。
因此，开普勒再次被经济问题所困扰。经济上的困难不仅影响了他全家人的生活，而且也干扰了他正常的研究工作。
开普勒步履维艰，每前进一步都面临着严峻的考验。
