又过几日，崇祯将杂事暂时推到一旁，只带王承恩一人，乘小轿出了西内廷门，便离了皇宫，径直往徐府而去，来到徐府前，并不多言，只叫王承恩拿了手令交予门房，不多时，徐府中门打开，徐骥带着阖家老小，匆匆忙忙出来，徐骥跪倒在地道：臣参见陛下！
崇祯这才从小轿中出来，上前扶起徐骥问：阁老可还好，朕前几日得了信，今日才抽出空来。徐骥红着眼眶边陪着崇祯前行边道：自十几日偶的风寒，本无大碍，只是前几日病情突然加重，太医院、医部均束手无策，又请来格物部诸位医司郎中，亦说不大好，这几日也是时而清醒，时而糊涂，臣亦不敢以家父身体叨扰陛下，不想陛下竟然亲至，阖府上下无不感恩，想来家父亦有安慰。
崇祯颇为凝重的点点头，穿过一道门，便来至内室，阖家妇孺尽皆回避，崇祯便进了屋，只见徐光启已是骨瘦如柴、面目全非，两腮深深凹陷，虽闭着眼，但是只见眼皮上下颤动，嘴里还呢喃着什么，徐骥强忍泪水，打着颤轻声道：父亲，父亲，陛下来看您了。
徐光启似乎听见了这一句，猛的睁开了眼，说了句：陛下来了，老臣总算把陛下盼来了！说着便要撑着起身，崇祯忙坐到榻前，扶住徐光启道：阁老勿动，是朕来的迟了。
徐光启亦不说话，只是拉着崇祯的手，不由得老泪纵横，崇祯忙摆摆手，徐骥和王承恩便退了下去，崇祯问：阁老可是还有什么未了之事？尽可对朕说。徐光启只是小声呢喃，似乎已经说不出话，崇祯便道：可是放心不下端昭仪？阁老放心，昨日太医院来报，端昭仪已有近三个月身孕，朕一定好好待她。
徐光启摇了摇头，崇祯又道：阁老可是担心徐骥？徐光启又摇了摇头，然后伸手指了指床头一侧，崇祯忙起身看去，却原来是一本书，崇祯伸手拿过来，乃是《农政全书》，崇祯有些不解道：此书崇祯元年不是已刻印吗？阁老还有何不放心？徐光启这才积攒了些力气道：臣这几年考究一番，发觉此书尚有不足之处，臣唯恐流于后世，贻害后人，故又重新审定一番，尚未刻印，此一也，崇祯三年，陛下下诏令臣主持编纂《崇祯历书》，如今已成大半，只是臣只怕不能继续了，臣保举副编纂李天经，继续主持编纂工作，此其二也，唯有此二，老臣无憾亦。
崇祯不由泪流满面道：朕记下了，还有一事，阁老之后，谁可承担格物之业。徐光启略一想道：方以智可。崇祯便说：阁老曾对朕说过，格物之业大兴，必在此人身上，不过方以智年纪太小，资历不够，现在恐难服众。徐光启又道：宋应星可。崇祯想了想道：宋应星年龄、资历尚可，只是如今他任格物部尚书，他若离开，恐格物部无人打理。
徐光启又道：孙元化可。崇祯摇摇头道：孙元化长期在地方任职，未有朝廷工作经历，此外，当年孙元化在辽东时，与毛文龙、袁崇焕多有关联，今岁，孔有德叛乱，孙元化亦有失察之职，朕不加惩处已是格外开恩，况且孙元化只在武器装备上多有建树，没有纵览大局的本事。徐光启又道：那便只有陈子龙可担此任了。崇祯不由得眼前一亮道：此人尚可。
徐光启这才放下心来，似乎刚才的对话耗尽了他所有的力气，不由的长出了一口气，接着，徐光启似乎又想到了什么，又道：陛下，臣曾与张稷若大人有过长谈，臣以为张大人才思敏捷，见地既广又深，远在臣之上，望陛下明察。崇祯点点头，有些哽咽道：朕记下了，阁老还有什么要交代的？徐光启道：臣要去了，所谓人之将死其言也善，望陛下勿以臣为念，自陛下登基以来，大兴革弊，臣只恨时间太短，又兼年迈，唯有以烛火之光以助陛下，望陛下戒骄戒躁，我大明中兴有望矣，臣死后，万勿张扬操持，当一切从简，为天下表率，以警奢侈之风气也。
朱由检此时已是泣不成声道：徐光启乃真正人也，临死之时，还是想着天下百姓，想着朝廷社稷，此乃天下为公之表率也。陆遥也叹息道：是啊，人性中便是有如此光辉的一面，徐光启可谓人性之光也。
崇祯也是痛不可支道：阁老勿要灰心，只是小小风寒，不要胡思乱想。徐光启笑了，笑着摇了摇头，又笑着点了点头，然后又轻轻闭上了眼。
崇祯又待了片刻，让自己心情平复，擦干眼泪，才开了门出去，徐骥和王承恩仍候在外边，崇祯便道：好生照顾阁老。便带了王承恩离了徐府。
十一月八日上午，崇祯正在中和殿议事，王承恩匆匆过来，对崇祯耳语道：陛下，徐阁老今晨仙逝了。崇祯不由楞了，好半晌，崇祯挥挥手道：诸位爱卿暂且跪安吧。郭之奇、方以智等人不明就里，便退下了，整个大殿只剩了崇祯一人，想到徐光启种种，崇祯不由得放声大哭，哭的何等悲切、何等凄凉。
好半晌，崇祯才止住哭声，又多加平复心情，使自己恢复如初，便又招进众人道：朕刚得知，徐阁老今晨西去矣。方以智不由的大惊失色，眼泪“扑簌簌”流了下来，王承恩、秦熙、杨寰亦面露悲色，许士扬道：徐阁老一生为国为民，耗尽心血，令人唏嘘矣。说罢，亦滴下泪来。郭之奇、戚兴国、袁韬也低头不语。
崇祯便道：徐阁老学问贯通，言行端正，老成重厚，识达大体，学术纯正，持己端方，谋虑深远，才智超卓，通达古今，明练治体，思窥格物之学，以救汉宋以来空言论学之失。特追封太子太师，谥文定，辍朝三日。
接下来几日，崇祯又下诏，擢都察院考功司郎中陈子龙为内阁总理副臣，翰林院考录司待诏徐行忠接任都察院考功司郎中，徐尔觉（徐光启长孙）任翰林院考录司待诏，李天经擢为笔录编译司编译局侍书、《崇祯历书》总编纂。
十一月十五日，徐光启灵柩离京，徐骥抚灵回松江港府上海县老家安葬徐光启，上奏折请求丁忧三年，崇祯恩准，并派王承恩写了一副对联赠与徐家，上联“治历明农百世师经天纬地”，下联“出将入相文定公奋武揆文”。
十一月十六日，崇祯下诏，令都察院御史台右都御史徐兆魁兼任都察院大理寺卿。
（历史上的徐光启：生于1562年，逝于1633年，字子先，号玄扈，天主教圣名保禄，汉族，上海县法华汇人，明代著名科学家、政治家，被称为“中国开眼看世界第一人”。毕生致力于数学、天文、历法、水利等方面的研究，有《毛诗六帖讲意》、《几何原本》、《测量法义》、《测量异同》、《甘薯疏》、《勾股义》、《简平仪说》、《泰西水法》、《农书草稿》、《定法平方算数》、《刻同文算指序》、《考公季节》、《选练条格》、《农遗杂疏》、《农政全书》、《徐氏庖言》、《崇祯历书》、《九章算法》、《灵言蠡勺》、《兵机要诀》等译著留世。）
