【史要】阿古柏割据新疆，建洪福汗国；沙俄侵占伊犁；左宗棠平定回民起义……
却说，正当清皇朝处于内忧外患之中时，沙皇俄国却虎视眈眈地在觊觎中国新疆的伊犁了。
正如林则徐早已告诫国人所言：“终为中国患者，其俄罗斯也!”
这块位于中亚的、包含了巴尔喀什湖东南面的伊犁河流域广大地区，是一处幅员辽阔、雨水充沛、土地肥沃、物产丰富之地，素有塞外江南、中亚湿岛之美誉；故而，令沙皇俄国早已垂涎三尺欲将其占为己有，只是苦于找不到借口。
因为，这块富庶之地，一直来就是中国的疆域。
先秦时期，曾有一批游牧于河西走廊的操突厥语的乌孙族人，在其部落首领昆莫的率领下，在伊犁建立了一个乌孙国。到了西汉时期，汉武帝派张骞出使西域，并将解忧公主等远嫁乌孙；从而，乌孙国与汉皇朝结成联盟，以便共同对抗匈奴。汉宣帝神爵三年，汉皇朝击败匈奴后，在西域设立了都护府以管理西域事务；从此，乌孙即在汉皇朝的保护下，成为汉皇朝的属国。
唐显庆二年，唐皇朝统一西域后，即在伊犁设立州、府，隶属于安西都护府；唐武周长安二年，改隶于北庭都护府。此后，虽有皇朝更替，但伊犁一直依附于汉室，并成为西域的政治中心。
清乾隆二十七年，新疆的准噶尔与沙俄勾结发动叛乱；清皇朝先后用了七十年时间，直至乾隆二十三年，终于将准噶尔叛乱平定。此后，清皇朝设置并委任了总统伊犁等处将军，简称伊犁将军；驻屯于伊犁的惠远等地，统辖天山南北各驻防城邑及归附清皇朝的中亚和哈萨克族各部。雍正年间，还创建了古州、台拱、清江、都江、丹江、八寨等六座城市；乾隆二年又增建了凯里、鸡讲、朗洞、柳罗诸城池；并委派官吏，管辖西域；并将西域改称为新疆。
至此，大清皇朝已拥有了东至库页岛，南至南沙群岛，西至葱岭的巴尔喀什湖，北至西伯利亚南部的萨彦岭与外兴安岭的广大疆域。基于实测，康熙年间就绘制了《皇舆全览图》，乾隆时又绘制了《乾隆内府皇舆图》，均将上述各地绘制其中，成为皇土不可缺少的部分。
然而，鸦片战争期间，沙皇俄国伙同英、法等国用炮舰和武力敲开了中国的大门。
一八五八年，俄国强迫清皇朝签订了中俄《瑷珲条约》，侵占了黑龙江以北、外兴安岭以南的六十多万平方公里的中国土地。两年后，又签订了中俄《北京条约》，再次夺取了乌苏里江以东约四十万平方公里的中国领土。一八六四年，依据中俄《北京条约》中有关边界划分的规定而续签的《勘分西北界约记》，沙俄又割占了巴尔喀什湖以东、以南，包括斋桑湖、特穆尔图淖尔在内的四十四万多平方公里的中国领土。
至此，沙皇俄国已割占了中国的大片疆土，但仍未满足野心；于是，沙皇俄国又把目光投向了大清皇朝位于西北边陲的伊犁地区，并企图吞并整个新疆。
一八六四年，新疆各地迫于饥荒等多种原因也不断的爆发起义，相继建立了形形色色的与清皇朝分庭抗礼的地方政权。
先是在渭干河、库车河一带，托乎提尼牙孜哈里等人率领饥民暴动，回民杨春、马三保、马隆等人率众响应。起义军攻入库车城，清朝官吏库车办事大臣萨灵阿、阿奇木伯克库尔班等八名伯克被杀。然后，起义军推举库车的加拉里丁大巴依家族中的热西丁为首领；奉其为伊斯兰胜利者教父，尊号圣人后裔，自称热西丁汗；自此，建立了热西丁政权。
与此同时，塔什米里克阿奇木伯克、柯尔克孜族首领司迪尔攻取了喀什噶尔城后称王，也建立了司迪尔政权。
接着，乌鲁木齐、昌吉、玛纳斯、库尔喀喇乌苏等地的回民也发动起义；起义军攻占乌鲁木齐后，推举中国伊斯兰教虎非耶门宦、新疆吐鲁番东道堂的创始人妥明为清真王；妥明则自称哈里发，也建立了哈里发政权，改年号为清真二千八百九十三年。
这支起义军向东发展至哈密，向西发展至乌苏，向南发展至吐鲁番，向北与清军争夺塔尔巴哈台，迫使清军困守在巴里坤危城而盛极一时。而伊犁的回族头目马万信串连维吾尔族的阿奇木伯克阿布鲁苏勒等人也相继起事，攻占了宁远城；后来，义军的领导权落入了曾出任过伊犁将军但已被革职了的迈孜木杂特手中；迈孜木杂特自称苏丹，从而建立了苏丹政权。
而另一个曾参与过库车起义的阿奇木伯克海孜那奇，回到和田原籍后，与刚从麦加朝觐回来的宗教法官哈比布拉再次起兵；起义军攻占和田后，哈比布拉自称帕夏，建立了帕夏政权。
面对新疆如此纷乱的局面，当时的清皇朝却无暇顾及，只好眼睁睁地看着这一大片西域疆土似若沸汤混沌不堪无能为力。至同治三年底，新疆全境除了惠远、惠宁等几座城池尚有清军困守之外，清皇朝的统治已经土崩瓦解；代之而起的即是五个互不隶属的地方政权，将大清朝的西域疆土瓜分罄尽了。
同治四年春，占据了喀什噶尔城的司迪尔派部属金相印前往位于中亚河间地区的浩罕国，迎回因叛乱而已被清皇朝处死的伊斯兰教白山派首领张格尔的独生子布素鲁克，欲借助其霍加后裔的名望帮自己巩固政权。浩罕国的阿力木库尔汗答应司迪尔的要求，派遣骁勇善战的雅霍甫伯克阿古柏率领一支骑兵护送布素鲁克去往喀什。
谁知，布素鲁克和阿古柏一到喀什，奸诈的阿古柏唆使布素鲁克将司迪尔逐出喀什城，反客为主地霸占了司迪尔的地盘，令司迪尔不是阿古柏的对手。
虽然，双方的兵力相差悬殊，司迪尔似乎占有绝对优势；然而，阿古柏却出奇谋，只用了百余名骑兵夜间偷袭司迪尔的帅营，即将司迪尔打得落荒而逃，数千兵马都成了阿古柏的俘虏。接着，阿古柏用俘虏组建了一支数千人的军队，声势顿时强盛了。于是，阿古柏协助布素鲁克在喀什建立了哲德沙尔汗国；哲德沙尔意即七城，表明了阿古柏欲占领南疆的喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什等七座城池的野心。
果然，阿古柏打败司迪尔后，又率部连克了叶尔羌、和阗；接着又击败了热西丁，占领阿克苏等地，统一了除库车、库尔勒之外的南疆。
然而，正在阿古柏称雄南疆的时候，浩罕国的本土塔什干却被受俄国支持的布哈拉汗国侵占而丢失；浩罕国的数千残部在玉努斯江的率领下逃入新疆投奔了阿古柏，倒是给阿古柏又增添了不少兵力。
而此时，哲德沙尔汗国也发生了内讧；布素鲁克为摆脱阿古柏，在喀什发动兵变，但很快就被阿古柏战败并逐出喀什。于是，阿古柏扶立了布素鲁克的堂兄卡塔条勒为汗；但不久，阿古柏又将卡塔条勒毒死，自立为汗了。同治六年，阿古柏取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国；自称毕杜勒特，意即洪福无量的人。
阿古柏建国后，即又发兵攻占了库车、库尔勒；至此，大清朝西域的南疆全部被阿古柏侵占。
阿古柏建立洪福汗国后，强迫异教徒改信伊斯兰教；并在南疆各地设立伯克作为地方军政长官，以加强其汗国的统治。
英国政府闻知中国西域的南疆已归阿古柏所有，为获取在该地的权益，赶紧派遣特使英属印度康格拉茶园主罗伯特·沙敖，前往喀什会晤阿古柏，承认洪福汗国政权；阿古柏当然高兴，也于第二年派遣亲信米尔扎·沙迪去印度会见了英国总督，接受了英国总督赠予的大批枪支弹药和修造军械的设备。
沙皇俄国见英国插手中国的新疆，当然不甘落后；同治九年，沙皇俄国也派出使者到喀什噶尔，劝诱阿古柏倾向沙俄；并派出了索莫夫与莫罗佐夫兄弟的两支商队，自吐尔尕特山口运送了大批军火到喀什噶尔，送交阿古柏的军队使用；于是，阿古帕派遣其外甥阿吉托拉前往彼得堡向沙皇道谢。
得到了英、沙两国的支持后，阿古柏更是壮胆了。
三月，阿古柏从喀拉沙尔发兵进攻吐鲁番；当地的回族与维吾尔族人自发地起来抗击，但结果还是让阿古柏攻占了吐鲁番。隔年，阿古柏又相继攻占了乌鲁木齐、古牧地、木垒、玛纳斯、鄯善等地；阿古柏的气焰甚嚣尘上，大有要把全新疆一口鲸吞之势。
此时，清皇朝在新疆的地方政权与内地已经完全失去了联系，只有少数的清军还艰难地固守在塔城、乌苏一线。
而沙皇俄国一面暗中唆使和怂恿阿古柏在中国的新疆燃起战火，一面也密谋着侵占中国新疆的伊犁了。同治十年五月，俄军分两路侵犯伊犁，但遭到了当地民众的自发抵抗而未能得逞。
一个月后，俄军再次犯境，攻占了伊犁地区的绥定、惠宁、宁远等九座城池；并很快的将占领区扩大到了北至清河、库尔喀刺乌苏，东至哈什河、空格斯河一带，南至穆素尔山口，整个伊犁已全被其所占。
沙皇俄国在武力侵占伊犁的同时，却向清政府诳言：“因为，中国新疆地区的回民起义未能平息；所以，俄国政府才代为收复并派兵驻守。”也可以说是“代管伊犁”。
清皇朝闻报阿古柏在新疆建立洪福汗国，沙皇俄国侵占了伊犁，不由得也大愕了。
如此大的一块西域疆土被侵吞，清皇朝当然也不甘等闲视之；于是，朝庭赶紧下《旨》命伊犁将军兼乌里雅苏台参赞大臣荣全，赶赴伊犁与沙俄交涉，欲收回被占领土。同时，命令乌鲁木齐提督成禄率军由甘肃的高台出玉门关，陕西总兵刘铭传率军从乾州西行出关，会同乌鲁木齐都统景廉，务必从阿古柏的手里夺回乌鲁木齐并收复新疆；而令记名提督徐占彪赴肃州接替成禄的防务，令陕、甘总督左宗棠尽速平定回乱以确保筹收复新疆所需的后勤供应。
然而，清廷的这一收复新疆的计划一开始就遇到了障碍。
因此时，陕、甘的回民起义军正闹得如火如荼，阻断了清军前往新疆的途径；所以，清军在肃州遭回民起义军纠缠，未能开赴新疆。
而荣全受命后即从乌里雅苏台起程，跋涉二个多月后终于抵达了新疆的塔尔巴哈台，但却被俄国人制造的种种借口挡住了而未能进入伊犁。
与此同时，清廷的总理衙门也在北京同沙俄驻华公使倭良嘎哩交涉，欲归还伊犁。
然而，倭良嘎哩却藉口：“清政府在新疆的兵力太薄弱，无力接收伊犁；只有等到中国军队从阿古柏的手中收回了乌鲁木齐、玛纳斯等地后，新疆与内地的交通得到恢复之后，清政府才有能力管理亲疆；到那时，俄国才会把伊犁交还给中国。”
如此，中俄之间有关“归还伊犁”的谈判没有结果，清皇朝显得十分无奈。其实，沙皇俄国打算永久侵占伊犁，甚至于欲将伊犁划入俄国的版图；只是，不便明言罢了。
清庭眼见进军受阻而谈判无果，只好忍气吞声的暂时作罢；于是，更欲剿灭陕、甘的回民起义军，以打通去往新疆的途径。于是，剿灭陕、甘“回民起义军”之事成了陕、甘总督左宗棠的当务之急。
其实，眼见着中国西域新疆被阿古柏和沙俄蚕食侵占，左宗棠何尝不心急如焚，每每想起则寝食不安。然而，若是陕、甘的回乱未宁；有着这只拦路虎挡道，收复新疆就毋从谈起；所以，清皇朝敦促左宗棠从速平定回乱；左宗棠自然也不敢怠慢，把全部精力投入其中了。
此时，陕西的回民起义军见左宗棠的大军将至，有的就进入了甘肃，留在陕西的已是不多；所以，左宗棠决定先秦后陇，抚、剿兼施。待安定了陕西后，再去对付活动于甘肃的起义军。
同治六年七月，左宗棠亲率二万楚军抵达潼关时，西捻军已经离去；左宗棠派部将刘松山、郭宝昌尾随追击，自己则率军留驻潼关。
陕西和甘肃两省的官员早已是望眼欲穿，盼着左宗棠前来帮助平定回乱。而今，见左宗棠的大军已进至潼关，宁夏将军穆图善及新任甘肃提督高连升即带着一班官员，赶至西安东南侧的蓝田迎候。
于是，左宗棠起营拔寨，离开潼关，去往西安。
左宗棠进驻西安后，即命穆图善张榜安民；并派员四出，赴回民较集中的洮州、静宁、河州、狄道等地进行招抚。
因回民起义军没有统一的组织，似若散兵游勇；此时，回民起义军见清朝大军到来，有的自料不敌，也就愿意接受招安缴械投降了。而一些不甘臣服的，则退入了甘肃境内，仍坚持抗清。
退入甘肃境内的回民起义军，有的驻于甘南的渭河与泾河一带。有的则在紧临陕西的庆阳汇集，打通了至吴忠的通道；然后，盘踞在了甘北。
然而，由于甘北贫瘠荒芜，所需粮草须取自秦川；所以，回民起义军虽然撤离了陕西，但仍不时的入秦骚扰。而被招抚留在陕西的回民起义军，却因长期存在的回、汉之间的矛盾并没有从根本上消除；那些受招抚了的回民起义军，表面上虽然是降了，但心底里却是降而不服；因此，回、汉之间仍常有磨擦，麻烦不断；已被招抚的回民起义军，往往又会因一些偶发因素而从新举起义旗；如此的新的起义之举，此起彼伏时断时续总是不能平息。所以，整个陕西境内，局势仍很微妙，难以久安。
左宗棠见局势未稳，难如己望；而招抚之策成效未显，这才决定依仗武力彻底铲除陕西境内的回民起义军，以稳定局势。于是，左宗棠派兵四出，刻意围剿；欲各个击破，靖平全境；不久，果有收获。
清将刘典很快就将西安周边的回民起义军赶到了渭河以北；然后，又压迫到了甘肃境内。
李辉武会同张岳龄，在宝鸡的千阳击败了回民起义军，也将其赶至陇中。
阎定邦则也将窜入到陕、甘边境长武的回民起义军击退，迫使回民起义军再退回到了甘肃的泾河一带。
而驻于甘肃隆德的回民起义军东向袭取了华亭、崇信、灵台后，也遭到了清军的阻截；清将吴士迈不但击退了回民起义军，并缴获了大量的粮食和牲畜。
高连升也率部攻打驻于正宁的回民起义军，逼迫其进一步西撤，退到甘肃庆阳中南部的董志原。
魏光焘与刘厚基则在陕西东北部的宜川，铲平了回民起义军的北山根据地，将起义军首领张大有等人斩杀，并也获取了大量的粮食和牲畜。
在彬县与三水一带，清将黄鼎与回民起义军激战，起义军首领马正和负伤而逃，沿泾河溃退入甘肃境内。
游击于陕西中部的回民起义军，在渭南的白水一带，被从宜川凯旋南下的魏光焘部拦截；回民起义军败走渭河，又受阻；只得折而沿洛河西岸北上，欲渡洛河后退入甘肃；然而，正在渡河时，洛河水徒涨；使正在渡河的回民起义军溺死过半，仅有数千人凫水过河逃命；未及过河的，皆被魏光焘追杀。
李大有和成定康两部在咸阳北面的淳化也击败了回民起义军。
金顺和刘馨集也在陕北的绥德、榆林等地，拔除了回民起义军的几个据点，斩杀数千人，大获全胜。
至此，陕西境内的回民起义军几被肃清，殘部退入甘肃后，不敢再入陕骚扰，秦川大地终于有了片刻宁静。
同治七年，西捻军被剿灭后，刘松山、郭宝昌等率部回到陕西。刘松山屯于陕北的绥德一带，郭宝昌屯于渭南一线。
此时，退入甘肃的回民起义军，较有生气的几支皆北上汇集在了吴忠的金积堡，继续与清庭抗衡；并等待时机，进行反扑。
左宗棠见陕西境内已经安定，遂决定对盘踞于甘北金积堡的回民起义军实施围攻；从而实现他先秦后陇，平定回乱的谋略。
左宗棠谋划兵分北、中、南三路入甘；其中北、中两路对金积堡实施夹攻；南路则追击退至甘西的回民起义军殘部，且防堵其北上驰援。
因此时，刘松山部正驻屯于陕北的绥德；左宗棠即打算让其率部从绥德西进，直指金积堡。左宗棠则自率中路，经陕西的乾州、邠州、长武入陇，然后折向北上；与刘松山南北呼应，从而对金积堡实施夹攻。南路则由李耀南、吴士迈等人率领，自陕南的陇州，经宝鸡、秦州后入甘，追击已溃入甘肃西部的回民起义军。
谋划既定，稍作休整后，各路兵马按计而行。
谁知，正在清军准备深入甘肃剿灭回民起义军时，驻屯于绥德的清军却发生了骚乱。
原来，刘松山的部队中有哥老会组织；哥老会又称袍哥，是个源于四川而活跃于长江流域的秘密社团，在湘军中影响较大，许多士卒都是其会员；且因哥老会的成员多来自社会底层，故对于回民起义军深表同情；而今，清庭要他们剿灭回民起义军，多有不愿。于是，哥老会头目谢永青、丁玉龙等人秘密串联了各营中的会员，并与回民起义军取得联系后，决定举行起义。
正在清涧的刘松山闻知绥德驻军兵变，赶紧星夜从百余外的清涧赶回绥德。因参与兵变的哥老会成员仅有百余人，势力不盛；所以，刘松山只用了几天时间，就擒获并处死了谢永青、丁玉龙等数名哥老会头目及参与者，一场兵变就这样有惊无险地被平息了。
左宗棠闻知刘松山平息了兵变，对其褒奖一番后，遂又集中精力实施自己的谋划了。
同治八年秋，刘松山终于率部从绥德进发；一路西向，经清涧、靖边、定边后，即进入了甘北。因此时的陕西境内已无回民起义军活动，所以一路上没有遇到多大的抵抗，刘松山就轻松地抵达了甘肃的花马池。
进入甘肃后，回民起义军的抵抗增强；然而，刘松山仍继续挥师西进，势如破竹所向披靡，很快进抵到甘肃的灵州。
一路上，刘松山攻克了五十余座堡寨，扫平了回民起义军的九十多个据点，战绩显赫。接着，刘松山攻占了灵州和吴忠；于是，金积堡就在眼前了。
进驻吴忠后，刘松山让部队稍作休整，等待左宗棠大军的到来。
而此时，左宗棠也已率军进入甘肃，经甘东的泾州、平凉后，进到了固原；然后，折向北上也直指金积堡。
刘松山见左宗棠的大军已经固原北上，于是又从吴忠出发，进抵到距离金积堡仅有数十里远的郭家桥。
不久，左宗棠也率部抵达，在金积堡的西南面仅相距十多里的汉渠驻扎。
金积堡位于甘北，扼秦、汉两渠；相距十多里即是青铜峡口，可经此退守黄河西岸；东向可直达花马池，越境即入秦川；地理位置十分显要。故而，回民起义军退入甘肃后，大都屯驻于此。
所以，左宗棠以南、北北路夹攻必欲夺取。
待左宗棠抵达汉渠，刘松山进驻郭家桥后，清军已将驻扎在金积堡的回民起义军围困了；不久，清军又占据了金积堡外围的要地永宁洞及黄河边上的青铜峡口。
与此同时，李耀南率领的南路清军从宝鸡出发，经陇州后进入甘肃；沿途也只有小股的回民起义军稍作抵抗，即被李耀南击溃，纷纷向西撤离；于是，李耀南率领的南路军所向披靡，抵达了天水的秦州。
驻于同心城、韦州堡一带的回民起义军见情势不妙，则向清军投降了。
至此，以马化龙为首的回民起义军被围困于金积堡，更是绝了外援，如同瓮中之鳖，情势异常危急。
然而，回民起义军却不被左宗棠的大军所惧，仍然顽强抵抗。因为，回民起义军以骑兵为主；他们利用骑兵的长处，忽东忽西地左右冲突，最后终于找到了突破口。
清军总兵简敬临以为回民起义军已被围困，必遭俱歼；简敬临也就因胜滋骄，欲邀功而率部杀入敌营，却被突然而至的回民起义军的骑兵反包围了；结果，士卒死伤无数，简敬临也被砍杀。
于是，清军的包围圈被撕开了一个口子；回民起义军中的一部突出重围，夺取了青铜峡，然后渡过了黄河西走。
而此时，另有一支千余人的回民起义军，从金积堡突围后，进至秦渠南面，夺占了处于秦渠口的几个村堡，也欲渡河而走。
但马化龙的大部却来不及突围，被撕开的口子又很快让清军合上了，未能突围的回民起义军又被围困在了金积堡。
刘松山见已突围的回民起义军皆欲渡河，于是连夜率部追击；直至秦渠口，回民起义军方被追及。
回民起义军不敌，只得退入秦渠口的马五寨。
刘松山又率部攻打马五寨，欲将退入马五寨的回民起义军聚歼。
退守在马五寨的回民起义军见难以突围，表示愿意投降。
于是，刘松山勒令回民起义军出寨受降，回民起义军只得依从。
刘松山见回民起义军已降，也就趾高气扬地跃马奔到寨前，指着一个个已经垂头丧气了的回民起义军的降卒大厉声辱骂，同时还用皮鞭狠狠地揍打。
回民起义军虽降，但遭此羞辱与毒打，心中十分愤懑；且更加忧虑若是真的降了以后，也就更会是任人宰割恐了；所以，有人暗思“如其降而被杀，不如抗而战死”。于是，正在刘松山随意发泄，辱骂并殴打回民起义军的降卒之时，却有人举起尚未缴出的弓箭，突然向刘松山射击。
刘松山根本想不到降卒中会有如此胆量者，竟敢向他射冷箭；因此，刘松山不曾提防，且又因有如此胆量者非一人，数箭齐射令刘松山躲闪不及，竟然被射中要害而当场毙命了。
清军失去主将，军心顿时大乱；回民起义军趁机反扑，清军溃败。
然而，清军毕竟势盛，刘松山虽死，回民起义军的金积堡之危并没有真正解除。
不过，刘松山的死，毕竟使回民起义军重振了士气；已经渡过黄河了的从新返回，马化龙则派兵四出，欲从新窜入陕西骚扰，希图将清军主力吸引走，从而解金积堡之危。
于是，一支回民起义军在马正纲的率领下，从包围圈的缺口突围而出，经庆阳的宁州、正宁后入秦，直取关中平原上的郃阳。而另一支由马朝元率领的回民起义军，则一路东向，经花马池入秦，攻克定边直抵靖边；然后，折而南下也直达关中平原，取道延安以南的甘泉后，配合马正纲部去攻打与郃阳毗邻的韩城。
关中平原乃华夏文明发祥之地，此地富庶，素有“八百里秦川”之称，《史记》中更是称其为“金城千里”、“天府之国”。马化龙派兵骚扰此地，意欲逼迫左宗棠从金积堡撤军而回顾。
然而，左宗棠并没有中马化龙之计。
刘松山的死使左宗棠痛心疾首，更是加紧了对金积堡的围攻。同时，任命刘松山的侄儿、时任布政使的刘锦棠接管其叔的部队。刘锦棠接任后，发誓要把回民起义军剿灭，为叔父报仇。
而驻守韩城的郭宝昌见回民起义军前来攻打，赶紧率部堵截。因回民起义军毕竟是孤军深入疲惫之师，而郭宝昌是驻地防守以逸待劳；所以，两军交锋，回民起义军即溃败。郭宝昌在韩城西北的白马滩击败了马朝元，接着又协助郃阳的守军击溃了马正纲。
马朝元与马正纲被击败后夺路而走，从新退入甘肃。
马化龙见此计不成，遂又派人与驻于河州与狄道的回民起义军联络，要他们东进渭源并攻取巩昌，诱使左宗棠南下。
但左宗棠只是命令李耀南加以阻截，仍不为所动。结果，在渭源东南面的礼县，回民起义军又被李耀南所败。
而此时，刘锦棠已率部克复灵州，马化龙欲从灵州突围，被刘锦棠阻截，只得退回金积堡。
数月后，马化龙因久困于金积堡，已经粮草断绝；马化龙派人四出觅粮，却又皆被清军所歼。至此，马化龙彻底绝望了，不得不请求投降。
于是，左宗棠收复金积堡，将一万多名归降的回民起义军迁送到固原，这才平定了甘北。
刘锦棠因叔父之死记恨难忘，不愿饶恕马化龙；所以，马化龙虽降，结果还是被杀害了。
左宗棠因已有过回民起义军降而复反的教训，也怕马化龙反复无常再惹事；故而，对于马化龙的被杀，故作不知。
马化龙死后，回民起义军没了主心骨，更如散沙一盘了。
于是，左宗棠又派兵各个击破。
占据河州一带的回民起义军首领马占鳌自知无法再与清军抗衡，遂也向清军请降，总算保住了一条性命。
接着，刘锦棠率部在西宁、大通、巴燕戎格等地全歼了盘踞于该地的回民起义军，其首领马桂源、马本源兄弟俩战败被俘。
隔年，左宗棠再派总兵徐占彪围剿盘踞于肃州的回民起义军，起义军首领马文禄突围失败后被迫投降，结果仍被杀。而另一首领白彦虎却率了一支起义军出嘉峪关西走入新疆去了，从此不敢再入陇。
至一八七三年十一月，活动于秦、陇两地长达十二年之久的陕、甘回民起义终于被左宗棠平息了。
而此时，云南回民起义军建立的大理政权，在滇西坚持了十余年；至同治十一年，因叛徒马如龙出卖，情势急转直下，许多城池相继被清军攻陷，大理政权的总统兵马大元帅杜文秀只得率残部困守于大理城内。
于是，清军包围了大理城，杜文秀眼见形势恶化几近绝望遂服毒自尽了。
首领伏诛后，起义军更难坚持；一八七三年五月，大理城终于被清军攻陷；至此，坚持了十八年之久的云南回民起义也宣告结束了。清皇朝平定了云南和陕甘等地的回民起义后，一直搁在心头的内患终于消除；这才有精力对付外寇，于是打算收复新疆了。
