1949年4月20日早晨，长江北岸扬州东南20公里处的三江营（今江苏泰兴县口岸镇西）第8兵团阵地上，配属20军的特纵炮3团战士们正在进行渡江作战前的准备工作。兵团主力20军就要从这里渡江，炮团的任务是准备掩护步兵渡江。团部于4月18日率一连（有日式105榴弹炮3门）和七连（有日式野战炮3门）进驻三江营阵地。
三江营一带港湾很多，大运河就在扬州和镇江之间穿过长江，是强渡长江的有利起航地，而对岸的扬中县原是江中的一个大沙洲，由于泥沙的淤积在南岸形成一个小江岔子。北岸有一条小河也在这里汇入长江。长江在这里拐了一个弯，江面不宽，水流不急。兵团首长认为三江营是一个很好的出发阵地，对岸也是理想的登陆场。
上午9时许，兵团司令员陈士榘正在扬州城里召集军师干部开会，作渡江前的最后部署。突然从三江营方向传来了一阵急促的炮声。不久就接到炮3团报告：一艘挂米字旗的英国军舰由西向东闯入我军防区，通过我7连第三炮位后，发现北岸我炮兵阵地，首先向我开炮射击。我炮兵立予还击，当即将英舰甲板及炮台、司令台、机轮仓击中数处。英国军舰当即折向南岸，此时对岸的龟山敌炮兵阵地也配合英国军舰，合力向我阵地攻击。英国军舰快要接近南岸时，因为搁浅，行动失灵。我右翼1连炮阵地亦协同7连作战，英舰中弹30余发。但由于我炮兵未配备破甲弹和延期信管，未能将其击沉。看到英国军舰升起了白旗，我炮兵遂停止炮击，但须臾英国军舰又降下了白旗，升起了米字旗。密切监视该舰的我炮兵又开始了炮击，英国军舰吃不住炮轰，只好再次升起白旗。此时，军舰距解放军阵地有七八千米远，加上江上烟雾弥漫，英国人唯恐我炮兵观察不到而继续开炮，索性连着升起了三面白旗。我炮兵这才停止了炮击。
事后得知，这个“不速之客”是英国海军护航舰“紫石英号”（Amethyst，又译“紫水晶”）。据说他们的任务是到南京“保护”英国侨民的，英国军舰根本没有把北岸的人民解放军放在眼里。
炮声没停歇多久，下午1时半，另一艘英国军舰“伙伴号”（Consort）闻讯后从上游疾驶而下，赶来增援“紫石英号”。“伙伴号”三次接近“紫石英号”，又被解放军炮火轰开。“紫石英号”用无线电劝“伙伴号”尽早离开，免得吃大亏。“伙伴号”连续中弹5发，但未受重创，后在全速驶离解放军的火网之后又转过头来，利用解放军野炮阵地死角开始轰击，炮3团7连的阵地全毁，两门长管野炮受伤，炮手伤1人，亡1人。“伙伴号”旋即掉头向上海方向驶去。
这天傍晚，南京国民党政府宣布拒绝《国内和平协定》，毛泽东与中共中央军委决定百万雄师强渡长江。天黑以后，江面漆黑而平静。受伤的“紫石英号”熄灭了所有的灯火。晚9点以后，“伙伴号”又趁夜色的掩护再度驶近三江营江面，一面向解放军阵地炮击，一面靠上“紫石英号”，将这艘受重创的军舰拖出搁浅地区，在三江营以西的夹江口停泊下来。
此时，眼看渡江战役即将开始，而英舰停泊的位置对我步兵渡江和登陆非常不利。为保证渡江战役顺利进行，上级命令炮3团一定要将英舰从现在停泊的位置赶走。
炮3团正计划派人送信让英国军舰来人接洽之时，只听得天空一阵马达声，一架英国海军水上飞机飞临江面。飞机盘旋片刻后，降落在“紫石英号”另一侧的水面。后来才知道，原来“紫石英号”的舰长史基纳中尉在上午的炮战中被打死了，这架飞机给“紫石英号”送来给养和新舰长。在关键的时候军舰不能没有舰长，英方就临时抓差命英国驻华使馆海军副武官克仁斯少校担任。当晚，克仁斯少校正在南京应邀参加国民党海军总司令桂永清的宴席，据说他入席后，刚摘下白手套，还来不及端起酒杯，就被急召离席，仓促上飞机赴任了。
英军的水上飞机刚刚停落水面，解放军炮3团的大炮就开始轰击。水上飞机匆匆卸了人与货，旋即飞走了。解放军炮轰一阵之后，正逢江水涨潮，“紫石英号”趁机仓皇逃窜，一时也不知去向。后来得知，部分水手仓皇跳入江中，游到南岸，在国民党军救护下步行到常州，然后登上火车，于21日逃回上海。新闻报道说这些英军“多被黄布棉军服，各人均极疲惫。有御绷带者，有负伤用担架抬下火车者，有跣足者，有穿拖鞋者，极为狼狈”。谈起解放军的炮火，他们依然心有余悸。
自1840年鸦片战争以来，英国军舰在中国沿海、内河横行霸道，这次“紫石英号”和“伙伴号”挨打，实在是大出意料之外。总部设在香港的英国远东舰队得到两舰受创的报告后，连夜由舰队副司令梅登海军中将乘坐“伦敦号”旗舰，并率领“黑天鹅号”驱逐舰全速驰援。“紫石英号”排水量1500吨，有4英寸大炮6门、小炮8门；“伙伴号”排水量1700吨，有4.5英寸大炮6门、小炮10门。而“伦敦号”已是排水量7000吨的巡洋舰，舰上有6英寸巨炮9门之多。次日，英国外交部发言人恼羞成怒地声称：英舰获得中国政府许可，有权驻入中国内河。一如中国兵舰获得英国政府许可，可驶入泰晤士河。
21日上午，“伦敦号”和“黑天鹅号”两舰到达泰兴南的七圩港江面。这里是10兵团23军的阵地，陶勇军长正在江边指挥部队准备渡江。他见两艘军舰在江面上游弋不去，恐怕影响我军渡江。时间紧急，他立即请示兵团司令员叶飞，是否将其驱逐。
叶飞接到电话后，开始以为是将要起义的国民党舰队。他已经得到情报，林遵将率国民党海军舰队起义，并规定了联络信号。他问陶勇：“这些军舰是不是挂的规定起义的联络信号旗？”陶勇说：“挂的是花花绿绿的旗。这些军舰老在我们正面长江上不走，妨碍我们渡江，有点不怀好意，是否把它打掉？”当时陶勇并不知道那是英国旗。叶飞考虑兵团马上就要渡江，事不宜迟，命令前沿观察所挂起警告信号，要江上的军舰马上离开。
前沿的特纵炮6团挂起信号后，英舰没有反应。从望远镜中看到舰上有人活动，并将炮口对准我方。陶勇不再忍耐了，命令炮兵开火。炮6团的榴弹炮和23军炮兵一齐开火，打得长江上水柱冲天。英舰也向我军开炮，造成我军人员的伤亡。我军炮弹命中了英舰，英军亡15人，伤25人，梅登中将制服被弹片划破。眼看占不到便宜，英舰决定放弃救援“紫石英号”，调头返回上海。
叶飞、陶勇在开炮之前便将情况向粟裕、张震做了请示，粟裕、张震又迅速向中央军委做了汇报。当日18时毛泽东以军委名义答复粟、张：“你们所说的外舰可能是国民党伪装的，亦可能是真的。不管真假，凡擅自进入战区，妨碍我渡江作战的兵舰，均可轰击，并应一律当作国民党兵舰去对付，装作不知道是外舰。新华社亦不要发广播去劝告，看其反应如何再说。但如该外舰对我渡江在实际上无妨碍，则可置之不理，暂时不去打它。”
这天深夜，设在北平六国饭店的中央办事机构收到了英国原驻北平总领事包士敦送来的一封给朱德总司令的信；当时，我方接信人员声明，只当对方是居住在北平的一个外国侨民才能接受其交来的这封信。该信内容是：“请即为惠予颁发最急迫之命令致沿扬子江之贵方部队，以保证三艘军舰之安全”，并请求对“损坏船只之营救工作予以各种方便”。这封信连夜由专人从城里送至当时香山饭店北面的来青轩朱德的住处。朱德看了信，才知长江三江营口岸被重创的两艘兵舰确实是外舰，是英国的军舰。朱德立即将此信派人急送至双清别墅给毛泽东。
这时已是22日凌晨2时许。一直高度密切关注着渡江前线战况的毛泽东，刚刚以军委的名义给总前委发报，祝贺谭震林部渡江胜利及同意渡江后的作战部署，看信之后，他才知道解放军打的是英国军舰。凌晨3时，他电告总前委和粟裕、张震：“英国人要求我军对于英舰两艘营救被击损之英舰（紫石英号）船员一事予以便利，我们意见在英舰不妨碍我军渡江作战的条件下，可予以营救之便利。对于英国人要求该二舰于营救事务完毕后，仍须开往南京护侨一事不能同意，应令二英舰向下游开去。但如二英舰不听劝告，仍开南京，只要不向我军开炮及不妨碍我军渡江，你们也不要攻击他们。”但是毛泽东的电报来晚了，在十几个小时以前，23军已经同英舰交火了。
毛泽东的电报刚刚发出，临近拂晓5时，渡江前线粟裕、张震发来电报说：东集团23、28、29这三个军全部，31军一部，20军两个师，已于江阴附近过江。10兵团指挥所也已过江。
这时，驻南京的英国大使馆派一等秘书尤德过江，到浦口与解放军联系，请求停战并营救“紫石英号”的英军伤兵。当时，浦口并不是解放军主攻方向，尤德只见到了渡江作战的战斗部队，没有找到有权受理此事的部门与人员，只得空手返回南京。上海《字林西报》转引路透社的报道称：尤德先生为了获取停火射击而使受伤船员能够得到救助，在今天大清早就自愿前往长江北岸共军军部接头。尤德先生仓促出行，只穿着一件海军衫，只带了一把牙刷和50块中国银元。
粟裕、张震得到浦口方面的汇报之后，再次向军委做了汇报，军委指示粟张：“加强江阴方面之炮火封锁，一使敌海军不能东逃，二不使英舰再西犯，来犯则打击之。”“对营救紫石英之伤员，如爱德华来不要拒绝，可予以营救。唯须英方承认错误，未经允许不得入我防区。且与国民党兵舰及南岸敌军勾结一起，向我攻击，致使我军遭受重大损失（伤亡252人），此种与我为敌的行为，绝不容许。英方必须承认错误并赔偿损失。你们占领镇江后，应即将紫石英号俘获，解除武装，逮捕其人员。但需要给以适当的待遇，不要侮辱他们。对其伤员予以治疗，但不要释放。必须英方派出正式代表和我方代表举行谈判，英方承认错误，方予释放。”
一个紧张的白天很快过去了。22日夜，毛泽东亲自撰写了“新华社长江前线22日20时电”《我三十万大军胜利南渡长江》与“22日22时电”《人民解放军百万大军横渡长江》两篇新闻稿。这时他已经了解了解放军与英国军舰冲突的情况，遂又执笔以“新华社长江前线22日24时电”的名义，就英国军舰进犯解放军防区，写了一篇新闻述评《人民解放军战胜英帝国主义国民党军舰的联合进攻》，全文如下：
在镇江江阴段的渡江作战中，人民解放军曾于二十日及二十一日战胜英国帝国主义和国民党的大队军舰的联合进攻，这件事值得全国人民极大注意。事情的经过是这样的：当二十日我军攻击北岸敌桥头据点及江中许多洲岛，准备大举渡江的时候，除和国民党陆军作战外，还要和国民党的海军作战。二十日上午，有两艘敌舰由东向西开来，向我泰兴县西北扬中县正北名叫口岸的北岸桥头阵地发炮，其目的是阻我向中心洲进攻及展开船只渡江。我军炮兵当即奋勇还击，敌舰一艘被毁，不久下沉。另一艘负伤，向西驶至镇江附近大部下沉。此时又有一艘敌舰从镇江方面向东开进，至口岸附近向我阵地发炮，我再还击，又将该舰击伤，该舰后向下游驶去。二十一日上午，又由东面来了两舰，一大一小。此时我即首先发炮，使其不敢迫近，又将该两舰击伤，狼狈向来路江阴方面逃去。由于这一次向敌舰作战胜利，方才将敌舰阻我渡江之计划打破，二十一日下午方得大举渡江。当我军和上述五艘敌舰作战时，江中尚泊有几艘敌舰和上述五舰相距不远，亦参加战斗，唯畏我炮火，不甚积极。直到二十一日夜间，我军还以为上述各舰都是国民党的军舰。到了二十二日，从各方面收集情报，方才知道上述诸舰中，竟有四艘是英国军舰。四艘英舰中，有三艘在战败后向江阴以东逃去，大概是逃往上海。另一艘英舰现搁浅于镇江附近不远的江中，要待我军占领镇江后才能将详细情形查清楚。在和上述诸舰作战的过程中，人民解放军伤亡二百五十二人，阵地及武器被毁一部。英帝国主义的海军竟敢如此横行无忌和国民党反动派勾结一起，向中国人民和人民解放军挑衅，闯入人民解放军防区发炮攻击，直接参加中国内战，致使人民解放军遭受巨大损失，英帝国主义政府必须担负全部责任。国民党反动派历来勾结美帝国主义发动战争，屠杀同胞，现当日暮途穷之际，又复勾结英帝国主义的大队海军深入长江，图阻人民解放军渡江，此种卖国残民罪行，必须彻底清算。
其实，公允地说，这两次冲突实际上是在双方都不了解的情况下打起来的。解放军渡江在即，没有预料会遭遇外国军舰。英军也不知道解放军就要渡江，更没想到会挨打。
4月23日白天，在新华社送来的内部参考上看到了西方各大报与通讯社关于长江上英舰事件的报道后，当晚，毛泽东又为英舰的处置问题，起草了致总前委的电报：“英舰事件，现已震动世界各地。英美报纸，均以头条新闻揭载。请粟、张加强江阴方面的炮火封锁，一则使国民党军舰不能东逃；二则使可能再来之英舰不能西犯，如敢来犯，则打击之。”
4月21日解放军渡江后，忙于追击国民党溃军，没顾得上寻找“紫石英号”。4月24日，渡江前线总前委根据毛泽东与中央军委指示，给炮3团下达命令：要迅速查明“紫石英号”的位置和现状，详报与英舰作战的情况，并指示“要医治其伤员，不侮辱其船员”，“亦不必俘虏该船”。
4月25日，英国海军部增派几艘军舰前往远东，并发表声明：英舰在南京、上海“完全系为于政权更易时治安紊乱之际，从事援助英联邦人民之责。一俟环境许可，即拟撤回英舰”。
4月26日，炮3团渡江后，在长江南岸溯江而上，沿岸搜索，发现“紫石英号”停泊在镇江东谏壁镇附近江面上。炮团懂英语的参谋晓尧向舰上打招呼，一名英军中尉和翻译上岸来与我方联系。炮3团政委康矛召奉军首长命令赶到现场，与英方交涉。同时他也拍下了“紫石英号”的照片。从保存至今的照片看，该舰已经伤痕累累，舰体已经明显地歪倒而向一旁倾斜。舰船高高的桅杆上悬挂着白旗。在标着“F116”的船头上，一根小旗杆上挂着一面米字英国旗。
康矛召向英方发表三项口头声明：1．英舰未经人民解放军许可，擅自侵入解放军防区且首先炮击解放军阵地，致使解放军官兵252人遭受伤亡，房屋村庄惨遭破坏。英政府及海军当事人应对此暴行负完全责任。2．英舰应向中国人民及人民解放军道歉，并保证以后不进行与中国人民及人民解放军相敌对的行为。3．中国人民及解放军保留对英国当局要求赔偿损失、严惩凶手的一切权利。英方代表表示：已经身亡的舰长应对此事件负主要责任；该舰现不移动，请求勿再炮击；赔偿问题须经由英国政府及其代表谈判解决。但对首先炮击我军表示抵赖，说是在演习。康矛召反驳说：“当时不是演习的时间和地点。中国人民不应再受帝国主义压迫了，为什么人家打了我们嘴巴还说是摸脸呢？”他要求除留下必要的人员外，英方人员应大部离舰，等候处理。
康矛召回到团部，即将这次接触与所了解到的“紫石英号”英舰的情况向兵团及总前委作了报告。
十几个小时以后，西半球的4月26日白天，英国首相艾德礼在下院报告了“紫石英”事件。前首相丘吉尔发言说：“长江事件实为一种暴行，政府以全部责任交由驻华海军司令担负，早应派遣航空母舰做有效之反击。”但是艾德礼对此持谨慎态度，他表示：由于中国局势动荡不定，英国政府对炮击英舰的事件持保留态度。
丘吉尔在下院的发言通过媒体传到北平，毛泽东被激怒了。4月30日，他以中国人民解放军总部发言人的名义起草了一份声明，痛斥了丘吉尔关于“武力报复”的言论，驳斥了艾德礼首相英国“有权开军舰驶入长江”的谬论及其制造的“解放军要‘紫石英号’英舰帮助渡江”之无耻谣言，严正宣称：
英国人跑进中国境内做出这样大的犯罪行为，中国人民解放军有理由要求英国政府承认错误，并执行道歉和赔偿……长江是中国的内河，你们英国人有什么权利将军舰开进来？没有这种权利。中国的领土主权，中国人民必须保卫，绝对不允许外国政府来侵犯……人民解放军要求英国、美国、法国在长江黄浦江和在中国其他各处的军舰、军用飞机、陆战队等项武装力量，迅速撤离中国的领水、领海、领土、领空，不要帮助中国人民的敌人打内战。中国人民革命军事委员会和人民政府直到现在还没有同任何外国政府建立外交关系。中国人民革命军事委员会和人民政府愿意保护从事正常业务的在华外国侨民。中国人民革命军事委员会和人民政府愿意考虑同各外国建立外交关系，这种关系必须建立在平等、互利、互相尊重主权和领土完整的基础上，首先是不能帮助国民党反动派。中国人民革命军事委员会和人民政府不愿意接受任何外国政府所给予的任何带威胁性的行动。外国政府如果愿意考虑同我们建立外交关系，它就必须断绝同国民党残余力量的关系，并且把它在中国的武装力量撤回去。艾德礼埋怨中国共产党因为没有同外国建立关系而不愿意同外国政府的旧外交人员（国民党承认的领事）发生关系，这种埋怨是没有理由的。过去数年内，美国、英国、加拿大等国政府是帮助国民党反对我们的，难道艾德礼先生也忘记了？被击沉不久的“重庆号”重巡洋舰是什么国家赠给国民党的，艾德礼先生难道不知道吗？
文中提到的“重庆号”重巡洋舰，是英国政府于1948年赠送给国民党政府的军舰，也是当时国民党海军中最大的巡洋舰。1949年2月下旬，该舰在吴淞口起义，宣布脱离国民党政府。3月19日，国民党政府在美国飞机的协助下，用多架重型轰炸机将该舰炸沉于辽东湾的葫芦岛附近。
但毛泽东的行事风格一贯是“战略上藐视，战术上重视”，一方面注重宣传，一方面讲求实效。4月28日他指示总前委：“英军紫石英号事件，似乎是一个偶然事件，英国连抗议也没有提。因此我们除借此作宣传教育人民外，实际上我们亦不必扩大这件事。”5月6日，在三野举行上海战役前夕，毛泽东指示粟裕、张震：“预先告诫部队，在占领吴淞时极力注意避免和外国兵舰发生冲突。”
这时在英国政界内部也有很多反对艾德礼和丘吉尔的声音。5月5日下午，英国下院围绕“紫石英号”事件进行了激烈的辩论。海军中将、国会议员泰勒感慨地说道：“你不能走到那些已经摆脱腐朽和帝国主义枷锁而正在奋勇前进的人们面前说：‘……我们将派遣一个使者与你们建立联系，他将会通知你，我们要你们做什么。’”显然，他所说的“奋勇前进的人们”就是指中国共产党所领导的人民解放军和全中国的人民大众。反对党亦即丘吉尔所在的保守党领袖麦克米伦指出：“英国军舰在中国内河航行的权利已为1943年条约所废除……现在看来，‘炮舰’观念似乎太过时了。”
英国政府经过一番研究，同时采取了两项行动。5月5日，英国原驻南京大使馆一等秘书潘以安奉命来到南京市军管会外事处，递交了一份备忘录。备忘录中既不就“紫石英号”事件道歉，也不承认其错误侵入解放军防区的事实，只是称：“英国海军当局拟将现时停泊镇江、正接近扬子江南岸之‘紫石英号’迅速驶离至中国境外之港口，以便做必要之修理，而使此舰能恢复适宜航行。此舰吃水线之上下部均损坏甚剧，如不能使其早日驶进船坞，恐将不能航行。因之，希望人民解放军谅解能准许保护此舰平安通过，使其驶离中国领水为荷。”同一天，国防大臣亚历山大在下院宣布，英国派往香港的第一批援军——皇家陆军一个营和皇家炮兵的一个野战团、皇家工兵的一个野战中队将于近日从英国本土出发。名义上说是援助香港，实际上是欲借此对人民解放军实施威胁，以达到让解放军让步的目的。
潘以安走后，南京市军管会立即就与英国人谈判事宜向军委请示。军委很快就回电指示：“关于‘紫石英号’军舰的交涉事宜，我们应以前线司令部的名义与该舰负责人进行直接谈判，如南京大使馆有人从中参与，我们只承认其以个人资格商谈救护该舰伤亡人员。如涉及该舰的责任与行动，我们应坚持与‘紫石英号’直接谈判。”
按照军委指示精神，总前委与中共南京市委决定以南京警备司令部的名义，委派第三野战军第8兵团政委袁仲贤将军以镇江前线司令员的身份为谈判代表，以英国皇家海军远东舰队为谈判对手。初步拟定的谈判目标是，要求英国人承认它首先开炮，并就此道歉；如果英国人做到了，便可由解放军押解“紫石英号”出境，然后再继续谈判惩办凶手和赔偿问题。
5月18日，袁仲贤司令员为正式授权康矛召上校代表他执行谈判，致函英国远东舰队司令布朗特海军上将：“中国人民解放军镇江前线司令员袁仲贤将军兹正式授权中国人民解放军康矛召上校代表本人与英国皇家海军远东舰队司令正式授权之代表举行谈判，解决英国海军军舰1949年4月20日侵入中国内河长江一案，并授权康矛召上校对于前述谈判获进一步之协议文件，代表本人签字。”当时解放军没有军衔制，为了与对手对等，临时将康矛召的军衔定为上校。
同时，康矛召以炮三团政治委员的身份通知“紫石英号”舰长克仁斯上校三点事项：
一、中国人民解放军镇江前线司令部对于英国海军军舰于4月20日侵犯中国人民解放军阵地之暴行及其所应负的责任，决定经由谈判解决。
二、余已受中国人民解放军镇江前线指挥部指派为上项谈判之代表。因此余要求4月20日肇事之英国军舰所属舰队长官指派该当事军舰舰长或该舰队之适当军官，担任英国舰队方面之代表举行此项谈判。
三、并请贵方所指派之代表与本人联络，以便交换贵我两方代表证件，规定时间与地点及开始此项谈判。
5月20日，粟裕、张震向军委报告：“在高桥以西至林家宅沿江之线有敌舰五艘（其中两舰有外国旗，三舰无旗），对我269团及262团阵地作猛烈的炮击，我之守备阵地大部被其摧毁。我因怕打错，已严令不准打。为此，对我威迫与阵地坚守增加极大困难。此事如何处理，请示。”毛泽东为此起草了“复粟、张并告总前委、刘伯承、张际春、李达电”，称：
黄浦江是中国内河，任何外国军舰不许进入，有敢进入并自由行动者，均得攻击之；有向我发炮者，必须还击直至击沉击伤或驱逐出境为止。但如有外国军舰在上海停泊未动，并未向我军开炮者，则不要射击。中国及外国轮船为敌军装载军队及物资出入黄浦江者，亦应攻击之。中国及外国轮船在上海停泊未动者，或得我方同意开行者，准其停泊或开行，并予以保护。为了对付外国军舰的干涉，你们应有充分的精神准备与实力准备，将外国干涉者的武装力量歼灭或驱逐之，如感兵力或炮火不足应速从他处抽调补足。
“紫石英号”在镇江停留期间，修复了被炮弹打坏的船舱。对英军究竟是作为俘虏还是作为客人看待，上级没有明确指示。看管部队每天供给船上必要的燃料，没有派人上舰监视或缴下武器。5月24日，“紫石英号”舰长克仁斯来到镇江前线司令部，拜见袁仲贤将军和康矛召政委。克仁斯当面向袁仲贤将军递交了英国远东舰队司令布朗特将军的信。信中称：
“‘紫石英偶然事件’的讨论已由英国大使在南京开始，此属高级外交范围之事，我无权决定在“紫石英号”舰长与中国人民解放军之间作关于4月20日不幸事件的责任问题的任何讨论……我请求准许“紫石英号”安全通过所有为中国人民解放军所控制的地方而下驶。”袁仲贤阅信后表示，英方必须首先承认错误，道歉后才能考虑放行的问题。5月27日和31日，克仁斯又接连转来布朗特上将给袁仲贤的电函，诡称“紫石英号”系执行“和平使命”而被炮火击伤，其他英舰系前往救援，因而“英国诸舰对此事件是没有责任的”。这等于完全拒绝了中方的要求。谈判陷入僵局。
这时，上海已经全部解放。英国政府请曾在抗战期间担任英国驻华军事代表团团长，和周恩来有过来往的魏亚特将军出面斡旋。6月6日，魏亚特身穿西装便服出现在南京，请南京军管会外事处长黄华转交一封致周恩来的私人信件。信中声称：“英舰‘紫石英号’如承阁下设法放行，则在本国内将发生极良好之反响，忝在旧交，谨为建议，谅勿以唐突见责为幸。”
6月10日，周恩来以军委名义起草了《对英国军舰紫石英号的处理办法》的复电，指示总前委：“你们可令前线司令部康矛召以公函通知“紫石英号”舰长克仁斯定期至我司令部与袁仲贤将军会谈。届时，袁仲贤可根据英舰四艘武装侵入中国内河及炮轰我军阵地的基本事实，将英远东舰队司令布朗特两次函电及克仁斯几次备忘录的无理和威胁词句给以口头驳斥。在会谈中应注意劝导其承认英国军舰闯入未得解放军许可的中国领水和战区为基本错误，至少应劝导其承认无法取得我军同意即行开入亦为冒失行为，然后，才能允予考虑将谈判英国海军的责任及认错、道歉、赔偿等问题，与容许紫石英号军舰开走修理问题分开解决。”周恩来还对“紫石英号”可能逃走的问题指示了对策：“你们估计‘紫石英号’一般的不会偷走，但应准备该舰如采取偷走办法时的对策。我们认为，如果‘紫石英号’采取偷走办法，我方军舰及江岸炮兵应装作不知道是‘紫石英号’，而让其逃去（此点应事先秘密通知有关方面）不要攻击，然后迅即发表声明加以申斥。……我们应严密戒备吴淞、江阴两要塞，如果‘紫石英号’经过江阴偷走，可不予炮击。”当时上海已经解放，各种工作千头万绪，中央希望能尽快解决“紫石英号”的问题，避免牵扯过多的精力，避免国际冲突。
然而几次谈判，没有取得进展。英方坚持是解放军先打的他们，拒绝承认错误和道歉。南京市委将情况报告中央。6月23日毛泽东复电：“对‘紫石英号’的方针，必须让英方承认不得人民解放军同意擅自侵入中国内河是错误的这一点（不着重谁先开枪，因为这是没有多大关系的，重要的是擅自侵入内河，只要是擅自侵入，我军就必须打它和扣留它；也不要着重正当渡江的时机，重要的是擅自侵入人民解放军控制的内河，不管什么时机，都是不能许可的），才能释放，否则决不能释放。”
袁仲贤、康矛召根据中央指示的立场再次与英方谈判。7月初，克仁斯在谈判桌上问康矛召，中方可否接受如下的说法：“我承认英国皇家海军‘紫石英号’及其他三艘肇事英舰未得中国人民解放军的许可，进入中国内河及中国人民解放军前线地带，是英方在长江事件上的基本错误。”
康矛召应克仁斯的要求，提出了中方要求的用语：布朗特海军上将“承认‘紫石英号’及其他三艘肇事英舰未得中国人民解放军的许可，擅自侵入中国内河及中国人民解放军战区，是英方的基本错误。”
克仁斯提出说：“‘侵入’（INVADE）是有意引起战争的意思，例如说是侵犯主权。是否可以把我在上面所说的‘进入’（ENTER）这一词改换为‘侵及’（INFRlINGE）呢？”
至此，康矛召觉得这次谈判已是带有实质性的谈判了，双方的意见也似乎接近了。因而，康矛召表示说：“这个用词问题，我们可以在下次商定。”
但7月11日，克仁斯带来的英国远东舰队司令布朗特的回电却是这样说的：“我承认英国皇家军舰“紫石英号”之未经中国人民解放军同意而进入其前线地带，以致引起误会。”克仁斯在向康矛召递交此回电时声称：“布朗特上将的这个回电，是我方坚定不移的最后文件。”
康矛召当即予以反驳：“布朗特将军的回电中，既未提四艘英国军舰均进入解放军前线地带，也没有承认英方的基本错误，只说是‘以致引起误会’；这只说明了贵方从上次谈判商定的立场上后退了。”
克仁斯为什么出尔反尔呢？当日，袁仲贤与康矛召进行了分析，判断可能是由于克仁斯既是使馆的海军副武官，又是远东舰队所属“紫石英号”的舰长，必须接受使馆和远东舰队司令部的双重领导；他的前后矛盾，反映了他的两个上级在处置此事上的意见分歧。使馆立场软化而远东舰队依然强硬。
7月14日，中央给袁、康二人下达了新的指示：
目前正发展着若干矛盾，如果英国方面有意于解决“紫石英号”问题，则只要他们肯以书面承认未得我方许可径行进入或开入中国内河及战区的错误，并保证“紫石英号”开走后仍继续进行有关道歉和赔偿的谈判。我们即可让“紫石英号”开走。如果英国方面无意于正式承认错误，则必须准备阻止其强行逃走，我们应以炮兵阻其行驶。只要“紫石英号”肯停驶待命，我们即不应继续炮击，而令其开回原地。只有“紫石英号”在我开炮后仍然抗命逃走，警告不听，方可继续并加重炮击，但亦不应主观上先有击沉的决定，而应以能阻止其逃走为一切部署的目标。
于是，双方又继续进行谈判。
7月下旬，出现了异常的情况。中方获悉英国派了驱逐舰“黑天鹅号”在长江口活动，有伺机潜入长江劫走“紫石英号”或配合该舰逃走的迹象。南京市委致电中共中央，请示相应的防范措施。
据康矛召回忆：本来，我方最高当局是准备让“紫石英号”逃走的，并向沿江各高级指挥员下过命令：如果“紫石英号”舰逃走，我沿江部队可佯装不知，不予截拦，而在事后发表声明予以谴责。现在英方又要使用武力解决问题，我们当然不能置之不理，任其恣意妄为。最高指挥部当即撤销了“不予截拦”的命令，重新指令：如英舰溯江来劫“紫石英”舰，或“紫石英”舰擅自逃走，定予坚决打击。但要求有关部队在打击“紫石英”舰时，也“不要以击沉为目的”，“如英舰受伤停驶，我方即可停火，令其驶回原处停泊，以便继续谈判”。
7月25日，澳大利亚原驻华大使欧甫时受英国原驻南京大使施蒂文的委托，来到南京军管会外事处，以私人身份拜访黄华处长。
一见面，欧甫时就声明自己所谈的都是个人想法。他说起英国各方对此事件十分焦虑，外交大臣贝文和驻华大使施蒂文对事件久拖不决也感到非常头痛，担心由此下去会影响英中关系。此外，还说到“紫石英号”吨位轻、船小人多，暑热天气已到，很容易疾病流行，希望事件能尽快了结。
这位说客接着又说，英方让克仁斯出面谈判，看来克仁斯不太胜任；所以，如果改由英国前驻华使馆海军武官董纳逊上校为英方代表，移至南京谈判，通过外交途径，一定会有助于问题的解决。
对此，黄华阐述了中方的基本立场，并明确地声明：中英没有外交关系，所以必须由双方当事代表在镇江谈判解决，不能考虑移到南京谈判。
7月28日，克仁斯又上岸送来了布朗特致袁仲贤的备忘录，提出了一个换文稿作附件，并称如袁将军同意，其将授权克仁斯代为签署。布朗特所提出的方案文稿内容如下：
（一）余兹要求准许皇家海军“紫石英号”安全下驶长江出海。
（二）余认为皇家军舰“紫石英号”未得中国人民解放军同意于1949年4月20日进入前线地带为招致误会之基本因素。皇家军舰“伦敦号”、“伙伴号”及“黑天鹅号”亦均未得中国人民解放军之同意而进入前线地带。
（三）双方上级当局今后要求进行任何调查或谈判，英国方面皆不反对。本人同意，如任何一方要求进行此项讨论时，均可包括长江事件之任何问题。在此事件中，皇家军舰“紫石英号”、“伦敦号”、“伙伴号”及“黑天鹅号”曾牵涉在内。
在信中，布朗特还显得很有诚意地提出，如不能基于这项备忘录达成协议，他“愿在阁下同意及妥善之手续下乘驱逐舰一艘上溯扬子江”，并请求袁将军同意其派一架飞机将授权书送往南京云云。
事实上，这时英国方面眼看释放无望，已经准备让“紫石英号”秘密逃跑了。随着时间的推移，解放军渐渐放松了对“紫石英号”的戒备。英国人把解放军每天提供的燃料积攒起来，达到了可以逃出长江的用量。7月30日夜里，“紫石英号”偷偷起航。当时一艘顺流而下的“江陵号”商轮正好驶过镇江，“紫石英号”贴上去，与“江陵”轮并行，借其掩护，躲避解放军炮火。21时大港炮台的25军山炮团发现“紫石英号”逃跑，立即开炮拦截。由于事前守备部队在干部、战士中普遍进行兵舰、商轮夜间识别教育不够，加上没有探照灯等照明设备，黑夜中辨不清目标，结果炮弹多数打到“江陵号”商轮上，导致“江陵”轮不幸沉没。
25军山炮团用电话通知下游的江阴要塞，特纵守备部队立即派出步兵沿江巡逻，要塞炮兵在黄山炮台严阵以待。到午夜时分，没听见江上有轮船的机器声，也没有看到步兵发出的搜索信号。突然，黄山炮台山脚下出现一个庞然大物，开足马力向东驶去。原来“紫石英号”在接近江阴要塞时，关闭轮机，无声无息地顺流而下。通过黄山炮台时，军舰紧靠南岸石壁，解放军炮位放在山上，炮火居高临下，无法低伸水平射击，死角太大。等炮兵们移动炮架调整射击角度时，“紫石英号”已迅速通过炮台，消失在黑暗之中。
江阴以东，江面骤然开阔，拦截“紫石英号”更加困难。江阴要塞派出部队乘汽艇追赶。沿途询问过往商船，说是曾看见一艘军舰向下游行驶，舰上关闭灯光，速度很快。江阴要塞估计“紫石英号”到达吴淞口的时间，通知吴淞要塞的炮18团做好战斗准备。炮18团等到7月31日下午，江阴追赶的汽艇都到了，也没看到“紫石英号”的踪迹。原来由于解放军经验不足，未在崇明岛设置炮兵，“紫石英号”避开吴淞口，从崇明岛北面的航道逃出了长江口。当仓皇逃窜的这艘军舰驶离长江，消失在茫茫海天之际，1840年以来帝国主义对中国的“炮舰外交”也随之一去不复返了。
