清太宗继位之初，地位并不那么稳固，国家权力尚未达到高度集中，而是分散在宗室贵族手中。他们或玩忽职守，或随意违法妄为，有的甚至敢于向君主挑战。太宗清楚地看到，如果不打击这股轻视甚至目无君主的分散势力，他就坐不住金銮殿。经过多年努力，采取各种措施，他的权威才得以牢固地树立起来。他的制胜法宝就是制定法令，秉公执法，不分上下贵贱、内亲外戚，一切依法行事。
清太宗继位后的头几年，主要精力用在征朝鲜、伐明朝，没来得及完善法律。到天聪五年（1631年），太宗阐述了他的法制思想，同时公布了一些法律规定。他说：“国家立法，不遗贵戚，斟酌罚锾以示惩儆。凡诸贝勒审理枉断人死罪者，罚银六百两；枉断人杖罪、赎罪及不奉谕旨私遣人与外国交易、或怠忽职守、或擅取民间财物马匹、或将本旗女子不行报部短价收纳在家者，均罚银二百两。”以上规定，既包括诸王贝勒审断案件出现的差错，也包括他们自身违法都受惩处两个方面。清太宗经常惩治的是临阵败走、酗酒妄为、行猎不能约束整齐，这三件过错有违犯其中一条的，都判以重刑，其余诸事都可从宽处理。崇德年间，他强调惩治触犯这三条的人，是针对诸王贝勒而发的，不能不说这是压抑王权，提高皇权的措施。他还提出了执法的指导原则和审案的具体方法。这就是“听讼务持其平，谳狱务得其实。尔诸臣审理讼狱，于两造所陈，当速集见证鞫问，庶有实据。若迟缓取供听彼潜相属托，支饰避罪则审判安得公平？自今以后，不先取见证口供，致事有冤抑者，既按事之大小坐罪审事官。”执法必须公平，不得偏私，审案判罪，贵在有真凭实据。审讯时要对犯罪者与告发者的口供迅速取证，如果迟迟不取，只听掩饰避罪的口供，或只听信犯罪者暗地托人说情，审判就不会公平。此后，如不先取证只听信口供，致使有遭冤枉的，按其情节轻重，处罚审判官。
清太宗亲自制定法令，自然地他就成为法制意志的最高体现者。有了法律这个准绳，他就可以监督诸王贝勒及群臣的言行，使他们都处于皇权的控制之下。虽然太宗明确立法，但过惯了部落生活，又掌握了很大权力的诸王贝勒并不完全把这些法令放在心上，每每藐视法制，任意妄为。太祖去世前曾立下遗言，其中谈到法制，说：“国家当以赏示信，以罚示威……尔八固山（八旗旗主）继我之后，亦如是，严法度，以效信赏必罚。”他规定一条原则：“赏不计雠（仇），罚不避亲，如是，明功赏，严法令，推己爱人，锄强扶弱。”太宗遵循父亲的遗训，对违犯法令的人特别是诸王贝勒，从不放过，一律按法令处置。崇德二年（1637年）六月，太宗总结征朝鲜及皮岛之役，“王以下，诸将以上，多违法妄行，命法司分别议罪。”经刑部审议，认定自礼亲王代善以下共计六十四人犯有各种程度不同的过失。这些过失概括起来，有私携无甲之人冒名顶替从军、放纵士兵抢掠、私娶降民妇女、不听从军令擅自行动、私匿缴获的战利品、战斗中畏缩不前致使兵士损伤，等等。根据过失轻重，分别判处死刑者二十四人，撤职十三人，鞭刑五人，罚银者二十二人（有的既受鞭刑又罚银，还有的既革职又罚银）。这些受处罚的人当中，有太宗的儿子、哥哥、弟弟、侄儿、额驸（即驸马）等，皇亲国戚约占四分之一，将官一级的约占三分之一。因为代善的爵位最高，他被列为犯法者第一人，刑部给予革去亲王爵位、罚银一千两的严厉处分。其他如多罗武英郡王阿济格、多罗贝勒豪格、固山贝子篇古、和托等一班宗室勋戚，也分别处以革除爵位、罚银。以下固山额真、梅勒章京、兵部承政等高级将领同样依法处分。皇太极从争取人心，为他继续使用这些人考虑，大多给以从轻处理。原判死刑的二十四人赦免十九人，处以罚银的，也逐一减少数目。代善等诸王贝勒也免去革爵的处分。太宗从宽发落，丝毫不减少处分的意义。他把违法者的罪状都公之于众，上下皆知某某犯法，罪状都记录在案，既让臣下互相监督，又使本人警惕，从中吸取教训，日后不再重犯或少犯类似的过错。这样做，众人无不心悦诚服。
太宗运用法令同宗室大臣中的分散势力进行斗争，并非是靠一、二次处罚就能奏效。他们虽经处分，政治上、经济上多少有些损失，一个个却是满不在乎，有意无意地违抗法令的大有人在。太宗就以更重的处罚、严厉的手段加以打击。崇德六年（1641年）三月，因为围困锦州的事件，太宗又同诸王贝勒进行了一次严重的斗争。本来，按照太宗的战略意图，对明朝的前哨重镇锦州实行长期围困，在断绝一切外援的情况下，迫使处于绝望之中的明兵献城投降。他向戍守围困锦州的领兵诸贝勒阐述得一清二楚，可是，他们没有遵守。作为领兵的主帅和硕睿亲王多尔衮及其助手豪格、阿巴泰、杜度、罗托、屯济、硕托、阿山、潭泰、叶克舒等一帮主要将领，在围困期间，私自决定兵士和军官轮流回沈阳探家。一次是每牛录甲兵三人回去，再一次是每牛录甲兵五人，每旗章京一名放回去。由于把兵士放回家，营中兵员减少，害怕锦州城里的明兵趁机劫营，于是下令全军从现有的包围线后撤到离城三十里的地方扎营。这正好与太宗的意图背道而驰。太宗明令要求他们围困锦州要由远渐近，逐步缩小包围圈，直逼城下，以震慑城内明兵。太宗闻听他们违抗军令，大怒，严厉谴责：“原令由远渐近，围逼锦州以困之，今离城远驻，敌必多运粮草入城，彼此相持，稽延月日，何日能得锦州耶？”太宗很是气愤，整整一天，怒气未息。正值驻兵换防，便命甲喇章京车尔布等人前去锦州传达他的谕旨，令多尔衮等会议，将提出并决定后撤、私遣兵士回家的人指名揭发，拟出罪状报告。
接着，派兵部参政超哈尔、谭拜等率兵替换多尔衮军，传去一道谕旨：令多尔衮等率军至辽河，驻营舍利塔，不许进城，等候他的处置。多尔衮率军到舍利塔后，向太宗做了报告。太宗马上派内院大学士范文程、希福、刚林等调查多尔衮等违令的事实，并分别训斥诸王贝勒：“睿亲王（多尔衮），朕加爱于你，超过诸子弟，良马鲜衣美馔，赏赐独厚。所以如此加恩，是因为你勤劳围攻，恪遵朕命。今于围敌紧要之时，离城远驻，遣兵回家，违命如此，朕怎能再加信任！肃亲王豪格，你同在军营，明知睿亲王失计，为何缄默静听，竟然听从他的话？阿巴泰、杜度、硕托，你们为何对此漠不相关？听任睿亲王所为，是也说是，非也说非，遇之如路人，视之如秦越呢？硕托，你曾获罪，朕屡次宽大，你却徒具虚名，不思效忠！”
范文程等传达完上述指示，多尔衮、豪格、硕托等人申诉遣兵士回家是为了“修治盔甲、器械，牧养马匹”，说些不得不如此的理由。范文程一行返回盛京，将调查结果上报。太宗一听，愈发生气，说：“此皆巧饰之辞……仍敢于欺朕！可令伊等自议其罪。”范文程一行又回到多尔衮处，传达太宗谕旨。多尔衮不再辩解，首先认罪：“不逼近锦州，遣兵回家，轻违谕旨，致误锦州不得速破。我即总握兵柄，将所属之兵，议遣返家之时，倡言由我，遣发由我，悖旨之罪甚重，应死。”豪格说：“睿亲王，王也，我亦王也。但因睿亲王系叔父，所以令握兵柄耳，彼既失计，我合随行，罪亦应死。”其次议定杜度、阿巴泰、罗托、硕托、屯济等均削去爵位，各罚银两若干。再次固山额真阿山、潭泰、叶克舒都参赞军务应处死，以下涉及各级将官三十四人都分别议罪。范文程一行又回盛京，将处理结果报告，请示太宗批准。太宗决定，凡死罪均免死，和硕睿亲王多尔衮降为郡王，罚银一万两，剥夺两牛录户口；和硕肃亲王豪格降为郡王，罚银八千两，剥夺一牛录户口；阿巴泰、杜度各罚银二千两；罗托、硕托、屯齐、潭泰、阿山、叶克舒各罚银一千两……多尔衮以下各将官纳完罚银，太宗才许他们入城。他们想进宫谢恩，太宗不允，只得在大清门外谢恩重罪轻处。过了几天，多尔衮等都到议政衙门办公，太宗又详问围锦州时各军驻兵地，比原先调查的情况更严重，不由得气往上冲，当即命大学士希福、范文程、刚林等传他的话：“尔等（多尔衮等）在外，意图安寝，离城远驻，既求休息，疾速还家，且归安寝可耳！”将多尔衮逐出议政衙门，撵他们回家，不准上朝视事。
此事僵持到四月初。七日这天，太宗召见范文程、刚林等进清宁宫，面授指示，说：“你们可召集获罪的诸王贝勒大臣到笃政殿前，传达朕的命令，叫他们各入衙署办事，不可怠惰。不许他们入大清门，如遇朕出门，也不许随行。朕并非厌恶他们，不令见面，但他们来见朕，朕无话可问，他们也无话可答。朕将托何辞问询，他们又托何辞来回答？假若静默无言相对，那就太没意思了。”范文程、刚林劝道：“获罪诸王贝勒都是皇上子弟，既已训诫而宽恕，还是叫他们入朝，未知可否？”太宗摇头不允。范文程等按太宗指示，向多尔衮等传达了他的原话，多尔衮等奏道：“一切唯上命是听，臣等有何辞可对？”说完，都到自己的衙门去了。又过了一段时间，多尔衮等托范文程、刚林说情，太宗才允许他们进大清门，入朝办事，但不许他们搞徒具虚名的“谢恩”这类仪式。
清太宗执法之严酷，虽权贵不饶，于此可见一斑。诸王贝勒不得不俯首听命，慑于这位大清皇帝个人的权威之下。太宗对自己要求也严格，率先执行法令。天聪五年（1631年）二月，制定仪仗制，自他以下，诸王贝勒出门都按规定排列仪仗队，违例者罚羊。不久，太宗到他几个儿子避痘的住所看望，去时未排列仪仗队，礼部启心郎祁充格以违例罚羊的规定告知巴克榜什达海，他马上向太宗报告。太宗认错、认罚，将羊付给礼部，说：“朕非忘具仪仗也，以往避痘处故不用耳。然不传谕礼部贝勒，诚朕之过，朕若废法，谁复奉法？此羊尔部可收之。”
清太宗面对势力雄厚的权贵们，之所以毫不畏惧，敢于斗争，是他在当时摆出秉公执法的姿态，包括本人在内，一视同仁，表现出他是为国家、民族和全体人民的利益着想。他的直接目的是打击和抑制诸王大臣的势力的进一步增长，从而提高和巩固他皇权的集中统一。
清太宗继位，既非受父亲遗命，亦非因为年龄居长而当立。他是接受以代善为首的诸兄弟子侄的拥戴才登上汗位的。作为既成事实和回报，太宗对负有拥戴之功的三大贝勒即他的三位兄弟代善、阿敏、莽古尔泰极为优礼：每当朝会、盛大庆典、宴餐、与群臣见面时，太宗都把三个哥哥摆在与自己的同等地位——居南面并列而坐，俨然如四汗。接受群臣三跪九叩礼，而太宗免去三大贝勒的君臣礼，只行兄弟之礼。太宗如此相待，一方面包含了对兄长的尊敬与感激，另方面也含有某种程度的畏惧之意。就诸王贝勒的实力而言，三大贝勒最为雄厚。代善掌握正红旗、镶红旗，阿敏掌握正白旗、莽古尔泰掌握正蓝旗。八旗是军政合一的社会组织，他们掌握一旗到两旗的八旗军队、人口及土地财产，就是一个国家中的四分之一或八分之一的实权派。太祖在世时，他们与太宗并列为国中“四大贝勒”，其地位均排列在太宗之前。当时，太祖实行八和硕贝勒共议国政的制度，他们与太宗共同参与政务。太祖去世后，继续实行这种制度，太宗不得不与三大贝勒及其他旗主贝勒共议国政，凡事不能自专。他们为了本旗和自身的权益，自行其事，甚至以拥戴之功，要求太宗给予更多的权利。太宗处处受到诸王贝勒的“掣肘”，遇事总是迁就。例如，天聪三年（1629年）十月，太宗率军征明，行军至中途，代善、莽古尔泰竟让诸贝勒大臣停在外面，两人进御幄力阻进军，以“劳师袭远”为兵家所忌，要太宗班师。太宗左右为难，一时竟不敢作主，默坐营帐中，闷闷不乐。为了实行既定的作战计划，清太宗动员起岳托、济尔哈朗、萨哈廉、阿巴泰、杜度、阿济格、豪格等，说你们既然知道这次行军有如此诸多不利，为什么缄默不语，使我远涉至此。清太宗的激将法点燃了岳托等人忠君的热忱，他们表示支持和拥护太宗，反过来向代善、莽古尔泰施加压力，二人被迫改变主意，太宗才得以下令继续进军。由此可见，三大贝勒及诸贝勒具有左右局势的实力和影响。所以，太宗“虽有一汗之虚名，实无异整黄旗一贝勒也。”这种八旗旗主联合主政的体制，造成皇权分散、王权独立，太宗与诸王贝勒主要是与三大贝勒的矛盾和冲突就成为不可避免。太宗初立，只能暂时维持这种共同主政的局面。但他逐步采取实际步骤，不断削弱直至消除各种对立的势力。
首先，太宗采取的一个步骤，就是把在八旗中权利大的诸王贝勒的权利向下分散。太宗对官制的大幅度改革，实际就是力图削弱诸王贝勒主要是三大贝勒的势力。他暂沿旧制，仍在每旗设总管旗务大臣一员，但扩大了他们的权限，规定“凡议国政，与诸王贝勒偕坐共议之”。这一措施等于从诸王贝勒手中分出一部分权利给总管旗务大臣，从而打破他们垄断权利、左右局势的局面。太宗还于每旗各设佐管旗务大臣二员，调遣大臣二员，各分掌一旗的某方面事务，这就进一步削弱了诸王贝勒独掌一旗的权利，并使他们处于众多参政人员的监督和互相牵制之中。
其次，在管理国家，处理行政事务中，太宗也采取了削弱诸王贝勒的有力措施。天聪五年（1631年）初设六部，每部以贝勒一人领部院事。到崇德三年（1638年）七月，停诸王贝勒领部院事，其权利再次削弱。
