清世祖即位之后,范文程因是两朝老臣被提升入镶黄旗。在清初,镶黄、正黄、正蓝(后正白)是上三旗,地位要高于另外五旗。当时李自成农民军进军北京,范文程立即上书摄政王多尔衮,请求伐明以争夺中原天下,并上疏说:“中原的百姓久经战乱,备受摧残,都思有明主出世,以安居乐业。我们以前攻入明境,曾经屠永平,以后又曾多次深入抢掠而返,他们必以为我们没有大志,只是想多抢金银子女而已,因此对我们并不放心。这次我们出兵,应严申纪律,秋毫不犯,宣传我们这次进取中原之意,将官仍居其职,民仍安其业。如果这样做,黄河以北,可传檄而定。”范文程上书不久之后,李自成农民起义军攻入北京,消息传到清王朝,范文程当时正在盖州温泉养病,多尔衮命人快马将他立即召回。范文程一到就对摄政王说:“李自成涂炭中原,杀君灭后,此必灭之贼。他现在虽拥众百万,但必然失败,有三个原因:一是他逼死崇祯皇帝造成天怒;二是刑辱乡绅,追拷财货,造成士怨;三是掠人财,淫人妇,火人居,造成民恨,由这三条加上其骄傲无比,我军可一战将其击败。而我国军民上下同心,兵甲精练,代天讨伐,拯救明朝百姓。兵以义动,何愁大功不成?”他又对多尔衮进一步说:“保护百姓是天之德也,从古至今没有滥杀而得天下者。如果我们只想在关外称帝那就罢了,如果想统一华夏,非得安抚百姓不可。”第二天,范文程奉命以自己的名义,向明朝官吏宣布:“我军兴义师是为报你朝君父之仇而来,不杀百姓,今所杀者只有闯贼乱军。凡来归降者,官复其位,民复其业。大军纪律严明,将秋毫不犯。”
清军攻入北京之后,百废待兴。多尔衮接受范文程的意见,为收揽人心,为崇祯帝隆重发丧,任用大批明朝的降官,考定大批的律令,并广开言路,征集人才。明朝末年赋税繁重,由于战乱赋役册籍均毁于战火,只有明万历年的赋役册籍尚存,有人要求编定新的赋役册籍。范文程说:“明晚年赋役繁重,万历年间的数额尚可,即以此为额,尤有可能民不堪其重,怎么能编制新册增加呢?”于是决定即以明万历年间赋税为额。
顺治二年(1645年),清初步平定江南,范文程又上疏说:“治天下者在得民心,而知识分子为民心代表,得知识分子心,则得民心。请立即举行乡、会试,广开仕途。”清随即开科举取士。在范文程建议下,考虑到各地战乱,交通讯息不便,为此又特加开了几次乡、会试。仅几年之中,清朝即录取了进士一千余人,他们中许多后来成为清王朝前期的名臣。顺治五年(1648年)正月,清定内三院为文臣的班首,命范文程及刚林、祁充格用珠顶、玉带,分任三院大学士。顺治七年(1650年),睿亲王多尔衮死去。顺治八年(1651年)大学士刚林、祁充格以党附睿亲王妄改《太祖实录》罪被处死。范文程罪应当连坐,但世祖以范文程并未党附睿亲王,只命夺官来论赎,但很快又将其官复原职。到顺治九年(1652年)又被提升为一等精奇尼哈番世职,并授议政大臣,负责监修太宗实录。
清入关之后,直隶因久经战乱钱粮多不能按额征收,有时一年缺四百万两,造成国库亏空,范文程为此上疏说:“湖广、江西、河南、山东、陕西五省历经战乱居民稀少,请实行民屯,设置机构,命督抚选廉洁能干的官吏任职,督促百姓垦荒复业,执行不力者,将唯督抚是问。”世祖对他的建议立即采纳。顺治十年(1653年),范文程又与同官一道上疏,请求命令各部院三品以上的大臣,推举所知道的人才,不问满汉新旧,也不视官品高下,亦不避亲属恩怨,唯才是举,命他们上疏推荐,以备随时招用。他的上疏立即被批准实行。
顺治勤于政事,曾多次到内院视察,并就有关事情询问诸大臣,每次范文程都因为率先回奏受到嘉奖。有一次,范文程恰好在端午节值班,诸臣均不在,顺治看后十分感动,对他说:“借此节日一图安乐,人之常情,卿工读不休,以国事为重,诚国之重臣也。”范文程借这个机会,又向皇帝说:“君明臣良,必相互督促,始能承天意,尽国事。”顺治说:“自今以后,如果我有过都改,卿也应勤加提醒,毋忘其责。”