然而中了进士并不意味着就可能出入庙堂，在皇帝身边出谋划策。其中只有很小一部分能留在京师，大多数人是到地方担任官职，还有不少人中举之后作为候补官员，并不能马上为官。能够留在京师自然让人羡慕，而不少到外地为官的举子则感到失意。但是对于像朱轼这样有着政治理想和政治眼光的人来说，到地方为官，是体察民情，锻炼才干的机会。朱轼中进士以后，直接做了湖北潜江知县。在朱轼去之前，潜江风俗鄙陋，而且赋税非常繁重。朱轼到任之后，立即下令减免过重的赋税，并且倡导勤俭。朱轼特别重视风俗文化的建设。在他出任潜江知县之治始，认为教民易俗莫如圣谕十六条，为了便于宣传，他用乡民的俗语作训解，每逢初一、十五，就在治内向乡民们宣讲。他崇尚儒学教育，无论在何处为官，都必强调教育的重要性，总会在当地办书院。他以清廉审慎、正直不屈著名，一向严格依照律法办事，不徇私情。潜江曾经有人在殴斗中杀人，朱轼把案件呈报的时候，上一级的官员把案子改成故意杀人，虽然“官大一级压死人”，但朱轼没有将错就错，而是和上司争论，最终还是改正了。
就这样，朱轼在地方为官十余年，多年的政绩使他的才华逐渐显露出来，开始受到朝廷的重用。康熙四十四年（1705年），朱轼调回京师，授刑部主事，累迁郎中。这样，他终于走到了封建政治的决策层。从地方官员升迁至刑部主事、郎中，既是机遇，也是更大的挑战。参与高层的决策，可以表现一个人的政治判断力，向帝王显露自己的政治才华。但是，最高决策层就是政治旋涡的中心，而且常言道伴君如伴虎，跻身最高决策层需要更高的政治技巧。多年地方为官的经历使朱轼积累了丰富的政治经验，再加上他过人的才华，使得他得到康熙的器重。康熙四十八年（1709年），康熙派他任陕西学政。作为陕西学政，他的任务是倡导儒学，引导士人风气，与现在所说的思想文化教育相似，关系着国家人才的培养和选拔。朱轼并不仅仅是政治家，他还是经学家、文学家。康熙推崇朱熹学说，朱轼为当时朝廷御用程朱学派的重要代表。他著有《易春秋详解》《周礼注解》《周易注解》，与人合编《历代名臣传》《历代名儒传》《历代循吏传》《文端公集》等，至今在我国文史学术界影响甚大。因此，康熙派他到陕西引导文化还是人尽其用的。
康熙五十二年（1713年），朱轼被调回京师，擢光禄寺少卿，又做过历奉天府尹、通政使。这一时期他官职虽然屡次升迁，但毕竟还没有担当关系国计民生的重大任务，任何有一定政治经验的人都清楚，这种机会只能耐心等待，并且在等待中一定要稳稳地沉住气，否则功亏一篑。或许康熙觉得对他的考察已经差不多了，况且朱轼确实是个有用之才，而且朝廷又确实是在用人之际，所以没等多久，朱轼担当重任、一展宏图的机会就出现了。
康熙五十六年（1717年），朱轼授浙江巡抚。浙江是沿海重省，而且又是地道的鱼米之乡，经济贸易发达，做浙江巡抚，是不少人梦寐以求的美差。朱轼则把这看成是他施展治国才能、报效国家的一个绝好的舞台。上任伊始，他就把“清吏治，正风俗”作为第一要务。他曾经说：“查吏莫先于奖廉惩贪，厚俗莫要于去奢崇俭。”就是说，要考察官吏，奖励廉洁奉公惩治贪污腐败最为重要；要使风俗淳厚，一定要崇尚节俭反对奢侈浪费。这正好就是浙江官吏的缺陷：因为富足，所以更容易养成奢侈浪费的习惯，而铺张浪费一旦成了通病，那么就很容易走向贪污腐败，所以整顿吏治是当务之急。朱轼并不是只提提口号，他自己带头过简朴的生活，为下属树立榜样。他下令取消巡抚衙门的额外摊派，精简巡抚出入的仪仗队，不讲排场，减少财政费用。他处理政事十分勤勉，重要的事情一定要亲自办、亲自过问，而且详细了解民情。因为他自奉廉洁，又以身作则，把境内治理得井井有条，号称通国第一。除此以外，他在任期间还治海水，修海堤，做了一件利国利民造福子孙的好事。浙江是鱼米之乡，是重要的粮食产地，但是浙江也是受海潮危害的地区，海宁一带人们饱受海患，因此，修建牢固的海堤，防止潮灾，保护沿海城乡安全和海水内渗特别重要。
朱轼反复考察地理民情，制定修堤方案。康熙五十六年（1717年）三月，他上疏请修海宁石塘，康熙帝允许了。他组织测量了需要修筑的海塘：北岸海宁老盐仓一千三百四十丈，南岸上虞夏盖山一千七百九十丈。更可贵的是他提出了修建海堤的具体可行的办法。朱轼看到虽然历代朝廷也都修建海堤，但是因为修建得不得法，海堤多次崩塌。历代都修海堤，往往简单地在海岸浮沙上修建，花费很大的人力、物力、财力，但是效果却是潮来堤毁，百姓受灾，白费工夫。面对这种状况，朱轼决心设计建造一个真正牢固的海堤。他发现，以往修堤，最好也不过是用椿木和巨石来加固堤岸，椿木容易腐烂，腐烂之后巨石之间缝隙很大，巨石也就承受不住海潮的冲击，加之海宁地区海塘沿岸都是浮沙，用椿木和巨石来加固堤岸，根本难以保证堤岸永远牢固，要解决这个问题，他提出用水柜法。所谓水柜法就是用松木、杉木等不易腐烂的木材制成大箱，装满碎石沉到海塘的底部，上面堆上巨石作为海塘大堤的堤身。并且依附着大堤，修建坡度不大的护堤坡，也是内用水柜，外用巨石砌成，约有海堤的一半高，用来保护海堤，这样海堤就特别牢固了。所以当时人言“朱轼所修不塌”。朱轼修建海堤，在当时是利国利民的工程，他提出修建海堤的方法对后世也有借鉴意义，他修的这段海堤一直使用到1949年以后，可见其牢固程度。
当时杭州南、北两地的关税，按照惯例是由浙江巡抚监收的，这就是一个难得的“肥缺”，如果要从中渔利十分方便，朱轼却以为关口众多，查收不易，上书皇帝要求委员兼理。康熙最终还是觉得由朱轼来主持最为可靠，因此虽然最终由杭州捕盗同知监收，但是由巡抚朱轼统辖。朱轼也确实不负众望，他秉公办事，不徇私情，巡盐御史哈尔金向商人索贿，朱轼知道后立即上疏检举，并且依法惩治贪官，没有半点“官官相护”的味道。康熙五十九年（1720年），朱轼因政绩卓著，得到康熙皇帝的首肯，升任都察院长官，左都御史。
康熙六十年（1721年），当时陕西、山西发生严重的旱灾，最严重的临汾从康熙五十九年（1720年）三月到康熙六十年（1721年）六月，连续十五个月没有下一滴雨，两年颗粒无收，赤地千里，饿殍遍地，草根树皮都没了。康熙打算让朱轼去赈灾，这时正赶上朱轼的父亲去世，朱轼是个有名的孝子，他请求回家守孝，然而康熙竟然没有允许，命他“在任守制”。
朱轼慈父去世，万分悲痛，而且不能尽孝治丧，内心的痛苦不可言说，但是君命难违，只得前往山西赈灾。或许康熙认为朱轼是最让他放心的，也是最能办好这件事的人选，就没有顾及朱轼的请求，直接把他派到山西去解决这一棘手的问题，这在当时还引起了忠孝如何两全的争论。
当年五月，康熙发帑金五十万赈山西、陕西，命朱轼与光禄寺卿卢询分头到山西、陕西赈灾。朱轼到达山西以后，立即着手组织赈灾，他号召奖励富人、商人出资籴米救济灾民。他停收米船课税，以利粮食流通；责令地方官设厂医治患病灾民，还在赈灾放粮的同时组织灾民劳力整治漕河水道。有一些丧尽天良的贪官，给灾民的粥有的竟然像水一样稀，并且虚报赈灾用粮，在民不聊生的灾年还借机贪污。朱轼知道之后查处亏空，严厉惩办贪官。
作为杰出的政治家，朱轼的眼光并不仅仅局限于救灾，他还想到了以后防灾。他上疏康熙，建议山西建立社仓以备荒歉；并大兴水利，引泉灌田。修建社仓，开始于康熙十八年（1679年）。户部准许乡村立社仓，市镇立义仓，由村民选举出本乡之人管理，每年把新粮收进仓里，换出旧粮。春天时借贷给贫苦无食的乡民，秋收的时候再偿还，每石取息一斗，每年年底的时候由州县将数目呈详上司报部。康熙看了朱轼的上奏，说：“从前李光地以社仓具奏，朕谕言易行难。行之数年，果无成效。张伯行亦奏称社仓之益，朕令伊暂行永平地方，其有效与否，至今未奏。凡建设社仓，务须选择地方敦实之人董率其事。此人并非官吏，借出之米，还补时遣何人催纳？即丰收之年，尚难还补，何况歉岁？其初将众人米毂扣出收贮，无人看守，及米石缺空，势必令司其事者赔偿，是空将众人之米弃于无用，而司事者无故为人破产赔偿也。社仓之法，仅可小邑乡村，若由官吏施行，于民无益。今朱轼复以此为请，即令伊久住山西，鼓励试行。”
康熙认为社仓想法虽然不错，但是实行起来却适得其反，朱轼是有些不识时务。但是应当指出，在发生严重旱灾的山西地区，建立社仓对安抚灾民、恢复生产有很大的积极意义。
事实证明朱轼的种种措施有效地控制了灾情，使得山西人民受益。在救灾过程中，朱轼还有意地发掘、锻炼人才。朱轼发现李卫才能超群，操守清廉，便推荐他任直隶巡道。后来李卫在雍正朝得到了重用，成了国家的栋梁之才。
直到康熙六十一年（1722年），山西、陕西灾情平息，朱轼请假归家葬父的请求才被康熙允许。朱轼回乡以后，遵照他的母亲冷氏的意愿，用雍正赏给其母过八十大寿的一部分赏金修建了苏溪河上的碧落桥。
朱轼把这座桥命名为碧落桥源于一个故事：在朱轼出生的三百多年以前，一次洪水淹没了高安储藏粮食的官仓，朝廷的钦差到高安视察灾情，看见朱氏的居址又高又开阔，正好适合建粮仓，就和朱氏兄弟商量，买下他们碧落山的宅址，至此以后，朱氏兄弟四散而居，朱轼的祖辈由故居碧落山迁至苏溪河畔定居。朱轼把桥命名为碧落桥，正是为了纪念这件事情，由此也可以看出他重乡恋土的本色。碧落桥的建成，改善了当时的交通条件，使得江西高安、宜丰、上高三地商贾云集，方便了方圆百里的乡民。
