朱轼逐渐成为雍正的左膀右臂,雍正皇帝曾赐予朱轼“朝堂良佐”御匾一块,以表示对他的器重和信赖之情。朱轼一生中最大的政绩主要在督办兴修水利方面。雍正二年(1724年),朝廷开始修筑郭家务大堤,筑清凉寺月堤,修金门闸,筑霸州堂二铺南堤决口。但是工程进展不顺利,郭家务以下两岸顿狭,永清受害特重。这时候雍正皇帝想到了曾经修筑海堤有功、积累了丰富的工程经验的朱轼。朱轼建议开挖新渠,疏通水道,引导河水流入海中,又加固堤坝,修筑围堤,力图防患于未然。
他不仅仅主持郭家务一带堤防,这一年又兼吏部尚书,勘江、浙海塘。
浙江海宁的海堤本来就是他早年修建的,这对他来说已经是轻车熟路了。这次巡查对朱轼来说有一些故地重游的味道。大堤依旧,涛声还似旧年,此时的他已然成为朝中元老了。当他回京报告的时候,把堤坝的情况、修筑的计划,以及需要的费用计算得一清二楚了:“浙江余姚浒山镇西至临山卫,旧土塘三道,本为民灶修筑。今民灶无力,应动帑兴修。自临卫经上虞乌盆村至会稽沥海所,土塘七千丈,应以石为基,就石累土。又海宁陈文港至尖山,土塘七百六十六丈,应就塘加宽,覆条石于巅,塘外以乱石为子塘,护塘址当修砌完固。至于塘处,依式兴筑。海盐秦驻山至演武场石塘,圮八十丈,溃七十丈,均补筑。都计工需十五万有奇。江南金山卫城北至上海华家角,土塘六千二百余丈,内三千八百丈当改为石塘。上海汛头墩至嘉定二千四百丈,水势稍缓,土塘加筑高厚,足资捍御。都计工需十九万有奇。”
似乎朱轼与治水修堤有缘,雍正三年(1725年),因海河流域暴雨成灾,使70余个州县受灾,一年收成化为乌有。雍正皇帝再次任命大学士朱轼和怡亲王允祥相度修治。他们沿永定河到天津、河间、保定等州县,进行深入的调查研究后,提出了治河与营田相结合的治理方案。首先治理卫河、淀池、子牙、永定诸河,把主要水道疏通,疏导洪水,除此以外,还在京城东面的滦、蓟,京城南面之文、霸等县设营田专官,并且招募因洪灾而离乡的农民,设水利营田府,指导他们耕种水田。第二年种植水稻七百多顷,并获得大丰收。到雍正七年(1729年),河道治理大见成效,共营水田六千多顷,因河堤坚固且年年丰收,百姓安居乐业。
由于治海修堤有功,朱轼拜文华殿大学士,兼吏部尚书。雍正四年(1726年)二月,朱轼母丧,雍正皇帝倒是没有像康熙那样不近人情,他很痛快地让朱轼回家治丧尽孝。雍正下谕说:“轼事母至孝,但母年八十余,禄养显扬,俱无余憾。当节哀抑恸,护惜此身,为国家出力”,赐白银四千两用于办葬事。并且特别批准朱轼乘驿马赶回老家治丧,让江西巡抚带着御赐的内帑到朱轼家赐祭。等到治丧完毕后,朱轼将要回京的时候,又派遣学士何国宗、副都统永福迎接,还允许他继续穿素服终丧。
不知道雍正这样做是不是因为当初康熙没有让朱轼治父丧,怀着一种歉意,想要做出某种补偿,但可以肯定的是,雍正此时对朱轼的恩宠简直到了无以复加的程度。此后朱轼又总理水利营田,兼兵部尚书,署翰林院掌院学士。他奉令修筑浙江海塘期间,督抚以及管理海塘的所有人臣都听从他调遣,这时的朱轼在朝中已然位极人臣了。
位极人臣的朱轼,是不是过着高堂大厦、锦衣玉食的奢侈生活呢?不是的。他生活极其节俭。相传乾隆曾亲自到高安来问候朱轼,朱轼用四盘二碗宴请皇帝,菜谱是:腊肉、肉皮、粉丝、闽笋四盘,猪脚或冻鱼,肉圆子或薯粉圆子为二碗。这种筵席,一直在高安流传下来,人们称为“朱公席”。