不久，鄂尔泰又奉命平定蒙古准噶尔部的叛乱。雍正十年（1732年）六月，朝廷命鄂尔泰总督陕、甘军队，经略军务，进讨准噶尔部。九月，他率军在额尔德尼昭（今蒙古库伦）大败准噶尔部。此战役中，他命令大将军张广泗先率一路军马到衮塔马哈戈壁截断准噶尔部北逃的退路，因此大获全胜。平定准噶尔部叛乱以后，鄂尔泰又上疏请求就地屯田。雍正十一年（1733年）元月，鄂尔泰回到北京。他向雍正皇帝提出很难将准噶尔部全部剿灭，因为用兵日久，劳民伤财，对国家也不利，请求罢兵。雍正帝也很同意他的看法。于是，鄂尔泰遂班师回朝。
鄂尔泰对清朝忠心耿耿，为国家立下赫赫功勋，赢得了雍正皇帝的信任。鄂尔泰每次向雍正帝上疏，内容虽然很平常，雍正都要称赞嘉奖，颁示众臣。雍正帝曾说：“我有时很自信，但是不如信任鄂尔泰那样专一；事情无论大小巨细，我总要听听鄂尔泰发表的意见。”鄂尔泰因而受到雍正帝特别的礼遇和优待。鄂尔泰常入朝和雍正帝密谈，总要到很晚才出来，外人无法得知他们的谈话内容。
雍正十三年（1735年），贵州台拱（今贵州台江）一带苗人再度反叛，乱氛四起。朝中议论纷纷，许多人将此事的责任归咎于鄂尔泰当初处置苗人事务不妥。雍正下令增设办理苗疆事务处，以果亲王、宝亲王、和亲王及鄂尔泰、张廷玉负责这一机构的事务。不久，苗族地区的反叛日益剧烈，先后焚毁黄平、施秉等地（今贵州东部）。鄂尔泰认为这与自己过去没有处理好苗人事务有关，要求引咎辞职，并请求削去伯爵称号。雍正帝也认为：“国家赐予的恩惠，有功则受，无功则辞。”允许他辞职，但仍然保留他原先的俸禄。
雍正晚年，常召鄂尔泰入宫，有时让他住在禁中，数月不出，外人都不知何意。由此可见，雍正对鄂尔泰的信任的确超过了一般人。雍正十三年（1735年）八月，雍正病逝，鄂尔泰以大学士身份与庄亲王允礼、大学士张廷玉等人同被任命为顾命大臣。时值深夜，无马可乘，鄂尔泰情急之中找到一匹运煤的老马，匆匆赶往宫中。鄂尔泰与张廷玉捧出雍正的御笔密诏，拥立皇子弘历继位，是为乾隆帝。为保证政局稳定，鄂尔泰在宫禁中一连待了七昼夜才出来。雍正死后，又公布遗诏，说鄂尔泰忠心耿耿，有济世之才，死后可配享太庙。
乾隆继位后，任命鄂尔泰为总理事务大臣，晋一等精奇尼哈番。乾隆二年（1737年）十一月，鄂尔泰辞去总理事务，但又被委以军机大臣，授予他三等伯，赐号“襄勤”。他还几次主持会试，并兼任领侍卫内大臣、议政大臣、经筵讲官等职。乾隆四年（1739年），南河河道总督高斌请求开新运河，河东河道总督白钟山请求恢复漳河故道，乾隆帝委派鄂尔泰前往巡视，又加封他为太保。
乾隆七年（1742年），副都御史仲永檀密奏告发鄂尔泰长子鄂容安不法之事，经诸王大臣会审核实后，要求削去鄂尔泰官职，但未被乾隆帝允许。乾隆十年（1745年），鄂尔泰因病提出辞职，乾隆帝仍不应许，好言加以慰问、劝留，又加授他太傅头衔。不久，鄂尔泰病逝。乾隆帝遵照先帝遗诏，将鄂尔泰牌位配享太庙，祀于贤良祠，并赐谥号“文端”。
鄂尔泰生前生后，既有功名，也有憾事。乾隆二十年（1755年），乾隆帝发现内阁大学士胡中藻的诗文集《坚磨生诗钞》中有“一把心肠论浊清”的诗句，指责他将“浊”字加于国号之上，居心不良。又说“老佛如今无病病，朝门闻说不开开”一句是诬陷自己不理朝政。于是乾隆帝下诏将胡中藻斩首。胡中藻是鄂尔泰的门生，鄂尔泰的侄子甘肃巡抚鄂昌曾与胡中藻有诗文往来唱和，都受到牵连。乾隆皇帝将此事追究下来，下令把鄂尔泰的牌位撤出贤良祠。
鄂尔泰当云贵总督时，江阴巡抚杨名时遭奸人倾害，新巡抚朱纲对他多方罗织罪名，甚至动刑审讯。杨名时深受兵民爱戴，他们自动组织起来为杨名时辩冤，并商议将朱纲痛打一顿。鄂尔泰得知此事后，对兵民们好言相劝，让他们不要闹事，然后他厉声斥责朱纲说：“你过汤阴岳忠武庙（岳飞庙）看到岳忠武公面前的铁人（指秦桧）吗？”不久，杨名时的冤情得以解脱。乾隆即位后，召见杨名时，杨名时指责鄂尔泰处置苗疆事务不善。鄂尔泰对此不以为意，杨名时死后，鄂尔泰亲手为他办理丧事，悲痛不已。
鄂尔泰秉政时，他的弟弟鄂尔奇也位居正卿。一天鄂尔泰退朝后从鄂尔奇书斋旁经过，看见里面陈设豪华，富丽堂皇，他掀开门帘却没有进去，退了出来。鄂尔奇急忙出来追问他为什么不进屋而离去，鄂尔泰站在庭中说：“你记得我们兄弟没有房屋居住而住祠堂时的情景吗？现在你偶尔得志，就如此奢侈铺张，我想大祸不久就要降临了。”鄂尔奇忙哭泣着跪下谢罪。以后鄂尔奇总是在鄂尔泰到来之前将珍玩宝器藏起来，待他走后再拿出来，以这种方式来蒙蔽他哥哥。后来李卫弹劾鄂尔奇，他终于因奢侈而败落了，应了鄂尔泰的话。
鄂尔泰才干出众，政绩卓著，深受雍正皇帝之宠信。如此，他即逐渐成为一群官吏之首。官吏当中，有其门生，其他皆为官场之拍捧者。张廷玉，亦如鄂尔泰，深受恩宠，因此亦有朝臣追随其左右。此二党间之争执，自是难免，各所持意见之分歧，在乾隆初年即有所表露。二人之间不管怎样，但最终都是为了大清皇上，可谁知如此忠臣在死后都受到了皇帝的谴责，真是可悲。
