洪武二年(1369)，朱元璋又召集群臣商议国都问题。可见这在他心中成了一根刺，左也不是，右也不是，扰得他不得安宁。大臣们也添乱，众说纷纭，有人主张关中，因为关中险固；有人建议洛阳，因为洛阳居中；也有人推举北京，因为北京的宫殿都是现成的。
商议了半天，其结果是选定了临濠以为中都，因为它前据长江、后靠淮水、地势险要兼且运输方便。于是当年就开始在此地动工修建城池宫殿，一直进行了六年，后来，朱元璋下令中止，因为这样大规模的用工，实在是让民众无法休养生息，且也遭到浙东地主集团的坚决反对。
朱元璋没办法了，洪武十一年(1378)，颁诏改南京为京师。至此，已是十多年过去，国都之事才算真正的尘埃落定。
朱元璋选一个国号都煞费苦心，又把一个国都改来改去，无非是希望大明王朝传万代。为了这个长远的目的，朱元璋当然会采取一系列强力措施强化君权，巩固自己的统治。这也是他成为强权皇帝的原因。
有的时候，他也是个很知道偷懒的人。这一点他和刘邦又是很相似。刘邦做了汉朝皇帝，就有了“汉承秦制”；现在朱元璋做了明朝皇帝，又有了“明承元制”，所以一眼看上去，明天的体制也属于克隆范畴：中央设为三大府：中书省、大都督府、御史台。中书省设丞相，下辖六部，职掌行政事务；大都督府则是统管军事；御史台职掌监察。
地方则设行中书省，把地方的军、政、财三权集于一身。这样做的弊端就是造成地方大臣位高权重，朝廷有令不行。元朝末期，这样的制度造成中央指挥失灵，最终才导致覆亡的命运。朱元璋后来也逐渐认识到其中的弊端，于是改革就势在必行。
点评：
朱元璋了不起，不单是他以平民之身登上九五之尊，更是因为他有天生的政治敏感，和杰出的政治才能，所以才会对政治制度加以改革，兴利除弊，比如以锦衣卫清除权臣，巩固皇权；同时与民休息，发展生产，才带来了明初的强盛。
朱元璋是个多疑的人，恨不得生出十六只眼睛和耳朵，好明察秋毫，不受人欺瞒。为了害怕被人欺骗，他于洪武十五年(1382)，设立锦衣卫，有侦察、缉捕、审判、处罚等权力。因其官员身着金飞鱼服，佩秀春刀，骑马，故又称“缇骑”。
这种特务机构很可怕，因为它由皇帝直接控制和管理，刚开始的时候，不过数百人，为祸毕竟不广，到了明朝中后期，十几万人都从事这一行当，它拥有自己的法庭和监狱，即臭名昭著的“诏狱”，里面集历代酷刑之大成，剥皮、抽肠、刺心等种种不一而足。而且这些锦衣卫的家伙还有权力在朝廷上执行廷杖，当场施刑，打死大臣。
就这样，大量名为“验校”的特务人员遍布朝野，暗中监视和掌握朝中官员的言谈行事，以及民间的议论动态。尤其是对官员，称得上无孔不入。
有一回，大儒士钱宰一日散朝回家，随口吟诗：
“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何日得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”
挺普通的一首诗，不过就是崇尚的民间田园之乐，此志趣在文中儒士中古已有之，毫不稀奇。且在自己家里吟的诗，谁知道第二天上了朝，就劳动皇帝下问：“爱卿昨天的诗不错，不过朕可没有‘嫌’你迟啊，所以，你是不是该改一个字，改‘嫌’为‘忧’，好吗？”钱宰一下子吓得面如土色，疾忙跪地，连连磕头请罪。
还有大将华高和胡大海的妻子笃信佛教，和外籍僧人就有来往，向他们学习西天教法。这种事居然也被汇报上去，朱元璋大怒，把华、胡两家妇女和和尚一起投进水里。
饶是如此严密的监视法子，朱元璋还是无法打消他的疑虑。他是对所有人都不放心，对臣下不放心，对民众不放心，对向他汇报监视情况的人也不放心，于是这监控诸人的情报网就层层展开，以保他耳聪目明，不被蒙蔽。
他很会向臣下提问题，然后看他们给出的回答是否老实。如是直言无隐，他就当面褒奖，嘉其真诚，否则，那就擎等着被治罪。至于怎么知道是否直言无隐，那还用说，那些撒出去的人马是干什么吃的。
但是，谁的汇报也抵不上自己亲眼所见，所以有时候他会以九五至尊之躯，亲自出马，探察情报。
朱元璋的官员里有个弘文馆学士叫罗履仁的，为人老实，被朱元璋呼为“老实罗”。就这么个人，他还不放心，怕此人表面木讷，内藏奸狡，捡了一天直接撞进罗家，结果他看到的景象是：罗履仁正在梯子上刷墙呢，他家就在城外一条小巷子里，破房破屋，东倒西歪。朱元璋一看老实罗清苦如此，一心为公，着实钦敬，于是下令赏给他城内一所大宅院。
徐达的老婆和朱皇上的大脚马皇后一向亲如姐妹。有次闲聊的时候，她羡慕马皇后的家雕梁画栋，没口子赞好，结果就被朱元璋猜忌，认为此妇如此有攀比之心，将来必会蛊惑徐达造反，来抢他家的大房子，干脆杀之碎尸。
徐达没办法，只能含泪谢恩。
然后，朱元璋就听说徐达病。于是他的心眼子就又转开了：为什么病？是怕我？还是恨我？还是没病装病，跟我示威？本想派人去看，一想不行，我得亲自去，万一那帮王八羔子和他交情好，骗我怎么办？所以就决定微服简从，亲自走一趟－－他也不嫌累。到了徐府，不准通报，带人直奔卧室，然后发现徐达真是病了，病得很重，这才消了疑虑。
他觉得特务不够，他自己收集情报也不够，那就再想办法。洪武十五年(1382年)，朱元璋改监察机关御史台为都察院，负责人是左都御史和右都御史，下辖监察御史百十来人，分掌十二道部门，职权极大，都察院替皇帝监视官僚，检举反叛思想、保持传统纲纪，监察御史则监视朝廷下辖的各个不同的官僚机构，还有被分派到地方的，可任巡按、清军、提督学校、巡监、茶马、监军等职务，大事禀奏上裁，小事自己可以立断，很威武，非常威武。这就相当于皇帝又多了一百多个眼睛和耳朵，他们替皇帝听着，看着，然后一百多张嘴随时报告着，同时又伸出爪子，觉得哪个对皇帝不忠，抓无赦。
有一回，在上朝的时候，朱元璋问学士宋谦，昨天你在家喝酒没有，都请了谁。宋谦一一作答。然后朱元璋点点头：“你果然没有骗朕”。一句话说得群臣心惊。另外，还有个大臣，在家里和老婆孩子玩麻将，不知道怎么，丢了个“二万”找着。第二天上朝，朱元璋问他昨天在家干嘛了。大臣如实回答：“在家打麻将。”朱元璋也满意地点点头，然后掏出一张“二万”扔给他。这大臣吓得差点尿裤子，真后怕，若是因为想给皇帝留个勤于政务的好印象，措谎说在家处理公务，或是留个勤学的好印象，说是在家里读书，那就都完了，脑袋搬家，嘁里喀嚓。
其实不光管官察吏，就是对老百姓也有监察之责。朱元璋制定了路引制度，路引就相当于通行证，有了它才能出门，领不到通行证，那你就一辈子在你出生的那片小地方呆着。
除此之外，还有里甲制度。里甲的编制方法，是每110户编为1里，由丁粮最多的10户担任里长，其余100户则称为甲首。各里中无力承担差役的鳏寡孤独人户，则带管于110户之外，称为畸零户。10名里长以10年为一个周期轮流应役，先后顺序根据丁粮多寡预先编排，每年由1名里长率领10名甲首应当差役，并负责“管摄一里之事”。里设里长、书手，甲设甲首。均由地方豪绅充任，世代相袭。书手掌一里之赋税文案。里长、甲首把持地方，武断乡里，包揽词讼，残害人民，并可施百姓以私刑。《河州志》说：“里长忽造庭，一家心胆碎，盘餐破岁藏，怒蹴恣詈谇。正供知何许，杂徭几百倍”，“忍痛鬻姣儿，须叟死可代。缧绁到城中，生还几人在”。可知里长之凶残。（参考资料：中国县域社会经济网艺术中国网）
另外，朱元璋还突发奇想，用和尚道士做特务。人们绝不会想到，这一类超凡脱俗的人物，居然会干这种行当，这恰是朱元璋要利用的人的心理盲点，这和他当初曾是和尚，因而对和尚格外亲近和青目的心理也有关。张孟兼是明初著名文人，情性十分清高刚烈，他在任山西副使时，和钟山寺和尚出身的布政使吴印不和，两人冲突几次，然后被吴印告到朱元璋那里。朱元璋可能是觉得张孟兼瞧不起吴印，便是瞧不起曾经做过和尚的他，大怒曰：“死文人是存心要和老子作对！”命人把张孟兼捉到京城，活活打死了事。
这还不算，那些为他立过汗马功劳，因而封为公侯的功臣，他也不放心，或者说，更不放心。所以他还建立了“奴军”，也叫“铁册军”。《续文献通考？兵六》：“［洪武］二十三年三月，置公侯伯屯戍百户，给以铁册。初，帝以公侯伯有大勋劳，人赐百二十人为从者，曰奴军。及其年老还乡，命设百户一人，统众卫之，俾屯戍以食，赐以铁册，给以印，俟其子孙承袭则罢之。时谓铁册军。”这些人名义上是服侍护卫公侯，实际上却负有监视之责。功臣的行动尽在他的掌握。
就这样，他还是不放心。所以，他甚至在朝臣中还安插耳目，说白了就是狗看着狗，自己坐收渔利。张昶曾是元朝的户部尚书，后来投降朱元璋，官居参政。杨宪则是在朱元璋攻克南京后投奔来的，朱元璋爱其敏锐，就让他做了检校，监视将帅。杨宪出于不可告人的目的，很快与张昶成为朋友。张昶在学识能力上胜过杨宪，于是杨宪醋意满腔，时时窥测张昶的阴事，以便随时向皇帝告密。偏偏张昶警惕性就那么可怜，居然对着杨检校倾诉衷肠：“我要是能回到元朝，也不会缺少富贵的”又说：“我是元朝旧臣，勉为其难留在这里，其实想我的老家的很。我的老婆孩子都在北方，唉，也不知道他们怎么样了！”
结果不言自明。杨宪原原本本，甚至添油加酱，朱元璋大为震怒，杀张昶。
朱元璋维护皇权的谨慎、小心、残暴和不择手段到了变态的地步。他的特务机构搞得人人自危，忠良贤臣惨死者不胜枚举。这种强力威慑之下，臣下小心谨慎，宁当庸人，不做杰才。整个国家万马齐喑，十分可哀。
评点：
朱元璋对于信息的收集有狂热的爱好，领导深谙政治学中的御人之术，所以他努力挖掘种种信息渠道，以此达到掌控全局的目的。
