正如历史学家黄仁宇所指出的那样，中国明代的税制是一种内敛的税收政策，洪武年间帝国的税收达到二千七百万担，从此就将此作为一个定额确定下来，即使是新开垦的田地也不再起科。我们的帝国只想保持一种自耕农经济的模式，一种简省的社会管理方式，它并没有考虑到人口会增加，也并无兴趣将这个社会推到更高的模式。
不仅如此，朱元璋还制定了对商业征收及其低廉的税收政策。随着时间的推移，这种僵硬的税收政策越来越不适合帝国管理的需要，大量的农业人口转成工商业人口，田地被抛芜，以及大量的耕地转种经济作物，这些都使得农业上获得的税收越来越低，而占经济比重日益增大的商业税却没有提升，这的确是一种奇怪的现象。
对于这种奇怪的现象黄仁宇和杜车别分别进行了解释。黄仁宇认为一是由于后世严格执行了朱元璋制定下来的政策，二是传统儒家社会抵制征税；杜车别认为是由于知识分子通过科举以柔性的方式获得了政权，而代表士绅利益的士大夫阶层在税收上采取了抵制的政策。应该说他们的观点都有一定道理。
朱元璋制定的大部分政策都得到了严格的执行，这是因为洪武的政策自然有先见之明，二是因为存在于我们社会中的巨大惯性阻碍了变革，但这始终不是明代税制无力的原因。对于朱元璋的不合理政策在后世得到纠正是正常的，并非不可更改。我们的传统社会是个重农抑商的社会，因为地理、气候、河流决定了我们适合进行农业，不像欧洲以商业为主，天朝的富饶又使得我们是个自给自足的经济体，对外界发生不了兴趣，这些都决定了我们必须以农业为主。一旦农业生产不稳定，帝国就会动荡不安，所以为了限制农业人口转入非农导致粮食减产，我们的社会对商业压抑到了极点，帝国从来没有征收商业税的概念，如果商业税支撑了这个帝国，那么这是可怕的，因为它意味着重农抑商的国策开始摇摇欲坠。
儒家思想抵制征税也是正确的，因为儒家的仁政正是反对役使民力，实际上低额的税额无论对帝国还是对民众都是消极的，它无法应对大规模的自然灾害，也无法应对外敌的入侵，更无法应对旷日持久的兵变与民变，更会导致官员贪污情形，或导致大规模摊派，这点在晚明显得更加普遍。
杜车别的看法也有其合理性。黄仁宇认为虽然明代执行了僵硬的政策，但唐宋两朝的税收政策都能随着情形的变化而更改，但明代却不能如此，黄将其解释成为洪武限制其子孙改变其政策，黄的这种解释有些牵强。实际上正像杜车别认为的那样，从明代中期开始，尤其到了晚明官僚集团日益成熟，其抵制变革的惯性益发强大起来，这里面固然有私利的因素，但根本原因还是强大的惯性。明代官员虽然有士绅出身的，但也有很多贫寒之家，或者小地主出身，完全将其归纳到士绅行列也自有不妥之处。
明代赋税的无力与僵硬最根本原因还是抵制变革的惯性太过于强大，历史上的变革无不是以失败而告终，寥寥成功者最后也是万劫不复，背上一世骂名。商鞅、秦一世、王莽、桑弘羊、杨炎、王安石、阿哈马莫不是如此，即使是君王也要背上千古骂名，就是在本朝也比比皆是，王振、刘瑾、张璁、张居正、魏忠贤莫不如此，他们死后都背上了骂名。
我们这个国家幅员辽阔、人口众多、政事复杂，所能遵循的只能是治大国如烹小鲜，因循守旧、尸位素餐是为官者应该遵循的准则，否则只能是以己昏昏，使人昭昭。自上而下的变革从来都是不可行的，我们所要做的只是等它烂掉，然后再让历史进行自下而上的方式进行重组，接着再进入下一个循环。商鞅变法成功得因于秦国的荒蛮，唐宋财政政策能进行一定程度的调整也得因于不是那么强大的惯性，但到了明代，在强大而成熟的官僚制度面前，一切变革已是不可行，这不是任何君主或强臣能够解决的问题。
历史进入嘉靖年，这是个政治已死的年代。
我们这个帝国从它建国开始只能应付风调雨顺、国泰民安的局面，一旦发生了几件突发事件，它就会运转不灵，甚至跌入崩溃，大约从正德年开始帝国的税赋就已经开始运转不灵。从这个时期，皇帝的开支开始增大起来，但每年给皇室的开支是定额，超过了这个定额，皇帝也无法，虽然这只是一个侧面，但它反映出整个国家的财政周转已经开始不灵活。
到了嘉靖朝，这种情况更加显性起来。皇帝改变祀典规制，将很多合祀的项目改为分祀，这些分祀带来祀庙的营建，皇帝为了修道移居西苑，嘉靖一朝宫中连失火灾，所有这一切都表明重修工程的浩大，这需要从云贵运送木材，或者从南洋海面运送木材，更要命的是这些接连不断的工程聘用了数以万计的工匠，除了要支付工钱，还要从南方调运粮食来供给。
不仅如此，北方抵御蒙古，南方剿倭都是连绵不断的军费开支，在这种情况下如何解决财政危机成了帝国的当务之急。对于解决财务问题，帝国主要采取三项措施：削减宗室、勋贵、官僚、军队以及政府的行政开支，乃至皇帝自己的开支；在江南征收附加税；清理两淮的盐政。
削减开支、节约成本本就是杯水车薪，而且导致了嘉靖朝宗室、军队的骚乱，以及官员们的欠俸问题，节流从来都不是解决问题的根本之道，它甚至在以后的时间里会引起更大程度上的反弹；在江南征收附加税也取得了一定效果，但这个地方长期受倭患，加上不断的水灾、旱灾使得这项政策最终也是难以为继；而清理两淮盐政，征收余盐税却成了嘉靖朝应对财政危机的一个亮点。
帝国的食盐是由全国的灶户在各大盐场生产，政府将食盐收购后再卖给持有盐引的商人，每年生产多少食盐是按照人口数核定的，一旦核定就不轻易更改，这些核定的盐叫定盐。但灶户在生产定盐之外通常也生产余盐，这些余盐就由商人收购，然后拿到市场上去出售，但商人需要向政府交纳一定的税额，称为余盐税。嘉靖朝，两淮的余盐税是60万两白银，这是一种定额，商人可以在这60万两框架内肆意买卖余盐，这就给余盐的生产、买卖大开方便之门。为了获利，灶户加大了余盐的生产，盐商加大余盐的买卖，甚至出现了正盐销售不出去，或者正盐以余盐的名义买卖，在这种情况下，正盐的生产、销售无疑受到影响，帝国的盐政有遭到破坏的危险。
鄢懋卿是江西人，嘉靖二十年的进士，由行人司行人擢升御史，后依附严嵩获得提拔。嘉靖朝为了清理盐政，对付财政危机，让鄢懋卿总理两淮、两浙、长芦、河东四大盐运司盐政。鄢懋卿南下巡盐后加大了对余盐的清查力度，并将余盐税的定额由60万两白银提高到100万两白银，在这种情况下盐商迅速跟鄢懋卿交恶，朝中以徐阶为首的一党乘机加大对鄢懋卿的打击，在这种情况下，鄢懋卿很快被免去巡盐御史的职务，余盐税又重新恢复到60万两白银的定额。
从这里可以看出，嘉靖朝应对财政危机的办法都无实际效果，中枢应对财政危机最终仍是采取拆西墙补东墙的措施，这些都使得嘉靖后期的时局是那么艰难，但这也使得朝野认识到需要有所变革，这种危难的局面正是给后世的“一条鞭法”奠定了基础。
与财政危机相对应的是另一场危机已经在边疆开始。洪武皇帝实行了严厉的海禁政策，对外贸易完全是以官方的通贡贸易进行，这一方面满足了外国贵族对中华物品的需求，另一方面维护了东方的朝贡秩序和天朝的虚荣心。但私下里的海外贸易一直在进行，官方的态度也比较暧昧，从成化年起，一些出使他国的官员开始利用出国的机会在船只中夹带私货，沿海市舶司的官员更是参与到走私活动当中。
而此时的日本正处于战国时代，一些破产的大名或失去生计的武士流落到中土，开始骚扰沿海边境，而沿海的一些失去生计的渔民也加入其中，协助声势。
帝国有三处市舶司负责海上通贡贸易，宁波司主要对日本，泉州司主要对琉球，广州司主要对南洋诸国。嘉靖二年（1523年），日本国内两大家族大内氏、细川氏分别派代表从宁波市舶使进入中国来通贡。按照宁波市舶司的规定，谁的船先进港，谁的船先验货，这天是大内氏的船先进港，但细川氏家族的使节贿赂了市舶司宦官，导致细川家族的船先验货。
中午在宁波市舶司举办的宴会上，细川家族的使节又坐在主座，本就在国内积怨甚深的两大家族，此刻面对这种情况大内氏的代表愤起杀了细川氏的使节，接着，大内氏家族代表带着他的人沿途烧杀抢掠，并打败了前来围堵的都指挥和千户。
这一事情上报帝国后并未引起多大的重视，皇帝与群臣正处于大礼仪争斗的炽热阶段，给事中夏言建议冷处理，关闭市舶司了事，嘉靖对夏言的奏书随后批复了事，从此中国与日本之间的通贡彻底断绝，一直到甲午战争才恢复。
日本由于处在蛮荒的孤岛上，形成了国民粗野的性格，所以历代中土王朝都对日本没有好感，属于被排斥的对象，如今帝国希望能寄关闭市舶司一劳永逸的解决不必要的麻烦，但问题只能疏导，却不能堵。明廷不知道粗暴的关闭了通贡窗口只会使问题更加复杂化。
尽管在以后的二十年中，日本人跟北方的草原人一样哀求这个傲慢的帝国允许开放贸易，但无疑都遭到了拒绝。1544年当一个日本使团来到中国后再次遭到了拒绝，这些日本人开始转而求助当地的商人。
明朝不仅关闭了官方贸易，对私人贸易也开始限制起来，这不仅影响到了日本人的利益，也影响到了中国沿海商人和普通民众的利益，为了生存，他们开始与日本人相互勾结起来，所以16世纪中期危害中国沿海的倭患大部分是由中国人参与的。
汪直是这场倭乱的主导者，从16世纪上半期他便开始从事走私生意，汪直大约出身于一个中平之家，自小就有江湖习气，有独立意识与冒险精神。他最开始的时候是加入别人的走私集团，在其领导被朝廷击溃后，其开始慢慢掌握整个走私船队，控制了大陆与日本岛之间的走私贸易。
这种走私活动进行的并不顺利，其原因倒不是朝廷的压制，而是地方士绅的剥削。汪直的走私团伙首先将货物从地方商人手中收购过来，再运到日本销售，然后从日本采购货物运回国内，在这个过程中沿海的商人通常采取先收货、后付款或者先收款、后付货的方式，这自然侵蚀到了走私者的利益，在这些商人拒绝付款的情况下，走私者采取了暴力方式。所以从1544年以后帝国的东南区域已经发生了几起针对当地富绅的暴力骚乱行为，在这种情况下，朝廷开始酝酿解决危害东南的倭患问题。
朝廷开始派江苏苏州府吴县人朱纨任浙江巡抚，提督闽浙两省军务。东南沿海的局势已经很微妙了，当地已经是官绅一体，都参与了走私，无论是官府、士绅、小民都从走私中获得了利益，而前几次的火并不过是利益集团内部分赃不均所引致，眼看朝廷派大员来整治，这伙人开始悔恨莫及。
朱纨来到浙江后才发现这里的形势复杂，地方官员不听指挥，卫所的军队无法调动，这些困难对有着处理地方复杂政务、军务的朱纨来说不过是小菜一碟。他开始自己招募军队，将地方官员撇开单干。此时的朱纨知道从中枢到地方他没有一个支持者，自己的面前是凶险万分，如果出错，即使皇帝不杀自己，浙闽两省的官员和士绅也会杀了自己。
朱纨在福建漳州建立剿倭指挥部，他开始执行严厉的禁海政策，毁掉船只、填塞港口、保甲连坐。这是永乐时代起东南沿海最严厉的海禁时期，真正达到了片板不能下海。很快，有史以来最大一次倭寇入侵在大明朝发生了，一伙由中国人组成的海盗侵入宁波、台州杀人放火，沿海的驻军没有做出任何反应，他们只是睁一只眼、闭一只眼，甚至是引寇入侵。情报显示这些海盗主要集中在双屿和九山两个岛屿，很快朱纨拟定了对这两个地方的作战计划。
战斗在深夜打响，官军乘着夜色向这两个岛屿发起猛攻，官军面对的海盗头目正是汪直。海盗们在这次的突袭中遭到了惨败，大部分人就地被歼，小部分人逃入外海，朱纨不顾地方官员的强烈反对将在这次战斗中捕获的人全部处决，被处决的人当中甚至有闽浙两省的地方官员的父亲和其他亲属。
第二年，朱纨命人攻击了停泊在福建沿海的一支大商船的船队，将捕获的中国人、葡萄牙人、日本人一共96人公开斩杀，此举震动了整个帝国。
总督数省军务是封建王朝为了应对突发事件便于协调数省而设置的官职，朱纨作为闽浙总督这在明代历史上是从来没有的事情，朱纨从1547年到任，以雷霆手段在两年的时间内就解决了倭寇问题，并实行了严格的海禁，尤其是1549年的这次公开斩杀更是震惊中外。虽然皇帝授予了朱纨便易行事的权力，但如此大规模公开斩杀走私百姓也的确有些令人发指。
正沉浸在胜利喜悦中的朱纨不知道危险已经悄悄临近了。大批在朝的闽浙两省的官员纷纷弹劾朱纨行事偏激、滥杀无辜，福建籍御史陈九德也弹劾朱纨滥杀百姓。嘉靖皇帝接到这些奏折后将朱纨浙江巡抚一职改为巡视。
愤愤不平的朱纨上书指责浙闽两省的人视倭寇为衣食父母，并一针见血的指出闽浙两省“士绅民寇一体”，而且对一些在朝官员进行了公开点名。在这种情况下，嘉靖派了两名非闽浙籍的官员赴闽浙两省调查此事，调查的结果是被斩杀的佛朗机人只是跟沿海百姓进行公开贸易，并无劫掠情节，而且被斩杀的也多为福建沿海出外行商的百姓。
当事情逐渐清晰后，嘉靖命人逮捕朱纨进京询问，得到消息的朱纨悲愤交加，他写好了《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》的奏折后服药而死。他在奏书中写道：“一不负天子，二不负君子，命如之何？丹心青史。纵天子不欲死我，闽浙人必杀我。去外夷之盗易，去中国之盗难，去中国之盗易，去中国衣冠之盗难。”
明代史学家谈迁在《国榷》中写道：“朱纨十年中丞，田不亩辟，家徒壁立。”
朱纨的悲剧一定程度也是个人造成的，他行事直线化，他不明白闽浙两省大批的人口赖以海洋生计，他也不明白贸易能够使双方都获利，百姓能够获得便宜价格的苏木、胡椒、香料，沿海百姓也能够将自己的日用之资高价卖给这些日本人或佛朗机人，但这些从根本上来说还是受制于帝国的政策。
朱纨既死，在闽浙两省官员的努力下，帝国取消了向闽浙两省派遣巡视大臣的制度，朱纨的防卫力量和保甲制度也尽皆裁撤，他的两名副手卢镗、柯乔也被定了死罪，关在福建的按察使司狱中。嘉靖年第一次轰轰烈烈的灭倭行动就这样结束了，很快帝国将会自吞苦果。
朱纨既死，闽浙两省之间的走私贸易再无障碍，我们的五峰船主汪直正式走到了前台。为了扑灭一些不听指挥的海盗，闽浙两省官员去信给汪直，让他协助扑灭，这对于汪直来说是一举两得的事情，一来在官府那里邀了功，二来也消灭了竞争对手，很快汪直打垮了两个较大的海盗势力集团，汪船主终于一统江湖，成为名副其实的海上霸主。他的全盛时代手下控制了数万人的人马，拥有全副武装的近百艘的现代化战舰。
我们的五峰船主有一个理想，那就是开放海禁，在大陆与日本之间进行公平的贸易，以互惠两国人民。汪直自认为他剿灭海盗对朝廷有功，他上了一道奏章要求开放贸易，但这道奏章自然毫无意义，朝廷给了一百石的粮食作为扑灭海盗的奖励。失望的汪船主变得不理性起来，他要让大明帝国知道他的厉害。
历史进入16世纪50年代，东南地区的自然灾害增多起来，从城市到乡村似乎都动荡起来，成群失去生计的百姓成为盗匪，沿海的乡村都是结墙自保。继汪直海盗集团的总部双屿岛被朱纨攻破后，这些人就转移到了舟山外海的万表山，朱纨死后，朝廷也停了他所招募军队的粮饷，这些士兵便投入万表山成为海盗，此刻聚集在万表山的海盗已达万余名，一场大的暴风雨就要来了。
1552年这些海盗从万表山出发，沿途劫掠台州、温州、宁波、绍兴等地，并攻陷黄岩县城，在城内整整呆了七天，这清楚地表明骚乱已经开始了升级。过去海盗只是劫掠村庄，此次竟然攻陷了城池，人们发觉了事态的严重性，并开始反思处置朱纨的失误之处。
群臣建议恢复派人巡视闽浙的制度，皇帝令吏部会推，会推的结果是山东巡抚王忬。王忬是明代史学家王世贞的父亲，他跟朱纨一样有着处理地方政务与军务的经验，此刻由他出任空缺四年的浙江巡抚兼浙闽总督一职，预示着朝廷的对倭政策又来了个180度大转弯。帝国再次风起云涌。
除此之外，朝廷还在浙江和南直隶增设一名参将，分别为俞大猷和汤克宽，王忬到任后又将朱纨的部将从牢里放出来重新聘用。但此时的情况跟朱纨时代已经不可同日而语，汪直的势力已经大增，实际上官军已经不是其对手。
1553年汪直的海军大规模向内地进攻，整个东南沿海，南京以东和以南的地方全部失陷，州府一级的城市开始被攻陷，府衙被烧、知府被杀，在这两万多人的入侵者中大部分是中国沿海的破产农民、盗匪、倭寇、还有一些欧洲的探险爱好者，他们也夹在这些人中起哄。大明朝的国门形同虚设，久未训练而且缺员三分之二的卫所根本抵挡不住这些疯子们的进攻。
而此时的闽浙总督王忬手段远远没有朱纨毒辣，他也没有一个明确的对付海盗的办法，他不是像朱纨那样主动派兵渡海作战，而是让各府各县结墙自保。在1553年的战斗中，有一股四十余人的倭寇脱离了大部队单独行动，他们从浙江进入安徽，从芜湖兜了一个圈子，然后打到南京城下。这伙倭寇人数少、行动迅速，官军难以发现其踪迹，虽然最终在江苏境内将其全部歼灭，但沿途军民也死伤数百人之多。
帝国的陪都南京竟然也遭到威胁，半个东南岌岌可危，备倭形势已是刻不容缓，在这种情况下，嘉靖皇帝罢免王忬，调南京兵部尚书张经提督沿海五省军务，从外省调客家军入浙参战，有斩倭寇首级者一级赏银一百两，按说这些规格都是相当高的，只差没有调动边军了。
此时海盗的主力两万余人盘踞在松江这个地方，张经打算对这个地方进行攻击，但他要等两广的土司兵、湖广苗兵抵达，两广土司兵很快抵达，但张经还要等苗兵抵至才肯出击。张经的僵化头脑最终还是给自己埋下祸根，朝廷就需要在短时间内对倭取得胜利，哪怕是一次局部胜利也可以取得皇帝对自己的信任，从而为接下来的剿倭战争打下基础。但张经来到浙江一年多了也没有任何进展，他只是牢牢守住一些重地，听任海盗肆虐乡村。
眼见前方没有战报传来，皇帝对张经渐渐怀疑起来，他便派严嵩的门人赵文华前去浙江督战，赵文华一来到浙江便跟张经发生冲突，他催促张经出战，张经不从。赵文华便上书劾张经“耗费军饷，听任倭寇害民，畏惧倭寇不敢出击”，本就对张经怀疑的皇帝接到奏书后便下令逮捕张经进京讯问。就在这个时候，湖广的苗兵到了，张经让卢镗、俞大猷以及湖广永顺、保靖两地的宣慰使派兵合围，一战下来斩首二千级，溺死者更多，海盗在松江的大本营被摧毁，他们乘船逃到了海外。
张经的胜利并没有打消嘉靖对他的猜忌，反而使得皇帝认为他是在赵文华去了之后才主动出击，皇帝对他越发厌恶。张经被逮捕进京，判死。
张经跟历史上很多悲剧英雄一样就在于过于考虑自己的思想，不能够将帝王的信任和自己的想法有机的结合起来，一味按照自己的思路来，只能是空留余恨。比较之，那些比较灵活的人则更能够获得成功。
张经的死总体来说对于御倭大局并无太大影响，因为他头脑过于机械，如果在这个位置上一味干下去，对于御倭大业倒不见的是什么好的事情，但张经的死却给两广的土司兵和湖广苗兵带来消极影响，很快这些士兵再无兴趣与倭寇作战，不久便返回了驻地。
张经死后，赵文华接替了他的位置，赵文华的经历就表明他对于备倭此等事情并不在行，他跟浙江巡按胡宗宪走的较近，胡宗宪根据海盗飘忽不定的特点提出主抚的方略，这一方略深得赵文华的认同，他在严嵩面前保举胡宗宪为浙直总督。
胡宗宪将汪直的老母、妻子、儿子从监狱里放出来接到了杭州，然后私下里派人去海上跟汪直接触，胡宗宪跟汪直都是安徽绩溪人，胡想利用这层关系在御倭问题上有所作为。使者带了一些金银，转达了胡宗宪的意思，让汪直捕贼自救，并答应封官晋爵。汪直要求开放海禁，胡宗宪的使者也应承下来，答应就此事回去通融。
汪直的毛病就在于过于幼稚，胡宗宪本身就是个靠别人吃饭的人，他的话能有多大份量，即使胡想赦免他，皇帝能赦免他吗？即使皇帝想赦免他，那些御史、言官能赦免他吗？
此时汪直的日子也不好过，朝廷正处于御倭阶段，走私贸易也停了下来，几场战斗下来，自己也伤亡惨重，部下多有怨恨。人生达到了这个阶段，汪直对财富已经没兴趣了，他希望自己也能够封妻荫子，在家乡父老面前荣光一把。
胡宗宪得到了汪直的口信，便将此议上奏朝廷，廷议认为如果汪直能剿除倭患可以考虑对他的安排。
这个时候另外两个海盗头子徐海、陈东包围了桐乡，将浙江巡抚围困在里面。胡宗宪让人带着自己跟汪直之间的来往书信去见徐海，徐海看到汪直的书信后思想有些动摇。这时候派去的使者又开始挑拨说，陈东跟汪直已经联合好了，打算对付你，这样，徐海对陈东开始戒备起来。陈东见徐海的营中来了朝廷使者对陈东也猜忌起来。
徐海要求官府给予财物，胡宗宪都尽量满足，当官府将白银、绸缎、米面送到徐海军中后，徐海便撤了桐乡之围，眼见徐海撤兵，陈东便也撤了兵。
尽管徐海开始帮助朝廷捕灭海盗，但由于徐海、陈东在浙江的劫掠，朝廷对徐海、陈东已经由主抚转向主剿，当赵文华带着朝廷的新旨意再次来到浙江的时候，胡宗宪心里便有了底。
胡宗宪先让徐海将陈东绑来，然后乘夜派大军攻破了徐海军队驻扎在海边的基地，战斗连续进行了七天，最后徐海溺水而死，他的部下基本上都被歼灭，如此海盗头目只剩汪直一人。
作为主和派的严嵩、赵文华、胡宗宪此刻都希望能够跟汪直和谈，允许他们开始一些适当的贸易，然后让他们去镇压其他的海盗，达到以寇治寇的目的，因为这些人对海寇的藏匿地比官府有更深的了解。但发生在嘉靖三十六年（1557年）的赵文华被罢黜事件使得东南形势更加复杂化了，赵文华本身是工部侍郎兼以御史领浙江事，他作为工部侍郎负责皇宫被焚毁的几处大殿修复工作，但这几处工期都得到了延误，本就对赵文华绥靖政策不满的嘉靖将他削职为民，不久赵文华死去。皇帝对于赵文华的免职实际上就是释放一个强烈的信号，那就是对海盗不能姑息迁就，处于殿堂之高的皇帝考虑问题自然没有那么客观、理性，他只想看到结果，对原因与过程不感兴趣，这也是作为臣子的为难之处。
赵文华的死标志着刚刚打开局面的御倭大业再次变得扑朔迷离起来，皇帝因为赵文华的问题开始迁怒严嵩，严嵩再也不敢提主抚的策略，身在前方的胡宗宪竟也体会到时事的危艰。
此时的汪直完全不知道大明王朝政局的那种微妙的变化，还是愣头愣脑的将船队开到舟山群岛外海，他派人去见胡宗宪，声称自己来投降。这倒令胡宗宪为难了，接受汪直的投降对朝廷不好交待，自己也会人头落地，抓了汪直吧，对御倭大业有影响，不接受汪直的投降也不可能，消息都已经传出去了。最终胡宗宪还是在汪直来后将其抓捕投入狱中，胡宗宪给皇帝打了个报告，说此事由圣上来处置，接到奏书的嘉靖将皮球又踢了回去，说汪直应由胡宗宪来处置，胡宗宪只好将汪直关在狱中。
汪直的部下确定他们的首领被关押后，他们开始知道上当受骗了，于是他们继续进攻浙江、福建沿海的村庄，嘉靖将胡宗宪的部下俞大猷、戚继光免职，并命令戚继光、俞大猷在一个月内扑灭海盗活动，如果不能完成这个任务，就会跟胡宗宪一样逮捕进京问罪。
赵文华死后的御倭形势并不乐观，海盗们已经没有一个成熟的首领，即使有一个成熟的首领也不可能再信任官府，朝廷跟海寇之间失去沟通的渠道，只好采取肉体消灭的方式来应对。胡宗宪似乎对海盗仍然采取绥靖的政策，在一次战斗结束后，俞大猷主张追击，但胡宗宪却放这些海盗离去，为了此事俞大猷被安上作战不力的罪名被逮进狱中，不久，就有福建籍的御史控告胡宗宪有意将海盗往福建赶，为的是推卸责任。
1559年，在汪直的残余力量被扑灭，汪直没有利用价值的情况下，朝廷下令将汪直处死。汪直在狱中曾上书说愿意带兵剿灭倭寇，以求通关纳税，但并无作用，当他得知自己的死讯后，他叹道：“吾何罪，吾死一人，恐苦两浙百姓。”
行刑那天，汪直要求跟儿子见最后一面，汪直将束发金簪拔下来交给儿子，父子相拥而泣，哭完汪直拭去眼泪，不发一言，引颈就戮。汪直死后，其老母、妻儿没入成国公家。
1560年是帝国御倭的一个分界点。在此之前汪直的残余力量已经基本被扑灭，剩下的一些人逃到福建和广东两省的交界处，跟广东的海盗会合在一起开始在闽粤沿海骚扰。而在南直隶和浙江的盗匪则已经不是以前的海盗，而是那些征募来剿倭的军队，在浙江的倭患已经解除的情况下，朝廷勒令其解散，他们又成了新的倭患。
1560年的御倭行动是由一名叫戚继光的人负责。戚继光是山东登州人，出身世袭官宦家庭，其祖上原为郭子兴部下，后跟随朱元璋，在明平定云南战役中，其祖上战死，从此戚家世袭登州卫指挥佥事一职，一直到戚继光世袭到今天。从元代起山东就是御倭的大本营，1556年朝廷将戚继光调到浙江来负责御倭事宜，戚继光负责宁波、绍兴、台州等一线重地。戚继光来到浙江后发现本地驻军不能战，客家军军纪又差，戚继光决心招募一支新型军队，实现以浙人守浙土的原则。
戚继光来到民风骠悍的义乌，他选了三千名矿工组成了他的这支新型军队，黄仁宇在他的著作《万历十五年》中写道，戚继光挑选士兵的原则是只收农民，不收城市居民，凡脸色白皙、眼神轻灵、动作轻快的人一概拒之门外，这些人都来自城市的无业游民，一旦交锋，不仅自己会逃跑，还会唆使周围的人一起逃跑，一旦受到审判的时候他们又会嫁祸于这些言辞笨拙的伙伴。按照戚继光的这个标准招进来的都是纯朴可靠的农民，戚家军的这种纯朴作风一直保留到戚继光死后多年。在30多年后的御倭援朝战争中，以戚家军为班底的蓟镇兵并没有像辽东军那样骄纵，他们不抢功，而且总是打头阵。
戚继光的军纪严明，他实行连坐法，一人退一人被斩首，全队退队长被斩首，队长殉职而全队退全队被斩首。
倭寇虽然没有骑兵，但是他们的集体作战能力强，日本人的那种在下级群体中的严密管理模式在这场战争中得到了明显表现，不论是作战还是宿营，倭寇的小头目都能够对下级战士进行严格的管理。在战斗中，他们的侦察、进攻、防守、撤退都有一套严密的组织程序，他们注重团体的联络性，这点无论是在战争还是宿营中都有体现。他们在劫掠村庄的时候，一般派遣二十人的小部队进入，用当地人做向导，有斥候侦察，尖兵开路，分层次的展开兵力，他们在撤退的时候也有人接应，在与官军作战中他们也讲究实攻与佯攻。
这些倭寇通常头戴鬼头面具，以海螺为号角，通常能令攻击他们的人感到胆寒，作战的时候他们有两把刀，双手握着一把长刀，增加砍杀的力量，另一支短刀插在腰间，用于攻其不备，每个人的后面还背有标枪，当标枪投掷过来的时候往往不知道这些标枪从何处而来。
作战的时候，他们的指挥将一把折扇向上一挥，他们一排人将刀刃向上，刀背向下呐喊着冲来，这样是为了麻痹对手。在对手的目光被那柄折扇吸引住的时候，那把折扇会突然调头向下一挥，然后这些进攻者会“哗啦”一声将刀锋全部转向向下劈来。
针对倭寇的这种作战方式，戚继光采取了“师夷技长以治夷”的方法，他创立了战法与倭寇相似的鸳鸯阵，这种鸳鸯阵也是小集体作战，强调集体的协调性，每人配一把长枪和一把腰刀，它的特点是攻守兼备。这种鸳鸯阵竟然成了倭寇的克星，跟倭寇的战法相比，它的优势就在于强调进攻与防守相结合的协调性，它不强调个人意识，完全强调的是集体意识，在这点上竟然比倭寇做的还要好。
1560年以后这些因为被遣散而成为头匪的军队很快被扑灭，因为他们没有海外的基地和支援。在1562年台州大捷后，浙江的倭寇基本上被肃清，戚继光带着他的军队又来到福建。
1562年严嵩倒台，胡宗宪受牵连也被捕入狱，但嘉靖依然支持胡宗宪所任用的这些将领，在戚继光、福建总兵俞大猷、广东总兵刘显的齐心努力下，从1562年到1567年经过五年时间的浴血奋战基本上肃清了帝国的倭患，此时，从1547年到1567年历经二十年的备倭行动终于取得了胜利。
在整场御倭战争中高层一直存在着两种路线的争论，一是朱纨、王忬、张经的主剿派，二是严嵩、赵文华、胡宗宪的主抚派。可以说主剿派实际上是夏言对外政策的延续，这种政策不仅体现在东南沿海问题上，也体现在北部防御问题上，而这两种问题都是由经济问题引起的，我们也可以认为以严嵩为首的主抚派都赞同对蒙古和倭寇开市贸易，但严嵩显然不会在皇帝面前提这种事情。
我们不能否认的是在御倭问题上最终还是严嵩一党解决了倭患问题，因为正是他们的主抚政策诱捕了汪直，而汪直的被捕可以认为是整场御倭战争的转折点，此后虽然倭寇凶猛，但已是强弩之末。还有个问题我们要搞清楚地就是皇帝在这个问题上的态度，皇帝究竟是主剿还是主抚，通过整场战争来看，虽然前期两种观点斗争激烈，为此还连死两位大员，但皇帝的心思还是主剿，虽然他也同意对汪直进行招抚，但那只是一种诱捕，高高在上的皇帝不可能跟这些海盗讨价还价，他看的更是结果，他也不会对底情有更深入的了解，高层跟底层的思维方式根本不一样。
为患二十年的倭患问题实际上暴露了我们这个帝国农耕经济与商业经济的那种尖锐冲突，我们的海禁自然有它的道理，一方面避免了外部文明的干扰，另一方面，如果一味开海会导致越来越多的人从事海外贸易，越来越多的土地开始种植经济作物，这些都会带来粮食的减产威胁到帝国的根本，恰巧在明末那个海外贸易活跃的年代就真实的发生了这种事情，它在一定程度上导致了帝国的灭亡；如果不开海禁，那么帝国与外部世界的冲突将会加剧，在我们的技术条件还达不到的情况下，也只有在保持农业根本和维持与外界碰撞情况下求生存。
