所谓情治机构，就是情报机构，也是特务机构。在大陆时期，国民党的情报特务机构门派统属不一，最主要的是“军统”和“中统”两大系统。中统的开山者是陈立夫。陈立夫早在任黄埔军校校长机要秘书、北伐军总司令部机要科长时，就掌管情报工作。第一次下野后，蒋介石认识到情报的重要性。1928年重新上台后，他在国民党中央党部组织部内设调查科，以陈立夫为主任，中统系统由此发轫。
1931年底，蒋介石在反蒋派的逼迫下，再次下野。他在总结此次失败的经验教训时，将“无干部、无组织、无情报”视为其下野的重要原因之一。于是，蒋介石在1932年2月29日，成立了复兴社（俗称蓝衣社），蒋介石本人兼社长。复兴社设干事会，而干事会之下分设组织、宣传（训练）、军事、特务、总务等五处。复兴社的主要干部由黄埔军校一至六期学生组成，如历届书记滕杰、贺忠寒、鄷悌、邓文仪、郑介民、康泽等皆是，唯一非黄埔学生而能担任书记的是刘健群。其余如黄珍吾、桂永清、潘佑强、刘咏尧、袁守谦、彭孟缉、干国勋、曾扩情、胡宗南、梁幹乔、葛武启、萧赞育、戴笠、蔡劲军、胡轨等皆分任干事及监察。蒋介石任命戴笠为特务处处长、郑介民为副处长、唐纵为书记。这就是戴笠的军统系统的起源。
1935年，蒋介石在军事委员会内设调查统计局，以陈立夫为局长，第一处处长徐恩曾，第二处处长戴笠。抗日战争爆发后，第二处于1938年8月扩建为军事委员会调查统计局（军统局），局长由军委会办公厅主任贺耀祖兼，副局长戴笠负实际责任，主任秘书为郑介民、副主任秘书为毛人凤。同时，第一处升格为中央执行委员会调查统计局（中统局），由中央党部秘书长朱家骅兼任局长，徐恩曾担任副局长并主持日常工作。军统、中统两大派系的格局最终形成。
经历八年抗战，国民党情报特务机构及人员极大膨胀，军统、中统组织伸入各行各业、三教九流。由于获得美国经费装备直接援助，军统直辖武装迅速扩充，至1946年3月，军统的人员达到64802人。1946年，戴笠飞机失事丧命，蒋介石将军统局改组为国防部保密局，局长为郑介民，副局长为毛人凤。后郑升任国防部次长，毛人凤接任局长。中统局于1947年初改编为国民党中央党员通讯局，由中央党部直辖，局长为叶秀峰，副局长为季源溥、郭紫峻。
1949年1月，蒋介石第三次下野，李宗仁任“代总统”。李宗仁将保密局本部编制裁减为80人，毛人凤免职，徐志道任局长。同时在行政院内政部下设调查局，将中央党员通讯局机构人员接收过去，以季源溥任局长。但绝大部分特务仍然追随蒋介石，在毛人凤等人的指挥下，在上海、广州、昆明、重庆搞大逮捕、大爆破、大屠杀及游击、潜伏行动。
败退台湾后，国民政府面临着几乎失控的社会秩序，强大而有效的特务机关对于他们稳定局面十分重要。然而，其时的国民党特务机关历经政权更迭，“军统”和“中统”两大系统在大陆各处组织被彻底摧毁，大批成员或遭毙俘捕判，或则投诚起义，虽有不少骨干追随蒋家父子到了台湾，但已是人心惶惶，战斗力大不如前。另外，蒋介石极想改变原中统、军统两大系统的特务在大陆时期的争权夺利、内斗不断的局面，统一台湾地区的情报特务机构。为此，蒋介石于1949年7月在高雄召开了由各个情报特务机关负责人和嫡系亲信参加的“高雄会议”。在此次会议上，蒋介石决定成立政治行动委员会，所有的情报特务机构负责人如郑介民、唐纵、毛人凤、叶秀峰、陶一珊、彭孟缉、魏大铭等均为委员，以便统一所有情报工作，并使之充实、强化。
蒋介石建立政治行动委员会的一个重要目的是想让蒋经国来统一互不统属的情报特务机构。但由于1949年蒋经国大部分时间追随蒋介石出入大陆，无暇接管，因此蒋介石指定曾任侍从秘书、军统出身的警察署长唐纵负责统领政治行动委员会。
然而，唐纵负责的政治行动委员会无法统领这些虎狼成群的特务，他在1950年1月的工作报告中指出：“高雄会议后，即遵照指示，从训练着手，改造旧有情报人员。但各情报单位对高雄会议之指示，无充分之理解，对本会（政治行动委员会）之一切要求，每怀观望，至工作推动，未达预定效果。”为了真正统一各个情报特务机构，蒋介石决心改组政治行动委员会，将委员会划归总统府直接管理，改名为“总统府机要资料组”，由蒋经国任组长，负责指挥党、政、军等所有情报特务单位。
蒋介石把整合情报特务系统的重任交给蒋经国，可以说也是一种无奈的选择。首先，情报特务系统非常重要，尤其是在蒋介石刚到台湾，立足未稳之际，需要把情报特务掌握在自己手中。其次，退居台湾的情报特务系统，派系林立，各不相属，互不服输，不是一般的人所能统辖的了，就是台湾省最高长官陈诚，也对此无可奈何。除了蒋介石本人外，唯有蒋经国才能整合情报特务系统，重振军心。对于蒋介石为什么要把情治系统交给蒋经国执掌，楚崧秋先生说：
我认为蒋老先生在入台初期让其子经国介入情治系统，最先安排他担任总统府资料组召集人，应是老先生一项痛苦的决定。
渡台初期，风雨飘摇，朝夕不保，当时的处境，根本就谈不上培养什么人。就情治系统言，我想应是自戴笠于三十五年坠机死后，几乎完全无法发挥积极作用，而蒋老先生于三年“戡乱期间”受身边大将变节、内讧、抗命等连串打击，导致大陆政权土崩瓦解。在内忧外患下，一定要找绝对忠实可靠、毫不隐瞒实情的人来负责情报系统，故不得不挑蒋经国。
蒋经国接管台湾情报特务工作后，开始着手整顿。首先将国民党中央党员通讯局（原中统）的情报人员编入国民党改造委员会中央第六组，由唐纵任组长，其余人员组建内政部调查局，后改名为法务部调查局。保密局（原军统）改组为“国防部情报局”，局长毛人凤，副局长潘其武、包烈，主要仿照美国中央情报局（CIA）模式，统管岛外和大陆情报研究和间谍派遣活动。保密局原先所管台美情报合作工作，划归“国家安全局”办理。保密局原先所管台湾岛内工作划出，归“司法行政部调查局”接管。组建“司法行政部调查局”专责台湾安全，以美国联邦调查局（FBI）体制，权职为岛内社会（团体及人员）调查监控；预防及打击重大犯罪，局长季源溥，副局长张庆恩、魏毅生。另外，台湾其他的情报特务机构，如军队中的宪兵、中央党部的大陆工作会、海外工作会、“外交部”驻外武官处等。这些情治机构均定期向“总政治部”，以及后来组建的“国家安全会议”报告，接受督导。至此，蒋经国基本上从形式上完成了对情报特务机构的整合。
