“人类补完计划……使徒……EVA……见鬼，这可真是个深坑。“苏天纵看的头都大了，一个小时过去也没有搞明白动画剧情的背景故事，只是大概明白了前因后果，这里面涉及到的东西实在太多。
“我需要梳理一下整个EVA剧场版到底讲了什么……”苏天纵揉了揉眼睛，嘀咕道：“过去只是看的很爽，虽然对动画很熟悉，但是全然没理解过里面到底是讲了个什么故事……就算现在返回虚拟世界，大概也没办法弄明白到底发生了什么事情，只会像碇真嗣一样的糊涂……”
考虑片刻，他决定暂时先不返回虚拟世界，而是先花点时间把EVA的剧情和背景整理出来。于是翻网站找资料的任务开始了，不眠不休的整理一天半，才总结出了整个EVA的背景故事。
“传说中的某个时期，神创世（第一始民族），接着用地上的尘土造人，将生气吹在他鼻孔里，他就成了有灵的活人，名叫亚当。亚当在希伯来文中意思是红土。
亚当作为所有使徒之始，在神的引导下使用自己身体一部分和生命之果结合，造了十一个天使（使徒）。
接着亚当又被神命令用蛇创造了莉莉丝，亚当与莉莉斯就是最初的人类，所以使徒和人类所有的基因都来自于亚当。
莉莉斯是亚当第一任妻子，她是一个不被宗教认可的魔女（所以没有在圣经上出现她的名字），有说法为蛇化为人形，神给与灵而成为人类。也有种说法是莉莉丝就是亚当分裂出来的。
后来，亚当在莉莉斯蛊惑下偷食智慧果，两人背负原罪且被神赶出伊甸。莉莉斯堕落入红海并与恶魔撒旦孕育出邪恶的使徒Lilin（李玲，实际指人类，基因大部分来源于亚当和智慧果）。
为了惩罚莉莉丝，神给世人以天罚，也就是第一次浩劫（-First Impact）。大约四十亿年前，陨石冲击地球，并将黑之月与白之月留在了地球内部，其中包含的正是使徒源头：亚当（白之月）与莉莉斯（黑之月）
陨石造成的冲击，让地球淹没在七日七夜的洪水中，只有几个人类搭乘诺亚方舟活了下来。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
在“第一次冲击”40亿年后，秘密组织seele通过研究死海文书逐渐了解了人类的起源，以及即将面对的残酷命运——使徒若是与亚当融合，将会发生“补完”。除了被“补完”的使徒外，其他的生命（包括其他使徒）将在冲击中被消灭。
人类拥有智慧之果，使徒拥有生命之果，所以人类与使徒都是不完全的生物，且所有使徒都有A.T绝对领域。这种领域造成了心灵的隔阂，是将自身以及自我和客观世界分隔开的一堵墙。
“人类补完计划”的最终目的，就是要击败其他使徒，最终借EVA之手，让人类还原成最初的样子，回归到LCL之海当中去达成“补完”
想要达成“补完”，是每一个使徒的愿望。当然，所谓的邪恶使徒：人类，也不例外。知道了这个秘密的seele，就开始在暗地里谋划自己的“剧本”，也就是“人类补完计划”。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。葛城美里随父亲一同前往南极科考，试图唤醒沉睡于白之月当中的亚当，当时亚当被朗基努斯之枪（据说这把枪的名字来源于把耶稣钉在十字架上的士兵的名字）封印在冰层下，人类拔掉了朗基努斯之枪的封印，却不幸引发“第二次冲击”。
在南极大陆上发生的一切，给地球带来了巨大的浩劫。大片冰山溶解，海平面上升，地轴倾斜，陆地沉入大海。并且造成全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争和内战。世界人口急速减少，数千种生物与过半数的人类从地球上永远地消失了。
南极成为了宁静的死亡地狱，整个海洋变成红色，任何生物都无法在被污染的海中生存。虽然人类并未象恐龙那样灭绝，但复兴工作却无比的严峻。
后来人类用N2地雷击败亚当，把它做成胚胎用于制造EVA。
葛城美里是第二次浩劫的南极考察队唯一生还者，她的父亲在冲击爆发的时候把唯一的救生艇（后来成为EVA的驾驶舱设计）让给了她，自己胸前的伤疤和父亲留下十字项链就是那时留下的全部东西。并且从此之后，葛城美里的容貌变化很小，几乎一直保持年轻的样子。
2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生，碇唯抱着碇真嗣与冬月一起拍下照片，并且照片中有疑似真希波的女人出现。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。
但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。
也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的葛城美里，被国联予以严密保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而后来的NERV本部就是利用这个空洞而建造的。
此时，E计划(碇源堂私下进行的造神计划)始动，零号机也开始建造了。
莉莉斯在南极的“第二次冲击”中受重伤而被seele秘密送到人工进化研究所。她被碇源堂司令一伙关在人工进化研究所的最低层，伪装成亚当用作吸引使徒的诱饵。
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