9月22日，路易。查理带着11艘战舰在安科纳要塞外击败了俄国海军中校沃伊诺维奇中队。威尼斯共和国得知路易。查理率领海军到来后，派出9艘军舰及5艘运输舰前来和法国海军会合。9月中旬在意大利南部沿海骚扰的索罗金指挥的舰艇中队被马耳他岛的法国海军击败。
10月初地中海的俄国海军已经全部肃清，七岛共和国再度落入法国统治之下。路易。查理以不取消七岛共和国的地位为条件，逼迫七岛共和国放逐了反法分子，并宣布加入关税同盟。
被拿破仑率军挡在曼图亚要塞之外的苏沃洛夫在失去俄国海军的支援后，并未慌乱，安抚了来自那不勒斯的联军后，想要先击破后方的安科纳要塞再寻求击破拿破仑方面军的机会。
路易。查理并没有从安科纳要塞出兵夹击俄军，反而用海军搬走了安科纳要塞附近城镇的物资后，放弃了安科纳要塞。
随后路易。查理陆海军配合连续夺取了曼弗雷多尼亚、巴里、布林迪西等重镇，然后运走了这些城市内的物资。苏沃洛夫发觉自己陷入了一个两难境地，如果跟随路易。查理的海军南下，自己的战线会被拉长，不但兵力被分散，而且由于法国海军运走了沿途的物资，联军必须要从当地重新筹集物资，这必然会让俄军和意大利人发生矛盾。而如果不追击，联军中来自那不勒斯的军队将会脱离联军回去防守自己的家园。
路易。查理把海军分为三支分舰队，威尼斯共和国的军舰为第三分舰队，主要负责监视意大利东部沿海地带俄军的情况并接替第三近卫师负责七岛共和国的防卫工作；马耳他海军和法国海军组建成第二分舰队负责南部意大利沿海的监视工作；路易。查理自己率领的11艘军舰是第一分舰队，他带着第一分舰队和第三近卫师开始围攻那不勒斯。另外路易。查理派遣特使出使土耳其示好，希望拉拢土耳其封锁来自黑海的俄国舰队。
10月15日路易。查理封锁那不勒斯，而第三近卫师登陆后并未直接进攻那不勒斯，只是以小部队监视那不勒斯城内的军队，而大部队对周围地区进行了扫荡。随后第三近卫师扫荡过的地区都实行了土地法令，废除了各种封建义务和税收。
不到半个月，那不勒斯共和国除了那不勒斯城之外都宣布重新服从法国的统治。
苏沃洛夫率领的联军中的那不勒斯军队终于脱离了联军，企图返回救援那不勒斯共和国。这只军队在离那不勒斯城外一日路程的地区遭到了第三近卫师和归附于法国的农民自卫队伏击，全军覆灭。第二天得知消息的那不勒斯城守军向路易。查理投降。
路易。查理宣布赦免了那不勒斯共和国，其余主动归附的地区也不再强制推行土地法令，废除封建义务和税收。但是不勒斯城周围区域已经实行新法的地区也不得再度废除新法，并且那些支持俄军得反法分子的财产必须没收以补偿法军的军费。
失去了那不勒斯共和国支持的俄军，不得不劫掠当地居民的物资补充军用。这使得俄军迅速的失去了中部意大利人的支持，当中部意大利人倒向法国人后，拿破仑率领的意大利方面军连续击败了苏沃洛夫的俄军，迫使这位俄国名将退到了路易。查理放弃的安科纳要塞。12月初近2万俄军被法国陆海军围困在安科纳要塞内。
俄国沙皇保罗一世得知英国和法国签订和约后，愤怒的把英国特使臭骂了一通。但这已经于事无补，随后连续传来意大利远征军的噩耗让俄国宫廷一时失语。
12月中，在路易。查理的坚持下，督政府向俄国特使提出体面和平的建议。经过10天的密谈，法俄和平条约签署。俄国承认法国对意大利及地中海的势力范围，而法国承认俄国对波兰和黑海的势力范围。
1799年1月，苏沃洛夫和乌沙科夫率领俄军返回俄国，路易。查理还归还了一些尚未损坏的俄国军舰，当然这也主要在于俄国的军舰太过落后的缘故。
1799年2月路易。查理率领第一分舰队和第三近卫师返回马赛。2月15日路易。查理和拿破仑一起抵达巴黎，一同接受了督政府举办的凯旋式。
法国人民非常兴奋，以为从此可以享受和平的乐趣了。在西哀耶斯的鼓动下，两院通过了给于战争中杰出表现者以元帅头衔的议案。
路易。查理在议案上划去了自己的名字，并联合卡尔诺提出了限制元帅权力的议案。
1799年获得法国元帅头衔的将军为，海军元帅为布吕埃斯，陆军元帅为拿破仑、贝尔蒂埃、莫罗、蒙日、儒尔当。
路易。查理随后下令扩充近卫师，把第一、二、三近卫师升级为第一、二、三近卫军，已经组建的第四、五近卫师编入这三只军队。
圣伯夫调任第一近卫军军长，贝尔蒂埃不再兼任第一近卫师师长。达武升级为第二近卫军的军长，贝西埃尔担任第三近卫军军长。第一近卫军依旧负责巴黎军区防务；第二近卫军调至法国南部军区，接管马赛军港和策应意大利方面军；第三近卫军调至法国北部军区负责里尔地区防务和策应荷兰、比利时的法军。
儒尔当调至法国东部军区，法国莱茵军区以莫罗为主负责上莱茵地区，德赛为副负责下莱茵地区，其余不变。
5月第一艘蒸汽跨洋商船下水，南特和新奥尔良之间的航程缩短为10天。同一个月，横跨大西洋的定期邮轮公司在法国成立了。
虽然商盟加大了对新奥尔良的开发投入，但是法国人并不愿意离开本土前往他们眼中的蛮荒之地美洲大陆。这令路易。查理头疼不已，最后他要求劳动党发动工会和农会的积极分子和劳动党的骨干去新奥尔良开拓。对路易。查理的命令，博罗坚决反对：“殿下，如果我们把工会、农会的积极分子和劳动党的骨干抽去美洲，那么我恐怕法国各地一直被劳动党压制的保王分子和山岳党分子就会复起。我认为还是慢慢推进北美大陆的拓殖活动比较好。”
路易。查理看着书房外的卢森堡宫的景色，叹了口气后说道：“不是我着急啊，而是时不我待。法国的工业似乎发展的很不错，但是法国缺乏优质的矿产资源啊。我们去年的钢产量已经超过75万吨，但是法国的铁矿含磷太高，使得我们的钢材过脆，这也让我们的后膛火炮生产出现了材料不足的困境。而不管是橡胶也好、石油、棉花也罢，这些原材料全部需要从美国或英国殖民地运输过来，如果我们现在不去开发美洲大陆，到时候法国的工业就要受制于英国和美国了。”
博罗最后沉默了半天说道：“如果我们的美洲拓殖计划失败，而法国又被保王分子和山岳党分子搞乱了怎么办。”
路易。查理转过身来看着费拉斯和博罗说道：“那就愿赌服输，输了不过就是避居国外当个庄园主，赢了的话，我们得到的将不仅仅是整个欧洲。”
费拉斯平静的说道：“既然这样，那就让我先去新奥尔良为殿下的事业打个基础吧。”
路易。查理想了想然后说道：“正好，中法友谊学校也整个搬去新奥尔良吧，让阿尔费雷德协助你。”
7月在三艘新战列舰的护航下，50艘各式商船载着第一批开发美洲大陆的新移民出发了，这些人将会在新奥尔良新建一个马赛船厂、一个巴黎工业区和一所理工综合学校。
在临走之前，路易。查理给了中法友谊学校的35名少年上了最后一堂政治课。
3年过去了，这些学生都成为了13-15岁的少年，在经过了系统的唯物主义教育和中国历史教育后，这些学生对于满清充满了仇恨，他们割掉了代表满清的辫子，蓄起了短发。
15岁的林盛和作为少年班的班长也是最崇拜路易。查理的人，他对路易。查理说道：“老师，你为什么不允许我们报考法国军校，我们不学习军事，不组建军队怎么才能赶跑满清鞑子呢？”
台下的少年纷纷附和班长，想要说服路易。查理同意他们报考军校。
路易。查理思索了很久，才组织语言说道：“学习军事，组建军队回到清国推翻满清政府当然是一件好事。但是对于目前清国人民来说并非最重要的事。对于目前清国人民来说最重要的是启迪民智，除旧布新。否则推翻了满清政府，不过是换一个汉人皇帝罢了，这对清国人民来说又有什么区别..”
在路易。查理的费劲口舌的安抚下，少年班的学生们终于将信将疑的登上了船。而章汉升夫妇也在路易。查理的拜托下再度当了一名随船医生。章汉升通过近3年的学习不但对化学知识感兴趣，还从拉马克那里学习了植物学和博物学知识。
在路易。查理的建议下，他也参与了青霉素的研制小组。而他也开始采用西方的科学来辩证中医学，对一些热带病提出了不少治疗方案。
