由于黄鳝的鳃部已发生严重退化（无鳃耙，鳃丝短），作为鱼类已不能很好地利用水中的溶解氧。于是，它在漫长的进化中有了辅助呼吸器官弥补鳃器官的退化。当水质恶化、水中溶氧量少时，黄鳝会将头部伸出水面，用鼻孔和口腔直接呼吸空气中的氧气来解决机体对氧的需要。正因为如此，黄鳝不适宜在较深水体中生活。在人工养殖中，必须移植一些水生挺水植物或漂浮植物供支撑鳝体用，以解决其对环境的适应问题。此外，由于通常人们看到黄鳝在浅水或离水后能生活一段时间，以为在养殖中黄鳝对水体缺氧的适应能力极强，这实际上是一个误区。黄鳝只有在溶氧充足的水体中新陈代谢才能旺盛，一旦水中溶氧在2毫克/升以下时，黄鳝为了维持机体正常运行，只能自行降低代谢能力，表现为摄食减少甚至不摄食，当溶氧更低时，黄鳝只得将头伸出水面，这种情况很不利于黄鳝的生长发育，严重时会引起窒息死亡现象。因此，尽管黄鳝有呼吸器官和辅助呼吸器官，但在人工养殖中，要保持水体有充足的溶氧（4～5毫克/升），有条件时最好是在养殖水体设置增氧机，适时增氧，保护黄鳝旺盛的新陈代谢能力，促进其健康的生长发育。
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