陈灵毓怀孕期间，戚继光因忙于训练，很少有时间回去探望，这让陈灵毓非常失望，但她还是坚决地支持了戚继光的工作，从不口出怨言。戚继光心中愧疚却分身乏术，就连儿子出生的时候，他都还在编练新军，直到谭纶传来消息，他才赶回到台州。当看到自己的第一个孩子，戚继光感慨万千，为寄托自己保国安民的理想，他给孩子取名戚祚国，取保佑国家之意。
新军训练结束后，戚继光雄心勃勃，他回到台州后第一件事就是和谭纶见面，商议共同剿灭倭寇的方略。戚继光训练新兵时，谭纶曾多次前往视察，非常了解新军的实力，将其视为东南抗倭的依仗。两人面对浙江全省舆图，挥斥方遒，商定平倭策略，都对未来充满期待和信心。
然而世事无常，一个月后谭纶的母亲去世，作为文官他不得不回家丁忧，两位好友只能暂时分别，戚继光不得不独自面对倭寇的挑战。
谭纶回乡时，戚继光亲自为他送行，谭纶开玩笑地说道：“元敬，希望我从江西回来的时候，浙江倭患已经被你扫平。”说完两人依依惜别。
二年后谭纶守孝完毕，发现一句激励戚继光的玩笑话竟然成真，这可能是当初他并没有完全预料到的。
谭纶离开后，倭乱形势又发生了新的变化，随着汪直、徐海等人被杀，原来的“假倭”（中国人占主导地位）逐渐覆灭，倭寇残余力量被日本沿海的大名接收，其中实力最强的是割据肥前的松浦党家主松浦隆信，他们很快尝到了在中国沿海劫掠的甜头，为扩大战果开始在倭寇中投入正规军队，有组织的进犯中国沿海，被称为“真倭”。
与“假倭”相比，“真倭”在陆上战斗力更强，但海上实力偏弱，从舰队的装备来看，并不比当时明军水师更强，毕竟日本国内造船技术还远远赶不上中国。
汪直那支强大无比的舰队究竟去了哪里，也成了当时的不解之谜，胡宗宪和松浦隆信都曾派人四处寻找，却渺无音讯。直到十几年后郑芝龙率领一支海盗舰队击败强大的葡萄牙远洋舰队，称霸南海的时候，这个谜底才被解开，原来汪直的后人为逃避明政府和日本大名的双重追杀，带着舰队逃到南洋重拾海盗旧业去了。
基于陆强海弱的现实，“真倭”进犯东南的战略也发生了变化，由以前大多只劫掠沿海地区，逐渐开始向内陆地区渗透，原来很多未遭到倭寇侵袭的地区也成了重灾区。
针对倭乱形势的变化，嘉靖三十九年(1560年)三月，在新军训练刚刚结束后不久，胡宗宪将戚继光从宁绍台参将调任台金严参将，负责台州、金华、严州三地的防务。
戚继光到任后，立刻去金华、严州实地勘察地形，为新形势下的抗倭斗争做好准备。他因地制宜，根据新驻地三面阻山、一面临海的地形条件，作出以陆战为主、兼用海战的决策，把军队分驻于台州、松门、海门，并开始建造战船，加强海上防务。
曾经无敌于天下的明朝水师，到了明朝中后期已经好比昨日黄花。随着卫所制度的崩溃，沿海的水师水寨也开始崩坏，各类大型战船也逐渐废弛，沿海巡逻的大多都是小型船只。发展到嘉靖年间时，嚣张崛起的倭寇，却是海上实力突飞猛进，诸如汪直徐海这样的倭寇头子，不但手握能与葡萄牙殖民者争锋的海船火炮，作战指挥能力更是登峰造极，明朝水师很难与之争锋，甚至都不敢出海与倭寇作战。
戚继光深受其累，有很多次眼看就要全歼敌人，却因水师孱弱，让倭寇从水路遁逃而功亏一篑，常令戚继光扼腕叹息。而且戚继光从岑港之战时就发现，明朝水师不仅战斗力差，就连战船质量也非常渣，由于当时明军腐败严重，造船这个花钱大事，也是层层扒皮，造出来的战船经常“板钉稀薄”，开出去打仗很容易发生事故，多次险过剃头后，戚继光也就横下一条心，重新造船，重建水师。
这当然也是戚继光调查到“真倭”海军实力后，才下定了决心，如果还是面对汪直的强大舰队，戚继光也许不会这么早开始水军建设，毕竟要发展到能和他们对抗的程度，所花费的金钱和时间都是现在的戚继光无法承担的。
建设水师的费用要远远高于陆军，囊中羞涩的胡宗宪对戚继光的支持非常有限，更多的只能靠他自己，戚继光也从不敢指望朝廷，因为在这件事上他有前车之鉴。
之前俞大猷就有重建水师的计划，但他在做这件事时冒出了武将们特有的傻气，他给胡宗宪上书直接提出建立新式海军的计划，要求把陆军军费的一半用来配备水师，并提出由他亲自指挥闽广水师大船数百艘、兵数万，并主张精兵利械，建议把原本两个士兵的军饷供给一个士兵，以质量代替数量，建立全能型海军等等，所有的这些想法都非常先进、非常超前，但最终都不出所料地被驳回了，因为他破坏了朝廷的规矩，动了别人的奶酪，这让他壮志难酬的同时，也让他陷入危险境地，岑港之战获罪就与之有很大关系，充分暴露了单线思维在官场中的致命缺陷。
而戚继光不同，我在本书中多次提到过，他很早就认识到理想与现实的差距，学会了向现实低头，但他并不是完全屈服于现实，他总能从现实和理想之间找到一条窄窄的通道，在不破坏现实的前提下，逐渐实现自己的理想。所以他在对上沟通的过程中，在向朝廷伸手要钱要人的过程中，所有的要求都没有触动明朝国家体制，只是职责范围内力所能及地改良，这也是他手下的戚家军能不断扩充的根源所在，这是戚继光特有的政治智慧。
在建设水师这件事上，戚继光再一次体现了自己这一智慧，他把水师和驻地的府县及百姓捆绑在一起，他不需要朝廷提供建设经费，也不需要官方建造署建船，当然他也不敢让他们建船。所有的经费都来自地各府县的分散供应及当地百姓的捐款，他用自己过往的战绩和个人的威望，成功地让所有人都相信，只有支持他建好水师，才能彻底平定驻地的倭患，大家才能一起过上好日子，于是地方政府纷纷投资，当地富商慷慨解囊，就连平民百姓都踊跃捐款。
这波操作就轻得像鸿毛一样了，不需要伤筋动骨，不需要剥皮抽筋，投入恰好在朝廷承受范围内，也恰是上级领导所乐见的，因而他也能够源源不断地得到补血，他的水师也能不断变强。
不过这件事并不是一帆风顺，地方政府的反响还比较积极，毕竟这关系到他们的乌纱帽。但当地富商却并不配合，肯出资的寥寥无几，套用鲁迅先生的话说“真是愈有钱，便愈是一毫不肯放松”。戚继光很清楚，地方财政毕竟有限，如果不能获得民间财富的支持，他的水师计划依然路漫漫。陈灵毓建议戚继光去拜访当地商会的会首李汝衡，他是浙江最大的丝绸商人，家资巨万，而且在当地商人中颇有人望，如果能做通他的思想工作，捐款一事定会事半功倍。
于是戚继光在台州知府的陪同下去拜访李会首，李会首听说参将大人来访不敢怠慢，一早就到门口迎接，双方见面之后，都觉得对方眼熟，但又一下想不起来。这时台州知府介绍道：“李会首，这位就是新上任的台金严参将戚继光戚将军。”李会首一听，立刻回想起来，他向戚继光躬身下拜：“戚将军，你还认得老朽吗，我要多谢您当年在登州的救命之恩啊！”戚继光这时也恍然大悟急忙将他扶起：“原来是李老板，多年未见我都不敢相认了。”原来这个李会首就是当年戚继光在南王山救的商人李汝衡。
有了这层关系，双方的距离一下拉近，戚继光向李汝衡介绍了自己陆海会剿倭寇的策略，并说明了水师的重要性。李汝衡对倭寇深恶痛绝，也愿意为抗倭贡献自己的一份力，但他在多年经商过程中，对明朝官府的腐败非常了解，所以之前他认为新建水师只不过是这些官老爷捞取民脂民膏的又一借口，所以采取了消极应对的方式。
现在他知道这是剿灭倭寇的重要一环，而戚继光又对他有救命之恩，于是决定全力支持新建水师，他将自己大部分家产捐出，并在商会中大力倡议捐款，在他带动下很多富商都慷慨解囊，很多深受倭患之苦的百姓也踊跃捐款，很快戚继光就筹集到建设水师的初始资金。
经过充分的调查研究，戚继光决定舰队主要以福船为主，这是一种诞生于福建沿海船型的统称，其底尖上阔，首尖尾宽两头翘，建材主要为福建的松、杉、樟、楠木。这种船的主要优点是操控性能强，共有六号（从一号到六号是船体从大到小的排列顺序），戚继光采用的主力作战舰船是一号（福船）、二号（海沧）和三号（苍山）的福船，并辅之于四到六号的小船快船，用于往来传讯、侦察敌情及打捞首级等辅助用途。
戚继光从一开始就认识到火器才是舰船的主要攻击装备，并在自己的舰队上大量应用，其比例高达90%以上，很早就进入了近代的海战模式，其海军战术也随之发生了重大改变，他认为海战不过是以大船胜小船，以大铳胜小铳；以多船胜寡船，以多铳胜寡铳。这种理论已经和近代海军战术非常接近。
为戚继光造船的是民间造船机构，他们的建造实力当然不及官方，但胜在态度认真，决不贪污克扣建造经费，也决不会偷工减料，只要你给足了钱，他们就能造出你想要的舰船，进度只快不慢，对于他们来说不存在磨洋工的问题，越快造好船就越早拿钱，在这种朴素商业意识的驱动下，戚继光的第一期舰船如期下水，共有从一号大福船到快船六种船体的大小战舰共24艘，看似数量不多，但质量却是极强。大型战船都装备有巨型火炮佛郎机等各类火器，还采用了十六世纪十分先进的火力轮射战术，火力与战术水准，都是当时明朝各水师里最强。
在造船的同时，戚继光在浙江沿海渔民中招收了大量水军，这些渔民都深受倭患之苦，有的父母家人被害，有的家产房屋被毁，对倭寇恨之入骨，一听说戚继光招募水军与倭寇作战，根本不用动员，一窝蜂似的赶来报名，戚继光优中选优分两次共招募了两千名水军，在台州灵江附近展开训练，训练的强度和内容除了海战特点以外，都参照义乌兵。
戚继光手下并没有熟悉水师作战的将领，这时他想起了在岑港之战中与自己配合默契的千总任锦。岑港之战后任锦因为率领水军立下大功，被破格提拔为水师副指挥使，但也因此遭到同僚的排挤和孤立，听说戚继光新建水师便表示愿意到戚继光麾下，于是戚继光向胡宗宪申请将任锦调任台州水师指挥使。
任锦水师训练的经验非常丰富，为人又非常的敬业，有了他的辅助，台州水师的训练进行得顺风顺水。为方便自己对水、陆军管理和训练的并重兼顾，戚继光将四千义乌兵迁至附近的新河所，将新河所作为军事基地，所有将士的家属也大都迁至新河所，包括陈灵毓和戚祚国。
也正是从戚继光重建水师开始，明朝东南沿海的水师力量，也开始陆续满血复活。各路抗倭名将们，都纷纷有样学样，投入到兴建水师的行列里，各地水师陆续成型。而这个火热现象，后来成了灭倭战争里的关键胜负手。拥有强大海上力量的明军，得以水陆并进，将嚣张的倭寇彻底歼灭，而非像过往那样赶走了事。尤其是在福建广东等地剿灭倭寇时，戚继光更上演了水陆并进的好戏，将这些倭寇杀到全军覆没。
