嘉靖四十三年(1564 年)春，仙游大捷后，戚家军顾不得休整，分兵几路寻踪觅迹，继续追杀向福建南方窜逃的的残寇。
二月初河野康弘率残敌三千余人逃到同安，被戚继光追上。倭寇占据高地王苍坪，意图居高临下，压制戚家军。戚继光率主力从正面进攻吸引敌军注意，戚继美率部从后面攀岩而上，对倭寇发动突袭，戚家军前后夹击，一举击溃倭寇，河野康弘败逃，杀敌一千余人，斩首级五百多颗，己方无一人阵亡。
河野康弘一路逃跑一路收拢残部，逃到漳浦时，已经聚集残倭达四千余人。戚继光率二千余人紧追不舍，双方于二月下旬在蔡陂岭发生激战。戚继光亲自率队冲锋，再一次击溃敌军，并亲手斩杀河野康弘，此战戚家军共杀敌二千多名，斩首九百多颗，己方牺牲三十一人。
抱着宜将剩勇追穷寇的思想，戚继光一直率部追杀到福建最南端与广东接壤的诏安，在这里遭遇了大汉奸吴平。
吴平是诏安梅岭人，很早就投靠倭寇充当内应，后来自立门户，聚集了一帮强盗和悍匪，也当起了海盗头子，长期盘踞在福建和广东交界处，经常和倭寇勾结在一起，在两省结合部烧杀抢掠，是一个恶贯满盈的大汉奸。
此时他趁乱在梅岭收拢了很多倭寇残兵，把自己的队伍扩充到近万人，一时得意忘形，在诏安附近大肆劫掠，祸害百姓。但很快戚继光就杀到诏安，尽管戚家军只有五千人，吴平依然不敢迎战，望风而逃，带着部下逃到了广东潮州。
戚继光不好越界作战，就及时通报广东总兵俞大猷，请他与自己合力剿寇。俞大猷很快就率兵来到潮州，与戚继光两面夹击。
吴平在饶平与俞大猷遭遇，吴平无法抵挡明军攻势，就撤回福建。结果在梅岭被戚家军伏击，又是一场大败，最后他逃到闽粤交界的一处山中，被戚继光和俞大猷的部队团团包围。
吴平看到无处可逃，就向戚继光乞降。戚继光嫉恶如仇，对汉奸的恨意还在倭寇之上，且认为吴平为人狡诈反复，拒绝了他。
吴平无奈只好又向俞大猷投诚，为了表示诚意，他将投靠他的倭寇诛杀，将人头献给俞大猷。俞大猷想尽快结束广东的战事，就欣然同意。
为此事戚继光专门给俞大猷写信，提醒他吴平生性奸诈，首鼠两端，不可轻信，如果他将来复反，恐会连累俞大猷。但俞大猷认为吴平已经诛杀倭寇，算是纳了投名状，不怕他复反，并未听取戚继光的意见，将吴平安置闽广交界的南澳岛驻守。
戚继光无奈只好引兵回福建，此时各路追剿残寇的部队都已经完成任务返回，福建境内的倭患算是基本平息了。
嘉靖四十三年(1564 年)夏，戚继光回到福州，在谭纶的支持下，以长治久安为计，开始整顿福建海防，并对战力孱弱的闽军进行重新整编和训练。
在谭纶和戚继光的努力下，不到一年的时间，福建沿海防御能力得到很大改善，闽军的战斗力也有了很大提升。这段时间对于戚家军来说，是建军以来难得的休整期，但戚继光并没有放松对他们的训练，他对倭寇依然充满警惕，时刻准备整军再战。
但戚继光却不知道自己即将陷入一场更大的政治危机中。
