戚继光来到京城后不久，就发现如今朝廷内部纷繁复杂，这主要是由于徐阶和高拱的首辅之争造成的。
徐阶是隆庆帝朱载垕的老师，有师生之谊，高拱则是隆庆帝潜邸时的谋主，有从龙之功，他们一个是内阁首辅，一个是内阁次辅，在朝堂上都炙手可热、位高权重。
之前有严嵩这个权奸作为共同目标，二人结成联盟，互相配合，也算默契。但严嵩下台后，他们在执政理念和思路上发生巨大分歧，徐阶虽然也倡导吏治清明，但还是以沿袭旧政为主，代表了朝堂内保守派力量，而高拱主张锐意改革施以新政，是革新派的代表，最终两人反目成仇，竟至相互攻讦。
此时的张居正虽已入阁，但资历尚浅，未能掌握实权。他所处的地位也很尴尬，徐阶是他的座师，对他有知遇之恩，而高拱是他的好友，思想理念相近，所以只能选择两不相帮，但他心底是站在高拱这一边的，曾多次向徐阶说高拱的好话，希望能弥合两人的嫌隙。
与老谋深算的徐阶相比，高拱还是嫩了点，被徐阶借胡应嘉、欧阳一敬的弹劾所逼，被迫称病离京。但因为此事，徐阶也渐渐失去隆庆帝信任，心灰意冷，多次请求致仕，只是朝廷暂时离不开他，而未获批准。阁臣之间的相互倾轧，政见不一，导致朝纲不振。
戚继光此时胸中涌动的都是刚刚平息海疆的豪迈和激情，满脑子都想着北上练兵，横扫漠北，好建立不世之功勋，没有慎重的思考朝堂之上的权利之争。他很快就向朝廷上《请兵破虏四事疏》，对练兵、军饷、制兵器、均赏罚等有关事宜，提出了有效的解决办法。得到了隆庆帝的高度重视，很快就召他觐见，并召集群臣就此事廷议。
二月，在朝堂上，隆庆帝询问戚继光戍守北疆的御敌之策，他向隆庆提出了上、中、下三策：
练十万兵，成节制之师，可以远征鞑靼，扫除心腹之患，一劳永逸。然后将他们分遣九边，再带领九边守兵训练，从而九边士兵都成强兵，那时全国军事力量就会大大增强，此为上策。
其次，练兵五万，虽然不能进剿鞑靼，也可使其不敢南犯，保边境数十年之安，此为中策。
再次之，练兵三万，只能加强防御，待敌来攻之时，乘隙一击，也有可能成功，实乃下策。
戚继光认为自己的议论鞭辟入里，提出的办法也切实可行，所以他雄心勃勃，满以为这上中下三策中，朝廷至少会从中选一策。
隆庆听了也有些意动，对于大明的历代皇帝来说，如果能消灭蒙古余孽，彻底扫清北边的军事威胁，绝对是一个可以昭告祖庙、名垂千古的功绩。
但戚继光没想到自己这三策竟捅了文官集团的马蜂窝，尤其激怒了保守派的势力，在朝堂上引起轩然大波。
兵部尚书霍冀带头反对，认为边兵的节制调度均有兵部负责，武官只需负责训练作战即可，其它的不需要去管；很多守旧老臣也对戚继光的主张提出责难，说他想擅兵专权；甚至有言官对他进行诽谤，说他意图不轨。一时间朝堂上混乱不堪，隆庆帝只好宣布此事暂且搁置，容后再议，廷议最后草草收场。
这完全出乎戚继光的意料，他散朝后专程去拜见张居正，诚心向他求教解惑。
戚继光问道：“太岳兄，我北上练兵本就是兵部的计划，为何霍冀等兵部官员会带头反对？”张居正苦笑道：“元敬，你在东南太过顺遂，谭纶对你全力支持，从无掣肘，让你对这满朝文官产生了误解啊。”
见戚继光还没有明白，他进一步解释道：“我大明在开国以来，就一直坚定不移地实施以文官为主，以文制武的官僚体系。重文轻武已经深入人心，各地兵力的节制调度、后勤补给均由兵部和当地督抚州县负责，这里面牵涉到从兵部到地方各级官员的巨大利益。你的练兵之策却几乎颠覆了这一体系，这些文官怎么能不反对？”
戚继光听完恍然大悟，自己为了提高练兵及作战的效果，提出由自己总管边兵各项事宜，这实际上是触动了以兵部为主的众多官员的利益。
他又问道：“我自东南以来，披肝沥胆，一心报国，从无二意，为何言官却弹劾我擅兵专权，意图不轨？”
张居正正色道：“我朝武将只负责作战，其他事宜均有文官制衡，就是怕武将擅专兵权，对皇权造成威胁。你的御敌三策切实可行，却意味着戍北的边兵从选兵、训练、作战、后勤等方面均有你负责，这几乎等于是你的私兵，除了我和谭纶等几个了解你品格操守的人，又有谁敢接受啊。”
戚继光不解地追问道：“如此说来，东南的戚家军不就相当于我的私兵，为何他们却并不在意？”
张居正肃然道：“之前就有言官以此弹劾你，只不过戚家军兵力只有万余，威胁有限，为了抗倭大业，他们也就忍了，现在你提出的可是十万精兵，如果尽皆是你的私兵，一旦起兵造反何人能制？”
戚继光听完不由得冷汗湿透了后背，如果和意图谋反挂上钩，只怕自己危在旦夕。
看到戚继光脸上担忧的神情，张居正笑道：“元敬不必担心，圣上宅心仁厚，不会相信你意图不轨的弹劾，不过以后你要小心从事，万不可再授人以柄。”
戚继光这才放下心来。听了张居正的分析解惑，戚继光终于明白自己的问题，不仅动了别人的奶酪，还试图以一己之力改变现行制度。
确实如张居正所言，东南有谭纶的坚定支持，他才可以完全按自己的意图行事，顺利剿灭倭寇。这让他有点得意忘形，也犯了和俞大猷一样的错误，说到底戚继光还是一名武将，有时难免冒出单线思维的缺陷。
廷议之后开始不断有人上奏弹劾戚继光，果然如张居正所料，隆庆帝仁厚，并不相信戚继光打算谋反，也没有处分他。只是戚继光练兵御敌的计划和北上镇边的任命都被暂时搁置了。
不久兵部尚书霍冀上奏朝廷，将戚继光留在京师，仅任命他担任神机营副将，以从一品位阶担当正二品的官职，这已经是算是降职了。
更糟糕的是戚继光多年谨小慎微，才和文官集团打好的关系也随之破裂了，尤其被很多保守派文官视为眼中钉肉中刺，为他今后的工作带来了诸多不便之处。戚继光为自己虑事不周付出了惨重代价。
神机营是京师三大营之一，设副将二人，这也是三十年前他的父亲戚景通曾担任过的职务。神机营虽辖兵六千，却多与朝中权贵勾连，营伍懈驰，空编甚重，上面还有主将制衡，根本无法按自己的意图进行训练，戚继光对此深为失望。
三月，为了实现自己的理想，戚继光专门写了一篇长文《请兵辨论》，在这篇论中，他对之前练兵策略进行了大量修改，尽量不涉及制度性的改变，在一定限度内做出了最大的让步，试图说服文官集团，同意他练兵的建议，但却无人理会。戚继光在京城坐困愁城，无计可施，内心无比郁闷。
