就在戚继光全力训练边兵的时候，蓟镇的言官又对他群起而攻之。主要原因是戚继光总理蓟昌保定练兵事务，为了提高训练效率，行事难免专断，侵占了当地巡按御史的权益。
从隆庆三年开始，他们便不断上疏弹劾谭纶与戚继光。隆庆四年初，巡按直隶御史刘翱、巡视山海关御史孙代言等言官，纷纷奏报朝廷，说蓟镇练兵诸事全由总督和总理专责，不让御史阅视，内中必有隐情不令人所知，提出由蓟镇各路御史节制练兵事宜的要求。
谭纶上疏朝廷做出辩解，“蓟镇练兵逾十年，却一直没有效果，都是没有专人专任，而牵制太多所致。”并请求朝廷给予他和戚继光以专断之权，不要让巡按、巡关御史参与其事，等到三年训练有成，再派遣官员阅兵视察。在张居正的全力支持下，隆庆帝将练兵事宜委任谭纶、戚继光专断，并晓谕巡抚刘应节及其以下的文官不得阻挠，这才保证了蓟镇练兵的顺利进行。
然而好景不长，很快戚继光就又一次陷入了首辅之争的政治漩涡。
隆庆三年（1569年）底，冷落了一年多的高拱复起，以内阁大学士兼掌吏部重新登台。时任首辅李春芳为人宽厚，却施政能力平平，虽无失措之举，却总显得气魄、才能不足，内阁诸事多仰仗高拱、张居正。高拱一向以才略自许，盛气凌人，自然不甘居于李春芳之下，于是又一场首辅之争又开始了。
高拱和张居正本来志同道合，关系颇为密切，高拱的复起也正是张居正谋划。当时内阁以李春芳、陈以勤、赵贞吉等保守势力为主，张居正为推行新政，便和太监李芳等合谋奏请隆庆帝，重新启用了高拱。
但没想到的是，高拱重回朝堂后，行事过于专横跋扈，不仅横压李春芳等内阁大学士，对张居正也越来越轻慢，渐渐引起了张居正的不满，二人的关系也变得微妙起来。
高拱急于要取代李春芳做内阁首辅，希望得到张居正的支持。但张居正认为高拱已经权如首辅，而李春芳老实厚道，也快退休了，没必要苦苦相逼。高、张因此事发生争执，二人心中误解日益加深。
恰于此时，蓟镇练兵需要更多的人手和精干可靠的基层将领。尝到南兵北调甜头的戚继光，上奏朝廷再调三千戚家军北上，同时借此机会将自己几名心腹爱将调到蓟镇，很快得到了内阁和兵部的批准。
但事出意外，就在这一批戚家军北上途中，领兵的三名将领王如龙，朱钰，金科遇到了麻烦，有言官弹劾他们行贿受贿，克扣军饷。
这三个人都是戚继光麾下名将，在抗倭战场上立下无数战功，尤其朱钰还长期担任过戚继光的亲兵队长。得知几人被弹劾之后，戚继光心急如焚，他借到兵部办事的机会赶到京城，了解事实真相。
兵部侍郎谷中虚告诉他，据兵部调查这三人确实克扣过军饷，但数额并不大，行贿受贿却查无实据。戚继光听了非常愤怒，想不到自己离开福建才几年时间，这几人就腐化堕落到如此地步，但他们都是自己的亲密战友，曾经和自己在战场上同生共死，无论如何要帮他们。于是他向谷中虚提议，为了稳定军心不生变乱，先将三名将领免职，等带队到了蓟镇之后再以普通士卒的身份戴罪立功。
戚继光的想法很简单，这三人虽然有罪，但过错不大，免去他们的职务也算对朝廷有了交代。在蓟镇有自己的管束，以他们的能力，用不了多长时间就能积累功劳官复原职。
谷中虚也认可戚继光的想法，但他不敢直接拍板，建议戚继光找高层领导想想办法。戚继光无奈只好去找张居正，并提出了自己的想法，有罪当认，有错当罚，不必遮掩，让他们到蓟镇戴罪立功就好。
张居正并没有太当回事，像这种克扣军饷的案子，他一年不知道要处理多少。他有点担心的是三人到蓟镇后，会不会对戚继光造成不好的影响，进而破坏蓟镇当下的大好形势。
于是在张居正授意下，兵部侍郎谷中虚、福建巡抚何宽将此事压下，没有处理三人，但也没有让他们去蓟镇任职，而是调往浙江另有任用。
戚继光得知后，心底并不赞成如此处理，但张居正毕竟帮了自己很大的忙，他要是再多说什么，难免让人觉得自己得寸进尺，不知好歹。
但很快福建巡按御史杜化中就弹劾戚继光，说他收受三人贿赂，替他们向兵部侍郎谷中虚行贿，故而被从轻判罚，得到继续任用。
这件事来的太快，张居正马上就意识到自己掉入了别人的陷阱，设圈套的人无疑就是高拱。对方这是醉翁之意不在酒，他们弹劾王如龙三人的目的就是为了牵出戚继光，继而拉自己下水。张居正一时不察，没想到落入了高拱的圈套，关键是这三人确实私德有亏，如今被别人抓住了把柄，并借此诬陷戚继光行贿受贿，不但自己的英名受损，恐怕还要连累谷中虚以及何宽。
戚继光被弹劾后悲愤不已，向朝廷上《陈情书》，首先表明自己的清白，并为三将申辩，希望朝廷念在他们有功于社稷，给他们戴罪立功的机会，言辞恳切，充满悲凉。
但高拱并没有放手，他一心想要借助此案打击戚继光，逼迫张居正向自己靠拢。
此时张居正还无法与高拱抗衡，权衡利弊后，为避免蓟镇练兵半途而废，他亲自找到高拱，将一切的罪责揽到自己身上，只求能够让戚继光脱罪，并无奈的答应助高拱登上首辅之位，这才让高拱放手。
此案史称“边防三将案”，最后以兵部侍郎谷中虚与王如龙等三将被罢免，福建巡抚何宽回籍听候发落收场。而戚继光因张居正力保，只是被严厉批评，他满腔悲愤，无处宣泄，只能把全部精力都集中在蓟镇训练和作战上。
此案后，高拱在内阁更加不可一世，大学士陈以勤不得已称病归隐，掌都察院大学士赵贞吉被迫致仕，首辅李春芳独力难支，也只能于隆庆五年（1571年）五月乞休归田。高拱终于如愿以偿接掌内阁，从此越发趾高气扬，颐指气使，专擅国柄。这造成了他与大多数朝臣仇隙不合，和张居正之间的矛盾也越来越深，成为他以后被逐的主要原因。
