蓟镇面对的主要敌人是西部的俺答、东部的土蛮、朵颜三卫等部，“隆庆和议”后，俺答的威胁基本消除。但是，鞑靼左翼土蛮部却不与明朝互市，拥众10余万，经常联合朵颜部一起攻掠明朝北疆。但自上次朵颜部被戚继光痛击后，他们不敢南侵蓟镇，改而进攻辽东，蓟镇进入一段相对平静的时期。
利用这段宝贵的时间，戚继光完成了他又一部极有价值的军事著作—《练兵实纪》，这是他把古代兵法与蓟镇练兵实践相融合的结晶。主要是针对北方边疆防御特点，在《纪效新书》的基础上，所制定的练兵练将及用兵作战的方略。
该书是研究明代军事、兵制、兵器和武术史的重要文献。在后世流传极广，曾国藩曾将它作为训练湘军的指导，蒋介石也多次引用它来训导部下，抗战时期，八路军也将它辑录成《戚继光治兵语录》，用以指导广大指战员作战。尽管该书中记载的许多练兵形式，在今天已不适用，其中还有不少封建糟粕，但《练兵实纪》的某些治军原则及作者的务实精神，仍值得后世借鉴。
戚继光以此书为蓝本，用以训练各营将士。到到隆庆六年（1572年），蓟镇边兵训练有成，将士面貌为之一新，战斗力也大大提高。
而此时经过戚继光不断调兵、增兵，整个蓟镇共有十六万大军，其中分布在漫长防线上的固定守兵有八万余人，机动的车步骑混营也增加到十个，总兵力达八万余人，这是他对抗鞑靼骑兵的王牌部队，距当年向朝廷所献上策的十万精兵，已经非常接近。
戚继光豪情万丈，希望统帅所练的车步骑混编大军，与鞑靼骑兵较量一番，大长蓟镇边军之威。但由于他镇守有方，边防巩固，鞑靼各部不敢南犯蓟州，让他一直没有获得这样的机会。
隆庆六年（1572年）四月，戚继光上书朝廷，说蓟镇练兵已成，希望能统帅大军，深入漠北，主动攻击土蛮和朵颜诸部，彻底解决大明北方的军事威胁。
但他的计划并没有获得朝廷的批准。明朝北疆的战略一直是防御为主，尤其蓟镇号称京畿锁钥，背后是京师近畿，意味着蓟镇的主要任务就是卫戍京师，保证朝廷和中枢的安全和正常运转。因此内阁和兵部都不同意北征计划，而一直对这个计划很有兴趣的隆庆帝，此时却已病入膏肓，不能再理朝政，自然也无法支持他了。戚继光的万丈雄心只能先埋于心底。
隆庆六年（1572年）五月，隆庆帝病逝于乾清宫，在位六年，终年三十六岁，庙号穆宗。他的性格谦和、宽仁，让手下的大臣们有足够的空间来施展抱负，重用了一批贤臣，文有徐阶、高拱、张居正、杨博，武有戚继光、谭纶、王崇古、李成梁。在位时间虽短，却在内阁的主持下，清除了一些前朝政治腐败和经济积弊，逐步推行了一些改革措施。国家政治局面稳定，经济向好发展，军事力量增强，比嘉靖朝后期有了较大的改观，所以后世称为“隆庆新政”。
不过，隆庆帝“宽恕有余而刚明不足”，所以在他统治期间，内阁之间的权力斗争加剧，明朝党争自此愈演愈烈，为明朝灭亡埋下了伏笔。而且他沉迷女色、纵欲过度，最后死于误食春药，也让人啼笑皆非。
隆庆帝驾崩后，只有十岁的朱翊钧即位，年号万历。按隆庆帝的遗诏，由内阁高拱、张居正和高仪，以及司礼监共同辅佐幼帝。
这些人里面当然是高拱位高权重，以他的性格便更加专横跋扈，趾高气扬。他根本看不起同为辅政的司礼监掌印太监冯保，计划发动百官驱逐他。
冯保为求自保，只能与张居正结盟。在张居正的筹谋下，冯保将高拱曾在内阁说过的一句话“十岁太子，如何治天下！”，改为“十岁的孩子，如何做天子！”禀告万历的生母李太后，并宣称高拱密谋拥立藩王，这让李太后惊惧不已，此时再由张居正提出罢黜高拱的建议，立即得到了李太后的支持。
万历元年（1572年）六月十六日早朝，内阁、五府、六部齐至，李太后当堂切责高拱擅权无君，冯保随即宣读圣旨：“今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子惊惧不宁。高拱着回籍闲住，不许停留。”高拱听旨后，面色如死灰，汗陡下如雨，爬在地上半天起不来，还是张居正假惺惺地扶起高拱，连声安慰。自此大事已定，高拱被迫致仕回家。
高拱被逐后，很快张居正就担任了首辅，八月又加左柱国，进中极殿大学士，他深得李太后的信任，在内有冯宝、外有戚继光等人的情况下，逐渐掌控了朝政。
