顺治十七年（1660），53岁的金圣叹一度似乎站在了自己人生最大的机遇面前。这一年正月，朋友邵点自京城回到苏州，千里旅行浸染的风尘都来不及掸洗，就匆忙来向好友报告好消息：当今圣上顺治皇帝不仅读过金圣叹批点的“才子书”，并且跟身边的臣子说，此人是做古文的高手，不要以做时文的眼光衡量他。
金圣叹听到此事后，感激涕零，当即恭恭敬敬地下跪，向着京城所在的方位虔诚叩首，并写下一组诗，表达了无限惊喜和企望。之前的30年光阴如同虚度，功名始终无望，寸心早已成灰，连夜织好了绿蓑衣、准备了青箬笠，预备就此长做渔翁，水云深处钓鱼去了，谁知道衰老之年还能有如此奇遇呢？“何人窗下无佳作，几个曾经御笔评”，何等荣耀！“实有五丝来补衮，敢将八口仰垂衣”，又是何等自信！“钟期更比伯牙难”，有才固然难得，然而能够真正赏识才人的人更难得；金圣叹一生以古人知己自居，对诸葛亮遭遇刘备、苏轼遭遇宋神宗这样君臣相得的佳话津津不已，谁知道在有生之年也能有“忽承帝里来知己”的一日呢？又怎能不让人浑然忘却鬓毛短尽，而忽发峥嵘志气呢？于是圣叹大胆想象，希望“一江春水好行船，二月春风便到天”，入翰林院为皇帝讲书去。从此官奉笔墨，“勒成盖代无双业”；手边为之头发熬白的评点书卷，也无需留恋，要收拾收拾交付给儿子了。（《春感八首》）
但是，恩诏没有等到，一年之后，却等到了哀诏。十八年（1661）正月初七，顺治帝驾崩。二月初一，消息传到苏州。我们现在无从知道，在等待皇帝下旨宣召自己进京的这一年中，金圣叹经历了怎样的热切、疑惑、失望，但是应该始终不曾真正绝望。对于年过半百的金圣叹而言，如需担心，也许只是自己老病相催、时日不多，恐怕怎么也不会想到正当壮年的顺治帝会突然去世。“《凌云》更望何人读，《封禅》无如连夜烧”，没有了赏识的人，煌煌文章都只能付之一炬罢了。在听到来自九重天之外皇帝的天语纶音之前，“短短蓑衣连夜织”；经历了一年的漫长等待之后，金圣叹又要“《封禅》无如连夜烧”了。人生在世，急急攘攘，到头来不过是一场空，两“连夜”之间的时光，竟如梦寐一般。“白发满头吾已矣，还余几日作渔樵”（《辛丑春感》），依然钓鱼去吧。
那么，顺治帝为什么没有召金圣叹进京呢？把当时的史实综合起来看，所谓“帝皇知己”一事的真相，与金圣叹本人的叙述是有出入的。此事的当事人之一弘觉禅师的叙述是：有一次皇帝问他：“苏州有个金若采，老和尚可知其人么？”弘觉禅师问：“听说有个金圣叹，不知道是不是同一个人呢？”皇帝说：“正是此人。他批点《西厢》、《水浒》，议论颇为别致，只是太过穿凿附会，想来是才高而见僻之人。”（《奏对别记上》）
顺治读书非常博杂，对在封建文化体系中被贬为小道末技的曲本，也多有涉猎。禅师曾经和他议论金圣叹的同乡、晚明曲家张凤翼创作的传奇《红拂记》，他也能作出符合实际的批评（陈垣《汤若望与木陈忞》）。他对《西厢记》的好感似乎更为突出，由此与苏州文人发生渊源，尚不止金圣叹一人。尤侗曾经用《西厢记》中“临去秋波那一转”唱词为题目，模仿八股文的路数写过一篇文章。有一次顺治与大臣讨论这句话中的禅意，大臣就引尤侗的文章回答，顺治一听大感兴趣，马上就要求阅读全文，并赞叹为“真才子”（《西堂乐府》）。金圣叹声名藉盛，又批点过《西厢记》，引起他的注意，也在情理之中。但金圣叹从邵点那里辗转听到的评语，显然是不全面的，也许已经经过善意的取舍。从顺治说金圣叹“才高而见僻”看来，即使撇开他的帝王身份，这句评语也不失为公允，的确可称为圣叹知己。但是，也正是这句评语，决定了他不可能让金圣叹厕身朝堂，因为“见僻”对政权稳定和帝王权威可能造成的消解和危害，已经将“才高”的优点抵消殆尽了。所以说，人生之幸与不幸，似乎只在命运之神一念之间，其实未尝不是与各人的自我选择息息相关。康熙十八年（1679），尤侗应试博学鸿词科，授翰林院检修，做的正是金圣叹向往的修纂史书的工作。因曾受到顺治赏识的关系，康熙对尤侗温言悦色，称他为“老名士”。在尤侗“受知两朝”（潘耒《尤侍讲艮斋传》）的荣耀时刻，金圣叹却墓木已拱了。
因为顺治的赏识，获得了人生最大的机遇；又因为顺治的“辜负”，奇遇最终变成了笑谈。金圣叹一生不求闻达、冰雪胸襟的形象，也因为人生最后关头的热衷而大打折扣。一个一直工于抨击、肆无忌惮的人，忽然表露出对皇帝的感激爱敬，难免令人发笑（邓之诚《清初纪事初编》）。然而，结合他一生的遭际来看，最后的立场不稳，却更令人悲悯。《选批唐才子诗》完成于顺治十七年上半年，那时金圣叹正处于欢欣期待当中，批语中有不少关于出仕归隐问题的反复推求，可以看做是他当时真实心理状态的记录。
如权德舆有一首诗《待漏假寐梦归江东旧居因思惠阇黎茅处士》。等待早朝面圣的偷闲假寐中，身处九重宫阙中的权德舆做了一个关于故乡的梦，由此想起两位故人。而这两位故人的身份也很微妙，一位是僧人，一位是处士，都是跟富贵庙堂风马牛不相及的人。这个诗题中包含了热闹和萧淡两重天，对于讲究诗歌写作制题、审题的金圣叹来说，仅题目就足够引发他的感慨了。果然，在这首诗的批语中，他大谈特谈了一通行藏仕隐的问题。他认为，孔子所说的“用之则行，舍之则藏”一语，是儒家中庸态度的体现，其精髓应该是随时变通。如果一门心思都在宫阙官场，没有山间林下的胸怀，固然不对；倘若故意说些矫枉过正的话，抬高山林江湖，鄙薄宫阙官场，那也不对。正确的态度应该是，高卧之时，自当心如冰雪，不要驰情富贵；但富贵降临的时候，也不必又说什么高卧。诗歌最后，诗人被晨钟惊醒，站起来整理衣冠，“又随簪佩入君门”去了，故人之思、山林之想，还是继续留在梦里吧。金圣叹对此连叹“妙绝”，指出“此方是‘我与点也’秘密心印。若更葛藤上文，便成宋人笔墨”。也就是圣叹的这支笔，死人可以说活，活人可以说死，他只将笔尖轻轻一拨弄，就把坚执人生立场的前后一致，归入到宋儒僵化板滞一类中去，而将他本人名号“圣叹”二字的真谛，由曾点的世外之想，换成了与时俱进。看来此时金圣叹已经忘记了他十八年前说过“四十而未仕，不应更仕”的话，准备要迎接人生中突然降临的富贵了。
在三年前，金圣叹曾经赠诗给吴县教谕夏鼎，诗中有“杏花廊下重来坐，药草笼中实见收”（《赠夏广文》）之语，已经表示为保留秀才身份，重新参加岁考，甘心做新朝“药笼中物”，为其所用了。只不过那也许是新朝定鼎之后的权宜之计，毕竟“秀才”身份食之无味，但弃之可惜。免除徭役、厕身士绅行列，甚至是做私塾先生，都需要这一纸文凭。为生计作想，在亡国十几年之后，金圣叹表示要归顺新朝，自然不能以民族气节相苛求。但是，这一次如此兴高采烈、引以为荣，不能不令人遗憾。其实金圣叹本人，也并非是坦然无愧的。他在批许浑《淮阴阻风寄楚州韦中丞》一诗时，面对诗人“垂钓京江欲白头，江鱼堪钓却西游”的人生选择，这样解释：“明明壮年，反决意自废；迨于垂老，又变节出游。高才负气人以身世为儿戏，真有如是之事。”简直就是金圣叹本人的人生写照。“变节”一词，下笔何其严重；用“儿戏”来为“变节”辩护，又太勉强了。然而，除此之外，他似乎无法为自己垂老出游的渴望寻找到一个更合适的理由。他甚至为即将到来的出仕，设计了一个“游戏”的姿态：“人生世上，建大功，垂大名，自是偶然游戏之事。乃真因此而铜枷铁锁，牢不自脱，皮里有血，眼里有筋，即果胡为而至此乎？他年不道姓名，真摆断索头，自在而去矣。”（杜牧《寄题甘露寺北轩》批语）对圣叹而言，最理想的人生状态自然是功成然后身退，否则无论如何标榜自己不求闻达，终究难免“白嚼”之讥。虽然金批《水浒》、《西厢》刊刻后几乎是家置一编，金批本成为这两本书在此后几百年内刊行最多的版本，然而在他生前，青年时期装神弄鬼的活动带来的负面效应并没有消失，而批点众经的大胆言论和惊人风格，又雪上加霜，为他岌岌可危的形象增加了一条为人诟病的理由。因此，在其晚年，倘若真能够得到帝王的赏识恩宠，则30年辱于泥涂的人生从此翻身，成名于生前，较之渺茫的辉煌于身后而言，自然是不可同日而语的。所以，尽管我们会为金圣叹临老变节而觉得遗憾，但是看到他发出“人生自幼识字读书，真得如是一日亦足也”的感慨时（贾至《早朝大明宫呈两省僚友》批语），又不能不这样想：圣叹岂是羡富贵，尚快意耳！
然而，顺治并没有让圣叹实现这一愿望，他的突然驾崩，留给圣叹的是浓浓的落寞和怅惘。只不过，在他写下上面那首灰心绝望的《辛丑春感》时，无论如何也不会想到，不久之后，会有更大的灾难降临到他身上。
哀诏达到苏州之后，苏州府大堂陈设了顺治皇帝的灵位，江宁巡抚朱国治为首，苏州府治下的大小官员、乡绅等，每日早晚在灵位前哭奠行礼。依礼是哭临三日，到第四日早晨，巡抚、按察使、道台等人正齐聚府堂，虽然脸上还带着悲戚之色，但已经准备各归其位，正常办公，为新君继续牧养小民去了。就在此时，在不远处的文庙，一场事变已经发生。这天一大早，秀才倪用宾、薛尔张、丁子伟等人从府学教授程邑那里要来了文庙的钥匙，率领一百多位同学鸣钟击鼓，在孔子像前宣读《卷堂文》，随后又来到苏州府大堂，向聚集在大堂的巡抚等跪进列举吴县知县任维初多款恶状的揭帖，要求驱逐此人。平时森严肃穆的府堂突然涌进这么多人，陆陆续续还有更多的人正向这里赶来，据说最后达到了一千多人，而且人人喧嚷号呼，群情激愤。震惊之余，巡抚朱国治表现出了一个封建官僚“最正常最直接”的反应，他下令左右衙役侍卫把这些闹事者全部抓起来！众人见到上官震怒，纷纷作鸟兽散。仓促之间，跪在最前面的十一个人没有能逃脱，他们是：倪用宾、沈玥、顾伟业、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、张韩。随后，另一个重要的涉案人任维初也被拘留，交给道台王纪审问。
吴县县令任维初，山西石楼人，顺治十七年十二月刚刚上任。莅任之始，命人将大毛竹劈成竹片，用便溺浸湿，用来作为刑杖。百姓上纳的钱粮如果稍有短少，就抓来痛打三十大板。行刑的衙役如果下手轻了，自己会受到责罚；百姓被打的，倘若痛不可忍而叫出声来，任县令就会怒气冲冲，命令衙役扼住受刑者的脖子，使他们无法发出声音。受到责罚的人，往往被打得鲜血淋漓，无法站立，只能俯伏在地爬行而出。本来颇有一些贫苦或悍勇之人，以代人受杖换取一些酬劳，任维初到任后，就没有人敢替人受杖了。没过多久，就有一人被当场打死在县衙之上。任令酷烈之声由此远播，百姓一提及他，无不吓得色变股栗。
到十八年正月，任维初令人私自从储放漕粮的常平粮仓中，每仓按比例取走若干漕粮，前后共取走三千余石，交给县衙书办吴行之替他粜米。由此造成的缺额，却要负责储粮在这些仓库里的百姓自己补齐。任县令的监守自盗，对于负重的吴县士民来说，无疑是最后一根稻草。酷加之以贪，孰可再忍！于是就有了上述聚众请愿之举。（顾公燮《哭庙异闻》）
这件事的性质，用后来追述者的话来表述，即是“故习”、“故套”、“故事”耳。吴中故习，秀才们遇到贪酷不法、冤屈不平之事，就到文庙集合，发表罢课宣言，直到事情引起重视。（顾予咸《雅园居士自叙》）而这种方式也一直是奏效的，上官往往能采纳他们的言论，作出相对公正的处理。（陆文衡《啬庵随笔》）这一次，秀才们仍然是按照他们一贯的方式行事。从他们选择二月初四这一日请愿来看，事先应该是经过了较为慎重的考虑，既不想与哭临礼冲突，又想让尽可能多的朝廷官员知晓此事，从而迫使上层不得不正面对待。上千人面对在人数上绝对弱势的衙役侍卫，却并没有发生激烈的冲突，甚至也没有发生僵持对峙，而是纷纷作鸟兽散，可见众人本来是抱着与官方达成一致的愿望而来，其实毫无斗志。此时被逮捕的秀才应该不会去考虑他们的命运。朱巡抚在事出意外时下达的逮捕命令，一定会在他惊魂稍定后解除，因为故例俱在，秀才们也是循例行事，无论事情解决与否，都应该与为民请命的无辜者无关。
二月十九日，从“请愿”事件中逃脱的金圣叹参加了友人陈济生生子的庆贺宴会，并赋诗作贺。其中一首诗题为《陈定斋太仆辛丑春初索得雄，正值普门诞日，是日郡县恭接今上登极诏书适至，赋诗纪瑞》，拟得从容周到，贺友、贺新君，还没有看到他内心有惊惶忐忑的阴影。
二月下旬，友人阎修龄在苏州西郊的光福里邓尉山赏梅，见满山烂漫春光，忽动故园之思，意欲还家，金圣叹为之送行。因连日阴雨连绵，金圣叹与阎氏父子困于虎丘山寺，同时与会的还有姚佺。此人是晚明因忤魏忠贤而被杀的周顺昌的弟子，寓居苏州已久，与金圣叹有很深的交谊。盘旋至二月二十三日，已珍重告别，忽然淮安张养重和丘象升、象随来访阎氏。旧友新朋，率尔相逢，痛饮至晨，佛堂画舫，招伎唱曲，泛舟山塘，老夫少壮，共发其狂，可谓尽一时之欢。但金圣叹送别组诗有“承君问我归何事，白昼关窗只是眠”一语，已能读到意志消沉和前途未卜的惆怅（《同姚山期、阎牛叟、百诗乔梓滞雨虎丘甚久，廿三日既成别矣，忽张虞山、丘曙戒、季贞诸子连翩续至，命酒重上悟石轩，快饮达旦，绝句记之》）。此时距离“哭庙”之日，已过去二十天。任维初被拘拿之后，招供反攀朱国治，说巡抚大人向他索贿，催逼得太急，而自己上任不久，还没有来得及搜刮银两，无法满足要求，只好私自粜米卖钱，聊以应付。朱国治听到派在道台处阴察事态发展的人回去汇报后，大惊失色，连夜派人到道台处将供词取走，将不利于己的地方涂改，又伪造一张告示牌给任维初，写上“兵饷甚急，多征粮米，以备不虞”等内容，将告示时间写得很早，这样，任氏种种贪酷不法行为就得到了一个来自上级的冠冕堂皇的理由。而同时，朱国治将“哭庙”一事上奏朝廷，罗织了“震惊先帝之灵”、激打驱逐朝廷命官、串联凶党等罪名，请求严惩闹事者。金圣叹此时滞留虎丘山寺多日，不知道是否有听说风声渐紧之后避祸的因素在内。
金圣叹返家后“白昼关窗只是眠”的低调生活，并没有维持多久。此时正值“通海案”发，朝廷派满大臣四人至江宁会审。四月初三，会审大臣到达江宁，初四，“哭庙”案涉及的十一人被套上枷锁，发解至江宁。会审之日，对十一人严刑拷打。文献记载其中对答细节云：“四大人拷十一人，十一人以粜粮为辞。四大人怒曰：‘我方问汝谋反，汝反以粜粮对耶！’”（《哭庙异闻》）以揭发酷吏私自粜粮事发端，却要以谋反大罪成谳，四大臣设定的问答逻辑，其实已经说明了朝廷的态度。此前郑成功海上之师骚扰沿江屡得成功，清廷迁怒于百姓，认为是当地人心未曾帖服，暗中勾通援助之故，准备“假大狱以示威”（孟森《心史丛刊》），终于酿成“通海案”。而狡诈之徒，又借此攀连诬告，沿江城乡人人自危。“哭庙”案发生在这样敏感的时刻，已足够挑起清廷杀机。顺治五年（1648），法若真（字汉儒，号黄山，胶州人）出任福建乡试主考官，赴闽途中经过苏州，游览虎丘，写下了《登虎丘》一诗，诗中有“竖儒犹惜旧衣裳，文章之祸恐不小”之句，诗题下自注：“此戊子作，迟十三年果验。”诗作于顺治五年，十三年后即指哭庙案发之年。苏州文风极盛，士子以义勇自命，又好臧否时政，由明入清，风气未改，招来杀身之祸也是迟早之事。
四大人又对府学教授程邑严加推问，程不得已，供出丁子伟、金圣叹二人。四月二十六日，增捕金圣叹等七人，二十七日押解江宁。审讯之时，“各两夹棍，打三十板”，最后给金圣叹定的罪名是“为首鸣钟击鼓，聚众倡乱”。
夹棍、竹板齐上的讯问，最后得出的“真相”自然是可疑的。佚名《辛丑纪闻》引会审“奏疏”后，就忍不住说明，这些口供并非真相，而是巡抚朱国治自己拟稿，四大人署名而已。不过从漏洞百出的“会审记录”中，还是能隐约看到金圣叹在其中的身影。大概整件事情的核心人物是倪用宾，事前商议、草写揭帖、向程邑拿文庙钥匙、鸣钟击鼓、府堂跪进揭帖，都可以看到是倪用宾“为首”。而金圣叹在事前商议、撰文、文庙聚众，都应该是几个主要的人物之一，但从文庙向府衙进发的过程中，人越聚越多，混乱中金圣叹想必被拥挤的人群从核心群体中挤散，进入大堂时，可能已经落在后排。张韩、丁观生供词中称“我等同在前面跪，十一人拿住”，当是事出意外，朱国治下令抓拿闹事者时，左右之人只来得及抓住跪在最前面的十一人，而金圣叹不在其中，也可佐证我们上面的猜想。这样一个不前不后的位置，应该就是金圣叹在“哭庙”案中的地位和作用的真实反映。但因金圣叹才名远播，后人往往有所增饰。如孙静庵《金圣叹之死》，对金圣叹个人地位的改动就有两处：一是“圣叹即以是率诸生抢入，进揭帖”，突出了其自始至终的领袖地位；二是“于狱中上书千余言，为民请命”，增加了其被捕后自我牺牲的自觉性。（《栖霞阁野乘》）
其实，这样的改写与金圣叹当时的思想状态还是有出入的。入狱之后，金圣叹有《狱中见茉莉花》一诗，内容如下：
名花尔无玷，亦入此中来。误被童蒙拾，真辜雨露开。托根虽小草，造物自全材。幼读南容传，苍茫老更哀。
圣叹虽狂，但狱中痛定思痛。对一生行事不密，率性而行，终于遭遇此哀惨晚年，颇为自悔。“奏疏”中言金圣叹不堪受夹棍之苦，口呼“先帝”，四大人大怒，责问他：“今上初登极，乃呼先帝，以诅圣躬耶？”命人掌嘴三十。这样的场景，对于自负狂傲的金圣叹来说，该是何等难堪的耻辱。子谓南容，“邦有道，不废；邦无道，免于刑戮”，所以把自己的侄女嫁给他。金圣叹诗中用这个典故，表达了对自己在邦国“无道”之时，不能明哲保身的反省。《水浒传》中鲁达自称“粗鲁”，圣叹曾批道：“我与我周旋久，宁作我”。但批点《西厢记》时，针对红娘撮合张生和莺莺之后的两句唱词“我也不去受怕担惊，我也不图浪酒闲茶”，又大发感慨，认为红娘有功于崔张，却自认无功，是机敏精细的表现，“盖圣叹则一生无此精细故也”。可见他对自己的性情缺点未尝不知，却又有“宁作我”的自负倔强。但邦国“无道”之时，行事不谨，临老受辱，死而不解，还殃及亲友，他的从容赴死，应该并无自觉牺牲的意味。“苍茫老更哀”一句，已写出深切的自责和对一生选择正确与否的迷茫。
“哭庙”案整个过程中，殃及无辜无数。时至今日，再翻阅当时文献，仍会觉得悲愤难抑。如长洲县令刘令闻奉巡抚命令抄诸秀才的家，见令牌上有一姓朱的，以为是朱鸣虞家，“遽籍之”，将家资财物劫掠一空，“一妻两妾并其子真之妻皆下狱”。朱鸣虞为吴县富户，当倪用宾等十一个人被羁押苏州时，朱家曾有馈赠酒食之举。对于平时参与维持地方风化、处理公益事务的乡绅而言，不过是尽义务，用这种方式表示对为民请命的义士的钦佩和同情。但却因此为朱国治所记恨，竟然遭到“错抄”的大祸。又如苏州知府余廉征奉朱国治之命到顾予咸家抄没家产，看到自己想要的东西，就随手收到袖子里。看到桌上放着的银制酒壶，居然放到地上一脚踩扁，放到靴筒里。又看上一个紫檀木制作的盒子，精致名贵，就拿起来交给贴身仆人，随即送到自己私宅里去了。堂堂朝廷命官，如此暴戾贪鄙，令人匪夷所思。期间因为涉案之人家属纷纷被拿入狱，牵连日广，城中讹言大起，人心惶惶，百姓中竟有要“屠城”的传闻，甚至有因此拖家带口逃难到乡下去的。（《哭庙异闻》）其时人命如草，朝夕之间，祸福难测，想到出于一己之义勇而惹起如此弥天大祸，狱中的秀才们怎么能不痛悔惊惧，度日如年呢？
当时在押之人遭遇荼毒之惨烈，更远远超出今人的想象。因病赋闲家居的吏部侍郎顾予咸与朱国治小有嫌隙，便被借故捕拿系狱。收监之后，狱卒用大铁链盘绕在他脖子上，重不可举，寝食不得安。到七月被释放时，“积汗成膏，淤血成腐”，铁链深陷于颈肉之中，粘连几乎不可分开。（顾予咸《雅园居士自叙》）秀才沈玥被杀之后，叔叔来南京为之收尸，好不容易辨认出尸首，发现本来只有三十多岁的侄子，被杀时须发皆白，“竟成老头陀矣”。诸人在狱中受到的非人折磨，由此可见一斑。沈玥在七月初一用半张旧纸写过一封家书，信中说：“儿犯之罪，固已至重，无可奈何。所望者，皇恩大赦耳。”金圣叹的狱中家书内容则是：“杀头，至痛也；籍没，至惨也。而圣叹以无意得之，不亦异乎？若朝廷有赦令，或可免耳。不然，死矣。”（《哭庙异闻》）以“无意”得之之“异”自我解嘲，是圣叹一贯的风格；寄希望于“赦令”的未死之心则与沈玥家信是一致的。这应该是当时狱中诸人共同的心理。
然而，翘首期盼中的皇恩大赦终究没有来。
顺治十八年（1661）七月十三日，金圣叹被斩于江宁三山街，时年五十四岁。
这一日，几件大案一起，“共有一百二十一人，凌迟廿八人，斩八十九人，绞四人，分五处行刑”。哭庙诸人的行刑法场在三山街，四面由全副武装的士兵环卫着，巡抚朱国治监斩。“罪人”被反绑双手，背插招旗，上面写着“斩犯一名，××”字样，口中塞着硬如钢铁的栗木，一旁一个士兵，挟持拖拽飞快而行。亲人和看客稍近，士兵就用枪柄、刀背乱打。俄而炮声一震，人头落地，“披甲奔驰，群官骇散，法场上惟有血腥触鼻、身首异处而已”。（《哭庙异闻》）在时人留下的这段关于屠杀现场的记录文字中，叙述者的个人心理体验被糅进了字里行间，士兵“奔驰”、官员“骇散”，速度、场面的快捷切换，营造了超出日常经验的诡异、恐怖的梦魇气氛，令人寒毛竖立。
被杀害的人死后尸体由亲人为之收殓，但唯恐牵连获罪，骸骨都不敢归葬故里。为金圣叹收尸之人，不是有血缘关系的亲戚，而是他的学生沈永启。沈永启（字方思）是吴江人。崇祯十三年（1640）前后，曾师从圣叹，“相与潜究性命奥窔”。仅仅一个多月，学问大有长进，金圣叹很欣赏这个学生的聪颖，就替他改名为圣说，号旋轮。（周廷谔《吴江诗粹》）二人师生之谊没有因为时间流逝和时势变化而有所改变。金圣叹从十八年四月二十七日发解江宁狱中，到七月十三日被害，两个多月时间，其他弟子害怕受到牵连，纷纷避匿，只有沈永启前往江宁探监，死后又为之收尸，并将棺材安放于沈氏家庙中，与从兄沈永辰等祭奠如礼，号哭失声。（乾隆《震泽县志》）崇祯八九年间，金圣叹频频降神于叶绍袁家，叶绍袁妻子沈宜修是沈永启的姑母，大概从那个时候开始，金圣叹与沈氏子弟便结下了生死不渝的情谊。
《沉吟楼诗选》收有金圣叹临难前所作的绝句三首，真实地反映了他死前的牵挂和愿望。
其一为《绝命词》：“鼠肝虫臂久萧疏，只惜胸前几本书。虽喜唐诗略分解，庄骚马杜待何如？”
金圣叹一生醉心《南华经》，对庄子思想浸淫甚深。这首诗中“鼠肝虫臂”的典故就是出自《庄子·大宗师》。子来生病将死，友人子犁来看望他，问他：“造化是多么了不起啊！你死之后，他将要把你带往何处，要把你变成什么呢？会将你变成鼠肝呢？还是变成虫臂呢？”子来回答说：“天地就像是个大熔炉。每一个人都应该随顺造物主的意愿，变成什么都没有什么不可以。”金圣叹用这个典故，表示自己早已看破生死，随物自然了。只可惜批点“才子书”的愿望没有全部实现。《选批唐才子诗》侥幸完工，但是评点《庄子》、《离骚》、《史记》、“杜诗”的工作或者还没有开始，或者只完成了部分。所以，虽然自己无所谓生死，但平日所参悟的道理，一旦碰到真实的人生，就用不着了。这个懂得“伟哉造化”的道理却放不下自己心爱的书的金圣叹，才是一个有血有肉的“真”人。
金圣叹这首诗是写给他的堂兄金昌的。金昌虽然比圣叹年长，但曾从圣叹学《易》，与圣叹之间建立了独特的“亦兄弟亦师徒”的关系。平时家族节庆相聚，圣叹尊金昌为兄，但商讨学问的时候，金昌往往会恭恭敬敬地起立，将圣叹作为老师来看待。金圣叹也一直引这位堂兄为知己，将两人的关系比作王维、王缙和苏轼、苏辙（《春感八首》）。金昌没有辜负圣叹的嘱托，在圣叹身后，不避风险，组织了《唱经堂才子书汇稿》的整理刊刻工作，并为之作序。（金昌《才子书小引》、《叙第四才子书》）
临难绝句的第二首题为《与儿子雍》，是写给自己的儿子金雍的。金雍自幼在父亲宽容、慈爱的教育之下成长，五岁时就跟随父亲陪侍友人，成人后为父亲笔录各种著作，金圣叹对这个儿子的赏识和期望也至老至死没有改变。在这首诗中，圣叹自注道：“吾儿雍，不惟世间真正读书种子，亦是世间本色学道人也。”对儿子的才气、性情都给予了很高的评价。诗中说：“与汝为亲妙在疏，如形随影只于书。今朝疏到无疏地，无著、天亲果晏如。”金圣叹在这里用印度佛教史上无著、天亲两位大师，来比喻他和儿子，写出了两人不仅在血缘上亲厚，而且在精神上平等、思想上承继的关系。
临难绝句的第三首《临别又口号遍谢弥天大人谬知我者》云：“东西南北海天疏，万里来寻圣叹书。圣叹只留书种在，累君青眼看何如？”诗中的“书种”，指的就是儿子金雍，这是圣叹的托孤之诗。那么，让狂傲一生的金圣叹临终前以感激之心托付儿子的“大人”究竟是谁呢？圣叹虽然没有明白指出，但回顾他被杀前一两年的交游活动，有一个人渐渐浮出水面，这就是时任赣州府推官的周计百（名令树，河南延津人）。
周计百因读到金圣叹批点的《才子书》，仰慕圣叹的为人，曾经派人带着财物，前往苏州诚邀圣叹去赣州著书立说，时为顺治十七年（1660）。当时圣叹正忙于选批唐才子诗，无暇他顾，但对于周氏的盛情一直感激于心，在回信中这样写道：“承惠砚材，便付好人手开斫去矣。后来凡有点注，请皆从此砚出，不敢没知己之盛心也。”（《答周计百令树》）圣叹曾经说过“美人爱青镜、名士爱古砚、大将爱良马”（《水浒传》第56回批语），周氏以名贵砚坯相赠，正是以“名士”待圣叹，圣叹则表示从此只用他所赠之砚磨墨著书，以示爱重。二人之风雅、多情，令人神往！信的结尾，金圣叹说：“来教正与鄙意如掌中书字，独奈隔此数千里何？”金圣叹用唐诗“掌中书字”的典故来形容两人相知之深，只可惜，一生不喜远游的他，嫌苏州、赣州相隔太远而未成行，这一本可无意中改变其悲剧命运的建议，就此搁浅。临难之前，圣叹想起这位“万里来寻圣叹书”的朋友时，应该是不无遗憾的吧。
在金圣叹被杀之后，友人嵇永仁在一封信中写到一件“异事”：
近有一绝异事。周计百使君司李南，读《才子书》，慕圣叹为人，遣使赍舟车之费，往迎之。圣叹适有唐诗选，未赴也，然业已心许之。越明年，使君梦一人，披发跣足，耸身案上，蒙面而泣曰：“我圣叹也！”使君晨起，谓客曰：“圣叹休矣！”遣使再至吴门，始知使君梦中之夕，即圣叹绝命之晨也。（《与黄俞邰》）
虽然周计百梦到圣叹披发赤足、蒙面哭泣的那一夜，就是金圣叹被杀而死的那一天，这样的巧合，难免有“小说家言”的嫌疑，但是哭庙案震惊天下，周氏本人又是肩负一府刑侦案狱之责的地方官员，在时刻关注哭庙案进展和担忧友人命运的情况下，日有所思、夜有所梦，梦到友人前来诀别，也在情理之中。嵇永仁寓居苏州，又是圣叹友人，那么，周计百之梦以及在圣叹死后又遣使探问的事情，也许是他耳闻目睹。金、周二人虽未谋面，但心灵相通、生死相托的情谊令人感动，而周计百之不负圣叹，也由此可知。对金圣叹来说，家中有此一人（指金昌），身后有此一子（指金雍），有弟子收骸骨（指沈永启），有二三知己相知于生前，身后亦不辜负（如周计百、徐增等），这应该是不幸中的大幸了。
友人丘象随在圣叹死后第二年写有《感逝》一诗云：“隔岁吴江重泊处，低回不尽故人伤。曾经彻夜吟诗老，那复高歌对酒狂。挝鼓祢衡三尺血，逃禅苏晋九原霜。分明画舫山塘路，秋风秋雨只渺茫。”画舫山塘的那次欢会似乎还在眼前，友人却已经命殒身亡，对此茫茫，哪能不百感交集呢？康熙三十五年（1696），廖燕（字梦醒，号柴舟，广东曲江人）至苏州，赋有《吊金圣叹先生》诗一首，高度评价金圣叹批点众经的成就：“……诸子及百家，矩度患多歧。得君一披导，忽如新相知。面目为改观，森然见须眉。直追作者魂，纸上闻啼嬉。高标七子作，分解三唐诗。其余经赏鉴，众妙纷陆离。陈者使之新，险者使之夷，昏愦使之灵，字字有馀思。掀翻神鬼窟，再辟混沌基。遂令千载下，人人得所师。……”金圣叹一生著述丰赡，清抄本《沉吟楼诗选》所附《唱经堂遗书目录》，将其分为外书、内书两类。外书多为评点著作，如《第一才子书庄子》、《第二才子书离骚》、《第三才子书史记》、《第四才子书杜诗》、《第五才子书》、《第六才子书》、《才子古文》、《程墨才子》、《小题才子文》等；内篇多为独立著述，如《大易义例私抄》、《涅槃讲场私抄》、《圣自觉三昧私抄》、《法华百问》、《南华前摩》、《庄子字制》等。因遭杀头籍没之惨，多有散佚，其存留著述结集出版，全集仍有250万字左右（见陆林辑校整理《金圣叹全集》，凤凰出版社2008）。金圣叹以新警之笔，揭示古人之真精神，辟疑解惑，遂为千载之师。几百年来，读其书、慕其人，追寻其遗踪、徘徊其墓前的读书人不知凡几。徐增“千秋万年，先生不亡”的预言果然成真，金圣叹泉下之灵，也应该得到安慰了吧。
