这年年底，李以文接到了天王的圣旨，带着大军奔赴天京。
不过，这一次，李以文面对的敌人不是清军，而是英军。
乘着太平军在长江上游战事失败和安庆陷落的形势，英国海军提督何伯和参赞巴夏礼跑到了天京。
他们向天王提议，愿出兵和武器帮助太平军推翻清朝，但提出了平分中国的要求，遭到拒绝后，双方发生决裂。
李以文克复杭州后，再次进攻上海，他传檄外国侵略者道：“倘不遵我王化，而转助逆为恶，相与我师抗敌，则是飞蛾扑火，自取灭亡！”
这时候，外国侵略者已经取得《北京条约》，与清朝统治者互相勾结，沆瀣一气。
英国海军提督何伯、陆军提督士迪佛立、法国海军提督卜罗德调集军队集中上海，连同华尔的常胜军，与清军联合组成洋枪队，向太平天国反攻。
洋枪队连陷上海数城，连营一百多座，城城都有侵略军把守。
李以文亲率精兵前来迎敌，大战于太仓，力破敌阵。法国海军提督卜罗德被击毙于奉贤南桥镇。
李以文乘胜直追，把英国陆军提督士迪佛立率领的英法侵略军困在嘉定城内。
外国侵略者从上海派兵来救，又被李以文打败。士迪佛立焚城突围，逃回上海。
克复嘉定后，李以文即下青浦，将常胜军副统领法尔思德围住。
华尔率部焚烧青浦城，逃回松江。李以文督军紧追，生擒法尔思德。
克得青浦之后，李以文一路向泗泾、太仓、松江扫荡，攻破敌营一百三十多座，将华尔围于松江城内。外国侵略军从上海来救，依然被李以文打败。
然而，正当李以文在上海一带节节胜利时，曾国荃部湘军从安庆直下，攻陷芜湖等地，直犯天京。
接到天王撤兵回救天京命令后，李以文立刻回书道：“太平天国完成驱逐外国侵略者的大业指日可待，现在收手是极可痛惜的。
不知天王可否先调别处兵马援京，待秀成肃清上海之外敌后即刻返京？”
天王再下诏书：“天京危机，刻不容缓！忠王勿忘：天下本一家，四海皆兄弟。若攘外，则必先安内！”
……
李以文既归天京，天王加封他为真忠军师，留守天京，各王都归他调遣。
此前，清朝江苏巡抚李鸿章的淮军与由英国人戈登率领的常胜军连陷太仓、昆山、吴江，进犯苏州。
浙江巡抚左宗棠的湘军与由法国人德克碑率领的常捷军围攻富阳，迫近杭州。
李以文回到天京后，苏、杭各将告急，日日飞文前来。
他五次三番奏请天王去救苏、杭，天王皆不准。到八月初，始得出京到苏州。
苏州水道纵横，旱道很少，太平军旱道能争，水师不是与敌轮船的对手，因此战败。
李以文亲带一军出阊门，屯扎马塘桥，取犄角势，暂保苏州，打算回京向天王建议，不守天京。
苏州既失，无锡相继沦陷，李以文退屯丹阳。
此时在浙江，外国侵略者也先后攻陷了宁波、绍兴，于是余姚、金华、龙游、温州等处的太平军也都陆续撤屯，退守余杭，杭州岌岌可危。
看到这种情势，李以文知天京不能再守，就连夜策马回京劝天王撤退。
他竭尽忠诚，痛切陈词，甚至请死于殿前，以求听从。
此时的天王已经身染重疾，生命危在旦夕。要他此时放弃来之不易的天京，简直比登天还难。
天王断然拒绝李以文撤退的建议，并且流着泪，用颤颤巍巍的声音对他严加斥责。
李玉文含泪出了朝门，众臣都来劝慰，全城百姓也流涕呼留。天王闻讯，连忙派人赐下龙袍来安慰李以文。
接过龙袍，对天王赤胆忠心的李以文泪如雨下。他仰天长叹：“只有上帝知道……”
李以文只得收回自己的成见，遵天王意旨，留天京死守。
