刘秀一生做了两件大事，一是统一全国，二是治理国家。因此，对其军事思想也应从两方面来探讨，既肯定其指导统一战争的战略、策略、战术、治军思想，又不忽视其在重建封建国家中的建军思想。以前人们往往依据东汉统一战争来评价刘秀的军事地位，这当然是对的，但仅仅如此，还不能全面反映军事家、政治家刘秀的军事思想。刘秀自平定关东后，就已着手军制的调整和改革，从中可以看出其“居重驭轻”的建军思想。
刘秀强调领导体制上的军权高度集中。他削弱了三公的权力，突出尚书台地位，“虽置三公，事归台阁”，尚书台成为实际意义上的军事决策机构。刘秀还强化监军制度。监军的起源较早，春秋即已出现，但监军之制的最终确立应在东汉初年。如设“北军中候”掌监五营；每有将帅出征，皇帝即令亲信、近臣随军监督，等等。目的是防止将帅离心，增强中央军的可靠性和保险系数。
他重视加强中央军，削弱地方军。如“罢郡国都尉”，取消郡县的专职武官，以太守兼领兵权；废“都试之役”，取消地方定期举行的军事训练；“罢轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏，令还复民伍”，正式废除地方上的更戍役制度。刘秀实行这些措施的意图很明显，是为了强干弱枝，防止地方叛乱。
在边防问题上，刘秀废除了边郡更戍役制度，所谓“罢边郡亭候吏卒”，大量以刑徒兵、夷兵充实边防力量。同时加强边防建设，不断修筑亭候烽隧，完善防御体系。这一措施与刘秀鉴于当时形势而采取的以防御为主的边防政策有密切关系，其目的是为了息边养民，确保国家安定。
刘秀的军事改革是其加强中央集权统治的一个重要方面，它既有利于统治集团掌握国家的主要武装力量，维护“长治久安”，也可收到稳定政局、安宁边境之效。就此而言，刘秀的建军思想与其“柔道”治国方针是根本一致的。但是，由于它过分强调“居重驭轻”，废除更戍役制，造成了东汉兵源减少，战略后备力量薄弱；罢都试之役，使汉军缺乏定期的训练、考核，以至于“每战常负，王旅不振”，战斗力有所削弱。这两点教训是非常明显而深刻的。
刘秀对宗室实行“宗室不得理司”之策，防止宗室结党营私。对宗室采取何种政策，自西汉初以来一直令统治者绞尽脑汁。刘邦鉴于秦之灭亡，也肇因于孤立之败，遂大封宗室为王，欲以他们来藩屏王室。然而不到几十年光景，诸侯王势力坐大，导致“七国之乱”。朝廷马上采取削藩对策，至武帝王将相下推恩令，封国不断缩小，诸侯唯得衣食租税，不与政事。而至哀、平二帝时，宗室衰弱，外无强藩，又为王莽所乘，得以代汉自立。因此，刘秀中兴汉室后，对宗室的态度很为谨慎。开始，主要是重用他们，但在政权大体稳定后，他将其与各方面政策综合考虑，决定采取既重视又限制的政策。
刘秀的重视政策，就是给予他们优厚的经济、政治待遇，无所事事而可“依食租税”，五属之内的宗室“若有犯法当髡以上，先上诸宗正，宗正以闻，乃报决”。五属以外的宗室，也享有一定的复除特权，如此等等。从朝廷一方来说，这是以经济利益来换取政治稳定。
刘秀的限制政策，就是不给宗室以操纵朝政之权。在出土的文献中，保存有“建武七年十月雾……宗室不得理司”、“居国界”等记载，意思是说宗室不得参与政事，应规规矩矩地居于封国。因此，终刘秀之世，“宗室子弟无得在公卿位者”。建武二十四年，刘秀又“诏有司申明旧制阿附蕃王法”。按西汉武帝时，因有淮南王、衡山王之乱，遂作左官之律，设附益之法，凡阿曲附益王侯者，以重法论处。刘秀申明这一旧制，规定宗室不仅应待在封国中，还不可交结豪杰，豢养宾客。建武二十八年，刘秀据此“诏郡县捕王侯宾客，坐死者数千人”。不仅服属较远的亲属如此，亲生儿子也不可破例。当初，“禁网尚疏，诸王皆在京师，竞修名誉，争礼四方宾客。寿光侯刘鲤，更始子也，得幸于辅（刘秀子），鲤怨刘盆子害其父，因辅结客，报杀盆子兄式侯恭，辅坐系诏狱，三日乃得出。自是后，诸王宾客多坐刑罚，各循侯法度”。正因为如此，著名学者郑众在接到皇太子及山阳王刘荆邀他为师的聘请后，便对他人讲：“太子储君，无外交之义，没有旧防，蕃王不宜私通宾客。”
刘秀对宗室既重视又限制的政策，后为继承者所遵循，使朝廷没有遭到来自宗室的威胁，宗室也得以保身全家。故东吴太傅诸葛恪评论说：“昔汉初兴，多王子弟，至于太强，辄为不轨，上则几危社稷，下则骨肉相残，其后惩戒，以为大讳。自光武以来，诸王有制，惟得自娱于宫内，不得临民，干与政事，其与交通，皆有重禁，遂以全安，各保福祚。此则前世得失之验也。”
对外戚采取防止其干政乱权的政策，重申“非刘氏不王”的旧制。西汉二百年间，多次受到外戚专权的威胁，威胁最大的有两次，一次在开国之初，吕后违背刘邦“非刘氏不王”之约，封兄子吕产、吕禄为王，企图建立吕氏王朝，由于周勃、陈平等人的抵制，才未能得逞。另一次是在西汉末年，外戚王氏由公而王，继而居摄、称帝。刘秀少通经史，对此非常熟悉，尤其是后一次，是他亲眼目睹过的。他好不容易君临天下，号称“中兴”，理所当然地不愿让“中兴大业”毁于一旦。对于外戚，他就像对待功臣一样，可以给予优厚的经济待遇，绝不轻易交给他们大权。郭皇后之弟郭况，刘秀对他“赏赐金钱缣帛，丰盛莫比，京师号况家为金穴”，至于官职，最高时也只是大鸿胪。对于刘秀这一措施，外戚渐渐习以为常。阴皇后之兄阴识，数从刘秀征战，有军功当封，阴识却叩头辞让，说：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不可示天下。”刘秀很敬重他，“常指识以敕戒贵戚，激励左右焉”。
在临终前4个月，刘秀还做了一件格外引人注目的事情，即降吕太后尊号，宣布她不宜配食高庙。他派司空礼高庙说：“高帝与群臣约，非刘氏不得王。吕太后王诸吕，灭亡三赵，赖神灵诸吕伏诛，国家永宁，吕后不宜与食地祗高庙。薄太后慈仁，孝文皇帝贤明，子孙赖之，福延于今，宜配良地祗高庙。今上薄太后尊号为高皇后，迁吕后尊号为高后。”对几百年前的祖先的尊号加以改动，绝不仅仅是礼仪问题，而是有深刻的现实意义。
