漕运是明清两朝赖以存在的生命支柱，是其统治得以维护的基础，而天津又处于漕运枢纽地位，每年数百万石漕粮若想进入京通边粮仓必须从天津经过，因此，明清两朝对天津地区的运河极为重视。每年运送漕粮的运河南起杭州，北至京师，经由现今的浙江、江苏、山东、河北、天津、北京四省二市，蜿蜒数千里，被称为京杭大运河。其中位于现今天津境内的运河，被称为南北运河，其以天津为界，其南境内的运河被称为南运河，其北境内的运河被称为北运河。南运河以卫河为主水源，所以在明朝又被称为卫漕，北运河以白河为主水源，所以在明朝又被称为白漕，除了卫河、白河主水源外，二者还分别有众多其他水源。到了清朝，卫漕和白漕分别改称为南运河和北运河。
天津南北运河北接京师，南达江淮，是整个京杭运河的咽喉所在，具有举足轻重的地位，因此，明清两朝在此地设置了高级官员和府、州、县、卫所官员对其进行管理。关于管理天津南北运河的高级官员，是指府州县以上官员，明朝，起始没有定制，或侯伯、或侍郎、或总漕、或总兵官、或长芦巡盐御史，到了成化十三年（1477年），才确定由驻扎在张秋的北河分司工部郎中对其进行专管。嘉靖七年（1528年），设立了通州都水分司，又称为通惠河分司，派遣工部郎中管理天津北运河，而南运河仍由北河分司郎中管理。隆庆三年（1569年），规定天津兵备和霸州兵备分别会同北河郎中和通州郎中管理天津南北运河。清初，承袭明朝旧制，到了康熙年间，北河分司和通惠河分司先后被裁革，而天津南北运河分别改由天津道和通永道管理。雍正八年（1730年），因直隶河工关系重大，于是又设置了直隶正、副总河，专管包括天津南北运河在内的北直隶河道。至此，管理天津南北运河的高级官员形成这样的局面，即在直隶总河的统辖下，天津道和通永道分管。乾隆六年（1741年）及其以后，直隶总河由直隶总督兼任；关于管理天津南北运河的府、州、县、卫所官员，明前期，没有设置专门管理的官员，只是军卫、有司各委派人员管理。成化初年，经大臣奏请，于运河沿岸府、州、县分别增设通判、判官、主簿专门管理运河，而军卫也委派指挥、千总管理运河。到了清朝，其基本沿袭明朝旧制，只是与明朝相比更为系统化，形成了专管与兼管两个系统，即府、州、县的正官如知府、知州、知县对运河进行兼管，而佐贰官如通判、判官、主簿对运河进行专管。
明清时期，除了设置官员对天津运河进行管理外，还要对运河进行经常性的和特别性的维修，维修主要包括两个方面，一是对河道进行挑挖疏浚，二是对运河堤岸进行修筑。并且为了保证天津南北运河维修的顺利进行，明清两朝设有专门用于维修的费用，即桩草银。除此之外，其他方面的银两有时也被用于运河维修。此外，关于蓟运河，明清两朝对其也甚为重视，规定三年进行一次挑挖，挑挖所需夫役来自附近府、州、县人民。
漕粮是供给京师皇室百官和北方军士粮饷的来源，每年数百万石漕粮被运送到北方，分别进入北京、通州以及边防粮仓，进入这三个地方的漕粮都要从天津经过。每年从天津经由的漕粮数量是巨大的，明朝，除了漕粮改折和偶尔因“河工留用”、“漂毁”、“运黔”之漕粮不能北运外，其他漕粮一律都从天津经过，即每年的起运漕粮几乎百分之百都经由天津；清朝，除每年有众多漕粮被蠲免、缓征、除豁而不被起运外，就是那些被起运的漕粮，也往往会因某种原因，如赈济灾区等在中途被截留而不运往京、通、边仓，所以在清朝，每年起运的漕粮中有一部分不经由天津。
除了每年有大量漕粮经由天津外，明清时期，还有一部分漕粮因漕船迟至、北运河不畅、预备他用而被截留天津。被截留在天津的漕粮大都是尾帮漕船所运载的漕粮，每次截留数量依实际情况而定，若把明清两朝相比，后者截留数量要比前者多。截留在天津之漕粮的存贮地点，明朝大都为“天津仓”，清朝大都为北仓。负责截留的官员，明朝由于缺乏史料记载，无从得知，而清朝大都由直隶总督和仓场侍郎总体负责，而具体负责的官员也不确定，根据情况由皇帝钦派。另外，天津本地官员及其附近府州县官员都要进行协助。漕粮被截留在天津，随同漕粮的席片、楞木、松板按规定仍要运送至京通，但有时也被一同截留。漕粮被截留在天津，旗丁要交纳一定数量的耗米，以备截卸转运亏折之用，并且还要交纳一定的银两，作为漕粮搬运的抗价和拨运的剥价。漕粮若被截留在天津，旗丁应缴纳的茶果银和个儿钱，起初免交纳，后来仍令一律赴通交纳，原给旗丁的饭米、行月粮、漕赠、盘耗、夫羡余银，均按所省路程扣追。
被截留在天津的漕粮，大多数会在适当的时候再转运他处，如转运入京通仓，这是截留在天津之漕粮的最主要去向，为了把漕粮转运到京通，明清两朝设置了大量官剥船，其间也曾雇佣民剥船作为转运截漕的工具。转运截漕的费用主要来自漕粮轻赍银。另外，在截漕由天津转运至京通的过程中存在着很多弊端，如剥船户向旗丁多索剥价，以及在拨运的途中将漕粮中掺杂水土，或者使用其他手段以达到偷盗漕粮的目的，还有在漕粮起拨时，有时由于苫盖不善，还会导致漕粮霉变。天津截漕除了被转运京通外，第二大去向是用于赈济北直隶及其附近被灾地区，再次，就是被用作边关或内地驻军的军饷。除了这三大去向外，天津截漕偶尔还被用于其他方面，如补纳原该进入通州粮仓但因灾害而被留作赈济的漕粮数额、供给亲王之国所需、转运到京通外的其他仓库存贮。
关于蓟州粮，明初开始通过蓟运河输送，到清乾隆三十年（1757年），因蓟运河水源不足，蓟州粮停运，改由通过陆路从通州仓转运。在此期间，除了康熙前期因蓟运河废淤，蓟州粮由附近州县领价采买外，其他时期都是将东南数百万石漕粮中的一部分经天津通过蓟运河转运至蓟州供给。
漕船是漕粮的承载工具，常年满载漕粮行走在运河上，当其行至天津地区时，往往存在各种各样的问题，如关于其催趱、冻阻、漂流、挂欠等。针对这些问题，明清两朝都有相应的制度规定和解决办法，如关于漕船催趱问题，明清两朝都派有以御史为主的中央官和以天津总兵官为主的地方官来负责此事；关于被冻阻在河干的漕粮，明朝往往将其缴纳入附近粮仓，即卸入天津地区仓廒，有时也将其就船兑给军士充作月粮，或者露囤河干。清朝，则常常选择将冻阻漕粮就近囤贮在天津。另外，关于被冻阻在河干不能南返的漕船，明朝令留守漕运弁丁看守，并给予口粮以示体恤。清朝则令留守弁丁和地方官员共同看守和管理被冻阻在河干的漕船，对于留守弁丁往往借予银两；关于漕船漂流，明清两朝都制定了关于查勘、粮米赔补以及对相关人员处罚等方面的规定。但实际上，在执行时，明清两朝往往并不按规定行事，尤其是对相关官员的处罚，其实际执行情况要比规定轻得多，有时甚至免罪。这种宽免政策只会导致漕船漂流事件更加频繁的发生；关于漕船挂欠漕粮，明清两朝制定了严格的处罚及赔补制度。
明清时期，东南漕粮除了通过运河经天津被输送至京通边粮仓外，偶尔也通过海运达天津，然后再从天津用小型剥船转运到京通仓。如明朝永乐年间、隆万年间、崇祯年间以及清朝道光六年（1826年），在运河不通畅，但北方粮饷的供给又不能缺少的情况下，明清官府不得不实行海运。明清海运漕粮只是权宜之计，其实行时间非常短暂，一旦运河畅通，海运漕粮就被停止。因此，明清时期，海运漕粮并没有形成规模，只是昙花一现。
天津是明清时期运送漕粮至京、通、边仓的必经之地，漕船常年在此地往来，对其产生了多方面的影响。
首先，在商业方面的影响。明清时期，为体恤漕运旗丁，官府允许漕船运载漕粮的同时带运一定数量的南方土特产即土宜，并且允许携带的土宜数量逐渐增加。在官府允许携带的南方土宜之外，漕运人员往往还私自夹带南方土宜即私货，并且还揽载商人的货物以收取运费，以上三者合计之，明清漕船北上时载运的南方货物高达漕船载运量的百分之三十多，数量非常可观。如此众多的南方货物，漕运人员途中无暇发卖，大多是被带到指定或终点口岸后再售卖。而天津是北方地区一个重要的漕粮集散地，漕船不仅从此经过，而且经常在此停留，这就为漕运人员售卖其带运的南方土宜提供了理想的地点。因此，大量南方土宜源源不断地涌入天津市场，这些南方土宜种类很多，有农产品，如粮食；有奢侈品，如福建的沉檀珠翠等装饰品；有手工业品，如瓷器、竹器；有木材等。以上南方货物的涌入促进了天津商业的极大发展，天津市场出现了极度繁荣的景象，这些在史料和当时的诗歌中都有反映。天津商业的繁荣，使天津地区出现了许多专门从事某种行业的行栈。如杂货行、粮米行；天津商业的繁荣，也使天津地区出现了众多市集；天津商业的发展繁荣，也带动了其他行业的兴起，如餐饮业、娱乐业。外地货物的大量涌入，基本上满足了天津地区的需要，同时也导致了天津本地手工业的不发达。
其次，在文化方面的影响。明清时期，漕运在文化方面对天津产生了影响，如在语言方面，由于受南方漕运人员的影响，很多天津人都能听懂并会讲南方语言，这些在当时人的诗歌中都有反映。在信仰方面，由于漕运，南方人信仰的妈祖被漕运人员传到天津，并且妈祖传到天津后被称为天妃，其功能被扩大，不仅对船只航行具有保护作用，而且还能保佑人们生儿育女和治疗疾病，所以明清时期天津人民对天妃的信仰达到了极致，人们不仅在农忙季节到天妃宫进香，而且每年还会为天妃举行隆重的皇会。在文学方面，因天津处于漕运重地，明清时期出现了许多与天津漕运有关的诗歌，如描写漕船汇集的诗歌、描写漕运景观的诗歌、描写运河的诗歌，以及其他方面的诗歌。
再次，在人口和民生方面的影响。天津商业的繁荣，促使越来越多的人移居或寓居天津，这些人中有因经商而移居天津的，有不愿入仕而移居天津的，有仕途不得而移居天津的，有致仕后选择移居天津的。另外，清朝还有很多文人选择移居天津。这些人口的大量涌入对天津原有的社会秩序造成了冲击，如对科举制度造成了一定的混乱，使原有的乡规不能顺利进行，改变了原来纯朴的社会风俗；漕运是一个庞大工程，尤其是漕粮在天津截留转运，需要众多人手，如果只靠官府人员，远远不够，所以往往雇募大量的天津本地人，这就为天津人民提供了较多的就业机会和谋生手段。但同时运河的维修、漕船的拉挽也给天津人民带来了沉重的负担，这是漕运对天津民生方面的影响。
总之，明清时期，天津是漕运重地，在漕运史上占有重要的地位，但同时，明清漕运又对天津产生了多方面的影响，在天津的发展史上具有不可磨灭的贡献。
