1630年初，这边厢崇祯皇帝的京师之急稍解，明军还在集中全力清初遗留在关内的后金军的时候，各地起义军却也如火如荼的烧了起来。自那时起，起义军经历了与明廷大概十年的你征我逃、你走我至的到处流窜躲猫猫时期。
我们还是以人物为切入口来讲述这一段历史吧。
第一个讲到的人叫杨鹤。杨鹤，武陵（今湖南常德）人，1604年进士，做过御史，后因不是魏忠贤一党被其排挤去职。
1628年，崇祯帝除掉魏忠贤没多久后复起杨鹤为左副都御史（正二品）。1629年原陕西总督因“剿贼”不利畏罪自杀，很长时间廷臣都没人肯去接任，大家公推杨鹤过去。崇祯帝召见杨鹤，问他打算怎么办。杨鹤回答说“清慎自持，抚恤将卒而已”（《明史》）。没有明说是否打算直接剿灭起义军，应该走的时候怀柔路线。崇祯皇帝任命杨鹤为兵部右侍郎，接任总督陕西三边（延绥、宁夏和甘肃）军务之职。杨鹤是个好人，一向有清廉的名声，但好人不一定就能办好事。这年冬天，京师危急，他手下的五位总兵官都因为勤王出兵到京师去了。延绥的部队半路上逃回来，甘肃的部队发生哗变，他们担心被杀头，都和起义军联合，起义军的声势更胜。
1630年正月，起义军攻打韩城，杨鹤任命文职陕西参政洪承畴领兵抵御，其本意可能并不在剿灭，可洪承畴不管，上来就大开杀戒，俘获、斩杀了三百多人。之后杨鹤就开始了他的骚操作，一路收降了众多起义军将领，安置、分发粮草财物不算，还给起义军头领颁发免死文书，估计杨鹤算计的：我以德服人，对方难道不会同样对我吗？好人错就错在把别人也想象成了好人，那些得了好处的起义军不知满足，继续烧杀抢掠。
1631年正月，杨鹤推行执行自己的“好人政策”，继续招降，还搞了一出拜御座的戏码：杨鹤在城楼上摆了一张御座，让这些投降的起义军跪拜，口喊万岁，然后宣读皇上的指示，命令他们发下誓言，或归伍，或归农，永不做贼。这些贼首假意答应了，杨鹤马上就赦免了他们的罪行。效果怎么样呢？“群盗自是视总督如儿戏矣”。杨鹤这人就是读书读多了，成了个书呆子。三个月后，被招降的起义军又起来反叛了，杨鹤也被御史参了一道，崇祯帝把杨鹤逮捕入狱，因其子杨嗣昌上书皇帝求情，免其死罪，只是充军。
1635年，杨鹤死在充军的驻地。
纯招抚看来是行不通的了，那就来个纯剿的吧，第二个大人物就此出场了：此人就是上面提到的洪承畴。《明史》没有为洪承畴单独作传，其名只是散见于其他人物的列传里面，后人所著《清史稿》里有其列传。
1631年，洪承畴继任陕西三边总督，改杨鹤的“好人政策”为“全力清剿”、“以剿坚抚，先剿后抚”方针，指挥大将曹文诏等集中兵力进攻陕西起义军，两三年来颇有斩获。
1633年冬，起义军利用明军“事权不一、相互观望”的缺陷转进至明军力量薄弱的河南湖北等地，分部来往穿插于豫楚川陕之间，进行游击性质的流动作战。洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥起义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，被迫转入西部山区。
这中间要穿插一下第三个大人物：陈奇瑜。陈奇瑜，字玉铉，保德州（今山西）人，生于1590年，1616年进士，抨击过魏忠贤一党，魏忠贤倒台后陈奇瑜升为按察使，1632年升为右佥都御史，巡抚延绥。陈奇瑜乃一狠人，在任几年间先是捉斩了一百七十多个起义军头领及其党羽一千多人，后攻下永宁关，又斩一千六百人，接着再进兵，斩五百五十个首级，他的政策就是一个字：杀！延绥的起义军几乎就此全部被剿灭，陈奇瑜也威震关、陕。
1633年，朝廷设置五省总督以统一“剿贼”事权，大多数人推荐了洪承畴。因为承畴正督管三边军务，不能替换下来，于是提升陈奇瑜为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务--崇祯帝可真是够慷慨的，办小半个江山都托付给了陈奇瑜，可谓前无古人。陈奇瑜也不负重望，指挥卢象升等大将多次追击作战，斩首级一万多（哎，饥民太惨了......）。
这个时候，陈奇瑜因为湖广的贼寇剿平了，就向西进军，截击起义军逃窜。
起义军抵挡不住，误入车厢峡（今陕西安康境内），高迎祥、李自成、张献忠等大头目都在里边。车厢峡四面山石陡峭，中间长达四十里，易进难出。官军从山上扔下石头、火把，山口垒起了石寨，切断了他们的通路，继而又下了二十天大雨，起义军箭矢全无，马没有草吃，死去的人数超过了一半。
陈奇瑜围困车厢峡七十多天，没有派兵进峡袭击，只围不击。
陈奇瑜这个操作很风骚，风骚到蓑笠翁有点看不大懂了：一贯杀杀杀的大帅为何此时住手了呢？“贼酋”唾手可得，按兵不动，为啥啊？参考此后一些事件，蓑笠翁认为陈奇瑜停步不前的原因只为一个字：财!起义军全部剿灭之后，他这“五省总督”也就当到头了，辛苦拼杀这么多年换来些什么呢？一纸虚空的嘉奖而已。陈奇瑜想得到些实际的。流窜各处的起义军到处打家劫舍，积聚了大量钱财，陈奇瑜围而不攻就是为了逼起义军交出这些钱财。
而高迎祥、李自成、张献忠等头头们本来是在恐惧无奈中等死，可左等右等两个多月了还不见官军有何动静，终于想明白了围困他们的这些官军在想什么了：双方打这么久了，现在都这个情况了，为了啥？鸟为食死，人为财亡，得嘞，舍财换命吧！就此，起义军重金贿赂官军，降者四万余人。陈奇瑜安排人员押送遣返降军归田。
起义军脱困后，马上杀死押解的官兵，逃出生天，并以摧枯拉朽指之势击败明军，席卷各地。高迎祥、李自成、张献忠绝处逢生，再展宏图，而崇祯帝也失去了逆转大明命运的一次良机。
陈奇瑜怕了又开始了骚操作，妄图把罪名推到别人身上，被言官弹劾，崇祯帝把陈奇瑜下诏入狱充军。之后陈奇瑜助清军灭明，后来被清官员多次索贿，被害致死。
1634年十二月，崇祯帝撤掉围剿失败的陈奇瑜，洪承畴仍任三边总督，加太子太保、兵部尚书衔，继任“五省总督”，成为明廷镇压起义军的主要军事统帅。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，起义军聚集在陕西的有二十余万人，其中以闯王高迎祥，及其部属李自成的力量最为强大。
1635年正月，张献忠与高迎祥等“十三家七十二营”几十万起义军汇合于荥阳，召开著名的“荥阳大会”，商议策略，决定分兵各路出击。
同月张献忠部攻陷凤阳，杀掉还乡的前兵部尚书张鹤鸣，捣毁皇陵。消息传到京师，崇祯帝痛哭流涕，竟然破天荒三日不朝，下令洪承畴全力出击，要求六个月剿灭起义军。洪承畴率主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对起义军实行大规模的军事围剿。官军与起义军几次大战，互有斩杀，明军这边连陨几员大将，包括猛将曹文诏。
此时就要提到第四个大人物了：卢象升，字建斗，其生于1600年，江苏宜兴人。1622年进士。1629年曾招募一万兵马入卫京师，号称“天雄军”。《明史》载其“虽文士，善射，娴将略，能治军”、“负殊力”。
卢象升是个猛人，有多猛呢？每次上战场，他都身先士卒，跟敌兵格斗时，敌兵的兵刃砍到他的马鞍他都不顾，战马死掉就步行作战，他曾单枪匹马接连斩敌十一名。
1635年八月，明廷认为洪承畴负责范围太广，任命卢象升为“五省总督”，洪承畴负责西北，卢象升负责中原及东南部。卢象升也非常能激励部下“象升每慷慨洒泣，激以忠义”，常常以身作则。
1636年正月，卢象升率领总兵祖宽等解救被高迎祥围攻的滁州，在城东面的五里桥展开大战，起义军大败，卢象升一直追着起义军跑了五十里以外，“积尸填沟委堑，滁水为不流”。此后卢象升继续率领祖宽等追击起义军，几乎把李自成精锐骑兵给歼灭殆尽。
正当卢象升、洪承畴全力“剿贼”之际，皇太极称帝，一月后即率清兵再次入侵，京师戒严，朝廷传诏书要他去入卫京师，此后卢象升就专注对付清兵了。卢象升虽去，不过还好，另一位悍将横空出世，他就是孙传庭。
