忠州之戦后的次日下午，申砬战败的消息传到汉城，李氏朝野上下顿时乱作一团，此时江原道，黄海道，平安道，咸镜道各道的勤王兵马还刚启程赶赴京城，申砬所部号称精锐的朝鲜禁军是汉城和日军之间的最后屏障。此屏藩一失，汉城再也派不出军队抵御强敌！
左议政(正一品)柳成龙知汉城已不可守，遂向李昖建议，以移驾出京狩猎为由，让诸大臣和各位王子奔赴北方诸道，招当地勤王兵马，以利久战。于是，李昖立次子光海君李珲为世子。领府事金贵荣、漆溪君尹卓然奉临海君李珒赴咸镜道。长溪君黄廷彧、护军黄赫父子奉顺和君李玒走江原道，召幕勤王兵兼向大明求援。以都元帅金命元、副帅申恪、都检察使李阳元、边彦琇为留都大将。而王族宗亲则由右议政尹斗寿与柳成龙等扈驾出逃汉城。
李昖出逃后，不知实情的朝鲜下级官吏与愤怒的乱民、奴隶闻国王出遁，便先放火焚烧藏有公私奴婢文籍的刑曹掌隶院，再烧景福宫、昌德宫、昌庆宫。又进入内帑库抢掠金银财物，朝鲜历代珍宝古玩，文武楼、弘文馆所藏书籍，春秋馆各朝实录以及其它库藏之承政院日记、前朝史稿等等皆被劫掠焚毁殆尽。而平素与统治阶层积怨颇深奴隶们更在朝鲜国难当头之际喊出：“人心怨叛，与倭同心耳”！的口号，纷纷投靠日军。（李朝《宣祖實錄》）
当时的汉城一片混乱，当大难临头之际，人内心的恶念开始迸发，抢掠残杀之事不可胜计。据朝鲜方面文献记载：“城中貴賤士女。晝夜縋城盡走。或恐眷屬相離。以索相結而遁。都中無賴之徒。結黨追逐。美女材寶。見輒掠奪。不分縉紳。傷殘盈路。父子夫婦。相矣投竄。二百年休養之餘。何人心至於此耶。不但含羞於天地。抑亦有愧於兇徒”。（朝-赵庆南《亂中雜錄》）
4月29日，小西行长与加藤清正在忠州会师后，商讨进攻汉城之事。但素有怨隙的二将却发生争执，小西行长无法忍受加藤清正以武士自居，贬低他药商出身的讽刺挑衅，双方险些火并。经过锅岛直茂与松浦镇信等倭将的劝解才二将才息事宁人，决定各率本部兵马攻取汉城，并以此为赌注，定赌谁能获得攻取敌方国都的殊勋。
史载，二十九日，清正直茂等皆会行长于忠州，共议取京城。义智示京城图与清正等，图中有司马门内的药尘路，清正谓行长：“子取此路何易以”？行长家出身药铺顾戏之。行长怒，直茂笑解之。行长曰：“予孤军深入敌地，苦战而得，全非天之所佑乎”？清正曰：“子潜发而成功，皆宗氏谙地理而，非必子之力，且殿下令予与子隔日为先锋，公背之者何哉？自今日隔日为先锋，以试其利钝”。行长曰：“已近京城，不如分路而进，速拔之”。将拈阄。清正曰：“背军令，且贪私利，何似商买之人哉”？行长大怒欲刺之。直茂曰：“私斗而怡笑外邦，不忠之甚也”。镇信曰：“殿下令二人为先锋，思虑深邃之深远非予辈所测知，而今二虎相搏，利敌损我，死耳有余罪者乎”？清正行长大愧，遂分路而发。（日-川口长孺《征韩伟略》）
随后，小西第一番队乘忠州得胜之势，取道北进，加藤的第二番队也向汉城冲去。日军前锋将领之间的相互抵触与争功心态导致在战场上无法形成有效的配合，这给溃败的朝鲜王室以残喘之机，否则，一旦日军出奇兵截断汉城北上通道，李昖被俘杀，则战局大不相同。
5月1日，小西麾下宗义智、松浦镇信等部在骊州将江原道驻防将(从三品)元豪的千余兵马合围，一战而下骊州，元豪只带同数十骑遁走。随即漢濱、廣津、麻田、沙平、銅雀等处也被攻占。
主将金命元与副将申恪，在济川亭望见日军声势浩大，漫山蔽野，再无战意，令沉军器于江中，变服以逃，汉城防御尽溃。（朝-李肯翊《燃藜室记述》）
5月3日，小西行长家臣木戶左右衛門所部率先进入弃守的朝鲜首都汉城，随后第一番队占领了全城。自此，攻取敌国首都的功勋被小西行长收入囊中，无能的朝鲜军队遭到日军极为蔑视的嘲讽。（“初二日，我兵大進，乘桴爭涉，守江之兵皆散，攝津守环顾左右曰，丽國可謂無人，險岭無兵，长江不守，若有一夫當之，則吾難至矣，遂進兵至東南大門外”。）
次日，缺少渡船迟滞于汉江的加藤清正所部才抵达汉城。入城日军开始烧杀抢掠，朝鲜礼宾寺书员朴守英等逆徒投效日军，助纣为虐，附敌作乱。在朴守英等人指认下日军将汉城内的未及撤走的宗室巨贾、两班官吏集中烧杀于锺楼前及崇礼门外，尽灭其族。嗜杀抢掠的日本军队极肆其酷，以示其威，致使汉城内外尸骨遍地。残余之众皆伏地叩拜，无敢违逆。
壬辰之战开始后，日军自登陆直至攻陷汉城只用了二十天，在这段时间里，日本第一、第二、第三番队大约五万兵马攻占了朝鲜半壁江山，全灭朝鲜官军八万余人，斩杀朝鲜氏族庶民二十余万。
统治了两百年的李氏朝鲜政权，在日本军队的猛击之下已经名存实亡。朝鲜军队的迅速溃败，除了因参战日军皆是国内战场的百战强兵之外，朝军的无能也是一大因素。
朝鲜二百年不知兵战之事，军备废弛，武器装备落后，在日本人犀利的战阵与火绳枪面前溃不成军。日军在野战中首先进行火力急袭，射杀朝军将领及缳甲精兵，然后派出戦力强悍的武士辅以两翼包抄白刃交战，导致朝军连战连败的情况的屡次出现。
在攻城战中，日军多以大筒、铁炮齐射的密集火力压制城头的守军，然后以精锐聚攻而上，摧城拔寨。
在战场上和日军对垒过的朝鲜人有过这样的记载，“其國陣法，所有軍兵分爲三，成三疊陣。其行列，前壹行手持旗幟，中行持鳥铳，後行爲短兵(刀劍、槍)。遇敵則前行持旗者兩邊分開成環抱狀。中行持鳥铳者壹時俱發，沖我陣。我兵多为鳥铳所傷而陣動。左右見而圍之，我兵必走。此後行持劍者自後追擊，盡其斬獲”。（朝·柳成龙《惩毖录》）
就连日军凶恶诡异的铠甲服饰，也给参战的朝鲜军队心理造成极大的影响。史记“倭人多以兽皮鸡尾为衣饰，以金银作傀儡，以表人面及马面，极为诡骇”。朝鲜溃退之军皆曰：“虎豹魍魉，一时俱发，不觉丧心褫魄”。（朝-李肯翊《燃藜室记述》）
朝军屡次战败，除因兵甲不敌百年战国杀伐所锻造而成的日本强军之外，日本忍兵在壬辰战争中也起到了不可忽视的作用。起源于公元七世纪的日本忍者，在中原王朝“渡来者”(移民)参与改进下，至十六世纪日本战国时代已发展至颠峰。其中，以伊贺与甲贺二派最为突出。在日本战国时代的甲贺流派中顶级上忍伴长信，曾先后受命于於六角义贤和织田信长，统带麾下的甲贺众作战，本能寺之变时，作为信长侧翼牵制明智军，兵败讨死。
此次侵朝作战中，效力于九州萨摩之钵屋众、山潜众；越后国上杉家之轩猿众；安艺国毛利之德冈众、世鬼众；根来寺之根来众；足柄山之风魔众都跟随家主踏上征韩战场。这些受过残酷训练的忍者，以其所擅长侦技、遁法、伪音术以及超出常人的野外生存能力，在战场上执行谍报、刺杀、制造流言、敌后骚扰等诸多任务。给久不知兵且战法落后的朝鲜军队造成了极大的危害，这种被动的情况直至大明锦衣衞入朝参战后方才得以改善。
