唐舞麟与月殿殉情后魂兽人类开始了友好相处的局面。双方规定人类魂师死亡后魂骨需要归还魂兽一方，最初一千年间帝天和大明两派都得到了回收的魂骨，至此魂骨回收陷入僵局，不少大势力将魂骨隐藏起来，秘密交给年轻人中的天才。
后九千年初次归还的魂骨只有百件不到。大明将魂骨整理分类后就有了《终极斗罗》中的藏宝阁。九千年来大明将魂骨交给筛选过的对魂兽友好的人类，以此巩固人兽合作。但大明对原恩家族有私心，给出魂骨次数占了总次数的五分之一，原恩家族不断变强，受到了史莱克城各家族的孤立。原恩家族的得势让各大家族恢复了培养嫡系中天才的做法：魂骨获得不足的各家族积极开发机甲，战机，机械骨骼来武装非嫡系青年。老一辈决定将数量不多的魂骨交给每一代的第一天才，将他打造成家族族长。在几千年后甚至出现了九块魂骨集中于一人的情况，但当时联邦已经战胜了一个星系，那位天才魂力达到119级后却无敌可杀而在家族地盘上教导年轻人最后老死。
原恩家族通过两千年努力将自己的部分族人放进离森罗星最近的舰队用来与大明互相照应。也把家族青年安排到各名校夺取前往森罗星名额。
传灵塔通过人造魂骨混淆公众，隐藏魂骨，但终极时间线开始时却因内部矛盾没有把准备好的魂骨全身套装交给年轻人，造成了没有“天才”的尴尬局面。传灵塔通过研究魂骨造出了五万年左右的魂骨但成本高产量低，传灵塔高层及时垄断了技术，每隔千年造出一到两块，采用按功行赏加世袭人类魂骨的制度，这也造成了魂骨分散不能培养强者的局面。
战神殿同样隐藏魂骨培养年轻一代，同时也通过身载魂导机械隐藏魂骨的作用。他们的魂骨大多功能单一强大又有与魂导机械，唐门功法相似之处。如头部魂骨的精神冲击被紫极魔瞳或其他功法掩盖。还有人造躯干骨用来强化体格和防御，达到了胸腔不易被穿透，保护了心脏而有机会反击自爆的程度
在魂骨短缺人造魂骨被控制在各势力手中，传灵塔只卖普通万年魂骨的情况下一些势力或家族开始寻求体格整体强化的方法，他们找到了本体宗的历史资料，又不约而同地封锁资料，造成了大众认为其已经失传的错觉。本体宗的修炼方法几乎被邪化，电龙家族曾培养了一位灵瞳武魂的散修者，在他死后移植了眼睛给自己的年轻人，直接让接受者从紫极魔瞳初学者达到了第三境界。
正义天使家族出于对翅膀的追求，研发了斗铠背部对翅膀的保护设计和可收缩为“脊柱骨”的机械翅，它会占用脊柱一节而影响躯干骨的吸收。
到终极斗罗的年代魂骨不再只是六大魂骨。出现了部队特种兵移植魂兽普通骨骼的风气，大大提高了肉身强度。但排斥反应也十分严重，手术成功几率低，使用的范围并没有超过千人，更没有被公众知道。
