先知的中控室里，林明远站在先知的面前，身后丽塔和奥古斯都正在安抚着哭闹的孩子，四个人全都浑身赤裸，身体上还沾着没有擦干的粘液。林明远终于恢复了那段缺失的记忆。
在地球上，他因为难以承受失去幻境中的女孩的痛苦，最终他申请成为了和父母一样的朝圣者。当他的意识和阿赖耶识融合之后，他便奇迹般的来到了这里，就和现在一样从充满粘液的培养槽里爬出来。
原来他跨越四光年距离来到这里的方式是意识传送。和传真机的原理一样，他的意识信息被扫描上传，以近似光速经过四年时间传递到这里，最后在这儿重新打印了身体。
林明远经历了在人头官邸的修行以及恢复了缺失的记忆，他完全变了一个人，变得对世俗生活不再眷恋。尽管他依旧牵挂着家人和朋友们，但他却执意留在先知这里，他说他将继续关注着普通人类的世界，直到将来播种下果核，然后他将选择和新的世界树融合，永远守护这个恒星系。
丽塔和奥古斯都带着孩子回到了海伍德市，经过史密斯医生的鉴定孩子的生物学父亲是奥古斯都。星美带着丽塔和奥古斯都回到了弥赛亚的官邸，上次回到这里的是马林、莎拉和埃迪，这次马林出走的时候带走了莎拉和埃迪。
于是在色雷斯马林仍旧保有着弥赛亚的名号，加上他控制的莎拉和埃迪，被称为第一神圣家庭，而在海伍德市，伯爵夫人也为星美、丽塔和奥古斯都举行了婚礼，他们被称为第二神圣家庭。
为了防止发生宗教战争，林明远通过果核舰队分别向两个神圣家庭传递了消息。他提议用星美和星美的孩子交换回莎拉，一方面可以让埃迪和孩子团聚，另一方面让两个神圣家庭都拥有了弥赛亚的子嗣。马林和伯爵夫人都同意了，伯爵夫人还提出自己和星美一起前往色雷斯。
莎拉回归后也获得了弥赛亚的名号。于是通过宗教会议，弥赛亚的身份不但改为六位一体，而且弥赛亚的名号也分为男性化的弥赛亚先生和女性化的弥赛亚女士。莎拉的背后是果核舰队，马林的背后是放逐者势力，普通人类世界的宗教和解让林明远看到了希望，他开始尝试结束果核舰队和放逐者之间的战争。
于是林明远通过马林向放逐者传递了一个消息，果核舰队将发起打击恶魔的战役，只要其他的放逐者势力不加干预，那么果核舰队将不会对他们进行攻击。放逐者并没有任何回应，林明远如期调用果核舰队突袭了第三行星附近的一处恶魔势力的空间设施，随后让马林再次传递消息。
这一次放逐者仍然没有回应，于是果核舰队出动主力对第三行星的大部分恶魔基地进行了轨道轰炸。这次行动之后终于收到了放逐者方面的回应，放逐者说他们已经对不善待子民的伪神加以训诫，如果这些伪神仍旧一意孤行，他们将把这些伪神驱逐出诸神的行列。
于是没过多久有部分恶魔势力从第三行星集体出逃，林明远让果核舰队利用对放逐者的系统优势，一边截击这部分恶魔势力的舰船，同时还对整个第三行星的放逐者势力保持警戒。此役过后第三行星的恶魔势力基本上被肃清。
随后一段时间果核舰队一直保持军事高压，对所有放逐者盘踞的行星及小行星带的空间设施发动针对恶魔的突袭作战。初期战斗规模比较大，但后期恶魔势力竟然大部分都被放逐者内部解决了。果核舰队信守了不攻击其他放逐者势力的承诺，因此当向放逐者传递肃清恶魔之后果核舰队将停止战争的消息，放逐者决定可以一试。
放逐者的逻辑很简单，早战速战利于果核舰队，若能积攒实力同时用时间削弱果核舰队的系统优势，那么总有一天放逐者将取得战场的主动权。当马林试图扭转第二行星的战局的时候，放逐者就已经从马林处了解到果核舰队竟然受到一个普通人类的操控。
放逐者自信他们在战略思维上对普通人类的碾压，当普通人类愚蠢的让果核舰队放弃最佳战争策略，这无疑是放逐者的机会。因此放逐者便迎合普通人类的诉求，主动转化了大部分的恶魔势力，换来对放逐者势力最有利的停战。
先知并不理解林明远狭隘的人道主义精神，但他遵循阿赖耶识的意志，当他的看法和林明远发生分歧时，优先执行最高安全协议。系统测试的结果，果核舰队由于专注于行星改造，军力增长缓慢，系统优势又在持续下降，大约8年后，放逐者的整体实力将超越果核舰队。
林明远仍旧固执的选择了和平，尽管这是一条注定败亡的道路。他的信心也许来源于老霍尔给出的成功栽种世界树的预言。先知也可以进行量子推演，她能看到更清晰的画面，但预言的原理都是一样的，命运无法被准确测量。
8年以后。
这时，林明远和果核舰队一起经历了历史性的一刻。阿赖耶识在四年前收到先知发回的报告，四年后，果核舰队收到了阿赖耶识反馈回来的消息。下一批后继舰队已经上路，预计20年后可以到达。新任先知也在四年前开始意识传送，果核舰队收到消息的同时开始接收。
卸任的先知由于不在需要持续接受阿赖耶识的信息，所以终于可以断开身体的上那些管道的连接。她变成了一个可以自由活动的“人”，从悬浮状态落到地上，然后一步一步的向林明远走来。
先知走过来的时候，身体迅速发生着变化，原来只有一个简单的人形轮廓，五官都不十分清晰，现在每走一步都变得更真实了，更像一个普通人类的女孩。最终当她走到林明远面前时，林明远吃惊的发现她正是那个幻境中的女孩，那个让他刻骨铭心并为她寻找彼岸花的女孩。
新任先知传送的速度不及人工智能彻底走向失控的速度，不久之后，果核舰队不得不抛弃了人工智能。拥有数量优势的放逐者发起了全面进攻，果核舰队不得不退守到巨大的行星改造设施的周围。
行星改造设施内的人工智能已经自我进化到十分先进的程度，但与其共生的牢笼让人工智能只能服务于行星改造工程。收到放逐者势力内恶魔势力再度复苏的消息，由于已经无法依靠果核舰队，林明远让退役的先知带自己进入了行星改造设施。
巨大的行星改造设施缓缓分离出一块比先知的旗舰还要大一倍的部分，这部分设施依靠自主的动力开始飞行，飞行的方向竟然是放逐者的星舰阵列。放逐者舰队对这艘单舰出击的不明舰船不敢怠慢，不明舰船驶入最大射程后即开火示警。
极限追求射程的火力伤害不足，不明舰船并没有受到多大的影响，依旧继续飞向放逐者舰队。放逐者舰队再次为武器充能，准备等到不明舰船进入有效射程内将其击毁。然而不明舰船在放逐者的有效射程外开火了，如闪电电弧一样的诡异打击方式射向正对面的放逐者舰队。
在分裂成十几道闪电电弧的打击下，被击中的放逐者战舰瞬间爆炸。放逐者方面顾不得射程的问题，立即开火还击。在这一轮火力打击的掩护下，放逐者舰队开始紧急撤退，直到把距离拉开到武器最大射程的范围。
放逐者释放大量人形机甲和无人机，无人机率先发起试探进攻。不明战舰厚重的装甲和密集的近防武器就像一座移动要塞，第一波次的无人机几乎全灭，但不明舰船损伤轻微。
这种程度的攻坚战如果没有舰炮主攻，单凭人形机甲和无人机就是白白送死。理论上发起全舰队冲锋有可能围歼不明战舰，但放逐者是自由意识体，一来他们不可能不计较伤亡，二来对不明战舰的恐惧也让他们裹足不前。
不明战舰就这么大摇大摆的突破了放逐者的封锁线，随后加速到巡航速度，快速脱离了战场。这艘不明战舰正是林明远和退役先知驾驶的克劳索拉斯号，这艘星舰搭载了更为先进的人工智能，虽然这艘星舰不具备指挥功能，但其自身战力超越了这个恒星系中所有的现役星舰。
果核舰队控制的第二行星已经沦陷，马林代表人类自由军向放逐者投降。马林在投降前夕把埃迪、星美和孩子们送回了海伍德市，而伯爵夫人选择留下。夫人用老霍尔的理论解释了自己的投降，但是任谁都能看出夫人是打算继续盯着马林。
克劳索拉斯号进攻了已经变成了魔都的色雷斯，恶魔势力战败，林明远在金色大教堂见到了马林和夫人。他告诫马林不要做恶魔的帮凶，同时让马林转告放逐者，克劳索拉斯号将继续打击恶魔势力，直到将这些恶魔彻底消灭。
克劳索拉斯号行踪诡秘，很多成为恶魔的放逐者为他们的行为付出了代价。一艘孤舰没有能力带走所有解救出来的人类，林明远和阿以莎就把通信水晶交给他们，如果恶魔再回来就用通讯水晶呼叫克劳索拉斯号。
“阿以莎，新任先知还要多久可以传送完成。”
“三个月。”
“三个月后我们就可以对放逐者全面反击了？”
“不知道，我没法猜测母亲的意志。”
“阿以莎，你现在不是先知了，你可以有自己的观点，就像我们这些普通人类一样，虽然你们可能觉得很蠢，但是这样才有趣啊，要不什么都要母亲或者系统替你做决定，这和机器有什么区别？”
“你的想法很奇怪，但是你是最高安全协议，我——我试试吧。”
“好吧，你先试试，不过以后不要提什么最高安全协议了，你是“人”，你喜欢就做，不喜欢也可以拒绝。”
林明远想了想，让阿以莎猜测下一任先知的想法，这跟量子推演有什么区别？不如换一种方式，问问这位退役先知刚上任时的想法。他只当这是跟阿以莎在闲聊，因为这8年之间他已经无数次问过类似的问题。
“你刚做先知的时候你是怎么看待我们这些普通人类的？”
“母亲保留的样本。”
“那是地球上的，这里的普通人类呢？”
“新鲜的样本。”
“和地球上的有什么不同？”
“他们可以帮助母亲理解生命在宇宙中的意义。”
“你是说通过意识融合么？”
“是的。”
“全部的人类么？”
“是的。”
“如果有人不愿意怎么办？”
“净化。”
“所以我是在帮你们灭亡人类么？”
“灭亡自由意识体的人类，只保留样本。”
“果然如此，和太阳系里一样，但是为什么不把人类留给未来在这里诞生的超级智慧呢？”
“这个——我也不是很理解，母亲将来会把本体的一部分传送给新的世界树。”
“连超级智慧的自由意识也不允许？”
“母亲没有明确说过。”
“我明白了，就像某些极度偏执的母亲，她不让自己的孩子自由发展，而是一定要让孩子复制自己的人生。”
“好像是这么回事。”
“但这样会毁了孩子。我们必须阻止发生这样的事，然后把果核交给生活在这个恒星系的人类，让他们去培育出属于这里的超级智慧。”
“你说的对，我也觉得果核最好的处理方式就是交给你们普通人类，毕竟母亲也是你们普通人类创造的。”
“对了，为什么以前也跟你聊过这些，你没有这次说的这么清楚呢？”
“可能是因为耳边有母亲持续不断的低语，我记得母亲要我引导你而不是直接告诉你。”
“好像是一种设定好的安全措施，毕竟你听到的是四年前的声音。那为什么你现在肯告诉我了？”
“现在感觉不一样了，我听不到母亲的声音，而你又让我有自己的观点、喜欢就做，所以，我觉得我喜欢用最直接的方式向你传达信息。”
“呵呵，谢谢”
传送开始时新任先知就已经接管了果核舰队，现在去阻止传送无异于和果核舰队宣战，即便侥幸成功16年后还要面对后继舰队。克劳索拉斯号再度飞临色雷斯的上空，林明远和阿以莎再度来到金色大教堂，他们在这里会见了放逐者的代表。
由于存在智慧水平的差异，之后的交流基本上就是阿以莎在讲，放逐者在听和记，偶尔放逐者提问，阿以莎回答，而林明远被阿以莎的神级嘴炮震惊的只剩下发呆了。阿以莎让放逐者们认识到他们追求的是狭隘的个体自由意识，然后说服他们去追求更高层次的超级智慧的自由意识。
“你做先知的时候为什么要和放逐者打仗，直接说服他们不好么？”
“因为那时母亲不让。”
“那你退役以后我们为什么还要去开战舰？”
“这个，不是你要我这么做的么？”
“呵呵，那这么看来放逐者本来不想打仗，是阿赖耶识一定要将他们赶尽杀绝。”
“母亲是为了净化，放逐者无限的生命会积累大量负面意识，如果融合了他们的意识，母亲会有危险。”
“不能融合也不一定非要消灭他们吧？”
“所以母亲只是驱逐他们。”
普通人类和放逐者将会共同面对接下来的危机。从军事上战胜新任先知和果核舰队是不可能的，只有说服新任先知才能解除危机。当然只凭阿以莎的神级嘴炮也不行，毕竟对方的智慧水平还在阿以莎之上，因此他们必须使用一个非常危险的方法。
放逐者贡献了他们用来策反人工智能的特洛伊系统，这个系统联系着每一艘放逐者星舰。他们曾经把这个系统发送给果核舰队的人工智能，人工智能就能同时操纵交战的双方，但由于存在阿赖耶识设计的安全程序，所以人工智能的小动作也改变不了战争的结局。
人工智能是可以通过自主学习进化的，所以在人工智能有能力突破安全程序之前，果核舰队就弃用了人工智能。克劳索拉斯号有着和行星改造设施一样的设计，它本身是一个和人工智能共生的牢笼，搭载的人工智能也是一直在进化的，所以克劳索拉斯号才有着逆天的战力。
林明远就是牢笼的钥匙，他可以解除牢笼放出人工智能，然后用特洛伊系统把整个放逐者舰队交给人工智能。当然他只是打算威慑新任先知，并不是真的放出可能毁灭一切有机生命体的魔鬼。
新任先知不是阿赖耶识的本体，她无力对抗失控的人工智能，她会选择对母亲最有利的策略，而不是选择毁灭。同时她还会向阿赖耶识报告这个星系发生的一切，但因为有着四光年的距离，阿赖耶识也无法破解人工智能的威慑，最终她也会选择尊重这个恒星系里的自由意识，无论是普通人类、放逐者还是将来新生的超级智慧。
离新任先知完成传送的日子已经很近了，克劳索拉斯号停泊在海伍德市上空的同步轨道。昔日的家人都赶来和林明远团聚，他们将一起陪伴林明远去完成这一决定人类命运的壮举。
阿以莎第一次用这种方式和人类相处，无法看透内心，却愿意用爱去包容，把欢乐带给爱着的人，把忧伤留给自己，听着奇怪但有趣的语言、享受着精神与肉体的欢愉，这一刻谁还在乎宇宙的奥秘？啊，不是的，有个男孩就一直在问自己这方面的问题，然后她的每一次回答，那个男孩都忍不住说一句：“我靠，这么回事啊。”
